רחובות הוקמה על אדמת חרבת דוראן, דרומית לראשון לציון. יהושע חנקין קנה את אדמתה ועמל רבות להשגת דמי הקדימה. את העסקה השלימו שליחי חברת 'מנוחה ונחלה', ממנו 90% ממחירה. החברה הזאת הוקמה בורשה על-ידי אגודת בני משה, בהשפעתו של אחד העם במטרה להקים בארץ-ישראל מושבה באמצעים של חבריה, שתהיה עצמאית, ולא תלויה בתמיכת הברון רוטשילד. על-פי החוק העות'מאני, אסור היה ליהודים נתיני חו"ל לרכוש קרקע בארץ, ולכן הועברה האדמה בטאבו ביפו על שמם של כל הקונים. מייסדי רחובות כתבו וחתמו על "ספר הברית", שבו פורט אופן חלוקת האדמה ביניהם, ובט"ו באב תר"ן (1890) הם עלו על הקרקע. מרבית חברי 'מנוחה ונחלה' המשיכו בעסקיהם בורשה וקיוו לעלות לארץ לאחר שכרמיהם יניבו פרי.

ועד המושבה טיפל בכל ענייני הציבור - מיקום המבנים, חינוך, נקיון הרחוב, אספקת המים, הבשר והתרופות, הסדרת התחבורה עם יפו (על-ידי בעלי דיליז'נס מראשון לציון). הוועד אף פיקח על מוסר ומידות שבין אדם לחברו. ועד המושבה בא בדברים עם הרשות העות'מאנית, עם פקידות הברון ועם הוועד של 'חובבי ציון'.

אחת הבעיות הקשות של המושבה נבעה מהאיסור של הרשויות לבנות מבנה כלשהו (בית, רפת, אורווה או לול) ללא קבלת רשיון מקושטא. כדי להשיג רשיון כלשהו נאלצו לשלם "בקשיש" (שוחד) לאנשי הרשות העות'מאנית בכל הדרגים. היו שבנו ללא הרשיון הנדרש, אולם אז היו צריכים לשחד את הפקידים והחיילים שלא יבחינו בבנייה עד להקמת הגג, כי משהוקם הגג ניתן היה להרוס את המבנה רק בהחלטת בית משפט.