הוקם ביפו ב-1908, ובראשו עמד ד"ר ארתור רופין. על הקמתו הוחלט בקונגרס הציוני שהתכנס ב-1907 בהאג שבהולנד. הקמת המשרד הארצישראלי העידה כי הקונגרס הציוני שינה את מדיניותו והחל לתמוך בפעילות ההתיישבות המעשית בארץ ישראל ולא הסתפק עוד בפעילות מדינית דיפלומטית.
המשרד הארצישראלי ייצג את ההסתדרות הציונית בארץ ישראל וכן סייע בארגון תוכניות ההתיישבות ובביצוען.