תנועת "אגודת ישראל", הרואה בתורה ובמסורת בסיס לקיומו ולנצחיותו של עם ישראל, ואשר מטרתה היא לפתור ברוח התורה את השאלות השונות העולות על הפרק בחיי ישראל, ריכזה בתוכה, בצורה טבעית ושורשית ביותר, את כל היהודים החרדים, שנקראו אז בתקופה שבין שתי מלחמות העולם, "אורתודוכסים". התנועה, ששמה הראשון היה "שלומי אמוני ישראל", הוקמה בעקבות יוזמתם של ד"ר ש. ברויאר, מפרנקפורט ע"נ המיין, ור' יצחק אייזיק הלוי מהאמבורג, מחבר הספר "דורות ראשונים". הפגישה הראשונה של יוזמי הקמת התנועה התקיימה בשנת תרס"ט (1909) בהמבורג ונוכחו בה גדולי הרבנים של ליטא ופולין וביניהם: חיים סולובייצ'יק מבריסק, האדמו"ר מגור (עיירה על יד ווארשה) וא. פרנקל, נשיא הקהילות החרדיות בהונגריה. "אגודת ישראל" נוסדה כעבור שלוש שנים, ב- 1912, בועידת קטוביץ בה השתתפו 300 צירים מארצות וערים רבות וביניהם נציגים מקראקוב.

בקראקוב התחילו אז להתארגן ולהתלכד סביב ה"אגודה" מתפללי בתי הכנסת וה"שטיבלך" למיניהם, ובראשם חסידי האדמו"ר מגור, ותוך מספר שנים לאחר הקמת "אגודת ישראל" בקראקוב, נעשתה היא לעמוד התווך של היהדות החרדית בעיר. ארגונה הטוב, שהיה גם פונקציה של המבנה הארגוני שלה, עם מועצת וועד הפועל, וכן מספר חבריה הגודל והולך, תרמו לכך באופן מכריע.

"אגודת ישראל" נוסדה בקראקוב בשנת תרע"ט (1919), לאחר שהתארגנות התנועה קיבלה תנופה מחודשת עם תום מלחמת העולם הראשונה; בין מיסדיה בלטו ר' חנוך לנדוי, ר' אשר שפירא ור' אלטר קורצמן. כבר בשנת תרפ"ב (1922), בעת הבחירות ל"סיים" ול"סינאט", בתי הפרלמנט בפולין, נבחרו מהרשימה היהודית המאוחדת בקראקוב שני נציגי "אגודת ישראל", ר' משה דייטשר ל"סינאט" ור' פייבל סטמפל ל"סיים", וכעבור מספר שנים נבחר ל"סינאט" הפולני ר' איטשע בוימינגר, גם הוא איש "אגודה" מקראקוב.

כוחה והשפעתה של ה"אגודה" באו לכדי בטוי גם במועצת הקהילה היהודית בעיר ובמוסדות העירוניים: בשנת 1922 נבחרו למועצת הקהילה שני נציגי התנועה ובשנת 1930, בנוסף על ייצוגה החזק במועצה זו נבחר ר' פייבל סטמפל ליו"ר של המועצה – וזאת בזמן שד"ר רפאל לנדאו, מהמתבוללים, היה ראש הקהילה. במועצת העיר פעלו מטעם התנועה: הרב צבי אייזנשטט, ר' יהושע נוימן, ר' בנימין גייצהאלס ור' וואל רוזנבלום (מהחרדים הקיצוניים), ובשנת 1938 נכנס למועצה זו גם פ. סטמפל. נציגות "אגודת ישראל" במועצת העיר היתה ניכרת – בעיקר בשל כוחה האלקטוראלי של התנועה, שמנתה בשנות השלושים כ- 4,000 חברים – ובעלת השפעה. מן הראוי לציין, כי ההתמודדות על המקומות במועצות הנ"ל ובכלל, התמודדות עם שאר המפלגות היהודיות בעיר, כולל הציונים מצד אחד ו"מחזיקי הדת" הקיצוניים – שצדדו במפלגת השלטון, הב.ב.ו.ר. – מהצד השני, ניהלה ה"אגודה" בדרכי נועם שכה איפיינו את יהדות קראקוב.

לדור ההמשך החלו לדאוג ב"אגודה" בקראקוב עוד בתחילת שנות העשרים. יסוד "צעירי אגודת ישראל", שהסתעפו מתוך ה"אגודה", היווה את הבטוי המעשי לדאגה זו. צעירים אלה התכנסו ברח' קטז'ינה 1, שם קיימו הרצאות שונות ושיעורי תורה. מנהיגם הרוחני היה ר' יונה אורבך מחשובי חסידי גור ואילו ר' חיים לייביש ברגלס ור' דוד רוזנפלד היו בין הבולטים ממנהיגיהם המעשיים. בחוגי הצעירים פעל גם ר' יהודה לייב אורליאן, הסופר והוגה דעות החרדי. בהשפעתו והדרכתו הונהגו פעילויות שונות שמטרתם היתה הרחבת היד וחשיבה יהודית מקורית והעמקת מוסר וערכי יהדות והבנתם.

ר' י.ל. אורליאן האציל מאישיותו גם על תנועת "פועלי אגודת ישראל", תנועה שסניפה בקראקוב נוסד על ידי ר' מ.ש. פרנקל ור' דוד רוזנפלד. תנועה זו, שגם היא הסתעפה מ"אגודה", שמה את הדגש על הקנית ערכי יהדות מסורתית בין שכבות צעירים ופועלים. פעולותיה התרבותיות ושיעורי התורה נערכו, מפאת חוסר מקום, באחד החדרים של בית-ספר "יסודי תורה", והספריה שבבית-הספר שמשה גם חברי התנועה. מגיד שיעורי תורה אלה ו"האינסטנציה" (הסמכות) התורתית היה ר' מענדיל וקסלר, ראש ישיבת "בית מאיר" (מיסודו של ר' מאיר רפפורט), אשר העמיד דור של תלמידי חכמים צעירים שתפסו אח"כ מקום נכבד בצבור החרדי.

רבים מבין חברי צעירי ופועלי "אגודת ישראל" בקראקוב הצליחו לעלות לארץ ישראל, הן בתור בודדים והן בקבוצות מאורגנות – וזאת למרות ש"אגודה" קיבלה רק 6% ממכסת הסרטיפיקטים (לאחר שלא הצטרפה לסוכנות היהודית). לעזרת התבססותם בארץ באה "קרן הישוב", הזרוע הכלכלית של ה"אגודה", שנוסדה במיוחד לצורך זה.

בקראקוב פעלה גם תנועת נשים בשם "בנות אגודת ישראל". לתנועה זו השתייכו בעיקר בוגרות בית-הספר והסמינר למורות "בית יעקב", והיא התמקדה במיוחד בהקניית ידע ביהדות בקרב הבנות, חישול אופין, נטיעת מידות טובות ומתן צביון דתי לבית היהודי, בו האישה היא הגורם הדומיננטי. בתנועת "בנות אגודה" התבלטו בין העסקניות גב' חנה גרוספלד וד"ר בלה גרוס.

להצלחה מיוחדת זכו מוסדות החינוך של ה"אגודה" בקראקוב: בית ספר לבנות "בית-יעקב", שנוסד בקרקוב בשנת תרע"ז (1917) על ידי גב' שרה שנירר, ביטא השקפה חדשה על חינוך הבנות מבתים חרדיים; וגב' שנירר הניחה כאן את היסודות הראשונים לרשת בתי-ספר "בית-יעקב", שהקיפה תוך מספר שנים ערים ועיירות רבות בפולין ובעולם כולו. המפעל קיבל מימד נוסף וחיזוק רציני עם הקמתו של סמינר "בית-יעקב" בקראקוב בשנת תרפ"ב (1922), מוסד שהכשיר וסיפק את כוחות ההוראה והחינוך לרשת בתי-ספר אלה. גולת הכותרת היה בית הסמינר הגדול והמרווח, שנחנך בשנת תרצ"ב (1932) ברחוב סטניסלבה. מן הראוי לציין, שהסמינר הובא לרמה בעלת יוקרה עולמית על ידי ר' יהודה לייב אורליאן, שהחל משנת 1935 היה מנהלו הפדגוגי ומובילו הרוחני של המוסד.

הגדול בין מוסדות החינוך החרדי לבנים היה "תלמוד תורה", שהוקם בעיר עוד בשנת 1876 על ידי הרב ר' חיים לייבוש הורוביץ. במוסד זה למדו ילדים מכל השכבות של היהדות החרדית מגיל 5 עד 15. המלמדים היו תלמידי חכמים ידועים וגם מחנכים מוכשרים. הילדים קיבלו חינוך תורני ומסורתי, אך בנוסף ללימודי קודש בהם עסקו כל היום הוקצבו שעתיים כל יום ללימודי שפת המדינה, חשבון, גיאוגרפיה והיסטוריה. עם היווסדו של "תלמוד תורה" למדו בו כ- 100 עד 150 תלמיד; לפני פרוץ מלחמת העולם השניה הגיע מספר תלמידיו לכ- 1500. המוסד נוהל על ידי גבאים, שהיו נציגי בתי כנסת ו"שטיבלך". בבנין "תלמוד תורה", בעל שלוש הקומות, שברח' אסתר, שכנה גם ישיבת "בית-מאיר". ישיבה זו, שנוסדה על ידי ר' מאירל רפפורט ושבראשה עמד ר' מנדיל וקסלר, פעלה כמוסד עצמאי והיוותה, באופן טבעי, מוסד-המשך שהשלים את בית-הספר.

מוסד חינוכי חרדי אחר בעל רמה היה "יסודי תורה", בית ספר לבנים, שנוסד בשנת תרפ"ו (1926) בקראקוב. בית ספר זה נדד מפאת חוסר מקום מעזרת-נשים של בית כנסת אחד למשנהו, ובסוף התבסס בבית משלו ברח' דיטלובסקה בבנין "בית-לחם" לשעבר. גם במוסד זה למדו בני שכבות חרדיות שונות. בין מייסדי "יסודי תורה" היו ר' מרדכי מוטיל לוקסנבורג, שהיה גם אחד ממייסדי ה"אגודה" בקראקוב, ר' מאיר הייטנר ור' משה אנגלרד. מנהלו הראשון של בית-הספר היה ר' ישראל אלי קרימלובסקי ואילו מנהלו האחרון היה ר' אליעזר פנצר, לשעבר מנהלו של "תלמוד תורה" בקראקוב.

גם חוגים אחרים שמטרתם היתה הפצת תורה ודעת באו תחת השפעת ה"אגודה". הגדול ביניהם היה "מחזיקי לימוד" שבו התרכזו פועלים, זבנים ואנשי עמל בהנהגת ר' אברהם שריבטפל ומורם ר' ישעיה גמיינר. במרוצת הזמן הוקם סניף של מחזיקי לימוד גם בפרודגוז'ה.

עם חורבן יהדות קראקוב חרבה גם "האגודה" שהוסיפה פרק גדול ונכבד ביותר לתולדות אגודת ישראל העולמית בין שתי מלחמות העולם ולהתפתחותה.