העלייה בהמון הפתיעה את תושבי המדינה וקברניטיה, ואף אלה שעשו את המלאכה לא צפו את היקפה. גורמים אחדים חברו למימוש רעיון העלייה הגדולה: אנשי משרד החוץ במגעיהם הנמרצים עם המעצמות הגדולות ועם השלטונות בארצות המוצא של העולים;
הג'וינט, שמימן את מימוש ההסכמים בארצות אלה; אנשי 'המוסד לעלייה ב"ומחלקת העלייה של הסוכנות, שפעלו כאמור בקרב הקהילות היהודיות לעודד את יציאת היהודים ולארגן את מסעם. העלייה בפועל ומהלכה לא תוכננו מראש, לא בחדרי הדיונים ולא בידי הגורמים האמורים, וזאת משום שהמגעים נעשו במקביל בעשרות מקומות, ולא ניתן היה לצפות מתי ייפתחו השערים, היכן, ומה יהא מספר היוצאים.
ההתפתחויות היו בלתי צפויות. דומה היה שמזרח ומערב מתחרים ביניהם בפתיחת שערי העלייה: בתוך שנה אחת, מאמצע 1949, התירו ארבע מדינות את יציאת היהודים: תימן, פולין, רומניה ועיראק. הקהילות במדינות אלה מנו 700,000 נפש ויותר. האתגר שניצב בפני התנועה הציונית והמדינה היה חסר תקדים, והנסיבות חייבו היענות מידית וללא סייג. יש לזכור כי קדם לגל זה זרם העולים שהגיע בשנה הראשונה להקמת המדינה, שטרם נקלע כראוי בשל המחסור הכלכלי המתמיד.
הקושי הגדול בהתמודדות עם העלייה הגדולה לא היה נעוץ בתהליך קבלת ההחלטות, אלא בדינמיקה שהתפתחה במהלך ארגון העלייה. להלכה הייתה הממשלה, באמצעות שליחיה, יכולה לווסת את זרם העולים; אך למעשה עשו שליחי העלייה, שחשו בשליחותם ההיסטורית, כל מאמץ אפשרי להאיץ את גלגלי העלייה בכל אתר. כאשר החל גל העלייה לגאות מעבר לציפיות, לא ניתן היה עוד להחזיר את הגלגל אחורנית; שליחי העלייה המסורים נאבקו בכל דרך כדי להשלים את משימתם ולהעלות ארצה את האנשים שהיו בתהליכי עקירה ממקומותיהם. כאן הם נתקלו בהתנגדות מצד העוסקים בקליטה בארץ, שחששו מהמצוקה מבית ומהשלכותיה. כך התהווה מצב פרדוקסלי: דווקא הצלחתם של השליחים הארגון מהיר ורב-היקף של העולים הוצגה כאבן נגף למפעל העלייה – המדינה לא הייתה ערוכה לקלוט בבת אחת גלי עלייה שזרמו מעברים שונים, ולא הייתה מסוגלת לכך.
מוסדות העלייה נקלעו אפוא לדילמה: האם להניח לעלייה לזרום ללא כל הכוונה, או להאט ולצמצם את ממדיה בהתאם לכושר הקליטה של המדינה ולאמצעיה; מצד אחד הכול התרגשו למראה שיירות העולים הנוהרות לארץ, ואילו מן הצד האחר ניבטו המחזות המדכאים של הצפיפות והמחסור במחנות העולים. אלא ששאלה זו, האם להאט את קצב העלייה, נתגלתה כהיפותטית מול התופעה של 'קהילות מתחסלות'.
