באמצע 1772 נבחנו לראשונה ערכי הנאורוּת בזירה הפנים-יהודית, כאשר נקלע מנדלסון לעימות עם נציג בולט של האליטה הרבנית בסוגיית ההיתר להלנת המתים. לפחדים הקיימים של תושבי אירופה במאה ה-18 מפני המוות נוספו במחצית השנייה של המאה פחדים שקיבלו אישור מאנשי המדע. רופאים וחוקרים חיוו את דעתם המלומדת כי היפסקות הנשימה והיעצרות הדופק אינן יכולות להתקבל עוד כסימן מוחלט למוות. הם הציגו כמה מקרים מחרידים של אנשים שהתעלפו אך נחשבו למתים ונקברו בעודם בחיים, מכיוון שלא נשמעו זעקותיהם ונקישותיהם על המכסה האטום של ארון המתים.

בדוכסות מקלנבורג-שוורין שבצפון גרמניה החליט הדוכס פרידריך ליישם בצו מיוחד את חוות דעתו של פרופ' אולף גאורג טיכסן שטען כי מנהגי הקבורה היהודית, המחייבים להקדים ככל האפשר את קבורת המת, גורמים לא אחת לקבורה בחיים. במבט היסטורי נעשה כאן צעד בעל משמעות מרחיקת לכת - לראשונה החליטה המדינה להתערב, על בסיס מסקנות המדע, באורחות החיים של היהודים ולתבוע מהם רפורמה והתאמה לערכים של השליטים הנאורים הרוצים בטובת נתיניהם. הנוהג הקיים המחייב לקבור מת יהודי ביום פטירתו נתפס על-ידי טיכסן המלומד ופרידריך השליט - שביקש להבטיח כי תחת שלטונו לא יתרחשו מעשי עוול ואכזריות - כנוהג המסכן חיים.

בצו שפירסם הדוכס ב-30 באפריל 1772 נדרשו יהודי מקלנבורג-שוורין להלין את מתיהם במשך שלושה ימים, ורק אז, לאחר שיוסר הספק והמוות ייקבע באופן מוחלט, להביאם לקבורה. מנהיגי הקהילות בדוכסות היו במבוכה והחליטו לנקוט צעדים כדי לבטל את הצו הדורש להפסיק את הנוהג הדתי עתיק היומין. מכתב בהול שנשלח משוורין לברלין ביקש את התערבותו הדחופה של מנדלסון. בעימות הזה שבין המדינה הנאורה לקהילה האוטונומית נראה בעיניהם מנדלסון כמי שיכול למלא את תפקיד השתדלן המודרני ולנצל את פרסומו, מעמדו והכרתו את תרבות אירופה כדי להביא בפני המדינה את התנגדות היהודים לשינוי במנהגי הקבורה.

במכתב שנחתם בידי פרנסי קהילת שוורין ומנהיגיה נשמע קול זעקה כלפי מה שנראה בעיניהם כגזירה קשה שמטרתה "להעביר את עם ה' ללכת בחוקת הגוי". מנדלסון נקרא להושיט עזרה בעת הצרה הזאת מתוך הנחה שגם הוא שותף לעמדת היסוד המסורתית המבקשת לשמור על אורחות החיים הייחודיים ליהודים ועל המנהגים הקדומים. תגובתו של מנדלסון הייתה מעורבת. לאחר שהפנים בשלב הזה של חייו את העובדה שקהל יהודי ונוצרי מתבונן בו ועוקב אחריו ומייחס לו תפקידי הנהגה ציבורית, חש בכובד האחריות המוטלת עליו כדובר היהודים בגרמניה. לכן נחלץ לסייע ליהודי הדוכסות ושלח להם נוסח של "כתב בקשה" המופנה לדוכס ומבקשו לשנות את הוראתו ולהסתפק באישור קבורה של רופא גם בטרם חלפו שלושה ימים. לא יעלה על הדעת, כתב, שהיהודים יקברו אדם אם קיים ספק לגבי ודאוּת מותו. הוא רמז שצעדו חסר התקדים של הדוכס פרידריך לא רק מטיל ספק בתבונה ובמוסר של היהדות, אלא גם מהווה פגיעה בחירותם של היהודים לחיות על-פי חוקי הדת שלהם ולכן הוא מעשה הפוגע בסובלנות הדתית. "בתור יהודים", כתב מנדלסון, "אנו מחויבים על פי חוקי דתנו לקבל עלינו במלואם את פסקיהם של הרבנים שלנו, לחיות על פי ציווייהם, ולכוון את כל מעשינו בהתאם לתקנות ולהנחיות של הדת".

לאחר שהסדיר את הבעיה בזירת היחסים החיצונית שבין היהודים והמדינה, העביר מנדלסון אל השיח היהודי הפנימי את הדיון בקונפליקט בנושא הזה בין מנהגי היהודים למדע הרפואה המודרני. בשונה מהמלצתו בפני הדוכס במכתבו אל מנהיגי הקהילה הוא דווקא המליץ לקבל את התיקון המוצע במנהג הקבורה. מנדלסון נזף במי שרואה בצעדו של הדוכס מזימה להמרת הדת וטען כי אין כל מקום להיסטריה שאחזה בהם. בעניין הזה התייצב מנדלסון לצד אנשי המדע בזמנו וקיבל את דעתם כי במשך שלושה ימים תיתכן טעות של אי-הבחנה בין מוות ועילפון. הוא גייס את בקיאותו במקורות התלמודיים כדי לבסס את עמדתו על נימוקים הלכתיים והיסטוריים. טענתו הייתה כי פיקוח נפש דוחה את מנהג הקבורה המיידית. בנוסף הציע לבנות בבתי הקברות מערה שבה תשהה הגופה שלושה ימים, בדומה למנהג הקדום של קבורה במערות בארץ-ישראל. כך, אם הדוכס יקבל את הצעתו לאפשר קבורה על-פי קביעת המוות של רופא מה טוב, ואם לא, יאפשרו המערות לקיים את צו הדוכס בלי לפגוע בדת. משפט הסיום של המכתב מעיד כי מנדלסון היה ער לכך שהוא נוקט צעד בעייתי ואולי אף מקומם וחתרני מבחינת דרכי המחשבה המקובלות בקהילה המסורתית ובקרב הנהגתה הרבנית, אך החליט שלא להסתיר את האמת שבלבו: "ואם אומנם ידעתי שלא ישמעו לי כי יד המנהג תקיפה ועזה, ואפשר אהיה בעיניהם כמתעתע, הנה אנכי את נפשי הצלתי".

תוך שבועות ספורים נוכח מנדלסון לדעת כי הצעותיו היו אכן נועזות ביותר. התברר לו כי ראשי קהילת שוורין ביקשו תחילה בלי ידיעתו את חוות דעתו התורנית של הרב יעקב עמדן מאלטונה בסוגיית הלנת המתים וכי בפנייתם למנדלסון, שנעשתה על דעתו של עמדן, הם הסתירו ממנו את עמדתו השלילית לחלוטין כלפי כל שינוי במנהגי הקבורה. מנדלסון היה במבוכה כאשר הרב עמדן עצמו סיפר לו על כך במכתב. מרגע זה מצא עצמו מחויב להגן על עמדתו בפני רב שיחסי הערכה הדדית שררו ביניהם, אך תרבות הנאורות הייתה חשודה בעיניו. לכאורה התנהל ביניהם בקיץ 1772 דיון הלכתי, באמצעות חליפת מכתבים, על פרשנותם של המקורות התלמודיים בסוגיית הקבורה במערות ואיסור הלנת המת, אך לאמיתו של דבר היה זה ויכוח עקרוני הרבה יותר. עמדן שנודע ברוחו הסוערת וברדיפתו הקנאית את מי שאינם מקבלים את דעתו, הזדעזע מהתייצבותו של מנדלסון לצד המדע. על אף שגילה סקרנות רבה לגבי חידושי המדע של זמנו, הוא סבר כי מי שמצדד במדע מעמיד עצמו בהכרח נגד הדת ואין כל דרך לפשרה ולהתאמה. עמדותיו של עמדן היו נחרצות: לא ייתכן להטיל ספק במנהג אבות הנפוץ בכל תפוצות ישראל, לא ייתכן להציע הצעה חדשה שאין לה בסיס סמכותי אצל אחד מגדולי הרבנים ואין להתחשב בנוהג הגויים שהרי היהודים מצווים "להבדל מהם ומחוקותיהם". כל התחשבות במסקנות המדע מאיימת לדעתו על שלמותה של ההלכה: "ומה שכתב מעלתו מהסכמת בעלי הרפואה, חלילה לנו לשום לב אליהם בנוגע לדיני תורה בהחלט, כי אז חס וחלילה יסודיה ירופפו ועמודיה יתפלצון [יהרסו]".

עמידתו העיקשת של מנדלסון על דעתו תיסכלה את הרב עמדן. הוא הופתע מכך שדברי "האמת" שלו אינם מתקבלים על דעתו ומכך שאינו מוכן לקבל עליו את סמכותו הרבנית. הצעתו לחזור לקבורה במערות נראתה לו לא מציאותית, בלתי נסבלת ויומרנית בעצם חדשנותה:

מי לא יתמה ויעמוד משתומם על כך כי גבה לבך להשמיע לאזני דברים כאלה, לחדש דבר מעתה, להכריח כל ישראל הנפוצים בארבע [כנפות הארץ] לעשות כוכין [מערות] אשר לא ידעו ולא ראו ולא שערום אבותינו.

לקראת סיום מכתבו האחרון בפולמוס שביניהם העמיד עמדן בפני מנדלסון תמרור אזהרה גדול שאינו משתמע לשתי פנים. עליך לדעת, כמי שצועד בזירה הציבורית על קו התפר שבין תרבות הנאורות ותרבות היהודים, כי יש המטילים ספק בכשרותך ובמידת נאמנותך לדת. שמע בקולי, הפציר בו עמדן, כדי "שלא יפגעו בך מרי נפש בשמעם שאתה פונה להבלי בני נכר וחושב לשנות מנהג ישראל הגוי הקדוש". שלוש שנים לאחר שלפאטר הציג את מנדלסון כמי שמתקרב לנצרות, השמיע באוזניו נציג מרכזי של האליטה הרבנית חשדות, שאימוץ המדע החדש וערכי הנאורוּת יש בו כדי להעמיד בספק את זיקתו לדת ולאנשי הדת היהודים. את עמדתו המדויקת לגבי הדת היהודית, שלא הייתה נקייה מביקורת, הגניב מנדלסון דווקא למכתבו הידוע ללפאטר כשנתיים לפני העימות הזה עם עמדן:

לא אכחד כי הבחנתי בדתי הוספות וסלופים בידי אדם, המכהים לצערי את זהרה. מי איש אוהב אמת ויוכל להשתבח כי מצא את דתו כולה נקיה מחוקות בני אדם מזיקות? כולנו שוחרי האמת, מכירים את הבל פיהן המרעיל של הצביעות והאמונה התפלה, ומקוים שתהיה היכולת בידנו לסלקו בלי נזק לאמיתי ולטוב. אבל בעיקרה של דתי בטוח אני בטחון גמור שאין להזיזו.

הסוגיה של הלנת המתים לא ירדה מסדר היום עד שלהי המאה. ההתכתבות בין מנדלסון לעמדן התפרסמה בשנות ה-80 כדי לתת גיבוי למודרניסטים היהודים שצידדו בהלנת המתים על-פי המתחייב מן הרפואה ומצווי המדינה. היה זה הנושא הרגיש ביותר שעמד על הפרק הלכה למעשה בתקופה הזאת, והוא הפך לפרשת דרכים שסימנה את הנתיבים השונים שנבחרו בהתמודדות עם אחד מאתגרי המודרניות - בין שומרי המסורת שהתנגדו לנאורוּת לבין המחדשים שניסו לקדם את ערכי הנאורוּת בחברה ובתרבות היהודית. מנדלסון לא נבהל מאיומיו המרומזים של עמדן כי דבקוּת בעמדתו תוסיף על החשדות שממילא הועלו נגדו ואף המשיך בקשרי המכתבים עם הרב הידוע מאלטונה. ב-1773, למשל, הוא דן עמו בסוגיה עקרונית אחרת שהטרידה אותו החל מפולמוס לפאטר - מעמדם התיאולוגי של גויים חסידי אומות העולם המקיימים את שבע מצוות בני נח מדעתם ("הכרע הדעת") ולא מתוך ציות לציווי האלוהי ("מפני שציוה בהן הקב"ה בתורה"). גם בשאלה זו, שהיתה מרכזית ביותר להשקפתו הסובלנית של מנדלסון, הוא נתקל בעמדה בלתי מתפשרת של הרב עמדן אך לא היה מוכן לקבלה. מנדלסון לא היסס לבטא בפניו מחאה פילוסופית ומוסרית נגד הדברים שהשתמעו מעמדתו, שלפיהם רק המאמינים בתורת משה יזכו לישועת הנפש. "ולי הדברים קשים מצור חלמיש", כתב מנדלסון לעמדן כשהוא מתקומם נגד האקסקלוסיביות של היהדות, "וכי כל שוכני ארץ ממזרח שמש עד מבואו זולתינו ירדו לבאר שחת והיו דראון לכל בשר, אם לא יאמינו בתורה שנתנה מורשה לקהלת יעקב לבד?". על פי העמדה התיאולוגית של מנדלסון, ההומניסט היהודי ואיש תרבות הנאורוּת, אין להעלות על הדעת שהחסד האלוהי אינו אוניברסלי ואינו מקיף את כלל בני-האדם: "ומה יעשו האומות אשר לא זרח עליהם אור התורה כלל [...] וכי בטרוניה בא הקב"ה עם בריותיו להאבידם ולמחות את שמם על לא חמס עשו?".

בקיץ 1772, שבו התעמת מנדלסון בחליפת מכתבים עם הרב עמדן, חל שיפור הדרגתי במצב בריאותו. עמדן בירך אותו באחד ממכתביו: "אורו עיני בידעי שחזר לבריאותו תודה לאל, בריך רחמנא דיהבך לן [ברוך השם שנתן לנו] הגדלת השמחה כי ראיתי ככחך אז כחך עתה לישא וליתן במלחמתה של תורה". הוא שב לעבודה יום-יומית סדירה והתגורר בחודשי ההתאוששות בבית הכפר של אחד מעשירי הקהילה ומנהיגיה, תעשיין המשי אייזיק דסאו, גיסו של הבנקאי דניאל איציג, אשר שכן בין חורשות הטירגרטן על גדות הנהר שְפְּרֶה. דומה, כי מנדלסון, שהבטיח רק עשר שנים קודם לכן לפרומט שישמרו מרחק מאליטת בעלי ההון, היה עתה לבן הטיפוחים של אותם עשירים יהודים רבי השפעה וקשרים. כאשר נסע ביולי 1773, בעצת רופאיו, למרחצאות פירמונט, שנודעו כמקום מרפא אריסטוקרטי, צירף אותו זכריה פייטל אפרים, בנו של פייטל היינה אפרים, מראשי הקהילה שהתעשר במלחמת שבע השנים, למרכבתו הנוחה שהקלה עליו את תלאות הדרך. הטבילה במעיינות, שתיית המים והחברה הטובה היטיבו עם מנדלסון ושיפרו את מצב רוחו על אף שבדרך חזרה לברלין חלה בקדחת שהחלישה אותו מאוד. גם בקיץ 1774 הוא ביקר שם, והפעם נסע בחברת מאדאם רייזל מאייר, אחותו של זכריה פייטל אפרים ואשתו של הבנקאי אהרון מאיר יורש. בביקור בפירמונט ביולי 1774 התחכך מנדלסון בנופשים רבים מחוגי האליטה הגרמנית, היה מוקד להתעניינות חברתית, אך במיוחד נרקמה ידידוּת בינו לבין הרוזן וילהלם והרוזנת מרי אלאונורה מדוכסות שאומבורג-ליפה, שנמשכה בחילופי מכתבים אישיים. רייזל מאייר כתבה בשולי אחד ממכתביו של מנדלסון לאשתו פרומט: "אני חייבת לומר לך שתקבלי הביתה בעזרת השם בעל בריא מאוד [...] כל אחד כאן מחפש את חברתו ורוצה להכיר אותו, במיוחד הוא נהנה מהרוזן והרוזנת מביקבורג".

באותה השנה צורף מנדלסון לפנתיאון האישים הגרמני כאשר שני טובעי המטבעות הידועים מברלין, יעקב אברהם ובנו אברהם אברמזון, טבעו מדליית כסף שעליה הופיע דיוקנו בסדרת מדליות זיכרון של גדולי המלומדים. על צד אחד של המטבע הופיע דיוקנו ועל צדה השני גולגולת אדם ועליה פרפר שסימלו את יצירת המופת שלו 'פיידון' על הישארות הנפש. המדליה הצטרפה לתחריטי נחושת ולציורים שמספרם הלך וגדל בשנות ה-70 וה-80 וחיזקו את מעמדו כאייקון של תרבות. על אף שמדי פעם תקפה אותו מחלתו, איפשרה לו ההתאוששות הגופנית החלקית לחדש בהדרגה את פעילותו האינטלקטואלית - קריאה ומעקב אחר כל המתחדש בתחומי הספרות וההגות, חילופי מכתבים, כתיבת מאמרים, ויכוחים פילוסופיים, ביקור בתיאטרון הברלינאי וקבלת מבקרים - וכן מידה רבה של ניידות. נוסף על שתי הנסיעות המענגות למרחצאות פירמונט הוא יצא לנסיעות עסקים רבות שהובילו אותו בין היתר ליריד לייפציג, להנובר, לספריית וולפנביטל ולביקור נוסף אצל לסינג, לדרזדן שבאלקטורט סכסוניה ולעיר הולדתו דסאו (נסיעה בלוויית פרומט ודוד פרידלנדר), למֶמֶל שבפולין ולקניגסברג שבמזרח פרוסיה. בנסיעות האלה פגש אנשי רוח שהיו ידידים ותיקים והכיר ידידים חדשים מהאריסטוקרטיה, הפקידוּת הגבוהה וכמובן מהמלומדים. עם כמה מהם, למשל, הדיפלומט הנאור והנמרץ של ממלכת דנמרק אדולף פרידריך אוגוסט הנינגס, קשר מנדלסון קשרי ידידוּת עמוקים שנמשכו בהתכתבות אינטנסיבית והיו לו לאנשי סוד קרובים.

בשנות ה-70 התברר כי פניית קהילת שוורין אליו כדי שיתערב אצל הדוכס בנושא הלנת המתים לא הייתה אפיזודה חד-פעמית. מעמדו ופרסומו הפכו אותו יותר ויותר לכתובת בעבור קהילות יהודיות בעת מצוקה, ומנדלסון קיבל עליו את תפקיד היהודי המגן על בני אומתו בשם ערכי הנאורוּת, ההומניזם ועקרון הסובלנות הדתית. ב-1775 פנו אליו נציגי הקהילות הקטנות של שווייץ בבקשה שיתערב לסיכול הצו המגביל את מספר היהודים בעלי זכות מגורים. מנדלסון מחל על כבודו ופנה במכתב בהול אל יריבו הכומר השווייצרי לפאטר כדי שיפעיל את השפעתו - ארבע שנים לאחר שניתק עמו כל מגע בעקבות העימות שהתנהל ביניהם. איני מכיר באופן ישיר את מצבם של היהודים בשווייץ, כתב לו מנדלסון, "אך אני יכול לתאר את קיומם העלוב בהתחשב ביחס הכללי כלפי אומתי, שכמעט בכל מקום מסתכלים על בניה כעל זרים על אדמת האל, ומתוך ידיעת המצב המיוחד בארצך". ואמנם, "ידיד האנושות"' כפי שכינה אותו מנדלסון, לא היסס להיענות לבקשתו של מנדלסון ובעקבות התערבותו של לפאטר בוטל הצו.

שנתיים לאחר מכן מצאו עצמם יהודי העיר דרזדן בפני בעיה דומה: רבים מהם היו צפויים לגירוש משום שלא יכלו לעמוד בעול התשלומים הגבוהים שנדרשו מהם בעבור זכות הישיבה במקום. "אליך נשואות עינינו", כתב אליו בשם בני הקהילה הפרנס שמואל הלברשטט, "כי תהיה מעיר לעזור, ולאחיך תאמר חזק, אולי תושיע לי זרועך ברחמי שמים ולשונך לשון חכמים מרפא לשבר בת עמי, כי תראה שה פזורה אחיך נדחה, לא תוכל להתעלם". בדמותם את משה מנדלסון למשה רבנו, מנהיג ישראל הקדום, תלו בו את התקווה לישועה: "ובטחנו בחסד עליון כי כאשר ירים משה ידו וימינו תסעדנו, ומכוחו ישחד בעדנו, ומלט הוא בחכמתו העיר, גנון והציל [...] ושב ישראל שקט ושאנן ואין מחריד". הכול ידעו כי הוא מכיר את שר החוץ הסכסוני הברון פון פריטש, שעמו נפגש בארמון המלך בפוטסדם שש שנים קודם לכן, ומנהיגי הקהילה הציעו למנדלסון לפנות אליו לעזרה. מנדלסון ענה מייד למכתב שקיבל בעת ביקורו בהנובר: הזדעזעתי לשמוע על מצוקתכם הקשה ("ממש ארכבותי דא לדא נקשין [ברכי רעדו] מרוב הבהלה ומרוב החרדה אשר נפלה עלי"), ופניתי לעזרה לפקיד בכיר אחר במימשל הסכסוני, הברון פרידריך וילהלם פון פרבר.

כאשר נדרש מנדלסון בביקורו בדרזדן בקיץ 1776 לשלם את מס הגוף ("לייבצול") הידוע לשמצה בסך 20 גרוּשֶן שהוטל על מעבר בהמות ויהודים ממקום למקום התערב הברון פון פארבר, יועץ לנסיך הבוחר של סכסוניה, שראה בכך עלבון לפילוסוף הנודע ודאג להשיג אישור מיוחד המקנה למנדלסון את זכות הביקור בעיר ללא תשלום המס. בין מנדלסון והברון הסכסוני נקשרו יחסי ידידוּת ומנדלסון פנה אליו בבקשה לשפר את מצבם של בני הקהילה היהודית בדרזדן. זעמו והשתתפותו בצער יהודי דרזדן היו עמוקים, כמו בכל מקרה בחייו שבו טפחה על פניו המציאוּת הקשה של חיי היהודים באירופה. מכתבו לפון פארבר ביטא זאת באופן נחרץ ביותר:

הגירוש הוא העונש הקשה ביותר ליהודי. מדובר בהרבה יותר מאשר סילוקו מן המקום, זה כמעט כמו עקירתו המוחלטת מעל אדמת האל, בשל דעה קדומה שמגרשת אותו בכח אל מחוץ לכל הגבולות.

הייתכן, פנה מנדלסון אל מצפונו של פון פארבר, שיצורי אנוש יסבלו עונש כבד כל-כך על לא עוול בכפם רק משום שהם מחויבים לאמונה אחרת? את מכתבו שנכתב בסערת רגשות גדולה ("לבי מלא כל-כך, רוחי אינה רגועה ואיני מסוגל ליישוב הדעת") סיים מנדלסון בהבעת התקווה היחידה שבה יוכל למצוא ניחומים - שתחת שלטון חסד מעולה וממשל של ידידי האנושיות לא ישרור פחד מעונש ללא כל פשע. הצגת המדיניות המפלה והלא-אנושית כלפי היהודים כמקרה-מבחן של החלת ערכי הנאורוּת נפלה על אוזניים קשובות, וגם הפעם, כמו בעתירתו למען יהודי שווייץ, בוטלה פקודת הגירוש שאיימה על כמעט מחצית מיהודי דרזדן.

מנדלסון ניצל פעם נוספת את מעמדו הבין-לאומי באמצע שנות ה-70 כאשר התערב ביוזמתו במטרה לסכל את אחת מעלילות הדם האחרונות נגד יהודים בממלכת פולין השוקעת. בעיתון הופיעה ידיעה על מאסרם של שני יהודים בוַרשה באשמת רצח דתי שקוממה את מנדלסון, ויחד עם שניים מראשי קהילת ברלין הם שיגרו איגרת מחאה בצרפתית אל אחד האצילים הפולנים, שעמדו כנראה בקשרי מסחר עם יהודים מברלין ודרשו לבטל את ההאשמה.

המאבק שניהל מנדלסון החל מאמצע שנות ה-50 על החלתם של ערכי הסובלנות הדתית על בני האומה היהודית הנמצאים תחת דיכוי אזרחי כמעט בכל מקום בעולם היה אחד הנושאים המרכזיים שניסה לקדם בזירה הציבורית. גם בנסיעה הארוכה ביותר שלו בשנות ה-70 מחוץ לברלין - הנסיעה לקניגסברג בקיץ 1777 במחיצת דוד פרידלנדר ובנימין פייטל אפרים - שולב ניסיון לבטל את אחד הצווים המפלים שביטאו את חשדנותם של הנוצרים. הצו קבע כי בעת תפילות בבית הכנסת יתקיים פיקוח של פקיד נוצרי על מילוי ההוראה האוסרת את אמירת המשפט "שהם משתחוים להבל ולריק" בתפילת "עלינו לשבח", משפט שהתפרש כאנטי-נוצרי. עוד לפני צאתו לקניגסברג חיבר מנדלסון בעבור בני הקהילה תזכיר המסביר כי התפילה הזאת היא קדם-נוצרית ולכן אינה מכוונת לנצרות ואינה פוגעת בה. בביקורו במקום קיים שורה של פגישות עם אישים רבי מעלה בניסיון לקדם את ביטול הפיקוח הנוצרי על תפילות בבית הכנסת. באחת מתחנות המסע בדרך לקניגסברג, לאחר שחצה טריטוריות פולניות, הוא שיתף את פרומט בתחושותיו כלפי נחשלותה של פולין: השבח לאל שעזבנו את גבולות פולין, "זו היא מדינה שבה תשעה באב הוא יום טוב, כאן לא דואגים לדבר מלבד לאמונה התפלה וליין השרף".

בקניגסברג, לעומת זאת, המתין לו הפילוסוף עמנואל קאנט. "השהיה בחברת אדם בעל מידות טובות שכזה, מזג עליז ואינטלקט מבריק כעמית קרוב ואינטימי בקניגסברג", כתב קאנט לתלמידו לשעבר, הרופא מרקוס הרץ, בברלין זמן קצר לאחר סיום הביקור, "הייתה כה יכולה לרומם את נפשי כאן". את ביקורו של מנדלסון באוניברסיטה וכניסתו לאולם ההרצאות כדי להאזין לשתיים מהרצאותיו של קאנט העריך הפילוסוף הפרוסי כמחווה יוצאת דופן. רבים משועי העיר שיחרו לפתחו וכאשר עזב אף צוין הדבר בידיעה בעיתון. זה היה מבחינת מנדלסון מעין ביקור מלכותי מוצלח שהוכיח לו את עוצמת המעמד שרכש, והדבר רומם מאוד את רוחו.

בתחילת אביב 1777 כתב מנדלסון מכתב אישי למחנך החדשן ומנהל בית-הספר הפילנטרופין בדסאו, יואכים קאמפה, המלמד יותר מכול על חלומותיו ומשאלות לבו באותה עת. ייתכן שלמרות הכול, כתב, תביא תרבות הנאורוּת להתרופפות אחיזתה החזקה של "הדעה הקדומה" בנוגע ליהודים ולמעמדם האזרחי. נכונותו של קאמפה לקבל תלמידים יהודים ולמנות את הבוגרים המצטיינים שבהם למורים נראתה לו צעד בכיוון הנכון. רק מוסד המגלה סובלנות דתית אמיתית, ציין, אינו מבחין בין נימולים ללא נימולים. היתה בכך בעיניו ראיה למגמה שיש בה כדי לתמוך בהתבוננות מעט יותר אופטימית. גם בחירת יהודים לאקדמיה למדעים (המקרה שלו), קבלת מלומדים יהודים לחברוֹת של מדעי הטבע (הרופא מרקוס בלוך מברלין), ובחירתו של עמנואל ד'אקוסטה למזכיר האקדמיה למדעים בלונדון עודדו את רוחו והטו אותו לכיוון של אופטימיות זהירה. אפילו ההצעה שהועלתה במאה ה-17 למנות את ברוך שפינוזה למרצה לפילוסופיה באוניברסיטת היידלברג נותרה בזיכרונו כראיה לתמורה שחלה בחברה האירופית בכל הנוגע לשילוב מלומדים יהודים בקהילת המלומדים הכללית. כל אלה השכיחו מעט מלבו לא רק את גורלם של היהודים מדרזדן, משווייץ או מוַרשה שלעזרתם נחלץ, אלא גם את העובדה המתסכלת שמינויו לאקדמיה המלכותית לא אושר על-ידי המלך.

אך לאחר זמן לא רב השתלטה עליו שוב הספקנות לגבי יכולתה של הנאורוּת לעקור מן השורש את הדעות הקדומות והאמונות הטפלות המונעות את השגת האושר האזרחי והאישי של כלל בני-האדם ופוגעות זה דורות ביהודים. דומה שבעשור האחרון לחייו התחדדו מאוד חיישני הסובלנות של מנדלסון שבאמצעותם עמד על היחס כלפי היהודים באירופה. מרחב התגובות שלו נע מהתלהבות נרגשת בשעה שהבחין בתנודה בעלת משמעות בכיוון הסובלנות וההומניזם אל שקיעה בדכדוך ובתסכול בשעה שנוכח בקושי העצום לחולל תמורה של ממש, והגיע כמעט לידי ייאוש כאשר התחוור לו הפער הגדול שבין מעמדו האישי בקרב הציבור הנאור לבין מעמדם של היהודים בכלל.

בשנים 1779-1778 ספגו חיישני הסובלנות של מנדלסון זעזועים חריפים מכיוונים מנוגדים. ידיד הנפש שלו לסינג חיבר אז את המחזה 'נתן החכם', אחת מיצירות המופת של הנאורוּת הגרמנית, שבו הומחש בצורה תיאטרלית הצורך לשים קץ לוויכוח הבין-דתי. לסינג, ששימש כאמור ספרן בוולפנביטל, היה נתון אז במצוקה קשה. לאחר שהוציא לאור במשך כחמש שנים חיבור תיאולוגי בהמשכים בעילום שם, שבו מתח ביקורת דאיסטית על הנצרות, קם עליו גל גדול של האשמות והוקעות של אנשים שדאגו לכבודה של הנצרות. היו אלה ה'פרגמנטים', קטעים מחיבור גדול ממדים בכתב יד שהותיר אחריו סמואל ריימרוס, ולסינג דאג להדפסתו. ב'פרגמנט' האחרון, שהופיע ב-1778, נכללה ביקורת רדיקלית על הברית החדשה, וכתוצאה מלחץ של הכנסייה הוציאו השלטונות צו שהחרים את הפרגמנטים ומנע מלסינג לפרסם מאז ואילך חיבורים תיאולוגיים. המחזה 'נתן החכם' נכתב זמן קצר בלבד לאחר מכן כדי לבטא באופן עקיף, תוך בחירת הקשר היסטורי מרוחק - ירושלים של המאה ה-12 בתקופה הצלבנית - את הסתייגותו מקנאות דתית. "מתי והיכן נגלה טרוף חסוד לסגוד לאל עדיף", שם לסינג בפי אחד מגיבוריו דברי ביקורת קשים נגד תפיסת הבלעדיות והעליונות של כל אחת משלוש הדתות המונותיאיסטיות, "לכפות על העולם כולו אלוה יותר טוב, כטוב שבאלים". שותפות הגורל הכלל-אנושית המקיפה את בני-האדם באשר הם קודמת להבדלים שבין הדתות ההיסטוריות. הקנאות הדתית והאפליות על רקע דתי פסולות ומנוגדות למוסר האנושי. אלוהים בחסדו אינו מעדיף נצרות על פני יהדות ואסלאם. בני-האדם נשפטים על-פי מעשיהם, צדקתם, מידותיהם וכוונותיהם ולא על-פי השתייכותם הדתית. במשל שלוש הטבעות מסביר היהודי נתן לסולטן המוסלמי צלאח א-דין כי כל אחת משלוש הדתות קיבלה על-פי המסורת הנאמנה עליה את טבעת הדת שלה ישירות מהאב, ואין לדעת בוודאות איזו מהן מחזיקה בטבעת האמיתית ואילו מהן העתקים של הטבעת המקורית. ייתכן גם שאף אחת מן הטבעות אינה האמיתית. לכן המסקנה היא, כי אין עוד טעם בעימות ובהתפלמסות ואפשר להגיע להכרה הדדית, לדו-קיום, לסובלנות דתית, למצב של פלורליזם דתי: "אם כל אחד מכם קבל טבעתו מידי אביו, יחשוב נא כל אחד טבעתו לאמיתית. אפשר נלאה האב מעריצות טבעת יחידה בבית". זו הייתה מתנה מיוחדת ואישית של לסינג למנדלסון. לא רק שביטא במחזה השתתפות בגורלם הקשה של היהודים הנרדפים, הנרצחים והמושפלים בידי קנאים נוצרים, ולא רק שהציג בפני דעת הקהל הגרמנית באופן נחרץ ביותר את המאבק למען הסובלנות הדתית, אלא שגם הנציח את מנדלסון עצמו בדמות 'נתן החכם'. כל קוראי המחזה, ומאוחר יותר צופיו, ידעו כי דמות המופת המפגינה תבונה, חסד, סובלנות ואהבה מייצגת את הפילוסוף היהודי בן הזמן מברלין.

מנדלסון לא ידע את נפשו מרוב שמחה והכרת תודה. זה היה מבחינתו אות נוסף לכך שמצעד הקִדמה של הנאורוּת אינו נעצר וכי לערכי הסובלנות יש חסידים ודוברים מרשימים כמו לסינג. כנגד הביקורתיות הפסימית של וולטר, שחשף בחיבורו 'קנדיד' את עוולות העולם, הצליח לסינג לדעת מנדלסון להציב את הגישה האופטימית של לייבניץ שלפיה הכול לטובה, ובכך להראות דגם אחר וחיובי של הנאורוּת. המפגש התיאטרלי שיצר לסינג בירושלים הצלבנית בין יהודי, נוצרי ומוסלמי מסתיים באופן מפתיע בהרמוניה משפחתית. המחזה ממחיש את דרכי החסד של ההשגחה האלוהית ומעביר את המסר שהמציאוּת הרצויה בתוכנית האלוהית היא מציאוּת פלורליסטית, שבה מתקיימות זו לצד זו מתוך סובלנות צורות מגוונות של חיים ודתות.

ואולם, חיישני הסובלנות של מנדלסון הזדעזעו גם בכיוון הנגדי. לסינג שילם מחיר אישי כבד בשל העזתו להתייצב באופן חד-משמעי לצד הנאורים מצדדי הסובלנות ולצד מנדלסון והיהודים. יריביו דוברי הנצרות מצאו שהמחזה 'נתן החכם' פוגע בנצרות ויצאו למתקפת נגד. בין הביקורת שנמתחה ב'פרגמנטים' לבין המחזה נמצאה קִרבה לא מבוטלת: הפטריארך הנוצרי מוצג כנבל, הפרעות בנתן ובמשפחתו מתוארות כמעשי זוועה בשם הדת, והיהודי מובלט לטובה כמגלם האמיתי של מידות החסד הנוצריות. "הן הנצרות כלה מושתתת על היהדות, לא כן?" אומר הנזיר במחזה, "אותי מרגיז כי הנוצרים שכוח שכחו שישו אדוננו בעצמו היה אך יהודי". מנדלסון עקב בצער אחר השפעת מסע התגובות העוינות על ידידו. רק מעט יותר משנה חלפה מאז החל ב-1779 הפולמוס על המחזה ועד למותו של לסינג בפברואר 1781. התקופה הזאת עברה על לסינג במרירוּת רבה ובתחושה כי דבקה בו ללא תקנה תווית הסופר שפגע בקודשי הנצרות וכי זו מרחיקה ממנו ידידים ומבודדת אותו. הוא איבד את שמחת החיים, חש שרודפיו ניצחו אותו והיה שרוי בדיכאון. למגינת לבו של מנדלסון נוצחו חסידי הסובלנות בידי חסידי הדעות הקדומות של הכנסייה והחברה הנוצרית. עם היוודע דבר מותו של לסינג כתב מנדלסון אודותיו:

הוא כתב את 'נתן החכם' ומת. איני יכול לחשוב על חיבור מעולה יותר ממחזה זה, שעולה על כל מה שחובר לפניו. הוא לא היה יכול להתעלות גבוה יותר מבלי להכנס לאזור הנסתר מעין אדם, וזאת הוא עשה [...] אכן, הוא הקדים את זמנו ביותר מדור אחד.

בינתיים בן דמותו הברלינאי של נתן החכם הלך והתאושש בהתקרבו לגיל 50 מן המחלה שהגבילה אותו בשנים הקודמות. ביתו היה שוב בית פתוח שמשך אליו סקרנים, מבקרים רמי מעלה ומלומדים מפרוסיה ומחוצה לה, ואת הסלון שלו פקדו כמעט מדי יום אורחים רבים והתנהלו בו שיחות ערניות. בערבי שבתות וחגים נמנו עם האורחים בעיקר בני משפחה וחברים יהודים, ונושאי השיחה נגעו גם לפרשת השבוע, לספרים עבריים, למצב הלשון העברית, לרמת החינוך היהודי ולגורלם של היהודים. מובן שלא הכול בקהילת ברלין נמנו עם מעריציו של מנדלסון והיו שמתחו עליו ביקורת מאחורי גבו. הרב יעקב עמדן כבר רמז לו שיש החושדים בנאמנותו ליהדות, ודווקא הנינגס, אחד מידידי הנפש הנוצרים שלו, העיר כי בשיחות עם יהודים בברלין שמע מ"יותר מיהודי נבון אחד שאומר שמנדלסון הוא אדם השוגה בדמיונות". את תחושת בדידתו כפילוסוף בחברה היהודית ניסח מנדלסון במילים: "אין לי שום חבר בין בני עמנו סביבי שישתתף עמי באמת בנושאים עיוניים". עם זאת, כינוסי ערבי שבת וחג גרמו לו קורת רוח לא מבוטלת. בעל הבית נהג לשבת בכורסה בפינת הסלון סמוך לחלון ולהנחות את השיחה, להציג אורחים חדשים, לשבח ולהגיב. כשהתלהטו הרוחות בוויכוח קם מן הכורסה כדי לנסות ולפשר בין הדעות.

פרומט נשאה בעיקר נטל האירוח בכל אותם מפגשי סלון - וזאת לצד תפקידיה האחרים כרעיה וכאם. ב-1775 ספגה המשפחה אסון נוסף כאשר הבן מנדל מת בגיל 6. באותה שנה נולדה ינטה ושנה לאחר מכן נולד אברהם. ב-1778 נולדה בִתם זיסה שמתה לאחר שלושה חודשים בלבד. לחינוך הילדים הוקדשה תשומת לב רבה. הודות למעמדה של המשפחה וליכולתה הכלכלית התאפשר לילדי המשפחה ללמוד באמצעות מורים פרטיים ולא בחדרים ובתלמודי התורה הקהילתיים. החלוקה המגדרית הייתה ברורה למדי: בחינוך שתי הבנות, ברנדל ורייקל, הושם הדגש העיקרי על לימוד שפות אירופיות וספרות, ואילו בחינוך הבנים דאג מנדלסון קודם כול ללימוד התורה ולרכישת שליטה טובה בלשון העברית. לאחר מותו של אברהם השקיע מנדלסון מאמץ מיוחד בשלבים הראשונים של חינוך בנו יוסף. כשהיה יוסף בן 6 שכר לו כמורה פרטי את שלמה דובנא - תלמיד חכם יליד ליטא שניחן בבקיאות רבה בתורה, בפרשנות המקרא ובלשון עברית וזכה להערכתו הרבה של מנדלסון. בפועל מנדלסון לקח על עצמו את לימוד חמשת חומשי התורה לבנו כשהוא מנסה לגשר בין הטקסט העברי העתיק לבין כישוריו הלשוניים של בנו באמצעות תרגום לשפה הגרמנית, שבה שלטו היטב כבר בשנות ה-70 כל בני ביתו של מנדלסון ורבים מאוד מבניה ומבנותיה של קהילת ברלין. דובנא נשכר במטרה ללמד את יוסף באופן שיטתי את כללי הדקדוק העברי. שנתיים מאוחר יותר נשכר מורה נוסף – הרץ הומברג, משכיל צעיר מבוהמיה שלימד את הילדים עברית ומקצועות נוספים, ועד מהרה שבה את לבו של מנדלסון והיה לאיש סודו. מהמאמץ הזה שהושקע בחינוכו היסודי של יוסף מנדלסון צמחה אחת היצירות הגדולות ביותר של מנדלסון – 'הביאור לתורה'.

בפרץ מחודש של אנרגיה יצירתית הפיק מנדלסון במשך כמה שנים, בשיתוף צוות של משכילים ואנשי עסקים, את פרויקט התרגום לגרמנית, הפירוש החדש וההדפסה האיכותית של חמשת חומשי התורה 'נתיבות עולם' שראו אור בשנים 1783-1780. ראשיתו של הפרויקט, על-פי עדותו של מנדלסון, הייתה ביוזמתו של דובנא. במבוא המקיף והחשוב ל'ביאור' כתב מנדלסון:

ויהי כאשר חנן לי ה' בנים זכרים והגיע העת ללמדם תורה ולשננם דברי אלהים חיים ככתוב, הואלתי לתרגם את חמשת חומשי התורה בלשון אשכנז [גרמנית] המסולסל והמתוקן, כפי אשר הוא נהוג בימינו, לתועלת הילדים הרכים: שמתי את התרגום בפיהם, עם הלמוד במקרא [...] לחנכם בכוונת הכתוב ובמליצות הלשון וזך לקחו, עד כי יגדלו ויבינו מלבם.

כל מי שגדל במערכת החינוך המסורתית של החברה היהודית האשכנזית באותה תקופה לא יכול היה שלא לעמוד מייד על החידוש שבדרך הלימוד של מנדלסון. התרגום המקביל של הטקסט המקראי היה כמובן מחויב המציאוּת במצב שבו הלשון העברית לא הייתה שפה מדוברת אלא לשון קודש, שפת התרבות ושפת הטקסטים התורניים. לפיכך המלמדים והתלמידים הצעירים בחדרים ובתלמודי התורה התוודעו לתורה בתיווכה של היידיש - השפה המדוברת ושפת התקשורת בין היהודים האשכנזים. מנדלסון סבר, כי דרך הלימוד הזאת פגומה מיסודה משום שהיידיש היא שפת כלאיים נמוכה ולכן אינה יכולה להעביר את מלוא העושר האסתטי, הרעיוני והמושגי של התנ"ך הגלום בלשון העברית הגבוהה. על אף שהיידיש שימשה את מנדלסון בקשרי היום-יום עם היהודים בכלל, ועם בני משפחתו בפרט, הוא העריך כי יש לה השפעה שלילית על המוסר היהודי וטען כי היא מנציחה את הזרוּת היהודית. היידיש, לדעתו, תרמה "לא מעט לאי-המוסריות של האדם הפשוט, ואני מצפה לתוצאה טובה מאוד מהשימוש ההולך וגובר בגרמנית הצחה".

שלמה דובנא, שהיה הראשון שראה את תרגום התורה לגרמנית בהתהוותו בשעות ההוראה של הבן יוסף, הציע למנדלסון להביאו לדפוס ולהוסיף לו פירוש. היענותו המהוססת תחילה (הסכמתו הראשונית הייתה מותנית בכך ששמו של המתרגם לא יוזכר) הפכה עד מהרה למעורבות עמוקה בפרויקט. מה שהתחיל בספֵרה הפרטית כדרך חדשנית של הוראת המקרא לבן יוסף בתרגום לשפת התרבות הגבוהה שמנדלסון היה מעורה בה מאוד, עבר לספֵרה הציבורית והיה לפרויקט שעורר הדים רבים ומחלוקות.

התוכנית להוצאתו לאור של 'הביאור' נודעה בציבור ב-1778 כאשר שלמה דובנא פירסם באמסטרדם, בירת הדפוס העברי, כמה עמודים לדוגמה מתוך הפרויקט בצירוף קול קורא – 'עלים לתרופה'. המטרה הייתה לגייס חותמים מראש כך שניתן יהיה לממן בכסף הזה את ההדפסה היקרה, שעלותה הוערכה בסכום העצום של 3,500 טאלרים. בניסיונו לשכנע בחשיבות הפרויקט חיבר דובנא הקדמה ארוכה שבה העמיד את תרגומו של מנדלסון הן כשיא בהיסטוריה הרצופה של תרגומי המקרא לשפות זרות והן כצורך דחוף וחיוני באותה תקופה. הוא טען כי העברית הולכת ונשכחת, התרגומים הקיימים לקויים וההסתמכות על תרגומים נוצריים לגרמנית מסוכנת בשל נטייתם לתיאולוגיה הנוצרית והתעלמותם ממסורות חז"ל. מנדלסון הוצג על-ידו בהקשר הזה כמושיע המבקש לתרום בחסדו וברגישותו למצוקות אחיו היהודים לפתרון הבעיה:

הן כל אלה ראתה עינו של החכם המפורסם מורנו משה דעסויא [מדסאו], שמעה אזנו ותבן לה, ויחמול על עמו, וישם על לבו להעתיק [לתרגם] חמשה חומשי תורה אל לשון האשכנזי צחיי [צח] מאוד, העתקה פשוטה ומבוארת.

המשורר נפתלי הרץ וייזל - מן המשכילים המוקדמים, שהיה מקורב למנדלסון ויצא ארבע שנים לאחר מכן בפומבי עם תוכנית לשינוי עמוק ומקיף במערכת החינוך היהודית - הוסיף ל'עלים לתרופה' המלצה משלו ושיר שבח מליצי ונרגש ("מהלל רע") המייחס לפרויקט 'הביאור' משמעות עצומה של מפנה היסטורי שאין ערוך לחשיבותו. וייזל סבר, כי 'הביאור' הוא התרופה לליקוי הקשה של החינוך היהודי שאותו ניסח במילים הבאות:

בהמון עדתנו רבה הסכלות [...] הם שולחים את ילדיהם אל בית הספר כבני ארבע וכבני חמש, תחת יד מורים ללמוד המקרא מבלי שים לב אם הם עלגי לשון וכבדי שפה, ולפעמים אינם יודעים אפילו בטיב הקריאה [...] [לאחר כשנה בלבד] יבשרו את אבותיהם לאמר כבר הצליחו בניכם ללמוד משנה ותלמוד ואין עוד לפי כבודם ללמוד עמהם המקרא [...] על כן היו דבריהם על הנערים לטורח, וכמשא כבד יכבד עליהם, ועל הרוב [בדרך כלל] כשיגדלו, מהר יפרקו עול התלמוד מעליהם, ובסורם ממנו לא תשאר בידם מאומה לא תורה ולא יסודות אמונת ישראל [...] אפילו לקרות עברי [לקרוא עברית] אינו יודע, ולא יבין דברי התפילות שמתפלל יום יום.

התרגום של מנדלסון לגרמנית, אמר וייזל, עתיד לשפר את הבקיאות בלשון העברית, לחבב את המקרא על התלמידים הצעירים, להעלות את רמתם של המלמדים וכן להתמודד עם המשבר החריף של זהות תרבותית יהודית ההולכת לדעתו ונחלשת.

עד כמה היה מנדלסון עצמו ער לכך שפרויקט הביאור, שראשיתו כאמור בחינוכו של בנו יוסף, מקבל משמעות רחבה כל-כך? במכתב להנינגס גילה מנדלסון כי נקלע אל הפרויקט בשל נסיבות חייו ולא מתוך תכנון מראש דווקא. ואולם, מה שהחל כפתרון מעשי להעדר תרגום הולם לתורה לצורך לימוד ילדיו הצעירים הפך למנוף שמטרתו שינוי כיוון בתרבות היהודית:

בהתאם לתוכנית המקורית של חיי, שאותה תכננתי בשנותי הטובות יותר, הייתי רחוק מאוד מלהפוך לעורך או למתרגם של התנ"ך. שאפתי להגביל את עצמי לעסקי תעשיית המשי במשך שעות היום ולאהבתי את הפילוסופיה בשעות הפנויות שלי. אך ההשגחה האלוהית הובילה אותי לנתיב אחר. איבדתי את היכולת לעיון פילוסופי, וכתוצאה מכך את החלק העיקרי של אושרי. כאשר בחנתי את המצב מצאתי ששארית כוחותי מספיקים אולי עדיין כדי להביא תועלת לילדי, ואולי גם לחלק ניכר של בני האומה שלי, על-ידי כך שאתן לידם תרגום טוב יותר מאשר היה קיים עד עתה וביאור של כתבי הקודש. זהו הצעד הראשון לקראת התרבות, אשר ממנה למרבה הצער, מרוחקת אומתי מרחק רב כל-כך עד שאפשר להתייאש מן האפשרות של שיפור.

פרויקט התרגום מוצג במכתב האישי הזה כפתרון בלית ברירה של הפילוסוף שמחלתו מנעה ממנו להמשיך ולפתח כרצונו את העיון הספקולטיבי שכה ריתק אותו מאז גילה אותו בברלין בראשית שנות ה-50. ואולם, לאחר שנוכח כי ביכולתו להפיק את הפרויקט ולנהל אותו, מצא גם כי מדובר במפעל בעל חשיבות לאומית לכלל היהודים. הוא קיווה שבאמצעות 'הביאור' ניתן יהיה מצד אחד להשתחרר מן הפגמים שבתרגומי היידיש ולפתוח שערים לתרבות האירופית, ומצד אחר לבלום את הזליגה החוצה של אותם צעירים יהודים שהחינוך המסורתי מנכר אותם מן היהדות.

קשירת 'הביאור' על-ידי וייזל ועל-ידי מנדלסון עצמו לביקורת על הליקויים בחינוך המסורתי ולרצון לחולל שינוי לקראת פיתוח התרבות היהודית הפך אותו לפרויקט של הנאורוּת היהודית, אך עורר חששות בלבם של כמה רבנים מרכזיים בני תקופתו. ככל ש'הביאור' הוצג כמוקד החינוך היהודי היסודי, הלך וגבר החשד שלימוד המקרא ידחוק את לימוד התלמוד ממעמד הבכורה שלו.

על אף שדובנא ומנדלסון הציגו את התרגום הגרמני כממשיך את מסורת התרגום בתרבות היהודית לדורותיה ואת 'הביאור' כמלקט הפרשנות הקלסית ולא כפורץ דרכים חדשות או ביקורתי, ועל אף שהבהירו כי אחת מכוונותיהם היא להתרחק מהביקורת החדשה על המקרא ומן הפרשנות והתרגום הנוצריים, נשמעו מרגע הופעת 'עלים לתרופה' קולותיהם של המתנגדים לפרויקט. לאוזניו של מנדלסון הגיעו שמועות כי הרבנים יחזקאל לנדאו מקהילת פראג ורפאל כהן מקהילת אלטונה-המבורג מאיימים להחרים את 'הביאור' עוד בטרם יראה אור החומש הראשון. בידיעה שהתפרסמה באחד העיתונים המקומיים בהמבורג אף נאמר שהרב כהן כבר הוציא חרם על מי שיעיין בחומשים הללו. על אף שחרם כזה מעולם לא יצא אל הפועל היה מנדלסון מוטרד מן התגובות שאותן פירש כקנאות דתית חסרת יסוד מצד הרבנים. מרגע זה ב-1779 ראה עצמו כקורבן הנרדף בשל פעילותו הספרותית על לא עוול בכפו. חיישני הסובלנות הרגישים שלו, שעד אז עקבו בעיקר אחר התנודות ביחס כלפי היהודים, עקבו מעתה גם אחר המתרחש בתוך החברה היהודית. הרב לנדאו, שנחשב על-ידי רבים לאישיות הרבנית הראשונה במעלה ביהדות מרכז אירופה במאה ה-18, חשד בפרויקט משום שלא מצא הסכמות של רבנים המעניקות ל'ביאור' את חותמת הלגיטימיות ומשום שחשש כי לימוד הלשון הגרמנית באמצעות המקרא יהיה לעיקר. השפה הגרמנית של ה'ביאור', סבר הרב לנדאו, דורשת מאמץ ניכר מצד המורה המלמד את החומש עם התרגום של מנדלסון, "ומתוך שכבד על הנער להבינו, צריך המלמד המלמדו לעסוק עמו רוב היום להעמידו על דקדוק לשון אשכנזי ומתוך כך פנה היום ונשאר הנער ערום מעקרי התורה".

במכתב מאביב 1779 לאביגדור לוי, ידידו מפראג, השיב מנדלסון לטענה שהועלתה נגדו כי לא פנה לרב לנדאו בבקשה להסכמה. מנדלסון הבין היטב שמנהג ההסכמה שימש בתרבות היהודית התורנית כלי פיקוח של האליטה הרבנית על כל הפרסומים בדפוס בתחומי התרבות היהודית. הפרויקט שלי, טען, אינו זקוק להסכמה ואין צורך בפיקוח רבני עליו משום שאינו בתחום הספרות התורנית. מדובר בספר לימוד, ששפתו גרמנית, וככזה עליו לעמוד בקטיגוריה נפרדת שעליה האליטה הרבנית אינה צריכה לפקח. לאמיתו של דבר, ב-1779 היו בידי דובנא שלוש הסכמות רבניות, שהחשובה שבהן הייתה ההסכמה הנלהבת שהעניק ל'ביאור' הרב צבי הירש לוין מברלין, ידיד קרוב של מנדלסון. רק שנה אחת קודם לכן חיברו הרב לוין ומנדלסון במשותף, על-פי בקשת שלטונות פרוסיה, ספר המאגד את חוקי ההלכה היהודית בענייני המעמד האישי והרכוש. ההימנעות מהדפסת ההסכמות בראש 'עלים לתרופה' - מנדלסון המתין והדפיס אותן רק כשהושלם הפרויקט ב-1783 - לא הייתה אפוא מקרית. כוונתו הייתה למתוח גבול ברור בין תחומי הפעילות וההתערבות של האליטה הרבנית לבין הפרויקט הספרותי של המשכילים היהודים. גם מבחינה זו היה 'הביאור' מפעל בעל משמעות מרחיקת לכת של הנאורוּת היהודית. הוא היה לאחד הביטויים הבולטים של התעוררותה וצמיחתה של אליטת מלומדים ואנשי רוח יהודים מסוג חדש - אליטת המשכילים.

מכל מקום, למרות כעסו על איומי החרם העדיף מנדלסון להימנע מעימות עם אותם רבנים ומובן שלא התכוון לפעול נגדם. מידידו הנינגס, שהגדיר את תגובת הרבנים "עריצות תיאולוגית", הוא רק ביקש שיעניין בפרויקט אישים בכירים בממלכת דנמרק. כנציג אופייני של הנאורוּת הגרמנית הסתייג מנדלסון כל ימיו מן הביקורת הרדיקלית שמתחו נאורים באירופה, בייחוד בצרפת, על הכנסייה והכמורה הנוצרית. "באשר לי", כתב, "אין לי שום כוונה להתייצב נגדם או לבזות אותם. אחרי הכול, איזו תועלת תצמח לי אם אשים ללעג את הלמדנים של אומתי?". ואמנם הנינגס הצליח להשיג את חתימתם מראש של לא פחות מאשר מלך דנמרק ויורש העצר, והדבר תרם להעלאת יוקרתו של הפרויקט וגם העניק לו מעין חסינות מפני מזימות החרם. במכתב נוסף להנינגס ששלח מסטרליץ בעת ביקורו שם בסוף יוני 1779 הוא סיכם במעין שלווה פילוסופית את תחושותיו לנוכח המפגש הזה עם הקנאוּת הרבנית, איומי החרם והחשדתו כמי שאינו נאמן לדת היהודית:

לאמיתו של דבר הסערה סביב ספרי האומלל לא הטרידה את מנוחתי במאומה. אף קנאי לא יוכל בקלות להרתיח את דמי הקר [...], לבי אינו מגלה סימנים של כעס, דאגה, חרטה וכדומה [...] בינתיים הרב של אלטונה [רפאל כהן] שומר את הרעמים שלו מוסתרים. איני יודע מהן כוונותיו. יתכן שהוא מתכוון להכות [...] כאשר החיבור יהיה מונח לפניו במלואו. תנו לו לעשות זאת! אני מבקש שיעזבו אותו ללא התערבות חיצונית כך שנוכל לראות מה האמת כשלעצמה, ללא הפרעה של שיקולים חיצוניים, מסוגלת לפעול בקרב האומה שלי.

ואולם, הערה אישית במכתבו להנינגס מגלה עד כמה הוא חש עצמו בכל זאת פגוע מן האיומים הללו, ואפילו במידת-מה שש אלי קרב: "ככל שייתקל הניסיון הרופף הזה [להצעיד את עמי אל התרבות] בהתנגדות רבה יותר, כך הוא ייראה לי חיוני יותר, ואשתדל להוציאו אל הפועל בהתלהבות גדולה יותר". זו הייתה הפעם השנייה, לאחר העימות עם הרב עמדן ב-1772 בסוגיית הלנת המתים, שבה העמיד מנדלסון למבחן הנאורוּת את האליטה הרבנית של תקופתו.

איומי החרם והתנגדות הרבנים לנדאו וכהן לא הצליחו לבלום את פרויקט 'הביאור'. המפעל היקר והיוקרתי הזה הושלם ב-1783, ולמדף הספרים היהודי הצטרפו חמישה חומשי תורה עם תרגום לגרמנית ופירוש חדש ומעניין, אשר לשם הפקתו חברו למנדלסון ולדובנא כמה משכילים ואנשי עסקים. בכתיבת הפירוש השתתפו מנדלסון, דובנא, וייזל, הומברג ואהרון פרידנטל, מורה פרטי נוסף מגליציה. מנדלסון ניצח על המלאכה - הוא חילק את הפירוש לחומשים בין המשכילים האלה, ודאג בסיועו של המשכיל והסוחר האמיד דוד פרידלנדר להשיג תקציב להדפסה באמצעות החתמת למעלה מחמש מאות מנויים מראש מעשרות קהילות בגרמניה, באוסטריה, בפולין, בליטא ובמערב אירופה, ששילמו יחד בעבור 750 עותקים של 'הביאור'. הוא מינה את אחיו, שאול, לאחראי על הנהלת החשבונות והספקת הספרים לרוכשים והסתייע בכך גם בירמיהו בנדיט, ידידו מן האליטה של בעלי ההון הברלינאים. בנוסף, טיפל במשבר שנגרם בעקבות נטישתו של דובנא את הפרויקט בעיצומו בשל כעס ותסכול על כך שאין נותנים לכישרונותיו בחקר הלשון לבוא לידי ביטוי מתאים.

לקראת סיום הדפסת החומשים חיבר מנדלסון באביב 1783 מבוא ארוך ומלומד ('אור לנתיבה'), שבו סקר את תרגומי המקרא לשפות זרות שהופיעו בעבר, הסביר את מדיניות הפרשנות של המקרא (הדגשת הפירוש על דרך הפשט והמשמעות הלשונית של הפסוקים) ועמד על חשיבותו של הפרויקט. במיוחד ראה מנדלסון צורך, ככל הנראה לנוכח החשדות שהועלו נגדו, להדגיש את דבקותו הנאמנה בעקרונות היסוד של המסורת. כך, למשל, הצהיר כי בכל מקום שבו הסתמן בפירוש או בתרגום ניגוד בין מה שנראה למפרשים כפשט הכתוב לבין דברי חז"ל הייתה ההכרעה לצד המסורת:

אם הדרך הנראה לנו פשוטו של מקרא הוא סותר ומתנגד לדרך הדרוש המקובל ומועתק אלינו מאת חז"ל, עד שאי אפשר שיהיו שניהם צודקים, כי הסותר נמנע, אז חובה עלינו לילך בדרך הדרש, ולתרגם את המקרא על פיהו, כי אנו אין לנו אלא קבלת חכמינו ובאורם נראה אור.

חשובה לא פחות הייתה הצהרתו כי המקרא המתורגם והמפורש שהוציא תחת ידו מנוגד לחלוטין למקרא הנוצרי בעצם תפיסתו כספר חוקי האלוהים שניתנו בהתגלות בהר סיני ליהודים, ולא רק כספר ההיסטוריה הקדושה של האנושות. מנדלסון כתב:

המתרגמים הנוצרים, אחרי שאין בידם קבלת חז"ל [...] כי מי יכריחם לשמוע אל הקבלה אשר לא קבלו מאבותיהם [...] אף לא יקבלו את דברי התורה לשמור ולעשות את כל הכתוב שם, כי אם כמו ספר דברי ימים, לדעת את הקורות בימי קדם, ולהבין בדרכי ההשגחה וההנהגה העליונה בכל דור ודור.

לדבריו, הלימוד היהודי במקרא שונה באופן עקרוני מפני שבו טמונה מהותה של היהדות - חוקי האלוהים שאותם היהודים מצווים לקיים הלכה למעשה:

אם יתכן זה לחכמי הנוצרים ותלמידיהם, לנו בית ישראל לא יתכן, כי לנו התורה הזאת מורשה [...] לדעת את המצוה אשר צונו ה' ללמוד וללמד, לשמור ולעשות, והיא חיינו ואורך ימינו.

ב-1778, כאשר החל פרויקט 'הביאור' את צעדיו הראשונים נפתח מסע גיוס הכספים בקרב החותמים מראש, נעשה בברלין צעד נוסף "לקראת התרבות" ונוסד בית-ספר יהודי חדשני בתרבות האשכנזית. מנדלסון עצמו לא היה שותף ליוזמה הזאת, שמאחוריה עמדו משפחות בעלי ההון של קהילת ברלין. ככל שהללו הפנימו את הצורך האזרחי והכלכלי של המדינה הפרוסית בנתינים מועילים ויצרניים המסוגלים הודות לכישרונותיהם, לחריצותם ולאורח החיים המוסרי שלהם לתרום לחוסנה של המדינה, הם חשו עצמם יותר ויותר אחראים לטיפוח הקבוצות הנחשלות בחברה היהודית. שניים מהם, הגיסים יצחק דניאל איציג ודוד פרידלנדר, לקחו על עצמם מתוך יוזמה פילנתרופית לפתוח ולנהל בית-ספר חינם (פריישולע - ללא תשלום שכר לימוד) לנערים מעוטי יכולת כתוספת ללימודי התורה בשעות הבוקר. בבית-הספר למדו בשעות אחר-הצהריים - באמצעות מורים מקצועיים ותוך שימוש בספרי לימוד בשפה הגרמנית - מתימטיקה, מדעים, גיאוגרפיה ומוסר. לשם כך ייסדו את 'חברת חינוך נערים' וגייסו תרומות נכבדות מהמשפחות העשירות של הקהילה. לאחר שבית-הספר התבסס התרחבה תוכנית הלימודים וכללה גם מקרא, לשון עברית וצרפתית. בית-הספר החדש העניק הזדמנות לבנים ממשפחות המעמד הנמוך לעלות בסולם החברתי-כלכלי ולהשתלב כפקידים או כזבנים בפעילות הכלכלית של הסוחרים והתעשיינים היהודים. מייסדי בית-הספר פנו למלך פרידריך השני, הציגו את מטרותיהם וכתבו לו כי בכוונתם לסייע "לעשות את היהודים לבני תרבות ולחנכם להיות חברים מועילים של המדינה".

מייד לאחר שיצא לאור 'הביאור' הוא הפך לספר לימוד בבית-הספר הזה. לשם הוראת השפה הגרמנית הוציא לאור פרידלנדר ב-1779 את 'המקראה לילדים יהודים'. בין מנדלסון לפרידלנדר, צעיר משכיל ונמרץ בן 28 ממשפחת הסוחרים מקניגסברג שנישא לאחת מבנות משפחת איציג העשירה, התקיימו אז יחסים ידידותיים וקרובים במיוחד, שבאו לידי ביטוי בין היתר בנסיעות משותפות לדרזדן, לדסאו ולקניגסברג. פרידלנדר לקח על עצמו לגייס כספים בעבור הדפסת 'הביאור', ולשם כך ניצל בהצלחה רבה את הקשרים המשפחתיים והעסקיים שלו עם יהודים בעלי הון בערי פרוסיה ובמקומות אחרים. מנדלסון ציין זאת לשבח כאשר פירסם את רשימת החותמים: "בראש כולם אחזיק טובה לאיש בריתי ושלומי, רע כאח לי, הנכבד דוד פרידלנדר, כי הוא היה ראש כל העוזרים והתומכים אותי".

בית-הספר 'חינוך נערים' היה המוסד החינוכי היהודי המודרני הראשון בחברה היהודית האשכנזית והמקראה לילדים יהודים הייתה ספר הלימוד המודרני הראשון. אמנם מנדלסון לא יזם את הפעילות הזאת של בעלי ההון הפילנתרופים בתחום החינוך היהודי בברלין, אבל במקראה הגרמנית שילב פרידלנדר חומרים פרי עטו של מנדלסון, ובהם תרגום כמה משלים בעלי לקח מוסרי מתוך התלמוד ותרגום לגרמנית של שלושה-עשר העיקרים של הרמב"ם. מעניינת במיוחד התפילה האוניברסלית לבורא העולם שכתב מנדלסון למקראה תחת הכותרת "תרגיל בהרהורים דתיים של פילוסוף". בתפילה שבה ביקש, בין היתר, "עשה אותנו חכמים כדי שנהיה מאושרים", ביטא את אמונתו בדת הטבעית, שערכיה ועיקריה גלויים לכל בני-האדם התבוניים והמוסריים וכן בהומניזם. לצד תרגום תפילת "שמע ישראל", עיקרי האמונה של הרמב"ם ועשרת הדיברות, שייצגו את ייחודה של הדת היהודית וביטאו את המחויבות לקיום התורה ומצוותיה, הבליטה התפילה הפילוסופית את המשותף בין כל הדתות ואת תפיסתו של מנדלסון - אלוהים הוא מקור הטוב, האמת, החוכמה והאהבה, הוא יוצר הטבע והוא מנחה את בני-האדם בדרך אל האושר ודואג להרמוניה בעולם. בראש 'המקראה לילדים יהודים' הופיע סמלה של 'חברת חינוך נערים' - מדליון עטור פרחים הנושא את שם בית-הספר בעברית ('חינוך נערים') ובגרמנית ('בית-הספר היהודי בחינם בברלין') ומתחתיו פזורים אביזרי הלימוד השונים - ספרים, מחברות, כלי כתיבה ומכשירי מדידה. על המשמעות של הקמת המוסד החינוכי הזה העידו תוכנית הלימודים שלו, מטרותיו, ספר הלימוד המיוחד שהוכן בעבור התלמידים והשם שניתן לו - 'חינוך נערים' - שהיה בבחינת חלופה והשלמה לחינוך המסורתי של תלמוד תורה. הוא ביטא את אי-הנחת מדרכי החינוך המסורתי, בייחוד את הכוונה לשנות באופן קיצוני את המוקד בחינוך היהודי ולהעבירו מהצורך והחובה ללמד את התוכן המקודש של "התורה" אל התלמיד והכשרתו - "חינוך" הנערים.

החינוך המתאים ליהודים, שהיה אחד הנושאים המדוברים ביותר בשיחות הסלון אצל מנדלסון, הפך בשלהי המאה ה-18 לשאלת מפתח בדיון שהתנהל במדינות שונות באירופה בסוגיית מקומם של היהודים במדינה המודרנית. שני אירועים שהתרחשו בסוף 1781, אשר הסעירו במיוחד את דעת הקהל, עוררו אצל מנדלסון רגשות מעורבים ואילצו אותו לבחון שוב ושוב באמצעות חיישני הסובלנות והנאורוּת שלו את ההתפתחויות החדשות והמואצות. האירוע הראשון היה פרסומה ברבים של תוכנית מרחיקת לכת שבבסיסה מעין עסקת חבילה: שיפור דרסטי במעמד היהודים במדינה תמורת שינוי עמוק בחינוך ובמערכת העיסוקים שלהם. יוזם התוכנית הזאת, שהתפרסמה בברלין בחיבור שכותרתו 'על תיקונם האזרחי של היהודים', היה כריסיטאן וילהלם פון דוהם, פקיד בכיר בממשל הפרוסי, מלומד בעל הכשרה אקדמית וחבר בחוגי הנאורים בברלין. מקורה של התוכנית הנועזת הזאת במושגי התקופה היה בפנייה של קהילות שהיו שרויות במצוקה ושראשיהן ביקשו את התערבותו של מנדלסון. בעקבות גל של הסתה אנטי-יהודית, שאיים על יהודי קהילות אלזס שבצרפת, פנה סרף בר, אחד ממנהיגי היהודים שם, למנדלסון וביקש ממנו לספק להם כתב הגנה מעודכן. מנדלסון החליט במקרה הזה לבקש מדוהם לקחת על עצמו את המשימה מתוך הערכה שתזכיר בזכות היהודים שיֵצא מתחת ידיו של מלומד נוצרי יהיה בעל תוקף חזק הרבה יותר.

דוהם לא רק שקיבל עליו את כתיבת התזכיר, אלא השקיע מחשבה רבה בסוגיית היהודים מול המדינה באירופה של תרבות הנאורוּת. הוא הכין חיבור מקיף יותר שניתח את הסיבות לאפליית היהודים ולדחיקתם לשוליים, הפריך את רוב ההאשמות שהוטחו בהם והתווה תוכנית לשיקום היהודים באמצעות חינוך משופר ובאמצעות הסבה למקצועות יצרניים. מסקנתו הייתה מרחיקת לכת: המדינה המבקשת לאמץ את העקרונות ההומניים של הנאורוּת אינה יכולה לנהוג ביהודים באותה הברבריות שאיפיינה את העידן שבו הכתיבה הקנאוּת הדתית את מדיניות השלטון. עליה להבין שהתכונות של היהודים באותה תקופה שבעטיין אינם יכולים לתרום תרומה של ממש למדינה - בין היתר מוסר מפוקפק של סוחרים, ריכוז יתר במסחר, ליקויים בהשכלה כללית ורפיסוּת גופנית - הינן מתוצאותיה העגומות של מדיניות האפליה ארוכת הימים שאין להמשיך בה. "היהודי הוא יותר בן אדם מאשר יהודי", הכריז דוהם ברוח מסריו הסובלניים של לסינג, ועל כן מנהגי הדת השונים שלו אינם עילה להדרתו מזכויות האדם והאזרח.

לאחר כמה חודשים - בתקופה שבה התנהל בדעת הקהל בגרמניה ויכוח ער בשאלה האם תוכניתו הרדיקלית והמפתיעה של דוהם ניתנת ליישום - פירסם קיסר האימפריה האוסטרית יוזף השני החל באוקטובר 1781 סדרת "צווי סובלנות" לקהילות היהודים שתחת שלטונו. בבואו לשנות את מעמדם של היהודים חברו אצל הקיסר הצעיר והנמרץ רגישוּת יוצאת דופן למעמדם של המיעוטים השונים באימפריה, עניין רב בטיפוח תרבות הנאורוּת ושאיפה לייעל את המדינה באמצעות הנהגתם של סדרים אחידים לכלל האוכלוסייה והידוק הפיקוח של מערכת הפקידוּת. על אף שהצווים הללו רחוקים היו מלהבטיח זכויות ושוויון, ובמקומות רבים נותרו ללא שינוי ההגבלות על מגורים ותעסוקה, הרי שבמחנה הנאורים חסידי עקרון הסובלנות הדתית התעוררה התלהבות גדולה. לראשונה מלך אבסולוטיסטי אך נאור ביטל הגבלות ואפליות שהטילה המדינה הנוצרית על המיעוט היהודי שבה ובו-בזמן הציע ליהודים דרך של השתלבות במדינה באמצעות הכפפת הקהילות למערכת הביורוקרטית של המדינה וחינוך הדור הצעיר במערכת בתי-ספר חדשה שבמרכזה השפה הגרמנית ולימוד מדעים.

דוהם ויוזף השני, כך נראה היה בתחילת שנות ה-80, פתחו כמעט בו-בזמן אופקים חדשים לקיום היהודי בעידן המודרני. בפני דעת הקהל הוצגה אופציה של שינוי מרחיק לכת בדפוסי הקיום הקיימים - בסמכויותיה של הקהילה, במוסדות החינוך, בזיקה למוסדות השלטון, בכלכלה (דוהם ויוזף השני המליצו על מעבר ממסחר למלאכה ולחקלאות) ואף בשפה ובשמות (הקיסר האוסטרי דרש לאמץ שם משפחה שעובר מאב לבנו). תגובתו של מנדלסון להתפתחות המואצת הזאת באה לידי ביטוי בתחילת 1782 באחד החיבורים החשובים והמעניינים ביותר שפירסם בשאלת היהודים – ה'הקדמה' לספרו של מנשה בן ישראל 'תשועת ישראל'. החיבור הזה גרם לתגובת שרשרת שבעטייה נקלע מנדלסון למערבולות חדשות.

הרב הפורטוגלי בן ישראל, שהיה מראשי קהילת אמסטרדם במאה ה-17, ביקר בשנות ה-50 של אותה מאה בלונדון וניהל מאבק יחיד שמטרתו להשיג את הסכמתה של אנגליה לשובם של היהודים למדינה. השתדלותו אצל אנשי הממשל בתקופת שלטונו של אוליבר קרומוול עוררה תסיסה והתנגדות. זו הייתה אחת מן המערכות הראשונות בדיון הציבורי בשאלת היהודים בתחילת העת החדשה. ב-1656 חיבר והדפיס בן ישראל בלונדון בשפה האנגלית את 'תשועת ישראל' - כתב ההגנה על היהודים המפריך את הטענות נגד שיבתם לאנגליה לאחר הגירוש בשלהי המאה ה-13. בחיבור הקצר הזה הקדיש תשומת לב מיוחדת לעלילות הדם, לאכזריות האינקוויזיציה הקתולית ולטענות שהיהודים נוהגים לחרף את הנוצרים בתפילותיהם ולהונות אותם במסחר. בן ישראל טען שבחינה מחדש של האשמות השווא הללו ללא משוא פנים ודעות קדומות תוביל לתמיכה בהענקת חסות ליהודים באנגליה. מכיוון שפיזור היהודים עד לקצות הארץ ("אני מעלה בדעתי", כתב בן ישראל, "כי קצה הארץ אין משמעו אלא אי זה") הוא תנאי מקדים לגאולה, יהיה בכך גם כדי להחיש את ימות המשיח. מנדלסון היה רחוק מאוד מחזון משיחי כגון זה שהניע את הרב מאמסטרדם בן המאה ה-17, אך כאשר ביקש לתרום את תרומתו שלו לדיון המתחדש בדעת הקהל באירופה בשנות ה-80 של המאה ה-18 בשאלת היהודים, הוא מצא לנכון לפרסם תרגום גרמני של אותה אפולוגטיקה על היהדות ועל היהודים. ב'תשועת ישראל' התמודד בן ישראל עם טענות רבות של הנוצרים נגד היהודים. מבחינתו של מנדלסון זו הייתה דוגמה מוצלחת למאבק על זכויות ליהודים.

"עכשיו שמרבים כל כך לדבר ביהודים ועל היהודים דברים מדברים שונים", כתב מנדלסון, "נראה לי שכדאי לתרגם את חבורו של הרב". דומה שמנדלסון חש בתחילת שנות ה-80 - בייחוד לאחר שקרא את כתב ההגנה המודרני על היהודים שחיבר בברלין דוהם וכן תגובות ביקורתיות ראשונות -כי מצבו דומה לזה של בן ישראל בלונדון, וכי ייתכן שהוא ממלא תפקיד דומה של דובר היהודים. 'תשועת ישראל', הדגיש מנדלסון, נכתב בנקודת זמן שבה בן ישראל כמעט שהתייאש מן הסיכוי להשיג את מטרתו. ההקדמה משקפת את עמדתו האמביוולנטית של מנדלסון ואת סערת רוחו. בכמה מקומות בהקדמה ביקש להראות לדעת הקהל כי מאמציו הבלתי נלאים של הרב המופלא בעיניו הביאו לפתיחת שערי אנגליה בפני היהודים ולניצחון עקרון הסובלנות, ובמקומות אחרים נתן ביטוי לייאוש, לדכדוך ולתחושת התסכול שלו כי לעולם תוצב חומה בפני הסובלנות: "תמוה איך לובשת הדעה הקדומה צורותיהם של כל הדורות, כדי לדכא אותנו ולהעמיד מכשולים לקבלתנו כאזרחים". חלומותיו הנשגבים ביותר וסיוטיו הקשים ביותר התערבבו יחד בדברי ההקדמה שכתב בשלהי חורף 1782.

תחילה הרשה לעצמו מנדלסון להיסחף בהתלהבות הגואה לנוכח ההתפתחויות החדשות בדיון הציבורי בעניין היהודים ולחלום כי הנה נפתחים השמים ומתגשמות משאלות הלב של ההומניסטים הנאורים, רודפי השלום והסובלנות. כארבע שנים לפני מותו פתח מנדלסון את ההקדמה במילים: "שבח והודיה להשגחה העליונה שזכתני ברוב חסדה לראות עוד באחרית ימי את השעה המוצלחת, שבה הוחל לתת אל לב את זכויות האנושות במלוא היקפן הנכון". פרסומם של המחזה נתן החכם של לסינג, התוכנית להענקת אזרחות ליהודים שהציע דוהם וצווי הסובלנות של הקיסר יוזף השני יצרו בעיניו של מנדלסון מציאוּת חדשה. הוא סבר כי רצונה של ההשגחה האלוהית בשלום עלי אדמות וייעוד האדם לממש את זכויותיו הטבעיות לסובלנות ולחירות באים לידי ביטוי אצל הקיסר במתווה פוליטית מעשית ובת מימוש. אני עצמי, הבהיר מנדלסון את מקומו ההיסטורי בהערה אוטוביוגרפית מאלפת, חסר כישורים פוליטיים ועל כן ממלא בדרמה הזאת אך ורק את תפקיד הפילוסוף הפסיבי, המתבונן מן החוץ וחולם על התגשמות משאלות לבו. במידה רבה זו הייתה הצהרה של היהודי הפרוסי המתגורר בברלין תחת שלטונו של פרידריך השני, כי אין בכוונתו לפעול להתססת הרוחות כדי שגם במדינות אחרות, ואולי אף בפרוסיה עצמה, ייקחו דוגמה מן הקיסר האוסטרי:

יותר מדי רחוק אני מן הקבינטים של גדולי עולם ומכל מה שיש בו כדי להשפיע עליהם, כי אוכל ליטול חלק כלשהו בענין הגדול הזה ולשתף בו את פעולתי. יושב אני במדינה, שאחד השליטים החכמים ביותר, אשר שלטו בזמן מן הזמנים על בני אדם, הביא בה את האומנויות ואת המדעים לידי פריחה רבה כל כך ועשה את חופש המחשבה המושכל לקנין כללי כל כך, שפעולתם מתמשכת אפילו על הפחות שבתושבי מדינותיו. תחת שבט הוד מלכותו מצאתי לי הזדמנות וזרוז לקנות השכלה, לחשוב מחשבות על יעודי שלי ושל אחי, ולהגות, לפי מדת כוחותי, הגיונות על בני אדם, על הגורל וההשגחה. אלא שכל ימי רחוק הייתי מן הגדולים ומחברתם. חייתי תמיד את חיי בסתר, מעולם לא הייתה לי עילה או נטיה להתערב בעסקי עולם העשיה [...] במרחק האפל הזה עדין אני עומד, ובכיליון עינים ילדותי הנני מצפה לראות מה יהיה בסופו של כל זה לפי רצון ההשגחה רבת החכמה והחסד.

אין ספק שבעדות הזאת של מנדלסון על עצמו הייתה הנמכה מכוונת של מעמדו בזירה הציבורית. לא היה דבר רחוק מן האמת יותר מאשר לתאר את חיי מנדלסון בעשרים השנים האחרונות במילים "חייתי את חיי בסתר". הדברים האלה היו אולי בגדר משאלת לב של פילוסוף שנגרר אל מעמד של דובר היהודים ונתפס ככזה בדעת הקהל הכללית והיהודית, אך גם הביעו את רצונו להסיר מעליו את החשד כי הוא נכנס לתחום הפוליטי הרגיש כל-כך בפרוסיה וחובר אל הגורמים הדורשים יותר חירות ושוויון ומצהירים במילות חנופה הצהרת נאמנות מחודשת למלך הפרוסי.

ההקדמה לספרו של בן ישראל הייתה בראש ובראשונה הדרך שבה בחר מנדלסון להגיב לחיבורו המאתגר כל-כך של דוהם. על אף שמנדלסון היה זה שהביא את דוהם לכתיבת 'על תיקונם האזרחי של היהודים' ועל אף שהיה שותף למטרתו לשכנע את המדינה האירופית בשלהי המאה ה-18 כי אפשרי וחיוני לפעול לקידום התאזרחותם של היהודים, מצא מנדלסון כי תוכניתו של דוהם בעייתית ולקויה בבסיסה, ואולי אף מסוכנת. תחילה הוא העלה אותו על נס וקשר אותו להתפתחות העצומה והמבטיחה של הנאורוּת. אשרינו שדוהם תובע את זכויות היהודים בתוך המאבק האוניברסלי והמקיף לזכויות האנושות כולה, כתב מנדלסון והוסיף: "הפילוסוף של המאה השמונה עשרה לא השגיח בהבדל התורות [הדתיות] והדעות וראה באדם רק את האדם". ואולם המחלוקת של מנדלסון עמו הייתה עמוקה ביותר וכוונה נגד הנחת היסוד של דוהם לפיה היהודים זקוקים לתיקון יסודי ולשיקום בטרם יהיו ראויים לזכויות. מאחורי זה, חשד מנדלסון, קיימות עדיין אצל דוהם, בדיוק כמו אצל מתנגדי ההתאזרחות היהודית, דעות קדומות שעדיין לא עברו מן העולם. בלבו של מנדלסון צפו ועלו סיוטים כאשר קרא בספרו של דוהם על הליקויים הרבים בדפוסי החיים, בכלכלה, בחינוך ובמוסר. תחושות דומות עלו בו כשקרא מייד לאחר מכן את הביקורת של התיאולוג יוהן דוד מיכאליס, שהציג בביקורת שכתב על דוהם את המכשולים להתאזרחות המוּבנים ביהדות - התודעה של עם נפרד, הציפייה המשיחית לשיבת ציון וההגבלות ההלכתיות על מגעים עם נוצרים ועל שירות צבאי. מיכאליס, שהביע בעקביות ספקות לגבי אפשרות השתלבותם של היהודים בכלל האזרחים במדינה, פסל אולי את האפשרות שהיהודים יהיו לחיילים נאמנים ומוכשרים במדינה המודרנית, אך דוהם פסל אותם לשירות גם במנגנוני הממשל, ושניהם הציגו את היהודים כבעלי נטייה לרמאות ולהפרת החוק. בהקדמה חשף מנדלסון - יותר מאשר בכל מקום אחר בכתביו הפרטיים והמודפסים עד אז - את חרדתו לנוכח העולם הנוצרי ואת ספקותיו לגבי הייתכנות של השינוי המהותי המיוחל באותו שלב. האם תוכל הנאורות אי-פעם, שאל, למחות את עקבות הקנאות והברבריות בכל הנוגע ליחס כלפי היהודים?

ההשוואה בין העלילות הנוראות בתקופות שבהן סבלו היהודים האשמות שווא מידי קנאים נוצרים, כפי שמתאר בן ישראל, לבין ההאשמות בנות הזמן מגלה, לדברי מנדלסון, כי התרחש מפנה מסוים: בעבר רצו לעשותנו לנוצרים ועתה לאזרחים מועילים. אך הנחמה אינה גדולה כל-כך משום שהיום כמו אז משמשים היהודים מטרה לעלבונות ולהכפשות:

לפנים היו טורחים בנו כל מיני טרחות שאפשר לעלות על הדעת ומתקינים כל מיני תקנות כדי לעשותנו לא לאזרחים מועילים, אלא לנוצרים, ומכיון שהיינו קשי עורף וערלי לב כל-כך שלא רצינו להתנצר, היה בזה טעם מספיק לראותנו כמשא ללא הועיל על פני האדמה ולטפול על המפלצת המנוולת את כל התועבות שבעולם, שהיה בהן כדי לעשותה מטרה לשנאה ובוז של כל בני האדם.

והנה עתה טוענים כלפינו, הוסיף מנדלסון, כי איננו מתאימים לאזרחות: "מאשימים אותנו שאנו מחזיקים באמונות תפלות ושקועים בבערות, שאנו חסרי רגש מוסרי, טוב טעם ונמוסים נאים, שאיננו מוכשרים למלאכות, למדעים ולאומנויות מועילות". ואולם, המשיך, ההגבלות המוטלות עלינו ודחיקתנו לשולי החברה אינן מאפשרות לנו להתפתח. מי שמעוניין באמת ובתמים בהשתלבות היהודים בחברה ובתרבות צריך קודם כול לשחרר אותם מן ההגבלות, שאם לא כן יימשך הדיכוי לנצח: "חוסמים בפנינו את כל הדרכים לתיקון מועיל של מצבנו, ועושים את חוסר התרבות עילה להוסיף ולדכא אותנו. כופתים את ידינו, ומוכיחים אותנו על שאין אנו משתמשים בהן".

באשר לשאלה האם נחלשה הקנאוּת הדתית, מנדלסון היה סקפטי ביותר. הוא טען שיש למגר קודם כול את האגדות השקריות שטפלו על היהודים, ולעניין זה כתב ההגנה של בן ישראל לא איבד מחשיבותו, והוא בעיקרו אקטואלי גם לאחר למעלה ממאה שנים. בפרץ מחודש של פסימיות הודיע מנדלסון לקוראיו את עובדות החיים המצערות: הנאורוּת של המאה ה-18 עדיין לא הצליחה למחות את "עקבות הברבריות של ההיסטוריה". בערים מסוימות בגרמניה עדיין לא מניחים ליהודי "להלך לאור היום בלא משמר, שמא יתנקש בנפשו של ילד נוצרי או יסמם את הבארות. ובלילות אין סומכים אפילו על שמירה מעולה מפני המגע ומשא שיש לו, כידוע, עם הרוחות הרעות". גם אחד המיתוסים האנטי-יהודיים החריפים ביותר, שנוצר במאה ה-16 בנסיכוּת ברנדבורג (שהפכה ב-1701 לממלכת פרוסיה), נחשב בעיני רבים כאמת לאמיתה. ב-1573 גורשו יהודי ברלין והנסיכוּת כולה לאחר שטובע המטבעות וסוכן החצר היהודי ליפולד הורשע ברציחתו באמצעות הרעלה של נסיך ברנדנבורג יואכים השני והוצא להורג באכזריות. ואולם ההיסטוריונים, כך הראה מנדלסון, הוכיחו מתוך המסמכים שליפולד לא היה קשור כלל למותו של הנסיך ועל כן לא הייתה כל הצדקה לעינויים המזוויעים שעבר כדי לסחוט ממנו הודאה. גורלו היה נורא. מנדלסון מתאר ללא כחל ושרק את העינויים שעבר ליפולד לאחר חקירתו:

צבטוהו עשר פעמים בצבתות מלובנות במקומות שונים בגוף, ועל פיגום שנבנה לשם כך בשוק החדש של ברלין מתחו את ידיו ואת רגליו על הגלגל ורוצצו את עצמותיו בארבע נגיפות, גזרוהו לארבעה גזרים, ואת בני מעיו עם ספר הכשפים יחד שרפו באש. עכבר גדול, שהגיח מתחת הפיגום, והכל הכירוהו בבירור שהוא שד הכישוף, סילק מלב הרואים כל שארית של ספק שהנדון נענש בדין ובצדק.

גירוש יהודי ברלין וברנדנבורג היה אפוא תוצאה של עלילה קשה וחסרת בסיס, תוצר של דעות קדומות ואמונות תפלות, אך המיתוס הזה נותר לדעתו של מנדלסון צרוב בזיכרון הקולקטיבי של הגרמנים. מנדלסון הביא ראיה נוספת לכך ש"אפילו הנאורות שבימינו, הטובים מאלה שבעבר, עדין לא הגיעה כל עיקר עד כדי כך, שאותן האשמות גסות לא תוספנה לפעול את פעולתן". דבריו התייחסו אל עלילת דם שהתרחשה בקהילת פוזן בשנות ה-30 של המאה ה-18: שני רבני הקהילה נאסרו שם ועונו קשות באשמת רצח של ילד נוצרי ושימוש בדמו לצורכי חג הפסח. "חס אני על הרגש האנושי של קוראי", כתב מנדלסון, "ואני מונע עצמי מלספר בפרוטרוט את כל מעשה העינויים האלה. נוראים היו מכל העינויים שהברבריות הרשתה לעצמה להשתמש בהם בזמן מן הזמנים".

האם יש לכך תקנה? שאל מנדלסון, האם ניתן להיאבק בהצלחה באותן "האשמות גסות", "חוקים ברבריים" וכל אותה מורשת נוצרית אפֵלה, כבדה ומעיקה שנוצרה בימי-הביניים? בנקודה הזאת בחייו גבר אצל מנדלסון הייאוש. גם אם יקוצצו שורשיהן של הדעות הקדומות ביחס ליהודים הן ימשיכו לינוק מן האויר ולהתקיים. מי שהדעה הקדומה כבשה את לבו לא ירצה להטות אוזן לנימוקים שכנגד. על כן אולי אין הרבה טעם ותוחלת במאבק הנאורוּת נגד אטימוּת הלב, ו"לשוא מרימות התבונה והאנושיות את קולן, כי דעה קדומה שהזדקנה אין לה עוד חוש שמיעה".

באותה נשימה שבה אמר מנדלסון את הדברים הקשים הללו, שאפשר היה בצדק לפרשם כהרמת ידיים וכפרישה מן המאבק לסובלנות דתית, הוא שב לטוות את חוטי חלומו. מול שורת הצעדים שהציע דוהם שאותם חייבת המדינה לנקוט כדי לשקם ולתקן את החברה היהודית כך שבניה יתאימו לאידאל של האזרח המועיל וההגון, העמיד מנדלסון דגם חלופי לתהליך ההתאזרחות. כסוחר וכמנהל יהודי בתעשיית הטקסטיל הוא נעלב באופן אישי מקביעתו של דוהם ולפיה היהודים אינם מועילים למדינה כל עוד הם אינם יצרניים ומרוכזים ברובם במסחר. כנגד זה הציע מנדלסון תיאוריה כלכלית אחרת המסתייגת מן ההכוונה והפיקוח של המדינה, המצדדת בתחרות חופשית, בחופש בחירת העיסוק ובשוק דינמי שאינו מופרע על ידי התערבות מבחוץ, והיודעת להעריך את תפקידם החיוני של כל הפעילים במערכת הכלכלית. בניגוד לדימוי השלילי של הסוחר טען מנדלסון בהגנתו על תחום העיסוק הדומיננטי של היהודים, כי תרומתו למדינה עצומה: "סוחר לא אחד היושב אל שולחן כתיבתו ומחשב חישובים, או נח בכורסתו ומתכנן תוכניות, יוצר בעצם הרבה יותר מן הפועל ובעל המלאכה המקים רעש גדול". ללא הסוחר המזרים את הסחורות ברחבי העולם הכלכלה כולה תהיה משותקת. בזה רבה התועלת אפילו של הרוכל היהודי: "תגרן יהודי קטן שבקטנים הריהו מבחינה זו לא צרכן בלבד, אלא תושב (איני רשאי לומר אזרח) מועיל של המדינה, יצרן ממש". לדעתו, המדינה אינה צריכה להתערב בתהליכים הדמוגרפיים. בתגובה לחששו של דוהם, בדומה לזה של שליטי פרוסיה, כי המדינה תוצף באנשים מיותרים שאינם מביאים תועלת, יצא מנדלסון נגד מדיניות מווסתת ומחה על האפליה כלפי החלשים בחברה:

שום מדינה אינה יכולה לותר אפילו על הפחותים שבתושביה [...] מבלי לגרום נזק ניכר ומורגש לעצמה, ושום קבצן אינו מיותר, שום בעל מום אינו פסול לשימוש בעיני ממשלה מחוכמת.

מנדלסון יצא חוצץ נגד מדיניות הפיקוח ההדוק על תנועת האוכלוסין ועל רישיונות המגורים, שהייתה קשוחה במיוחד בפרוסיה ופגעה קשות ביהודים. גם בנושא הזה הוא הציג עמדה ליברלית הדורשת מן המדינה להימנע מהתערבות ומפיקוח. לדעתו, בתנודות האוכלוסין, כמו בפעילות הכלכלית, מתקיימת חוקיות טבעית של היצע וביקוש:

כל מערכה כנגד גידול מספר האוכלוסין, כל תקנה שמתקינים כדי לעכב את התרבותם, גורמים לתרבות התושבים, ליעודם ולאושרם של בני אדם הפסד גדול יותר מן הריבוי המופלג שמפחדים ממנו. נסמוך בזה על חכמת סדרו של הטבע. אל נעכב את מהלכו.

על-פי חזונו של מנדלסון ראוי לקבל את היהודים כפי שהם ולא לדרוש מהם מתוך פטרונות לשנות את אורחות חייהם כתנאי לקבלתם. תהליך האזרחות האידאלי, הליברלי וההומני ביותר שהוא ראה לנגד עיניו ראוי שיתממש על-פי התקדים של הולנד בימי בן ישראל, ותנאי היסוד שלו הוא הבטחת החירות ללא אפוטרופסות, ללא פיקוח, ללא הכוונה וללא הצבת תנאים מקדימים ודרישות לשיקום:

רק החופש, הרוח הנדיבה של הממשלה, החוקים הישרים והזרועות הפתוחות, שבהן מקבלים את בני האדם למיניהם, למלבושיהם, לדעותיהם, לנמוסיהם, למנהגיהם ודתיהם השונים, ומגינים עליהם, ומניחים להם לפעול ולעשות; רק המעלות האלה הן הן שיצרו בהולנד את הברכה המרובה כמעט יותר מדי, את שפעת הטוב, שבגללה כולם מקנאים בה כל כך.

בחלום הליברלי שלו תהליך התאזרחותם של היהודים יתממש בהצלחה ככל שהמדינה הריכוזית המודרנית תאמץ גישה פלורליסטית, תוותר על הרצון לאחידוּת, ובעיקר תמשוך את ידיה מן ההתערבות הבוטה והמגבילה בחייהם - התערבות שדווקא דוהם, "הפילוסוף של המאה השמונה עשרה", באופן פרדוקסלי הציע להעמיק.

בדברי התגובה שלו למיכאליס, למשל, ביטא מנדלסון את זעמו על כך שבמקום לעשות הבחנה על-פי בסיס השוני הדתי בין "נוצרים" ו"יהודים" הוא השתמש דווקא במונחים המציינים שוני אזרחי - "גרמנים" ו"יהודים", המדירים את היהודים מחבר האזרחים. בעלבון עמוק כתב:

ודאי הוא נזהר מלהעמיד את ההבדל שביניהם רק על דעות שבאמונה ודת, ומבקש לראותנו כזרים [...] מבקש הייתי לברר, כמה אלפי שנה צריך יחס זה של אדון הארץ ונכרי להיות הולך ונמשך? האם לא מוטב יהיה להשכיח את ההבדל הזה לטובתה ותועלתה של האנושות ותרבותה?

את הצעד הראשון בתהליך ההתאזרחות, סבר מנדלסון, צריכה לעשות המדינה, שתבטל את כל המגבלות והאפליות המוטלות על היהודים, וזאת ללא כל תנאי מוקדם וללא דרישה לשינוי בדפוסי הכלכלה והחינוך. ואילו את הצעדים של היהודים "לקראת התרבות" יעשו הם עצמם מתוך הכרה בשינוי מרחיק הלכת באווירה הכללית, מתוך הכרת תודה על "האהבה" המורעפת עליהם ומתוך אימוץ מרצון של ערכי הסובלנות. כחברים רצויים בחברה האזרחית לא יהיה עוד צורך בקיומה של האוטונומיה הקהילתית. מערכת המשפט, למשל, תהיה כללית והשופטים - יהודים או נוצרים - אך קודם כול ישרי לב, יוכלו לדון בסכסוכי יהודים גם על-פי דיני התורה. למי שחושש מכך שמחויבותם של היהודים לחזון ההתיישבות המחודשת בארץ-ישראל לא תאפשר להם להיות נאמנים באופן מלא למדינה המאזרחת אותם השיב מנדלסון, כי שיפור ניכר בתנאי החיים יגרום להדחקת הציפייה המשיחית הזאת. לדעתו, ההתאזרחות והסובלנות יגרמו ליהודים להותיר את הציפיות האלה בתחום בית הכנסת בלי שיהיו בעלות משמעות לחייהם בהווה:

השיבה המקווה לארץ ישראל, הגורמת דאגה מרובה כל כך לאדון מיכאליס, אין לה השפעה כלשהי על התנהגותנו האזרחית. דבר זה הורה הניסיון מאז ומעולם בכל מקום שנהגו ביהודים במידת הסובלנות. הרי זה מתאים מצד אחד לטבעו של האדם, שאם איננו מבעלי ההזיה, הריהו אוהב את האדמה שהוא חי עליה חיים טובים. אם רגשותיו הדתיים מנוגדים לכך, הריהו כובש אותם בשביל בית הכנסת והתפילות ושוב אינו נותן דעתו עליהם.

הגשמתו של חלום ההתאזרחות הליברלי והפלורליסטי הזה של מנדלסון הייתה תלויה גם בהתגברות על מכשול גבוה אחר - דבקותם של היהודים בארגון הקהילתי האוטונומי שלהם. למגינת לבו של מנדלסון, ניתנה לכך בתוכניתו של דוהם דווקא תמיכה מלאה. דוהם אמנם דרש שורה של שינויים עמוקים בכלכלה, בתעסוקה ובחינוך, אך לא הרחיק לכת מעֵבר למבנה הקיים של מדינת המעמדות, שבה יש לקבוצות שונות זכויות שונות של התארגנות, חקיקה ושיפוט עצמי. לדעתו, גם במצב שבו המדינה תעניק בהדרגה זכויות אזרח ליהודים לא תהיה כל מניעה מלהמשיך במצב הקיים, שבו נהנים היהודים מחופש להתארגן גם מבחינה אזרחית (שיפוט על-פי חוקי ההלכה) וגם ב"חברה כנסייתית" משלהם שסמכויותיה יכללו את הזכות להחרים את הסוטים מדרכי הדת. מנדלסון סבר כי זהו מצב בלתי אפשרי העומד בסתירה הן לעקרונות הנאורות, הן לערך הסובלנות הדתית והן לחירותם של היהודים במדינה האידאלית שעליה חלם: "להנהיג משמעת כנסיתית ועם זה לקיים בלא הפסד את האושר האזרחי, הרי זו בעיני בעיה שהפוליטיקה עדיין צריכה לפתור אותה". כנגד המצב הזה ולמען הפקעת סמכות ההחרמה מידי ההנהגה הרבנית הוא יצא בהקדמה באופן הנחרץ ביותר, תוך פרישת משנתו הליברלית בפירוט רב, נגד סמכות השלטון והכוח של כנסייה דתית כלשהי.

דרך ההתנצחות הרטורית שלו עם העמדה המתירה לזרועות הכנסייה לפעול בכוח האיום להחרים ולהעניש "כדי לייסר או להדיח מקרבה את המרדנים ולהחזיר למוטב את התועים והסוטים", הייתה חסרת תקדים ומתלהמת, והדבר מעיד עד כמה נגעו הדברים בציפור נפשו. מאז העימות עם לפאטר למעלה מעשר שנים קודם לכן לא הרשה מנדלסון לעצמו להשתחרר מכל רסן, לאבד את שלוותו הפילוסופית המפורסמת, ולהשמיע קול זעקה המבטאת את האמונה הבוערת בלבו:

איני מכיר שום זכות על אנשים ודברים התלויה בהלכות דעות ומיוסדת עליהן [...] ופחות מכל אני מכיר זכות ושליטה על דעות מטעם הדת [...] הדת האמיתית, האלוהית, אינה נוטלת לעצמה שליטה על דעות והשקפות [...] הדת האמיתית, האלוהית, אינה צריכה לא לזרועות ולא לאצבעות, היא כולה רוח ולב [...] איך ימלאנו לבנו לנעול דלת בפני הפורש, בפני בעל דעות אחרות, בפני בעל דעות מוטעות או נוטה מן הדרך, ולשלול ממנו את החופש [...] בית התפילה של התבונה אין לו צורך בדלתות נעולות. מבפנים אין לו מה להצפין, ומבחוץ אין למנוע את הכניסה משום אדם [...] אני עובר בשתיקה על הסכנה, הכרוכה במתן זכות זו של הוצאה מן הקהל, על השימוש לרעה, שאין להמנע ממנו אגב זכות נידוי כזאת, כמו אגב כל משמעת כנסיתית ושלטון כנסיה. אהה! המין האנושי אף מקץ שנות מאות לא ירפא ממלקות המגלבים, שהלקוהו המפלצות האלה! איני רואה כל דרך לבלום במתג ורסן את קנאת הדת הכוזבת, כל זמן שדרך זו פתוחה תהיה לפניה.

האם חשב מנדלסון על עצמו כפורש העלול לעמוד לדין הכנסייה היהודית בדומה לברוך שפינוזה שהוחרם כמאה ושלושים שנים קודם לכן באמסטרדם? האם ראה בכך פתח להנצחת שלטונה העריץ של הכנסייה גם בעידן הנאורוּת? האם חשש מן הפגיעה בחירות המחשבה של היחיד? האם חשש מהתפוגגות החלום של המדינה האזרחית הליברלית שאינה מתערבת כלל באמונות ובדעות של חבריה? דומה שמשהו מכל אלה אכן הזין את החרדות של מנדלסון ולכן נזעק לשלול את החלק בתוכניתו של דוהם שתמך בהמשך האוטונומיה של הקהילה היהודית, ובכללה בהמשך השמירה על זכות החרמתם של הסוטים והפורשים. ואולם לקראת סיומה של ההקדמה העביר מנדלסון את מאבקו לסובלנות דתית מהחזית הפונה כלפי המדינה ואנשי הנאורוּת הגרמנית גם אל החזית הפנימית הפונה כלפי הרבנים. חששות כבדים העיקו אליו בעקבות הידיעות הטריות שהגיעו מפראג ומהמבורג-אלטונה בדבר האיום להחרים את 'הביאור'. זמן קצר לפני כתיבת ההקדמה אף גברו החששות כאשר הגיעו לברלין שמועות שהרב רפאל כהן מהמבורג-אלטונה פעל שוב בניגוד לערכי הסובלנות הדתית ורדף יהודי מן הקהילה שלו שביקש לפרוש מאורח החיים היהודי וכפר בסמכות הקהילה. הפרשה הזאת הגיעה לדעת הקהל באמצעות הסופר הגרמני בעל העט השנון והקנאי לנאורות אוגוסט קראנץ והעמידה את מנדלסון במבוכה. בשעה שהוא נאבק לסובלנות דתית של הנוצרים כלפי היהודים והתאמץ למגר את הדעות הקדומות הפגין אחד הרבנים לעיני כול את קנאותם הדתית של היהודים. הדבר הזה היה בלתי נסבל בעיניו והיווה הוכחה נוספת לכך שאין להנהיג עוד משמעת כנסייתית. המבוכה הפומבית שגרם לו הכישלון הגלוי לעין הציבור של הרבנים במבחן הסובלנות הדתית של הנאורוּת הייתה רבה.

מנדלסון בהחלט לא התכוון ששלטונות המדינה יתערבו במקרה הזה או שישללו בכוח החוק את סמכויות הרבנים. צעד כזה היה מנוגד להתנגדותו העקבית למעורבות המדינה בתהליך ההתאזרחות. לעומת זאת, הוא הציג שוב חזון משלו, ואולי הייתה זו יותר מכול משאלת לב שהסבירות להתגשמותה בפועל הייתה נמוכה מאוד: ויתור מרצון על זכות אכיפת המשמעת הדתית. בקריאה נרגשת אל הרבנים סיים מנדלסון בדרמטיות לא מבוטלת את ההקדמה, וטווה חלום נוסף של הצטרפות היהודים אל תרבות הנאורוּת באמצעות הפיכתה של הקהילה היהודית לארגון פתוח, שהחברוּת בו אינה חובה ואין לו סמכויות כפייה. מנדלסון קרא למנהיגי היהודים לוותר מרצון ומתוך הכרה על השימוש ב"חרב הנקמה שרק השגעון סבור כי יוכל להשתמש בו לבטח". ייתכן, הוסיף, שבעבר, בעידן הקנאוּת הדתית ורדיפת היהודים הקשה בידי הנוצרים מצאתם מעין פיצוי בניצול סמכותכם כדי לפקח ולהעניש את הנתונים תחת שלטונכם, ולא קשה להבין כיצד הקורבן האומלל מאמץ לפעמים את שיטות הנוגשים בו כלפי החלשים ממנו ("הנקמה מבקשת את הנושא שלה, וכשאינה יכולה לעשות כלום לאחרים, הריהי מכרסמת את בשר עצמה"). ייתכן גם שבעבר הושפעתם מן המגמה הכללית בעולם ומאותו "רעיון שוא כי הדת אינה יכולה להתקים אלא על ידי שלטון של ברזל, וכי תורות האושר הנצחי אינן ניתנות להתפשט אלא על ידי רדיפות ארורות", אבל עתה, בעידן הנאורוּת והסובלנות הדתית, כבר ראוי ללכת בעקבות דוגמאות טובות יותר. היום, כאשר אנו צועדים בנתיב של השתחררות מן השעבוד שמבחוץ, הגיעה השעה לוותר על הזכות לשעבוד מבית:

האומות נושאות וסובלות זו את זו ומראות גם לגביכם אותות אהבה וחמלה [ו] הו, אחי, קחו לכם למופת את האהבה, כשם שלקחתם למופת לכם עד עתה את השנאה! חקו את המדה הטובה של האומות, כשם שסבורים הייתם עד עתה כי מוטל עליכם לחקות את המדה הרעה שלהן. רצונכם שאחרים יחוננו ויסבלו ויחוסו עליכם, חוננו וסבלו וחוסו זה את זה! אהבו, והייתם אהובים!

האם יסכימו מנהיגי הדת היהודית לכרות את הענף שעליו ישבו ולוותר מרצון על מעמדם ועל סמכותם? האם יפרקו מרצון את מנגנוני הפיקוח והשלטון העצמי של הקהילה המסורתית? ההיסטוריה מראה כי בניגוד לחזון הזה של מנדלסון הייתה דווקא התערבותה של המדינה הריכוזית המודרנית בעלת מנגנוני הפיקוח הגורם הראשי להיחלשות האוטונומיה היהודית. ככל שהמדינה הפקיעה מטעמים של יעילוּת וחיזוק הריבונות שלה את סמכויות השיפוט, הענישה וגביית המיסים מידי הקהילה, כך הלכה ההנהגה המסורתית ואיבדה את כוחה. מנדלסון קרא היטב את המפה וחש בשינוי שחל בנשיבת הרוחות שעיצבו מחדש את דפוסי הקיום היהודי והתאימו אותם ל"מצב המודרני". הוא חזה את התפרקות הארגון הקהילתי מן הסוג הישן, אך לא עלה בידו לשכנע שהיוזמה צריכה לבוא דווקא מבפנים.

תגובותיו של מנדלסון בשנים שבמהלכן סערו הרוחות בקרב מלומדים וסופרים נאורים ופקידים בכירים בגרמניה בנוגע לשאלת היהודים מעידות עד כמה היה רגיש לתנודות בדעת הקהל. הפילוסוף היהודי המפורסם, שהתעקש לראות את עצמו כלא יותר מאשר מתבונן פסיבי מבחוץ, מילא הלכה למעשה תפקיד מפתח שאין ערוך לחשיבותו בשיח הציבורי שהתפתח מאוד בשנות ה-80 של המאה ה-18, וללא ספק נתפס בעיני רבים כדוברם של היהודים. כל מִלה שהודפסה מפרי עטו הפכה לנחלת הציבור המשכיל שעקב אחריו, קרא ושקל את דעותיו. מנדלסון לא התעלם מן הקולות החדשים והמפתיעים שהביאו אל חזית דעת הקהל את ערכי הנאורוּת ותבעו להסיק מהם מסקנות מעשיות בכל הנוגע למעמד היהודים במדינה, אך הוא גם ידע לשקול היטב את עוצמתם של המשקעים הכבדים והעכורים מן העבר - דעות קדומות, דימויים אנטי-יהודיים, חשדות וקנאוּת דתית נוצרית. לקוראיו הנוצרים הוא קרא לבחון מחדש את הזיכרון הקולקטיבי שלהם ואת הסטריאוטיפים השליליים והמושרשים כל-כך של היהודי, ולערוך בינם לבין עצמם חשבון נפש. בהקדמה שפירסם ב-1782 ניכר עד כמה היה הפילוסוף היהודי הליברלי הזה מברלין רוצה לראות בניצחונה המוחלט של הנאורוּת, אך גם עד כמה היה ספקן לגבי האפשרות הזאת. לא מעט חששות התעוררו אצלו דווקא בשעה שבה גברה האופטימיות בחוגי הנאורים הנוצרים והיהודים. חלומותיו על הנאורוּת, ההומניזם, הסובלנות ואהבת האחים הופרעו שוב ושוב בסיוטים על הקנאוּת דתית, אחיזת הברזל של הדעות קדומות, הרדיפות והחרמות מחוץ ומבית, ומצב רוחו נע והיטלטל מן הקצה אל הקצה.