למרבה האכזבה של מנדלסון, 'ירושלים', חיבורו ההגותי החשוב ביותר, לא הסעיר את החברה היהודית, ורבנים ומשכילים כאחד לא הרבו להתייחס אליו. אך מדאיגות במיוחד מבחינתו של מנדלסון היו התגובות הצוננות והמסויגות לספר בדעת הקהל של הנאורים הגרמנים. בשונה מהשבחים שהרעיפו עליו שש-עשרה שנים קודם לכן לאחר שפירסם את 'פיידון' רבו עתה קולות המבקרים. רעיונותיו של 'ירושלים', הודה מנדלסון, הם כאלה "שלא אורתודוכסים ולא הטרודוכסים משתי האומות ציפו להם". אמנם, מנדלסון זכה גם לדברי שבח לא מבוטלים מפי כמה וכמה אישים נחשבים, ובהם הוקיר במיוחד את מכתבו של עמנואל קאנט, שראה בספר המציג את היהדות כתואמת את עקרון חופש המצפון בשורה של רפורמה גדולה. ואולם יותר משקאנט הסכים לרעיונות היסוד של מנדלסון הוא ציפה שהם יהיו לנקודת הפתיחה בתהליך שסופו טיהור היהדות מן היסודות ההיסטוריים שלה, כלומר, ביטול ייחודה הפולחני. קאנט ביטא זאת בגלוי בחיבור משנות ה-90: כיצד זה שמנדלסון לא שיחרר את אחיו היהודים מעולן הכבד של המצוות? יוהן גוטפריד הרדר, הוגה דעות גרמני אחר, שלו הייתה השפעה מכרעת על השינוי באקלים התרבותי - מן הנאורות הרציונליסטית אל הרומנטיקה שהזינה את ההגות הלאומית, שיבח אף הוא את הספר. ואולם, כמו מבקרים אחרים הוא ביטל למעשה את ערכו בטענה שהתיאוריה המדינית שלו טובה אולי "ל'ירושלים' השמימית או העתידית", אך חסרת בסיס במציאוּת. חריף יותר בתגובתו השלילית, ואף המבזה, היה יוהן גאורג האמאן, הוגה הדעות הרדיקלי מקניגסברג שביקש להבליט את כוחם של הרגשות והאמונה ולהמעיט בחשיבות שייחסה הנאורוּת לרעיונות, לתבונה ולפילוסופיה.

בשנים 1785-1784 הלך והתחוור למנדלסון למגינת לבו כי אין ביכולתו למצוא תומכים רבים בעמדות ובטיעונים הפילוסופיים שהעלה ב'ירושלים'. הנאורים שנטו לדת הטבעית התקשו לקבל את דבקותו של מנדלסון בדת ההתגלות ובחובת קיום המצוות המעשיות. האורתודוקסים הסתייגו מן השלילה המוחלטת של הכוח השלטוני מהממסד הכנסייתי, וההוגים הראשונים של זרם המחשבה שהפילוסוף היהודי הבריטי ישעיה ברלין כינה "הנאורות שכנגד", תקפו את עצם התשתית הפילוסופית שלו ואת אמונתו בתבונה. אפילו אחד המקורבים לו ביותר, המורה הרץ הומברג שכבר היה באותה עת באוסטריה, לא היסס מלמתוח ביקורת על חלקים רבים של הספר ואף שלל באופן נחרץ את דעתו של מנדלסון בקשר לחובת המצוות. מנדלסון מעודו לא שגה באשליות ובחן בעיניים פקוחות את המציאוּת שלא עלתה בקנה אחד עם משאלות הלב שלו ועם עיקרי השקפת העולם שבה החזיק. עם זאת, תחושת המצוקה לנוכח דחייתן של הנוסחאות שהציע להמשך קיומם של היהודים גם ב"מצב המודרני" ומודעוּתו הגוברת לכך שחלומות הנאורות שלו עדיין רחוקים מהתממשות, ליוו אותו בשנתיים האחרונות של חייו ומהלו אותן במרירוּת רבה מתמיד. נראה היה אז שהנאורוּת מן הסוג של מנדלסון מתחילה לקרוס.

הפנמתו של עקרון הסובלנות הדתית הייתה בעיני מנדלסון התנאי הראשון במעלה להתגשמות חזון הנאורוּת במדינה המתוקנת. אך כפי שנוכח לדעת שוב ושוב - בתחילה בתגובות החשדניות למחזה של ידיד נפשו לסינג 'היהודים' בשנות ה-50, ולאחר מכן בפרשת לפאטר הטראומטית, כאשר עמדה על הפרק הסובלנות כלפי היהודים - התקשו אנשי הרוח והמדינאים להסיק את המסקנות המוחלטות המתבקשות מן העקרונות הכלליים של הסובלנות. התפיסה הרווחת הרואה את מקומם ההיסטורי של היהודים כ"אחרים" מובהקים לא התפוגגה עדיין, וממנה נגזרו גדרות, חומות והגבלות - הדיכוי האזרחי. מנדלסון ראה עצמו מחויב לעמוד על המשמר ואף הזהיר את ידידיו: "הברבריות" המאיימת להחזיר את הגלגל לאחור אורבת היום בכל פינה ואין מנוס אלא להתגונן בפניה בעיניים פקוחות.

בשלהי קיץ 1784 הודיע לו הרץ הומברג במכתב מריר מוִינה, כי נגוזה תקוותו לקבל משרה אקדמית נכספת כמרצה באוניברסיטה. הומברג, שעזב ב-1782 את משרתו כמורה פרטי לבניו ולבנותיו של מנדלסון בברלין ונסע לוִינה כדי למלא תפקידים מינהליים במנגנון הביצוע של חוקי הסובלנות שהוציא הקיסר יוזף השני בתחום הרפורמה של החינוך היהודי, כבר הצליח לעמוד בבחינות ההסמכה הנדרשות. ואולם הקיסר נמנע מלאשר את המינוי האקדמי של יהודי. מנדלסון ניסה לרכך את אכזבתו של הומברג, אך התקשה להסתיר את גישתו הצינית:

אנשים יוצאים מן הכלל עושים לעיתים רחוקות מה שאנשים רגילים מצפים מהם, כי הרי הם אנשים היוצאים מן הכלל. מה שהוד מלכותו [הקיסר] החליט בענינך הוא על-כן לגמרי בלתי חריג.

מנדלסון ציין כי גורל דומה היה גם מנת חלקו - האקדמיה למדעים בחרה בו לחבר והמלך לא אישר את הבחירה. כאבה של אותה מכה מעליבה שהנחית עליו פרידריך השני לא חלף עדיין. לא היו לו אשליות רבות ביחס לְמה שניתן לצפות משליטים אבסולוטיסטיים כמו פרידריך ויוזף השני, אך הוא העלה את השאלה כיצד ניתן בכל זאת להסביר את העובדה ששני השליטים הללו לא היו מסוגלים לממש את מדיניות הסובלנות שעליה הצהירו ולהכיר בזכותו של יהודי להשתלב במוסדות הבכירים של המלומדים. אין לי תשובה, כתב מנדלסון, והוסיף במשפט ציני נוסף: לא יעלה על הדעת ששנאה דתית הייתה המניע לפסילתנו. בינתיים אולי ניתן להתנחם בהכרה שאנו מקבלים מצידם של המלומדים: "הרי מוטב שזה כך משהיה הוד מלכותו מאשר אותך, אך הפילוסופיה הייתה דוחה אותך כבלתי ראוי".

חשדנותו של מנדלסון ביחס לכוונות המוסוות מתחת למעטה מדיניות הסובלנות של יוזף השני הייתה רבה מאוד ובאה לידי ביטוי ב'ירושלים' במאבק החריף שניהל נגד "מזימת אחדות הדתות". במכתב אחר להומברג המשיך וחידד את רגישותו לאותות האזהרה שהעידו לדעתו על הבעייתיות של מדיניותה של אוסטריה. הוא כתב:

הסובלנות הצבועה נראית לי מסוכנת אף יותר מאשר הרדיפה הגלויה. אם איני טועה בחיבור 'מכתבים פרסיים' מונטסקייה העלה את הרעיון ההרסני שלא קשיחות ורדיפות אלא עדינות וסובלנות הן האמצעים הטובים ביותר להמרה. נראה לי שבדיוק הרעיון הזה, ולא חוכמה ואהבת האדם, עלול להיות עכשיו העיקרון השולט.

ייתכן שלנוכח האיום המתוחכם הזה, הוסיף, יש צורך לאחד את השורות, להתגונן ולהתבצר מאחורי היהדות שאותה תיאר ב'ירושלים', זו שעיקרה דבקוּת במצוות המעשיות, ולהתפלל לכך שבעתיד ישרור פלורליזם.

גם בימים האחרונים לחייו הרגיש מנדלסון נרדף על-ידי אותו הדֶמון של הדעות הקדומות כלפי היהודים. באחד ממכתביו האחרונים, כחודשיים וחצי לפני מותו, כתב בנימה הקרובה לייאוש: "הדעות הקדומות כנגד האומה שלי מושרשת עמוק מדי בכדי שניתן יהיה לשרש אותה בקלות". מטבע הדברים, אם מותירים באדמה אפילו חלק קטן מאוד מהדעות הקדומות הרי שהוא הופך לזרע פורענות העלול להצמיח מייד גזע חדש. האם הקושי של הנוצרים להשתחרר מן הדעות הקדומות מעמיד בסימן שאלה את תרבות הנאורוּת כולה? בשנתיים האחרונות לחייו נתן מנדלסון במכתביו לידידיו הקרובים ביטוי רק לחלק קטן מחששותיו מפני כישלון הנאורוּת. קשים ונוקבים במיוחד היו הדברים שכתב בספטמבר 1784 לרופא השווייצרי צימרמן:

לא חלמנו על דבר מלבד הנאורות והאמנו שאור התבונה יאיר בעוצמה כזו את הסביבה עד שההזיות והקנאות המתלהבת לא תוכלנה עוד להראות. אבל כפי שאנו רואים מצידו האחר של האופק כבר עולה שוב הלילה עם כל רוחות הרפאים שלו. המפחיד מכל הוא שהרע הוא כה פעיל ומשפיע כל-כך. ההזיה והקנאות המתלהבת עושות והתבונה מסתפקת בדיבורים.

לְמה התכוון מנדלסון בדברים הללו? מי היו רוחות הרפאים שהטרידו את מנוחתו ועירערו כמו בתוך חלום מסויט את שלוות נפשו? קודם לכול, הייתה זו ידה הכבדה של הדת הממוסדת שאיימה להחניק את הסובלנות הדתית. מבחינתו של מנדלסון, הכישלון לעקור מן השורש את הדעות הקדומות של הנצרות ביחס ליהודים והמשך הדיכוי האזרחי והאפליות היו הסימפטום המדאיג ביותר. הוא היה מוטרד ומופתע לא פחות מראשית התעוררותה של המגמה הרומנטית בספרות, בתיאטרון ובהגות הגרמנית. כבר בשנות ה-70 של המאה ה-18 החלה המהפכה התרבותית שהביאה את הרומנטיקה הידועה בכינוי "סער ופרץ". זו הייתה התפרצות אנרגטית שיצאה נגד הפילוסופיה התבונית של הנאורוּת בשם הטבעיות, הרגשות, הסובייקטיביות והספונטניות. מנדלסון, כמו כמה עמיתים קרובים אחרים, התייחס בסלידה לתופעה הזאת וחשש מהשפעתה השלילית - דיכוי התבונה ושיבת האמונה התפלה בלבוש חדש. דומה שעולמו של מנדלסון הלך והתמלא בשנתיים האחרונות לחייו בעוד ועוד רוחות רפאים שאיימו על טוהר הנאורוּת האמיתית שבה דבק. אל הדֶמונים הוותיקים שאותם כינה ברבריות, דעה קדומה, אמונה תפלה וקנאוּת הצטרפו התלהבות דתית, הזיה ואתאיזם. העולם האפל בעיניו היה גם זה המלא בקנאוּת ובהתלהבות דתית ללא רסן של התבונה (אמונת יתר) וגם זה שהיה מרוקן מנוכחותו של אלוהים (כפירה) ושגם אותו תאר מנדלסון כהזיה. חייו של מי שאין בו אמונה באלוהים, כתב מנדלסון ביוני 1784 בהקדשה של אחד מהפרוטרטים שלו, אינם חיים אלא מוות איטי. קיומו של אלוהים בעולמו של מנדלסון היה הבסיס לכל הערכים ההומניסטיים שבהם האמין. ללא אלוהים גם האדם במשמעותו ההומניסטית אינו קיים.

כיצד ניתן לגרש את הרוחות הרעות הללו ההורסות את בניין הנאורוּת? במאמר קצר שפירסם ב'הירחון הברלינאי' בחורף 1785 הטיל מנדלסון את האשמה להתפרצות שתי הרעות הללו - חוסר האמונה ואמונת היתר - לפחות באופן חלקי, גם על הנאורוּת עצמה. הכניעה לנאורוּת הרדיקלית מבית מדרשו של וולטר, שבחרה בטקטיקה הפסולה לדעתו של המתקפה הסאטירית הבוטה והעוקצנית נגד ההתלהבות הדתית והאמונות הטפלות, פעלה כבומרנג. לא רק ששיטת הביזוי הזאת היא דרך פסולה לטיפוח הנאורוּת, אלא שבעטיה מתגעגעים בני-האדם לשוב לתמימוּת הילדותית והם מעדיפים לחיות בארץ האגדות מאשר לחיות ללא אלוהים. לדעתו של מנדלסון, כל עוד שלטה בתרבות הגרמנית הפילוסופיה הרציונליסטית על מושגיה הבהירים וטיעוניה המוצקים מבית מדרשם של לייבניץ ושל וולף, לא הרימו את ראשיהם ההתלהבות הדתית והאתאיזם, המבוססים על מושגים שטחיים. מול הנאורוּת המזויפת והשלילית בעיניו נוסח צרפת הציע מנדלסון את דרכה של הנאורוּת האמיתית והחיובית:

את מקור הרוע לא ניתן לאטום אלא באמצעות הנאורוּת. האירו את הסביבה ואז ייעלמו רוחות הרפאים [...] ייעוד האדם אינו לדכא את הדעות הקדומות אלא להאיר אותן.

דברים שיטתיים יותר על גבולותיה של הנאורוּת ועל סכנותיה אמר מנדלסון עוד קודם לכן, ב-1784, באחד המאמרים הקצרים אך המפורסמים והנידונים ביותר שלו: "על השאלה: מהי נאורות?". הקשרו של המאמר היה דיון ביקורתי מתמשך בחוג הנאורים הברלינאים - 'חברת יום רביעי' - בנושא מפתיע ביותר מבחינתם של אינטלקטואלים המחויבים לערכי הנאורוּת. ניתן לנסחו בפשטות בשאלה: האם ראוי להגביל את הנאורוּת כדי שהמדינה והחברה לא יינזקו? מנדלסון, שנמנה עם חברי הכבוד של החוג והגיע למפגשי ימי רביעי של אותה קבוצה אקסקלוסיבית, השתתף באופן פעיל בדיונים. בתחילה העלה כמה נקודות לדיון בוויכוח שהתנהל בין החברים, ובספטמבר 1784 התפרסם מאמרו ב'הירחון הברלינאי' ששימש במה מרכזית אשר שירתה את החברה. בסוף אותה השנה הופיע בירחון מאמרו של עמנואל קאנט "מהי נאורוּת?" שבו ניסח את ההגדרה המפורסמת שלו הקושרת את הנאורוּת לשחרור האדם האוטונומי והתבוני מכבלי סמכות ובכך למעשה, למפעל המודרניות כולו:

נאורות היא יציאת האדם מחוסר בגרותו שהוא עצמו אשם בו. חוסר בגרות הוא אי יכולתו של האדם להשתמש בשכלו בלי הדרכת הזולת [...] אזור אומץ להשתמש בשכלך שלך, זוהי אפוא סיסמת הנאורות.

בכל הנוגע לחשש כי בנאורות קיים פוטנציאל חתרני מבחינה פוליטית ציין קאנט כי רק חופש המחשבה אינו מוגבל וכי הציות לשלטון ולחוקים הוא בגדר חובה שאין לחלוק עליה. מנדלסון, שכאמור קדם לקאנט, הבליט את הבעייתיות של הנאורוּת, ובייחוד את המתח שבין הנאורוּת (על פי הגדרתו: "הכרה תבונית ומיומנות בחשיבה תבונית בעניינים הנוגעים לחיי האדם") ובין המדינה. הוא הצביע על העימות האפשרי שבין האדם כאדם לבין האדם כאזרח המדינה ועל הסתירה העלולה להתקיים בין טובת החברה לקִדמה המדעית והפילוסופית. פחות מחמש שנים לפני המהפכה הצרפתית ביקש מנדלסון לדון בשאלות: האם חופש בלתי מוגבל ונאורוּת ביקורתית בלתי מוגבלת עלולים להזיק לציבור ולחולל מהפכות מסוכנות? מהו הקו הדק המבחין בין שיפור חיי החברה לבין הריסתה? ומהו האיזון שבין המאבק בדעות הקדומות לבין יציבותה של החברה? מנדלסון העלה נקודה מעניינת במיוחד גם ביחס להישגי המדע המודרני ולהשפעתם על החברה. בהיותו נתון, כמו רבים אחרים באירופה, תחת הרושם העז של הבלון הפורח שהמציאו האחים מונגולפייה בצרפת ב-1783, העלה מנדלסון את אחת השאלות הביקורתיות הנוקבות של העידן המודרני:

התגלית של האחים מונגולפייה תוביל ככל הנראה למהפכות גדולות. האם הן יהיו לטובתה של החברה האנושית? זאת לא ניתן עדיין להחליט. אך מי יהסס על בסיס זה לטפח את הקִדמה? גילוין של אמיתות נצחיות הוא טוב לעצמו. ההשגחה האלוהית היא זו שתדאג לכוון אותן לדרך הנכונה.

במאמרו "על השאלה: מהי נאורות?" הצביע מנדלסון על שני המצבים הבלתי נסבלים מבחינתו שבהם הנאורוּת עלולה להיכשל. תחילה הבהיר לקוראיו, כי בעיניו הדיון הפילוסופי, המושגי והעקרוני בהגדרתה של הנאורוּת ובמאפייניה אינו מופשט לחלוטין אלא קשור להשגת ייעודו של האדם בעולם בשני מישורים: ייעודו המהותי כאדם המובחן בהכרתו התבונית מיתר היצורים בעולם, וייעודו כאזרח המדינה. "בלי ייעודיו המהותיים של האדם כאדם הוא יורד לדרגת בהמה", הדגיש מנדלסון, "ובלי הייעודים המהותיים של האזרח אין קיום למשטר במדינה". במצב הראשון תיכשל הנאורוּת כאשר המדינה תסבור שזו מסכנת את המשטר ולא תהיה מוכנה להחיל את הנאורוּת על כלל האזרחים. במצב השני תיכשל הנאורוּת בשעה שבאי כוחה הרדיקלים ישתמשו בה לרעה במטרה להרוס את הדת והמוסר. בשני מצבי העימות הללו הציע מנדלסון לנאורוּת להגביל את עצמה משום שהנזק בהפצתה ובקידומה יהיה רב מהתועלת. בתיאור המצב הראשון טמונה שוב ביקורת חריפה של מנדלסון על המדינה הפרוסית שהותירה את היהודים - כפי שחווה על בשרו - במצב של דיכוי אזרחי. הנאורוּת של אומה נקבעת לדעתו על-פי תפוצתה בקרב כל המעמדות. הבאת עקרונות הנאורוּת של האדם והמעמד האזרחי לידי ניגוד יוצרת בעיניו מצב טרגי:

אוי לה למדינה הנאלצת להודות בפני עצמה שהייעוד המהותי של האדם והייעוד המהותי של האזרח בתוכה אינם עולים בקנה אחד; שהנאורות, שהיא הכרח לאנושות, איננה יכולה להתפשט בה על כל המעמדות מבלי לאיים על קיומו של המשטר. כאן ייאמר לפילוסופיה: יד לפה! כאן עלול ההכרח להכתיב חוקים, או ליתר דיוק, לחשל את הכבלים שיש לשים על האנושות, כדי להכפיפה ולהשאירה תחת עול מתמיד!

בתיאור המצב השני התגלו שוב רתיעתו מהנאורוּת הרדיקלית וחרדתו מרוח הרפאים של הכפירה:

אם לא ניתן להפיץ אמת מסוימת המועילה לאדם והיא לנוי לו מבלי להרוס עד היסוד את עקרונות הדת והמוסר השוכנים בו באותה שעה, אזי על מפיץ הנאורות, שהמידה הטובה יקרה ללבו, לנהוג בזהירות ובמתינות, ומוטב לו לסבול את הדעה הקדומה מלגרש יחד עמה את האמת הכרוכה בה ללא הפרד.

לדברי מנדלסון, זהו המחיר שהנאורים האמיתיים חייבים לשלם מתוך אחריות ליציבותה של החברה. "שימוש לרעה בנאורות", התרה מנדלסון לקראת סיום המאמר הביקורתי הזה בעמיתיו לקהילת הנאורים, מסוכן מאוד ומאפשר את שחרורן של רוחות רפאים, "מחליש את החוש המוסרי ומוליד קשיות עורף, אנוכיות, כפירה בדת ואנרכיה".

מנדלסון התמיד במאמציו הנואשים כמעט להגן על חומות הנאורוּת האמיתית על-פי תפיסתו מפני המאיימים עליה בחזיתות השונות. בינתיים הלך והידרדר בשנתיים האחרונות לחייו מצבו הגופני, והמחלה, שמעולם לא נעלמה לחלוטין, המשיכה להסב לו סבל רב ולהגביל מאוד את פעילותו. לא אחת התנצל על כך שאינו מסוגל לצאת למפגשי חברה רבים שאליהם הוזמן. שעות הערב היו הקשות ביותר והוא השתדל אז להימנע מכל התרגשות, ורק בשעות הבוקר חש הקלה יחסית והיה מסוגל לפעילוּת אינטלקטואלית. אך לא הכול היה קודר בחייו ולא חסרו רגעים של סיפוק ואושר במעגלי החיים האישיים שלו. בשלהי קיץ 1785 מלאו למנדלסון 56 וידידיו הקרובים הגיעו לביתו בהפתעה ב-6 בספטמבר בבוקר כדי לחגוג את יום הולדתו, שבדיעבד התברר כי היה זה יום הולדתו האחרון. הרגשתו באותו הבוקר הייתה נפלאה. המחושים פסקו לשעה קלה ומצב רוחו היה מרומם מתמיד. חברה טובה מזו, כתב מייד לאחר המסיבה להרץ הומברג, לא ניתן למצוא בכל גרמניה. בחוג הקטן הזה, כשהוא מוקף בידידים אמיתיים השותפים לדרך הנאורוּת, חש עצמו מוגן, אהוד ואהוב. "אני חי", הצהיר מנדלסון בפני ידידו הומברג בפרץ של חיוניות מחודשת ועם תוכניות יצירה חדשות בראשו, "ואני מקווה להוכיח לך זאת עד זמן היריד הקרוב, כאשר תקרא את הספר הקטן שלי על מהות האלוהות".

גם משפחתו הסבה לו באותן שנתיים נחת רבה. על-פי הוראות הרופאים יצאה המשפחה כמעט מדי יום לטיול בשדרות ברלין. במיוחד היה אהוב עליו בן הזקונים שלו נתן, שהיה רק בן 3, ושמשחקיו עמו השכיחו ממנו לשעה קלה את מצוקותיו. פרומט התמידה בתפקידה כמארחת בסלון הפתוח של בית משפחת מנדלסון - הן בהגשת תה, שקדים וצימוקים למבקרים הרבים בבית, והן בהשתתפות פעילה מדי פעם בשיחה. הצצה יוצאת דופן לעולמו הפרטי של מנדלסון מספק מכתב ששלח ב-1773 לסטודנט קתולי צעיר לרפואה מקלן אשר ביקש הצדקה לחיי מין ללא נישואין. במכתב התשובה שלו באים לידי ביטוי חשיבותה של הזוגיות בעיניו ותפיסתו את אופי חיי הנישואין. מנדלסון הבחין בין תשוקה חושנית נמוכה, שסיפוקה הוא בגדר חטא, לבין תשוקת האהבה הטבעית שיעדה על-פי חוק הטבע הוא הולדה משותפת של בן אנוש. הגבר מחויב בהגנה על האִשה בעת הריונה ולאחר הלידה לספק יחד עמה את כל צרכיו של הצאצא. לדעתו, הגבר והאִשה חולקים באחריות לגידולו של הילד המשותף, והדרך הטובה ביותר להבטיח זאת היא באמצעות חוזה נישואין הקושר אותם באופן משפטי. משה ופרומט מנדלסון אכן השקיעו מאמצים רבים בגידול ילדיהם ובחינוכם, וביקשו להבטיח להם ילדוּת מאושרת. באוזני ידידיו התגאה מנדלסון כי בניו ובנותיו עושים חיל בלימודיהם באמצעות מורים פרטיים הפוקדים אותם מדי יום וכי הם מתחנכים כצעירים נאורים. רמת החיים בביתם של בני הזוג מנדלסון עלתה במקביל לטיפוס בסולם החברתי. הישגיו האינטלקטואליים ומעמדו כפילוסוף היו בשנות ה-80 של המאה ה-18 לנכסים חברתיים בעבור בני המשפחה ואיפשרו להם להיכנס למעגל המצומצם של משפחות אליטת בעלי ההון, סוכני חצרות של מלכים ונסיכים וסוחרים יהודים. חברי וחברות הילדוּת של ברנדל, רייקל, יוסף, ינטה ואברהם נמנו עם האריסטוקרטיה היהודית של ברלין. הם יצאו לחופשות קיץ משותפות, בילו בתיאטרונים, האזינו לקונצרטים וקראו ספרות גרמנית וספרות צרפתית.

ההווי החברתי הבורגני הזה של משפחה יהודית ברלינאית מן המעמד הגבוה, שבאורח חייה היו משולבים המסורתי והמודרני, בא לידי ביטוי גם בנישואי שתי הבנות הגדולות ברנדל ורייקל. שתיהן נישאו בשנות חייו האחרונות של מנדלסון, ולא מעט ביוזמתו, על-פי דפוסי הנישואין המקובלים ביהדות המסורתית - באמצעות שידוך, בגיל צעיר ובטקס מסורתי. ברנדל נישאה בגיל 18 לשמעון פייט, בנקאי צעיר שמנדלסון חיבב מאוד, ורייקל נישאה בגיל 17 למנדל מאיר, בנו של סוכן החצר נתן מאיר מדוכסוּת מקלנבורג-שטרליץ. מנדלסון היה משוכנע שבאמצעות הנישואין המוצלחים הללו הוא הבטיח את אושרן של בנותיו. בתי ברנדל התחתנה, כתב בשמחה להומברג, המחנך לשעבר, שהיה שותף לחיי המשפחה, "והיא חיה עם פייט, שאין דומה לו, בחיי נישואין מאושרים".

ברנדל הייתה אמנם נשואה לפייט במשך שש-עשרה שנים וילדה ארבעה ילדים, שמהם נותרו שניים בחיים, אך לגבי מידת אושרה נאמנה הרבה יותר עדותה של חברת הנעורים הקרובה שלה, הנרייטה הרץ, רעייתו של הרופא והפילוסוף מרקוס הרץ ומארחת מבוקשת בחברה הגבוהה של ברלין. פגשתי את ברנדל מנדלסון-פייט לאחר נישואיה, כתבה הרץ בזיכרונותיה, והיא הייתה רחוקה מלהיות מאושרת. אביה אמנם לא כפה עליה את הנישואין לפייט, אך הוא גם לא טרח להתייעץ עִמה. הנישואין קטעו את עלומיה ואימללו אותה. לא ייתכן שנערה כמותה שזכתה לחינוך נאור ולהשכלה רחבה תתאהב בסוחר שאינו נאה למראה, שהוא צר אופקים ושרמתו כאיש תרבות נמוכה משלה.

חיי הנישואין נטולי הסיפוק והאושר באו לקִצם רק בסוף שנות ה-90, אך בדבריה אלה של הרץ נשמעים הדיו של העידן החדש בקהילת ברלין, עידן שמנדלסון כמעט שלא יכול היה לדמיין. לעומת ביתו של מנדלסון, שבו נשמרו בקפידה החינוך היהודי לבנים ולבנות, המנהגים המסורתיים, השבתות והחגים וכללי החיים על-פי ההלכה, התנהלו כבר באחרית ימיו החיים בבתים אחרים של האליטה היהודית בברלין באופן שונה. במשך השנים פחות ופחות מבני הדור הצעיר נותרו נאמנים לבית הכנסת ולאורח החיים של שמירת מצוות. מנדלסון היה ער לתהליכים הללו שכירסמו בזהות היהודית כפי שהוא טיפח אותה, אך התייחס אליהם בסלחנות ובסובלנות אופיינית. ייתכן שקיווה כי באמצעות המִלה הכתובה, טיעוניו החריפים והחדים נגד הכפירה ונימוקיו בעד חובת שמירת המצוות, יוכל לבלום את המגמות הללו. גם אופיה הלא יציב של ברנדל (ששינתה ברבות השנים את שמה לדורותיאה) וחוסר הסיפוק המתמיד שלה היו מוּכרים לו משנות ילדותה, אך בכל זאת לא יכול היה להעלות על הדעת את הרומן שניהלה מחוץ לנישואין עם אהובהּ הסופר והמשורר פרידריך שלֶגֶל, את גירושיה, את המרת דתה לנצרות ונישואיה לשלגל, ואת שני נכדיו, שלא זכה לראותם, הציירים הנוצרים הידועים יוהן ופיליפ פייט. אותה סלחנות כלפי המגמות המנוגדות כל-כך להשקפת עולמו באה לידי ביטוי גם ביחסו לבנו יוסף, שבו תלה תקוות רבות וחלם שיהיה ליורשו ולממשיכו. יוסף בני, דיווח מנדלסון להרץ הומברג, הפסיק ללמוד עברית וכמעט שכח את כל מה שלימדת אותו, אך איני מתכוון להתערב ולכפות עליו דבר שהוא בניגוד לנטיות לבו, כי הרי זה כידוע עומד בניגוד להשקפת עולמי השוללת עקרונית את הכפייה.

בשנתיים האחרונות לחייו נמשכה האידיליה המשפחתית כפי שמנדלסון האמין בה. "אשתי, חתני, בתי ובני הם כולם בני אדם טובים ונאורים", כתב ליוהן צימרמן בקיץ 1784 בגאווה לא מוסתרת. חוויה מרוממת במיוחד הייתה בעבורו הלימוד המשותף בחברת שלושה צעירים בשנות העשרה לחייהם, תאבי דעת, שהשכימו קום לשם כך - בנו יוסף, חתנו הטרי שמעון פייט וידיד המשפחה ברנרד וייזל. בשעות המוקדמות הללו הייתה מחשבתו צלולה והמחלה לא העיקה עליו במיוחד. באמצעות שיחה, דיון ולעיתים הרצאה שיטתית ביקש מנדלסון למנוע מבני הדור הצעיר להיקלע לאחת הסכנות הגדולות ביותר בעיניו - סכנת אובדן האמונה באלוהים. כפי שנהג בהוכחת הישארות הנפש לאחר המוות, גם הפעם הוא לא הציג בפניהם את מצוות הדת היהודית, לא דיבר על ההתגלות האלוהית ולא ניתח טקסטים תורניים, אלא פתח בפניהם את שערי הפילוסופיה ופרש שורה של הוכחות רציונליסטיות. על-פי השקפת עולמו, קיום אלוהים היא העליונה שבין "האמיתות הנצחיות" שכל אדם מסוגל להשיג בכוח תבונתו, ועל כן לא מדובר בתורה דתית יהודית דווקא. הלימוד המשותף הזה בשעות השקטות והרעננות של הבוקר הניב את אחד מחיבוריו החשובים של מנדלסון 'מועדי שחר, או הרצאות על מציאות אלוהים', אך בעצם הדפסתו בשלהי קיץ 1785 הייתה חריגה מהמעגל האינטימי של הלימוד המשפחתי. 'מועדי שחר' היה בראש ובראשונה כתב ההגנה של מנדלסון על ידידו לסינג והוא פורסם מתוך מצוקה ותסכול במסגרת "ריב הפנתאיזם" או "פולמוס שפינוזה". בדומה ל'איגרת אל האדון הדיקונוס לפאטר' מ-1770 ו'ירושלים' מ-1783 היה 'מועדי שחר' ספר-שכנגד. היריב הפעם היה פילוסוף מתוחכם ונחרץ בדעותיו, מבקר רציני של הנאורוּת הברלינאית בכללה, שאותו לא פגש מנדלסון פנים אל פנים מעולם - פרידריך היינריך יאקובי מדיסלדורף.

לסינג, שמת ב-1781, המשיך לתפוס מקום מרכזי בעולמו של מנדלסון. לא רק שהידידוּת עמו הותירה בו חותם שלא נמחה, אלא שבדעת הקהל הגרמנית הייתה הקִרבה הזאת אבן היסוד של מעמדו. בסלון ביתו הוצב פסל הראש של לסינג מתחת לתמונותיהם של פילוסופים יוונים ושל ראש מחוללי המהפכה המדעית אייזק ניוטון. לאחר שיצא לאור ספרו 'ירושלים' הודיע מנדלסון לידידיו שעתה הוא מתכוון להתפנות לכתיבת חיבור שיתאר את דמותו של לסינג, ובכך יפרע את חובו הגדול לידידו. דבר לא הכין אותו לכך שהתוכנית הזאת, שמעולם לא הוגשמה, תתגלגל לפרשה סוערת וקשה שתעסיק את המלומדים בשנתיים האחרונות לחייו ואף ימשיכו להיות לה הדים לאחר מותו.

על תוכניתו של מנדלסון לכתוב את הספר נודע לפרידריך יאקובי ממכתב שכתבה לו אליזה ריימרוס מהמבורג. מנדלסון פגש בה במרחצאות פירמונט. ריימרוס - אשה משכילה, אחת ממעריצותיו ומידידות העט שלו, שהכירה את לסינג בצעירותה. יאקובי החליט לנצל זאת כדי להנחית מהלומה על הנאורוּת הברלינאית שממנה סלד. הוא והאמאן, ידידו מקניגסברג, ייצגו בשנות ה-80 את המגמה הלא צפויה מבחינתם של חסידי התבונה במאה ה-18 בגרמניה: הנאורות-שכנגד. הנאורים-שכנגד האשימו את הנאורים בכפירה תוך ביקורת של הרציונליזם הפילוסופי. לדעתם, רק האמונה הדתית יכולה לבסס את ההכרה באלוהים, שכן לא ניתן להשיג את האמת בדרך פילוסופית. כמו כן הם דחו את "המנטליות הברלינאית", שנתפסה כמתנשאת וכדומיננטית מדי. האמאן כתב ספר שיוחד להתקפה על 'ירושלים' של מנדלסון ובו האשים אותו בלא פחות מאשר באתאיזם. מנדלסון נכלל בעיניו בקבוצה החתרנית החילונית, המטריאליסטית והאנטי-נוצרית המגולמת בברלין, היא "בבל המודרנית".

יאקובי הפיץ ברשת תקשורת המכתבים של הנאורים, באמצעות תיווכה התמים של אליזה ריימרוס, את הגילוי המרעיש שגיבור הנאורוּת הברלינאית לסינג היה למעשה אתאיסט. הכתובת העיקרית להאשמה הזאת הייתה מנדלסון, והוא ציפה לתגובתו על החדשות הסנסציוניות שסיפק לכל מוקירי לסינג. בשיחות אישיות שהיו לי עם לסינג בשנותיו האחרונות, סיפר יאקובי, הוא הודה בפני שהפך לשפינוזיסט. מבחינתו של מנדלסון הוטלה לזירת דעת הקהל פצצה גדולה. לזיהויו של מישהו עם משנתו של הפילוסוף היהודי ההולנדי מן המאה ה-17 ברוך שפינוזה הייתה משמעות אחת בלבד - כפירה באלוהים. תורתו של שפינוזה הייתה למִלת גנאי בעולם התרבות הגרמנית שמרבית הוגיו היו לכל היותר דאיסטים המאמינים בדת הטבעית (מציאוּת אלוהים, השגחה, הישארות הנפש) ומעטים בלבד, למשל מטריאליסטים, המאמינים אך ורק במציאותו של החומר המוחשי, הכחישו את קיום האלוהים. הפנתאיזם של שפינוזה - שהובן כאחדוּת מוחלטת בין העולם ואלוהים (בניסוחו של מנדלסון: אחד הוא הכול והכול הוא אחד) ושלילת קיומו של אלוהים בנפרד מן הטבע - נתפס כשיטה של כפירה, ושפינוזה נודע לשמצה כאויב הדתות. הטבע, טען יאקובי, הפך אצל שפינוזה לאלוהים.

מבחינתו של מנדלסון, לחשיפה הזאת של יאקובי על לסינג - שבאמיתותה לא הטיל ספק ורק התייסר קשות בשאלת האפשרות להסבירה - היו השלכות רבות ומדאיגות, חלקן אישיות מאוד וחלקן נוגעות לעיקרי השקפת העולם שלו: האומנם הסתיר ממנו ידידו הקרוב לסינג את דעותיו האמיתיות וחשף אותן דווקא בפני מישהו אחר שבו בטח יותר ממנו? האם אין זו עדות לכך שהידידוּת שהייתה כה יקרה לו לא הייתה אמיצה כפי שהאמין? האם עליו לנסות להפריך את ההאשמה הזאת ולטהר את לסינג? האם הוקעתו של לסינג כחסיד של תורת שפינוזה מכתימה גם אותו ומעוררת כלפיו חשד בכפירה נסתרת? האם מוטלת עליו עתה החובה להתמודד עם התיאוריה הפילוסופית של שפינוזה? והאם הוא יהיה זה שייצג את הנאורוּת "האמיתית" ויגן על הפילוסופיה הרציונליסטית בפני מתנגדיה הנאורים-שכנגד המצדדים ב"אמונה עיוורת"? תחילה ניסה מנדלסון להקל ראש בשמועות על לסינג או לפרשן באופן מתון יותר. לאחר מכן חשב שיוכל להתחמק מעימות בתירוץ של חולשה ומחלה מתמשכת, ולבסוף מצא עצמו, כמו בפרשות קודמות, נאלץ להשיב מלחמה ולהגן על מה שבנה עד אז את עולמו, ובמיוחד על ביטחונו ביכולת התבונה לבסס את ההכרה באלוהים ועל דבקותו בלסינג.

מנדלסון לא יכול היה שלא להבחין בנימות האנטי-יהודיות בדבריהם של האמאן ויאקובי. "המנטליות הברלינאית" שכה סלדו ממנה הוצגה כמושפעת מן היהודים. מרכזיותו של מנדלסון בחוגי הנאורים הייתה ראיה לצדקת דבריהם, ואולי גם העובדה הידועה לכול שגם שפינוזה, אבי שיטת הכפירה הפילוסופית, היה בסופו של דבר יהודי. אם לא די בכך, חיבור נוסף שהתפרסם בשלהי 1784, פרי עטו של יוהן שולץ, תקף את מנדלסון על שמתח ביקורת ב'ירושלים' על האתאיזם כתופעה המסכנת את המוסר החברתי כאשר היהדות היא למעשה מקור כל הקנאוּת וחוסר הסובלנות. יצחק אייכל שביקר אז את מנדלסון בביתו שמע מפיו הערה צינית שהמחישה את התחושה כי הוא נמצא במלכוד: אני כמו אותו הבעל, אמר מנדלסון לאייכל, שאשתו מאשימה אותו באימפוטנציה והמשרתת מאשימה אותו בכך שהכניס אותה להיריון.

המקורבים למנדלסון העידו על התרגשותו הרבה ועל הלחץ הרגשי שבו היה נתון. הוא החליט לדחות את כתיבת החיבור על דמותו של לסינג והתרכז בריב שהתפתח בינו לבין יאקובי. בתחילה התנהל העימות במכתבים פרטיים ובמהלך 1785 הוא נחשף בפני הציבור הרחב. ב'מועדי שחר' שהודפס בספטמבר 1785 כבר נכללה סניגוריה על לסינג. בספר שהוקדש, כאמור, להוכחת קיומו של אלוהים סומנו שני אויבים של הפילוסופיה הרציונליסטית של הנאורוּת הניצבים בשני הקטבים של ההתייחסות לאלוהים: המטריאליסטים המכחישים מכול וכול את היתכנות קיומה של ישות לא נראית, והמיסטיקנים המתלהבים, ובהם גם המקובלים, המבקשים מתוך חסידות דתית קיצונית להגיע למפגש בלתי אמצעי עם האלוהים. המרחק בין האמונות הטפלות וההזיות של קנאי הדת לבין המכחישים את קיום האלוהים, סבר מנדלסון, קטן מאוד. רק ההתפלספות היא כלי הנשק הראוי למלחמה נגד רוחות הרפאים הללו. הטלת הספק ובירור האמת בכלי התבונה מבטיחים שדבר לא יהפוך לדעה קדומה המתקבלת ללא כל בחינה ומחשבה. גם שיטת שפינוזה ראויה לבחינה מעמיקה יותר, ואז ניתן לזקק אותה ולהעמידה על רגליים יציבות יותר כך שלא תסתור את האמונה הדתית ותניח מקום להימצאותו של אלוהים. לסינג דבק, לדעתו של מנדלסון, באותה גישה טהורה של שפינוזה כפי שהוא מפרש אותה ב'מועדי שחר' - קיים עולם העומד בפני עצמו מחוץ לאלוהים על אף שהוא תלוי בקיומו באלוהים. לכן האדם אינו עבד למציאוּת טבעית שאין לו עליה כל שליטה, אלא בהתאם לאמונה ההומניסטית הוא יצור חופשי ואחראי למעשיו, התלוי כמו כל הבריאה באלוהים אך שומר על קיומו העצמאי ועל ערכו כאדם.

הפרשה הגיעה לשיא כאשר זמן קצר לאחר מכן חשף יאקובי בספר 'על תורתו של שפינוזה במכתבים לאדון מנדלסון' בפני כול את העימות בינו לבין מנדלסון ואת וידויו הסנסציוני של לסינג בפניו. בחיבור הזה, שהסעיר את דעת הקהל, חזר יאקובי על הטענה כי שיטתו הרציונליסטית הקיצונית של שפינוזה היא כפירה, גינה את פילוסופיית הנאורוּת בכלל, ואת לסינג בפרט, ושילח במנדלסון חיצים מושחזים. את כאבו של מנדלסון החריפה הופעתו בספר של רוח הרפאים שרדפה אותו כבר למעלה מעשר שנים - יאקובי בחר לצטט בספר את לפאטר, הראשון שהתקיף את מנדלסון בלהט מיסיונרי, כחיזוק לביקורתו על הפילוסופיה הרציונליסטית וכתמיכה לטענותיו בדבר עליונותה של האמונה הטהורה.

שלושת החודשים האחרונים לחייו של מנדלסון עמדו בצִלה הקודר של הפרשה הזאת. על אף שחיי החברה האינטנסיביים שלו לא פסקו והוא המשיך לקבל אורחים ולהשיב על מכתבים, דומה שכמעט שום דבר אחר לא העסיק אותו מלבד המשימה לטהר את תדמיתו של לסינג. במכתב ספוג במשקעי עלבון ששלח לעמנואל קאנט, הוא שאל כיצד עשה יאקובי מעשה מכוער כל-כך מבחינת המוסר הציבורי וכללי ההתנהגות הראויים במעגלי המלומדים:

אם זה נכון, כיצד יכול היה יאקובי לבגוד בסוד של ידידו המנוח ולגלותו לא רק לי, שממני הוא [לסינג] הסתיר אותו בזהירות, אלא לכל העולם? הוא מציל את עורו ומותיר את ידידו ערום וחסר הגנה בשדה הפתוח כדי להיות טרף ולעג לאויביו. איני יכול לקבל התנהגות שכזו והייתי רוצה לדעת מה אנשים ישרים כמוך חושבים על כך. אני חושש שלפילוסופיה יש קנאים שכמו הקנאים לדת רודפים אחרים בעוצמה רבה ונוטים להמרה אפילו יותר מהם.

בד בבד התחזק אצל מנדלסון החשד - או אולי האובססיה - כי אין מדובר כאן רק בקנאוּת לפילוסופיה הדומה לקנאוּת הדתית, אלא בקשר מתוחכם שמטרתו להפעיל עליו אישית לחצים להמרת דת. הוא וידידו הנאמן לו לאורך שנים, המוציא-לאור הברלינאי ניקולאי, הגיעו למסקנה כי פרשת יאקובי היא קשר מתועב שנרקם נגדו. מאחורי הקשר עמדה לדעתם "החבורה של לפאטר" שאותה הניע דחף נוצרי-מיסיונרי ומטרתה הייתה להכפיש את לסינג ואת מנדלסון ולהכתימם בכתם הכפירה. בכך הם מבקשים להדגים את סכנת ההידרדרות במדרון החלקלק, המתחיל בפילוסופיה הרציונליסטית ומסתיים בספקנות ובאובדן האמונה, וכל זאת כדי להציל את "דגל האמונה" הנוצרית מהשפעותיה המזיקות לדעתם של הנאורות.

בתחושה הזאת ובסערת רגשות עזה התיישב מנדלסון לכתוב בחורף 1785 את חיבור התשובה ליאקובי, שהיה החיבור האחרון בחייו – 'לידידים של לסינג'. בחיבור הזה, שאותו לא זכה לראות בדפוס, הוא הראה כיצד לדעתו תימרן יאקובי את לסינג אל תוך מלכודת כך שנראה כאילו הוא תומך בתורתו של שפינוזה ובפנתאיזם, וזאת אך ורק כדי שיוכל להציע את דרך המילוט האחת והיחידה בכל הנוגע לאמיתות מטפיזיות כמו קיום האלוהים והשגחתו: האמת לעולם לא תימצא אלא באמונה הדתית. צברתי כבר ניסיון רב בכמה פרשיות דומות, כתב מנדלסון, ולכן חשדתי מן ההתחלה בכוונותיו הנסתרות של יאקובי. אך כפי שנכשלו כל הניסיונות הקודמים להמיר את דתי, כך ייכשל גם הניסיון המתוחכם יותר הזה. וכאן, כאילו ידע שאלה הם ימיו האחרונים, חזר בתמציתיות על עיקרי השקפת העולם שלו כפי שנוסחו שנתיים קודם לכן ב'ירושלים': "בכל הנוגע לתורות של האמיתות הנצחיות איני מכיר כל דרך שכנוע שאינה מבוססת על התבונה". רק מסורת ההתגלות האלוהית בהר סיני, שעליה מבוססת סמכות ההלכה, היא עניין של אמונה, אך התגלות או אמונה אינן דרכים מתאימות על-פי עקרונות היהדות לידיעת קיומו והשגחתו של אלוהים. "היהדות", חזר מנדלסון על האני מאמין שלו, "אינה דת נגלית אלא חוק נגלה. כיהודי יש לי סיבה מיוחדת לחפש ראיות המבוססות על טענות תבוניות". דבר לא יערער את ביטחוני בכוחה של התבונה ודבר לא יזיז אותי מדבקותי בדת אבותי.

דומה שמנדלסון חש כי הדברים האלה הם בגדר צוואתו וכי אלה הם משפטי הסיום של התפקיד שמילא במשך שלושים שנים על במת הרפובליקה של המלומדים בגרמניה, וביקש להיזכר בדיוק כך בדעת הקהל. מנדלסון היה חסר סבלנות ובכתיבתו ניהל מרוץ נגד שעון החול של חייו ההולכים ואוזלים. הוא ביקש להביא את 'אל הידידים של לסינג' לדפוס במהירות האפשרית כדי למהר ולהכחיש את טענותיו הפוגעות של יאקובי. את המשפטים האחרונים הוא כתב ביום שישי, 30 בדצמבר 1785. כשיצאה השבת בערב יום המחרת, 31 בדצמבר, שעות ספורות בלבד לפני שהסתיימה שנת 1785, הוא יצא מביתו בבהילוּת ובקוצר רוח כדי למסור את כתב היד למוציא לאור כריסטיאן פרידריך ווֹס. כשחזר לביתו הוא חש הקלה והאמין כי בכך תסתיים הפרשה המעיקה.

הפצרתי בו שלא ימהר כל-כך, שישמור על בריאותו הרופפת, ושלכל הפחות ילבש מעיל חם שיגן עליו מפני הקור ברחובות ברלין של סוף דצמבר, סיפרה פרומט מנדלסון למנחמים שבאו לביתה, אך הוא לא שמע לי. מסתבר שלביקור אצל המוציא לאור היו תוצאות קשות. מנדלסון הצטנן וחלה ומצבו הידרדר במהירות. איש במשפחה ובחוגי הידידים הקרובים לא העלה על דעתו שאלה הן השעות האחרונות לחייו. ביום שני הוזעק אליו הרופא מרקוס הרץ שאיבחן שיעול וחולשה, אך לא מחלה רצינית יותר הדורשת טיפול. ואולם למחרת החריף השיעול, הכאבים בחזה גברו וד"ר מרקוס בלוך הצטרף להרץ בניסיונות להקל על הרגשתו הרעה. בתרגום לעברית של הדיווח הרפואי מפי הרץ, שפירסם יצחק אייכל בביוגרפיה העברית הראשונה של מנדלסון, תוארו הדברים במילים הבאות:

מצאתיו עטוף באדרת שער שוכב על ערסו [מיטתו] ופניו רעים מאוד, ויאמר לי, כבדה עלי מחלתי היום מאוד מאוד, לא אוכל הקיא ליחת החזה, לא יכולתי אכול וגם שנתי נדדה מעיני וכל כוחותי נחדלו.

ביום רביעי בבוקר, 4 בינואר 1786, לאחר לילה מתיש וללא שינה, מת משה מנדלסון. את הדיווח הרפואי של מרקוס הרץ על מחלתו ומותו של מנדלסון, שהתפרסם שלושה שבועות מאוחר יותר במבוא לחיבור 'אל הידידים של לסינג', הוא סיים בדרמטיות:

שמעתי קול רעש מהספה [שעליה ישב מנדלסון]. רצתי חזרה לחדר ושם הוא שכב [...] ראשו מוטה לאחור, קצף על פיו. סימני נשימה, דופק וחיים פסקו. ניסינו במספר דרכים להחיותו, אך לשוא. הוא שכב [...] על שפתיו החיוך הידידותי המוכר שלו, כאילו מלאך לקח אותו מן האדמה בנשיקה [...] האור בחדר כבה כי אזל השמן במנורה [...] ברגע האימה הראשון תפסתי מייד את ראשו ונשארתי מאובן בתנוחה זו אלוהים יודע כמה זמן. רציתי לצנוח לידו ולמות יחד עמו.

קראו עוד:
לנוכח רוחות הרפאים - השנתיים האחרונות - חלק א' (פריט זה)
לנוכח רוחות הרפאים - השנתיים האחרונות - חלק ב'