הרבה למדנו מיוסף בן-מתתיהו על הפרושים, הצדוקים והאיסיים, שלושת הזרמים החשובים שהיו קיימים בימי בית שני. תגלית המגילות אישרה אצל רוב החוקרים את השערתו של פרופ' סוקניק ז"ל, שהמגילות של מדבר יהודה הן כתבים של האיסיים, עליהם ידענו רק מן הספרות, מיוסף בן-מתתיהו וכמה סופרים אחרים בני-זמנו, ביניהם פילון האלכסנדרוני. תגלית המגילות הראתה לנו שתיאורי יוסף בן-מתתיהו את האיסיים הרבה יותר נאמנים מתיאוריו של פילון האלכסנדרוני. פילון הכיר, כנראה, את האיסיים רק מרחוק, ותיאר אותם בצורה יותר מדי אידילית, כמין כת של פילוסופים.

יוסף בן-מתתיהו עבר את שלוש הכתות האלה כדי להכירן, אם כי אפשר להניח שאת הצדוקים מלכתחילה לא חיבב במיוחד, למרות העובדה שאצל הצדוקים הייתה לכוהנים עמדה בכירה - והוא עצמו היה כוהן. אין לנו שום מידע על הצדוקים ממקורותיהם, ועדיין לא נמצא ספר "הגזרתא", או כתבים אחרים שלהם. אנחנו יודעים עליהם, למעשה, רק מכתבי אויביהם: מיוסף בן-מתתיהו, שבוודאי לא היה צדוקי, ומן הספרות התלמודית שנכתבה כהמשך לספרות הפרושית. גם במגילות מדבר יהודה של האיסיים בולטת האיבה כלפי הצדוקים, וכן מן הברית החדשה, שבה האהבה לצדוקים לא הייתה גדולה, משום שהכוהנים הצדוקים היו אלה שגרמו למות ישו, במסרם אותו לרומיים ואף המשיכו לרדוף את הנוצרים הראשונים. לפיכך, ייתכן שהתמונה שיש לנו על הצדוקים היא שלילית מדי.

הצדוקים לא היוו עדה, אלא כיוון בתוך היהדות. הם לא היו, כמו שרבים חושבים, רק יהודים שמרנים, אלא היו יהודים קונטרה-רבולוציונרים. כלומר, שמרנותם הביאה אותם להמצאת דעות מנוגדות לדעת כלל-ישראל, לדעתם של הפרושים והחכמים. כלומר, מתוך התנגדות להתפתחות הם חזרו עוד צעד אחד אחורה, וצעד זה היה לפעמים פרי המצאתם.

הם היו מעשירי העם, ולא ידוע מה היה מקומם בראשית תקופת מרד החשמונאים. אנו מכירים אותם החל מתקופת יוחנן הורקנוס - שעבר אליהם, וכך גם המלכים שבאו אחריו - אריסטובולוס הראשון, שמלך חודשים אחדים, ואחריו ינאי המלך (שהוא "מלך בשר ודם" בספרו של משה שמיר). מרכזם היה בבית-המקדש, משום שאליהם השתייכו משפחות הכוהנים הגדולים. היה מנהג שממשפחות אלה יבוא תמיד כוהן גדול חדש. גם לאחר מכן, בימי הורדוס, ואף בתקופת שלטון רומי, כאשר הכוהנים נקבעו על-ידי המלכות, תמיד בחרו בכוהנים גדולים ממשפחות קבועות, משפחות צדוקיות. הייתה להם מעין הילה של קדושה.

הצדוקים התנגדו לתורה שבעל-פה ולאמונה בחיים שלאחר המוות. הם דגלו בבחירה חופשית וצמצמו את האמונה בהשגחה. בן-אדם אחראי למעשיו, אם הוא נוהג בחכמה, הוא שומר את התורה שבכתב, שהייתה התורה היחידה בה הכירו, ויקבל, בעולמנו אנו, את השכר והעונש מתוך סיבתיות ארצית ברורה. לפי אמונתם היה אל רציונליסטי, שנתן את התורה, ואשר מבחינה מסוימת הוא יכול להרשות לעצמו לנוח, לתת לבני-אדם שישחקו את המשחק ואם יהיו חכמים - יצליחו. סוציולוגים יכולים לפרש את דחייתם את האמונות העממיות ואת התורה שבעל-פה (שהייתה מעין חוק עממי ויותר הומני), כנובעת מן העובדה שהם היו מן השכבות העשירות, שאין להן צורך בעולם הבא, והעולם הזה מספק להם את רוב צרכיהם.

הם שללו את האמונה במלאכים ואת הנבואה, והתבססו על התורה שבכתב, אשר שימשה להם אמצעי ראקציוני לניהול המדינה. לכן, למשל, הם דגלו בהבנה מילולית של "עין תחת עין", ואין ספק ששלטונם היה שלטון קשה. אפשר להבין את הטענות שטענו נגד החכמים, שברכרוכיות אנושית אינם יכולים לנהל את המדינה. הם היו אנשים גיבורי-חיל, אשר רצו להנהיג את המלכות לא לפי המנהגים והתורה שבעל-פה, אלא ביד חזקה, כדי שהמדינה תצליח. היו ביניהם גם הקצינים של הצבא החשמונאי המאוחר, כשזה הפך כבר לצבא השכירים.

בימי שלטון רומי חל אצלם שינוי. אנשים אלה, שהנהיגו את צבאות "מלך בשר ודם", הפכו למשתפי-פעולה עם הרומיים. עובדה זו, ובנוסף לכך גישתם אל הדת ודחיית האמונה העממית במלאכים גרמו, כמובן, לאי-אהדה כלפיהם, ולמעשה, הם היו בעלי כוח גדול - בתוך עולם מצומצם. בספרות התלמודית מסופר על כוהן גדול צדוקי, אשר הצטער על שאינו יכול לבצע את פולחן בית המקדש בדרך בה היה רוצה. הם גם לא יכלו למצוא חתנים לבנותיהם, אלא אם כן קיבלו הבנות על עצמן את חומרות החכמים. כלומר, הייתה זו קבוצה של עשירים, בעלי-כוח, שאמנם היו שנואים על רוב העם, אך ראו את עצמם כמייצגים היחידים של תורת ישראל המלאה והנכונה, מול עולם שנראה להם כרכרוכי ובעל דמיונות משונים של אמונות שאין להן כיסוי.

עולמם של החכמים, שאליו השתייך גם יוסף בן מתתיהו, כבש את לב כל העם. כוחם של החכמים היה בכך שהם ראו את עצמם כמזדהים עם דעות העם. הם פיתחו את התורה שבעל-פה והעלו את חשיבותה, וכך אף את האמונות במלאכים, בעולם הבא ובתחיית המתים שהייתה חשובה בעיניהם, כי באמונה זאת קיבל העם את דעתם. מתוך הזדהותם עם היהדות הבלתי כיתתית, יכלו החכמים להשפיע על העם, להדריכו וקצת לקצץ את כנפי הדמיון הפראי של חוזי הקץ והגאולה.

המלה "פרושים", מובנה אנשים אשר פרשו, התרחקו מכלל העם. כך קראו להם מתנגדיהם. הפרושים עצמם לא אהבו להשתמש במלה זו משום שזה היה כינוי שניתן להם על-ידי האחרים. (פורשים-פרושים בעברית של הזמן ההוא). למלה כשלעצמה היה כבר מטען שלילי, ולכן אפילו חכמי הפרושים השתמשו הרבה פעמים במלה זו כהגדרה של צבועים. כלומר, אם למלה יש משמעות שלילית, הם מילאו אותה בתוכן שלילי אחר - "האנשים הצבועים". המלה "צבועים" קשורה אף היא בדברי אלכסנדר ינאי "אל תתיירא מן הפרושים, משום שאינם פרושים אלא צבועים" - והצבועים הם אנשים המעמידים פנים, או מעמידים כלפי עצמם פנים של אדיקות יתרה, שאינם מסוגלים לשמור עליה.

הפרושים קראו לעצמם חכמי ישראל, או ישראל, ובזה הדגישו את הסולידריות של העם כולו. השם פרושים, במובן כוללני, נמצא בספרות חז"ל כמעט תמיד רק בפי מתנגדיהם. אצל יוספוס, הכותב יוונית, החכמים נקראים פרושים.

העולם הפרושי לא היה עשוי מקשה אחת. בין הפרושים היו בית הלל ובית שמאי. בית שמאי - שהיה המחמיר יותר, ממנו קמו אחר-כך הקנאים, שהיו כעין אסכולה חדשה בתוך בית שמאי. השם איסיים אינו מופיע בספרות העתיקה העברית והארמית, אלא אצל יוסף בן מתתיהו, פילון וסופרים אחרים שכתבו יוונית. אחד הסופרים היווניים בשם דיון מפרוסה, אומר שהם כעין עיר אחת של מאושרים, היושבים ליד ים המלח. סופר אחר, בשם פליניוס, מספר עליהם שהם יושבים ליד עין-גדי, אינם נושאים נשים אלא מקבלים ילדי אחרים, עד כדי כך הם בורחים מן החברה התרבותית. אמנם סופרים אלה מספרים על ריכוזם של האיסיים בסביבה שבה נמצאו גם המגילות, אך ידוע שבמציאות חיו האיסיים גם במקומות אחרים. האיסיים אף השתתפו במרד: ידוע על יוחנן האיסיי שהשתתף במרד ונפל ליד אשקלון. ידוע גם שבימי המלחמה הרומיים האכזריים עינו את האיסיים, הכריחו אותם לעשות דברים שהיו אסורים על-פי אמונתם, והאיסיים עמדו, חייכו ומתו מות קדושים במוות האכזרי שהטילו עליהם הרומיים.

הצדוקים נעלמו אחרי חורבן הבית - משום שבית המקדש, שהיה מקום מבצרם הרוחני - נחרב. גם על האיסיים לא ידוע. יש להניח שהיו כאלה שנשארו אחרי המלחמה, אלא שלא ידוע מה קרה אחרי שנהרס מרכזם ורבים מהם הומתו בעינויים על-ידי הרומיים. עולמם של החכמים הוא שנשאר. היהדות שלנו היא כעין המשך של הפרושים. לפי יוסף בן מתתיהו היו כששת אלפים איש שקיבלו עליהם את חומרות הפרושים, אך גם רוב העם הלך אתם. עובדה זו ידועה מדברי יוסף בן מתתיהו, מן הספרות התלמודית וגם ממתנגדיהם - האיסיים - אשר משווים את נהירת ישראל אחרי הפרושים - לנהירת העם בימי הנביאים אחר עבודת הבעל. במגילות של האיסיים לא מופיע השם פרושים. הם נקראים שם: דורשי החלקות, הצבועים. החכמים הם, אפוא, העולם שאליו השתייך גם יוסף בן מתתיהו.

מתעוררת השאלה, האם החלוקה של עם ישראל לשלוש כתות אצל יוסף בן מתתיהו נובע מתוך גישה סכמטית, או שהדבר מבוסס על המציאות.

בגמרא כתוב "כ"ד כיתות", לכן יש הסבורים שיוספוס הכניס כאן חלוקה לאסכולות פילוסופיות, כדוגמת האסכולות הפילוסופיות של היוונים והרומיים, אלא שבדיקה יותר מדויקת מראה לנו שחלוקה זאת היא חלוקה מציאותית. אפשר לומר שהן יוספוס, הן החכמים והן האיסיים רואים את העם מחולק לפרושים, צדוקים ואיסיים. האיסיים הבדילו בין אפרים ליהודה. אפרים הם הפרושים, מנשה הצדוקים ויהודה - הם עצמם. חלוקה משולשת זאת נמצאת-נרמזת בתפילת שמונה-עשרה. הברכה "השיבה שופטינו כראשונה ויועצינו כבתחילה", מתכוונת להחזרת ההלכה לפי התורה שבעל-פה ודחיית ההלכה של הצדוקים.

אפשר להסיק מכך שאכן צדק יוסף בן מתתיהו בקביעה שהעם התפלג לשלוש קבוצות: עולמם של החכמים-הפרושים, שהעם הלך אחריו; הצדוקים הריאקציוניים, הרציונליסטיים, הכוהנים העשירים; והאיסיים - כת מיוחדת במינה, בה נדון בהמשך.