מלחמת העצמאות החלה למעשה למחרת החלטת האו"מ על חלוקת ארץ ישראל למדינה יהודית ומדינה ערבית. הערבים התנגדו לתכנית החלוקה והחלה לחימה בדרכים ובערים המעורבות והתקפות על ישובים יהודיים מבודדים. כוחות המנדט הבריטי שולטים בארץ הם מתרכזים בהערכותם לפינוי ומונעים עליה חופשית של יהודים, אוסרים הכנסת נשק, אחזקת נשק והתארגנות צבאית יהודית. כוחות המגן היהודים היו מורכבים משלושה ארגונים שפעלו בתנאי מחתרת: ההגנה, שהיה הגדול והדומיננטי והיה מזוהה עם מחנה הפועלים והיישוב העברי המאורגן בא"י, האצ"ל והלח"י שהיו ארגונים קטנים יותר והיו מזוהים עם הרביזיוניסטים.

מיד לאחר החלטת האו"מ החלה התארגנות לקראת עזיבת הבריטים וביסוס וחיזוק כוחות המגן, היה ברור שתהיה מלחמה. ההתארגנות הייתה במספר מישורים: גיוס כח אדם והכשרתו , המשך ההעפלה, רכישת נשק בחו"ל והברחתו לארץ, ייצור נשק ותחמושת בתנאי מחתרת. יש לזכור שההתארגנות היא עדיין על בסיס וולנטרי, התנדבותי, עדיין אין יכולת כפיה מאחר ועדיין אין מדינה. הגוף הדומיננטי כאמור היה ארגון ההגנה שהוביל למעשה את רוב ההתארגנות ולקח את החלק המרכזי בהגנה על הישוב עד הקמת המדינה ולאחר מכן היה למעשה הבסיס להקמת צבא ההגנה לישראל. דוד בן גוריון נקט בקו ממלכתי ברור וחד משמעי, למדינה יש רק כח צבאי אחד וכל הארגונים הצבאיים יוכפפו ויוטמעו בתוכו. כך קרה עם הלח"י והאצ"ל ומאוחר יותר גם פורק הפלמ"ח, החלה הצטיידות בנשק ונקלטו מגוייסי הגח"ל והמח"ל, בתקופה זו קבע בן גוריון גם אמות מידה מוסריות לצה"ל. מיד לאחר שנסתיימה מלחמת העצמאות החל בניינו של צה"ל ונקבעה מדיניות הביטחון שהייתה אקטיבית לאור ההסתננויות ופעולות טרור ערביות.

ניתן לחלק את תהליכי ההתארגנות הראשוניים של צה"ל לשלוש תקופות:

א. כח המגן טרום צה"ל - עד הקמת המדינה
ב. הקמת צה"ל - לאחר הקמת המדינה
ג. צה"ל בשנותיו הראשונות - לאחר מלחמת העצמאות