שתי הישיבות העיקריות בתקופת הגאונים , סורָא ופומבְּדיתא , ראו והציגו את עצמן כממשיכות של שתי ישיבות מרכזיות בתקופת האמוראים, בצורה כמעט רצופה. את ישיבת "סורא דמקריא (=שנקראת) מתא מחסיה" יסד האמורא רב במחצית הראשונה של המאה השלישית לספירה, ואילו בן זמנו שמואל יסד ישיבה בנהרדעא, שעברה אחרי מותו לפומבדיתא. כל אחת מן הישיבות האלו קשורה אפוא בשתי ערים, ולכן הן נזכרות לעתים קרובות כישיבות "מחסיא" (סורא) או "נהרדעא" (פומבדיתא). אולם יש לציין שבמהלך תקופת הגאונים נטשו ישיבות אלה את מקומותיהן הקודמים ועברו לעיר הבירה, בגדד. לגבי ישיבת פומבדיתא יש לנו עדות מפורשת על רקעו וזמנו של מעבר זה: "ומר רב האיי גאון בן מר רב דוד שהיה דיין בבגדד שנים רבות קודם לגאונותו (בשנים 897-890 לערך)... והוא תחלת מי ששכן מן הגאונים בבגדד . " איננו יודעים מתי בדיוק הצטרפה ישיבת סורא לאחותה, אולם נראה שעשתה זאת עוד לפני שקיבל רב סעדיה את ראשות הישיבה בשנת 928, כפי שיפורט להלן. קשה לקבוע במדויק כיצד השפיע המיקום החדש על ישיבות הגאונים, אך יש להניח שחכמי הישיבות נחשפו כאן בעוצמה רבה יותר לזרמים אינטלקטואליים בעולם הלא יהודי, ושהייתה להם אפשרות נוחה יותר ליצור קשר עם חוגי השלטון ועם אנשי החצר, במידה שהתעניינו בכך.

יש מי שמפקפק בעצם קיומן של ישיבות בבליות בתקופת האמוראים, וטוען שההוראה בתקופה זו התנהלה בחוגים מצומצמים יותר, הקשורים באופן אישי לחכם זה או אחר. העיסוק בשאלה זו אינו מענייננו כאן, אך ברור על כל פנים שאם, כמסתבר, היו ישיבות בבליות בתקופת האמוראים, ידיעותינו לגביהן מצומצמות הרבה יותר מאשר לגבי ישיבות הגאונים, והן היו הרבה פחות מפותחות מבחינה מוסדית מן הישיבות המאוחרות יותר. התפתחות הישיבות בתקופת הגאונים באה לידי ביטוי במספר דרכים, ביניהן העובדה שבתקופה זו כמעט אין שומעים על ישיבות אחרות בבבל, ושתי הישיבות הגדולות תופסות כמעט בלעדית את מרכז הבמה. בישיבות אלה התפתחה היררכיה של תפקידים, וזכות אבות השפיעה במידה רבה על בחירת בעלי התפקידים, כפי שנראה להלן. ישיבות הגאונים זכו להשפעה בעולם היהודי בדרכים שאין כדוגמתן בתקופות קדומות יותר, וגם על כך נרחיב בהמשך. תופעה חשובה אחרת, הקשורה באלה שהוזכרו זה עתה, היא פיתוח מערכת כספים נרחבת, שאפשרה תמיכה מקיפה בחכמי הישיבות ובתלמידיהן כפי שעוד יפורט.

גם מבחינת תוכני הלימוד חלו שינויים מרחיקי לכת בעולם הישיבות. מכיוון שהתגבשות התלמוד הבבלי הסתיימה למעשה בתקופת הסבוראים, והוא הוכר על ידי הגאונים כסמכות מחייבת כמעט באופן מוחלט, הרי מרחב הפעולה של חכמי התקופה המאוחרת הצטמצם מאוד ואופי הפעילות שלהם השתנה. מעתה לא ניתן היה להציע פתרונות חדשים לשאלות שנדונו בתלמוד, אלא רק לפרש את דברי התלמוד ולהסיק מהם מסקנות מעשיות. הצורך בפרשנות ובפסיקה של הלכה למעשה הותיר, כמובן, לחכמי תקופת הגאונים מקום רחב להתגדר בו; ועל כך יש להוסיף את הצורך לטפל בשאלות שעלו לראשונה בתקופה זו. כמו כן ברור שגם בתקופות קודמות לא פעלו החכמים באופן חופשי לגמרי על פי דעותיהם האישיות, והשקפות החכמים הגדולים של הדורות הקודמים להם חייבו אותם במידה רבה. עם זאת, בתקופת הגאונים חל שינוי מהותי ביחס שבין אפשרויות החידוש לבין אלה של טיפוח הקיים. היבט נוסף שראוי לציינו הוא האופי הקיבוצי, מבחינות רבות, של הפעילות בישיבות הגאונים . למשל, מסורות רבות נמסרו בחוגי הישיבות בצורה אנונימית, ונראה שהן זכו לסמכות גדולה יותר מאשר מסורות המיוחסות לחכמים מסוימים, אפילו נמסרו בשם חשובי הגאונים. גם "תשובות הגאונים" לא נכתבו בידיהם באופן אישי, אלא בידי קבוצות חכמים שהגאונים עמדו בראשן. במשך רוב התקופה לא עסקו הגאונים כלל בפעילות ספרותית אישית. עיסוק זה התפתח רק לקראת סוף התקופה, בעקבות החשיפה לתרבות הסובבת הלא יהודית, והוא נקשר במיוחד לשמו של רב סעדיה.

בראש הפירמידה של בעלי התפקידים בישיבה ניצב ראש הישיבה (בארמית: "ריש מתיבתא"), שכונה גם "גאון", כנראה קיצור התואר "ראש ישיבת גאון יעקב". תפקידי הגאון היו רבים ומגוונים, ולא נוכל לציינם אלא בקיצור נמרץ. התפקיד הבסיסי ביותר של הגאון היה בתחום ההוראה בישיבה, שנחזור אליו להלן. תפקיד נוסף, שנודעה לו חשיבות רבה לבני התקופה, היה ראש בית דין. קיומו של בית דין זה מתועד בדרכים שונות, אך אנו שומעים על פסיקותיו רק לעתים רחוקות מאוד, מסיבה פשוטה: ארכיונים של הישיבות ושל המוסדות הקשורים אליהן (אם היו ארכיונים כאלה בכלל) לא שרדו, ולא הייתה סיבה להזכיר פסיקות כאלה בהקשרים ספרותיים אלא במקרים מיוחדים. תפקיד אחר, המוכר לנו יותר, היה חיבור תשובות לשאלות שנשלחו לישיבות הגאונים מרחבי העולם היהודי. ליתר דיוק, כאמור, הגאון לא חיבר תשובות על דעת עצמו, אלא כראש הצוות הבכיר של ישיבתו; אך נראה כי תרומתו לתוכן התשובות הייתה מכרעת, ולכן רגילים כבר בתקופת הגאונים לייחס לו את התשובות שנכתבו בתקופת כהונתו. עוד תחום שהיה באחריותו של הגאון הוא ניהול אזורי ה"רשות" הכפופים לישיבתו (לכך עוד נשוב). תפקידים נוספים היו פחות מרכזיים, או שעסקו בהם רק גאונים מעטים. למשל, הגאונים מיעטו לעסוק בחקיקה פורמלית - יש בידינו עדויות ברורות רק לשתיים או לשלוש תקנות במהלך כל התקופה - אולם היו להם הזדמנויות לחדש חידושים במערכת ההלכתית בדרכים עקיפות יותר. מספר גאונים מזמנו של רב סעדיה ואילך חיברו ספרים בתחומים שונים; על חלקו החלוצי והמכריע של רב סעדיה במפעל ספרותי זה נעמוד בהרחבה בהמשך הספר. גאונים מסוימים אף עסקו במישרין או בעקיפין בשתדלנות אצל השלטונות המוסלמיים, ואף כאן בלט רב סעדיה, כפי שנראה בפרק הבא.

סגנו של הגאון כונה בעברית "אב בית דין", ובדומה לכך בארמית "דיינא די בבא"(=דיין השער). שני התארים האלה רומזים לכך שאחד מתפקידיו העיקריים של חכם זה היה עמידה בראש בית דין שפעל בצמוד לישיבה, לצד בית הדין שבראשו עמד הגאון. תחת פיקוחם של הגאון וסגנו פעלה קבוצה של שבעים חכמים, שהוצגה כמעין "סנהדרין גדולה", כחלק ממגמה להדגיש את הרציפות בין ישיבות הגאונים לבין תקופות קדומות יותר, מתוך שאיפה לזכות במקצת היוקרה של תקופות אלה. חכמי הקבוצה הזו ישבו לפני הגאון בשורות (שבע שורות לפי מקור אחד, אך ייתכן שבישיבת פומבדיתא ישבו בשלוש שורות). האחראים על שורות אלה נקראו "ראשי כלה" ("כלה" או "כלא" = שורה) או "אלופים", והם ישבו בשורה הראשונה (יש לציין שתארים דומים ניתנו גם לאנשים חשובים מחוץ לכותלי הישיבה, שרצו לכבדם על הישגיהם האישיים ועל תמיכתם בישיבות).

לצד משרות רמות אלה אנו פוגשים בספרות הגאונים בבעלי תפקידים טכניים יותר, שלא נמנו בהכרח עם חברי ה"סנהדרין". אחד החשובים הוא תפקיד ה"תנאים", שהתמחו בשינון המקורות של ספרות התנאים. לעתים רחוקות יותר אנו שומעים על "אמוראים", שכנראה התמחו בשינון התלמוד. סופר הישיבה רשם מפי הגאון את התכתובת הרשמית של המוסד, ובכללה התשובות לשאלות. לעתים שימש תפקיד זה תחנת ביניים בדרך למשרות רמות יותר בישיבה.

נראה שהרשות למנות בעלי תפקידים בישיבה, לפחות עד הדרגה של חברי הסנהדרין, ניתנה בידי הגאון, אך שיקולים של "ירושה" השפיעו מאוד בתחום זה, לפי עדותו של רב נתן הבבלי:

... והשבעה נקראים ראשי כלה. ויש אשר יהיו עדיפים עליהם בידיעה ולא ימונו (במקומם) ראשי [כלה] לא על שום הצטיינותם (של ראשי הכלה) אלא משום שירשו את דרגת אביהם- שכן אם נפטר ראש כלה ויהיה לו בן ממלא מקומו, ימונה [לדרגת אביו וישב בהן. ואם היה בין החברים (אדם) שעולה במעט על הבן, לא ימנו אותו ולא יסירו אותה את הדרגה) מבנו (של הנפטר), ויהיה זה על פי בחירת ראש הישיבה למנות ראש כלה את מי שרוצה... ואם יהיה אחד מהם מן הזי שורות גדול בחכמה מן האחר, אין מושיבין אותו במקומו, מפני שלא ירשה מאביו, אבל מוסיפין לו (תמיכה חומרית) יותר מחוקו מפני חכמתו.

לא ברור אם גם אב בית הדין נבחר בצורה דומה, אך ברור, על כל פנים, שבבחירת הגאון לא פעל כך עקרון הירושה. ככל שידוע לנו, רק פעם אחת "ירש" בנו של גאון את מקומו, כאשר רב האיי החליף את רב שרירא, וכאן היו ללא ספק נסיבות מיוחדות. נכון אמנם שגאונים רבים היו בניהם של גאונים, אך בדרך כלל עברו שנים רבות בין כהונת האב לכהונת הבן. בנו של רב סעדיה, רב דוסא, עלה לגאונות שבעים ואחת שנים לאחר פטירת אביו !

איננו יודעים כיצד בדיוק נבחר הגאון. מסתבר שהדבר היה תלוי בראש ובראשונה בהסכמה כללית של חכמי הישיבה. לעתים לא הצליחו להגיע להסכמה, והישיבה התפצלה באופן זמני, כשמקצת החכמים מכירים בפלוני כגאון ומקצתם באלמוני. לעתים, כמו במקרה של רב סעדיה, נטל ראש הגולה חלק פעיל במינוי הגאון, אולם - למעט אולי בראשית התקופה - נראה שלא ניסה לכפות את דעתו על חכמי הישיבות , והתערב רק כאשר נחלקו ביניהם או שלא הצליחו למצוא מועמד מתאים בין כותלי המוסד, והיה צורך "לייבא " אותו ממקום אחר. יש להניח כי קנה המידה העיקרי לבחירת הגאון היה מעמדו האינטלקטואלי והרוחני, אף שהיה משקל לא מבוטל גם לייחוס המשפחתי. כפי שנראה בקשר למינויו של רבסעדיה, מסתבר שבחירת גאון שלא גדל בין חכמי הישיבות נחשבה מעשה חריג ובעייתי.

בנוגע לסדרי הלימוד בישיבות, יש להבחין בין הפעילות בשני חודשי ה"כלה" אדר ואלול) לבין הפעילות ביתר חודשי השנה. בחודשי ה"כלה", שהיו (לפחות לפי הבנת הגאונים) המשך למסורת מזמן התלמוד, התכנסו בישיבות תלמידים, שבמשך רוב חודשי השנה לא נכחו בהן. מעמד זה מתואר בפרוטרוט על ידי רב נתן הבבלי, שכנראה היה עד ראייה להתכנסות כזו בישיבת סורא, במחצית הראשונה של המאה העשירית לספירה:

וזה סדר ישיבתם: ראש ישיבה עומד בראש ולפניו עשרה אנשים, והיא נקראת דרא קמא (=השורה הראשונה), ופניהם אל ראש ישיבה... ואחריהם עשרה עד ז ' שורות, ופני כלם אל פני ראש ישיבה. וכל התלמידים יושבין אחריהם ואין אחד מהם מכיר את מקומו (באין לו מקום קבוע), אבל הז' שורות כל אחד ואחד מכיר את מקומו, ואין אחד מהם יושב במקום חבירו...

לאחר מכן מתואר מהלך ה"שיעור" של ראש הישיבה, המבוסס על השתתפות פעילה של חכמי הישיבה ותלמידיה:

וכשירצה ראש ישיבה לנסותם בגירסתן יועדו כלם בד' שבתות (שבועות) של חדש אדר והוא יושב, והשורה הראשונה גורסין לפניו, ושאר השורות שומעין ושותקין. וכשמגיעין למקום הצריך להם לדבר, ידברו בו בינם לבין עצמם, וראש ישיבה שומע אותם ומבין את דבריהם ואחר כך קורא והם שותקין, ויודעין שכבר הבין מחלוקתם... וכשישלים קריאתו דורש וגורס באותה מסכתא שגרסו בימי החורף כל אחד ואחד בביתו, ומפרש בכלל דבריו הדבר שנחלקו בו התלמידים. ועתים שהוא שואל מהם פירוש הלכות... והם מדברים כל אחד ואחד כפי חכמתו, והוא מרחיב להם דבריו בפתרון כל הלכה והלכה עד שיתברר להם הכל, וכשמתברר להם הכל יפה, עומד אחד מדרא קמא ודורשה ברבים... ואז מדקדקין בה שאר התלמידים וחוקרין אותה ומבארין אותה באו היטב, וכך היו עושין כל ימות החודש.

הלימוד הזה מסתיים בבחינה אצל ראש הישיבה, ועל פיה הוא קובע את רמתו של כל אחד מן החכמים ואת גובה ה"מלגה" שהוא יקבל:

ובשבת רביעית קורין כל הסנהדרין וכל התלמידים, וראש ישיבה מעיין כל אחד ואחד מהם וחוקר אותם ומנסה אותם, עד שיתברר לו המהיר בחכמה מחבירו. וכשרואה את אחד מהם שאין תלמודו סדור בפיו, יקשה עליו יותר ויגרע לו מחוקה וגוער בו ומוכיחו ומודיעו המקומות שנתרשל בהם ושנתעצל עליהם, ומזהירו בנפשו ומתרהו שאם ישנה כן פעם אחר ולא ישים לבו על תלמודו, שלא ינתן לו כלום. ולפיכך היו מתחדדין ומתעסקין בלמודם עסק יפה, כדי שלא יבשלו לפניו בדבר הלכה. וכל השורות אינם הולכות מעמו עד שמודיעם המסכתא שיתעסקו בה כל אחד ואחד בביתו, ולשאר התלמידים אינו צריך להודיע, אלא כל אחד ואחד גורס באיזו מסכתא שירצה.

מתיאור זה אפשר להתרשם שלא התקיימה כמעט כל פעילות בישיבה במשך עשרת החודשים הנותרים של השנה, אלא כל אחד מן החכמים הקבועים למד בביתו במשך חמישה חודשים את המסכת שראש הישיבה הכריז עליה בסוף חודש ה"כלה", ובסוף ה"סמסטר" התכנסו כולם לחודש ה"כלה" הבא וסיכמו ביחד את המסכת שלמדו. אולם מתברר שרב נתן לא דייק, ויש בידינו עדויות על לימוד בישיבות בתקופות שבין חודש "כלה" אחד למשנהו, אלא שאנו יודעים מעט מאוד על טיב הלימוד ועל צורתו בתקופות אלה. רב שרירא, למשל, מתאר באחת מאיגרותיו את מעשי רב האיי בנו במילים אלה: "ואף האיי בחורינו שוקד ללמדם (את "התלמידים") ולשום בפיהם, ואשר לא ידע לשאול ילמדיהו דרך הקושיא ויחבב את הדרך בעיניו". גם דברי רב שר שלום גאון בשבח ההוראה האישית מתייחסים למסגרות אינטימיות כאלה ולא להתכנסות ההמונית של חודשי ה"כלה":

... אם היה רצון והייתם לפנינו היה אפשר לפרשן (=את ההלכות שעליהן נשאל) יפה יפה ולבררן יפה יפה זו מזו, כמות דבר דבור על אפניו, מפני שכשתלמיד יושב בפני רבו וישא ויתן בדבר הלכה, יודע רבו לאיזה צד לבו נוטה, ומה מתעלם ממנו ומה מתברר לו ומה מתעקש עליו, ופושט לו עד שמאיר עיניו ומראה לו פנים בהלכה, אבל בכתב כמה אפשר לו?!

אפשר לשער שבחודשים אלה נותרו בישיבה לא רק רבים מחכמי ה"סנהדרין" אלא גם עוזרים כמו ה"תנאים". הנחה זו מתאימה למה שנרמז במספר מקורות, שבימים כתיקונם לא היו צריכים אנשים אלה לעסוק בעבודה אחרת לפרנסתם. נקל להבין שהפעלת מערכת כזו של תמיכה במספר ניכר של חכמים עלתה ממון רב. הישיבות הסתמכו על שלושה מקורות הכנסה: מיסים שהוטלו על יהודי "רשותן" (ראו להלן), תרומות והכנסות מקרקעות השייכות לישיבה, שכנראה השקיעה בהן כספים שלא היו נחוצים לכיסוי ההוצאות השוטפות. שלושת מוסדות ההנהגה של יהדות בבל - ישיבות סורא ופומבדיתא וראשות הגולה - חילקו ביניהם את האזורים הקרובים לבבל ל"רשויות", וכל מוסד היה אחראי לניהול חיי היהודים המצויים ב"רשות" שלו. הקשר בין המוסד המרכזי לבין התחום שבשליטתו התבטא בעיקר במינוי דיינים (שפיקחו על פקידים אחרים) לקהילות השונות, וכן בתשלום מיסים פנימיים, שנועדו לכיסוי הוצאות המוסד המרכזי ומשכורות הדיינים, על ידי הציבור היהודי. רב נתן הבבלי מספק לנו פרטים רבים גם בתחום זה. למשל, הוא מעריך שההכנסה השנתית של ישיבת סורא ממיסים הייתה 1,500 זהובים (=דינרים), סכום שכנראה היה בו כדי לספק את צורכיהן של כמה עשרות משפחות, וכל זה "לבד הנדרים והנדבות" אותם נדרים ונדבות הגיעו לא רק מן האזורים הכפופים רשמית לישיבה, אלא גם - ואולי בעיקר – מאזורים מרוחקים יותר, שלא היו תלויים מבחינה פורמלית במרכז הבבלי, אך הכירו בחשיבותו, ובייחוד בחשיבותן של ישיבות הגאונים. לעתים אנו שומעים על אנשים שנדרו סכומי כסף לטובת הישיבות בנסיבות שונות, ועל התרמות מיוחדות במקומות שונים, אך יש לציין במיוחד את הנוהג הנפוץ של צירוף תרומות כספיות לשאלות שהופנו לישיבות.

לחלקים נוספים של הפרק:
תקופת הגאונים והרקע לפעילותו של רב סעדיה
תקופת הגאונים והרקע לפעילותו של רב סעדיה: ישיבות הגאונים: המשך ושינוי (פריט זה)
תקופת הגאונים והרקע לפעילותו של רב סעדיה: ראשות הגולה
תקופת הגאונים והרקע לפעילותו של רב סעדיה: המרכז הארץ ישראלי והתחרות בין שני המרכזים
תקופת הגאונים והרקע לפעילותו של רב סעדיה: האתגר הכיתתי