שמו המקוצר של ארגון צבאי מחתרתי של יהודי ארץ-ישראל בתקופת המנדט הבריטי. נוסד בוועידת "אחדות העבודה" בכנרת, בכ"ח בסיון תר"ף (12.6.1920), נקרא גם "השורה", "הארגון". היה מראשיתו קשור אל הסתדרות העובדים הכללית, אל אישי תנועת העבודה וההתישבות העובדת; אם כי היה פתוח לכל יהודי. תחילה היה לארגון ה"הגנה" אופי מקומי. מהומות-הדמים בשנת 1929 נתנו דחיפה לארגונם של גושי יישובים, והמהומות בשנים 1939-1936 הביאו לגיבוש כוח-הגנה כלל-ארצי. תחת דגלו נתכנסו מרבית צעירי היישוב היהודי.
באופיה הכללי היתה ה"הגנה" ארגון של מתנדבים, שחבריו מתאמנים מעת לעת, בעיקר בערבים ובשבתות, ונכונים להיקרא לשירות בכל שעת צורך. ארגון ה"הגנה" קם חודש לאחר שנתפרק "השומר". ה"הגנה" ראתה עצמה יורשתו של "השומר" ובתכנית-היסוד שלה נאמר כי "תדאג לסידור ענייני ההגנה ולהבטחת אופיה ותכניה הלאומיים והסוציאליים של הגנה עצמית בארץ-ישראל". עם ייסוד הסתדרות העובדים בחנוכה 1920, עברו למרותה ענייני ה"הגנה" ובשנת 1921 הוקם ועד-ההגנה הראשון, שבו היו מיוצגים אנשי "השומר", גדוד העבודה ע"ש יוסף טרומפלדור וגופים אחרים. נרכש נשק, נתמנו מפקדים וקמו ועדי הגנה מקומיים.
מהומות-הדמים שערכו הערבים נגד היהודים ב-1920 מצאו את ה"הגנה" בראשית צעדיה, אולם כוחות-המגן פעלו נגד הפורעים בהצלחה והוכיחו את נחיצות ארגון ההגנה. בשנים 1929-1921 ירד המתח הבטחוני, ורבים היו מוכנים להיענות לדרישת שלטונות המנדט למסור לידיהם את נשק ה"הגנה" תמורת התחייבות השלטונות לדאוג לבטחון היישוב. אולם ראשי ה"הגנה" לא סמכו על הבטחות אלה. מתוך נסיונם ידעו כי יש הכרח בכוח-מגן עברי עצמאי, שאינו תלוי בשלטונות, שכבר גילו אז עמדה עוינת לבית הלאומי היהודי ולמשמעות ההתחייבות הבריטית לסייע
להקמתו בארץ-ישראל. בתגובה על עמדה זו הפסיקה ההנהלה הציונית את תמיכתה הכספית ל"הגנה". כתוצאה מהחיכוכים וחילוקי-הדעות גם בתוך ה"הגנה", פרשו ממנה אנשי "השומר" בשנת 1922. אלה הוסיפו לקיים ארגון-הגנה משלהם בשם "הקיבוץ". עם התפרקות "גדוד העבודה" חוסל "הקיבוץ" ומחסני-הנשק הגדולים שלו נמסרו ל"הגנה".
מהומות-הדמים באב תרפ"ט (אוגוסט 1929), באו כרעם ביום בהיר על היישוב השאנן. היו התפרצויות איבה ורצח בירושלים, בחיפה וביפו ונערך טבח ביהודים חסרי-מגן, בני היישוב הישן, בחברון ובצפת. מושבות רבות הותקפו. חולדה ובאר-טוביה נהרסו ונעזבו. בעשרת ימי הדמים נהרגו 130 יהודים ומאות נפצעו. רכוש רב נהרס ונשדד ואם כי ה"הגנה" לא היתה מוכנה כראוי, מילאה תפקיד מכריע בהגנת היישוב והחזיקה מעמד עד שהבריטים הביאו תגבורת צבא וצי מחוץ-לארץ. הנשק שהיה במחסני "הקיבוץ" בכפר גלעדי מילא תפקיד חשוב בהדיפת הפורעים ובסיכול מזימתם להשמיד את היישוב היהודי. אנשי "השומר" בעלי הנסיון הצבאי שפרשו, חזרו והתיצבו בראש המגינים. שוב גברה ההכרה בצורך לתמוך ב"הגנה" כארגון כל-ארצי, והנהלת הסוכנות היהודית קיבלה על עצמה האחריות ל"הגנה" ולשיתופם של כל חוגי היישוב במסגרתה.
בשנת 1930 פרץ משבר ב"הגנה". מספר מפקדים ותיקים סירבו לקבל מרות ההסתדרות והודחו מתפקידיהם. בירושלים הדיח פיקוד ה"הגנה" את מפקד-העיר וכמה מחבריו, שנטו לתנועה הרוויזיוניסטית. אלה התמרדו ופילגו את ה"הגנה" והקימו ארגון פורש, הוא "ארגון ב"', שלימים נקרא אצ"ל.
המפקדה הארצית של ה"הגנה" הוקמה בשנות ה-30 על בסיס של שוויון ובה נציגי ההסתדרות, ההנהלה הציונית וחוגי האזרחים - איכרים, סוחרים, אנשי המעמד הבינוני וכו'. עקרון השוויון ביטא את כלליותו של ארגון ה"הגנה" ואת המרות הציבורית עליו. המפקדה הגבירה פעולות הארגון. חילקה את הארץ לעשרים גושים, קיימה קורסים קבועים למפקדים, רכשה נשק בחוץ-לארץ וממקורות אחרים. הניחה יסוד לתע"ש - תעשיית נשק עצמית במחתרת, פיתחה את שיטת ה"סליקים" לאחסנת נשק, הקימה שירותים - רפואי, משפטי, מודיעין ועוד. נעשה נסיון ראשון לעליה ב', על-ידי הבאת אניית-מעפילים ראשונה שנקראה "ואלוס" (ביולי 1934).
הפסקת שבע השנים שבין מהומות 1929 לאלה של 1936, לא היתה שלמה. במקומות שונים ביצעו ערבים מעשי-רצח ואלימות תוקפנית. קמה כנופיה טירוריסטית פוליטית דתית, ששמה לה למטרה לרצוח יהודים. היתה זו תופעה חדשה, שבישרה את מלחמת הכנופיות המאורגנות, שפרצה ב-1936 והקיפה אזורים נרחבים. נערכו התקפות מרוכזות על נקודות יישוב, שובשו,דרכי-התחבורה היהודית, הותקפו עובדים בשדות והוצתו יערות ונגדעו עצים. ב-19 באפריל 1936 פרצו הלהבות. בשלב הראשון היה מצב ה"הגנה" קשה והיא נקטה שיטה של התגוננות סטאטית - הגנה על היישובים המותקפים מתוך גדרות. אולם כאשר ההתקפות הערביות החלו לשבש את חיי היישובים בצורה חמורה, עברה ה"הגנה" להתגוננות ניידת. באזור ירושלים הוקמה היחידה-הנודדת עוד בסוף 1936, אשר הניחה מארבים ותקפה את הכנופיות בשטחיהן. בקיץ 1937 הוקמו "נודדות" גם במקומות אחרים בארץ ובסוף 1937 הוקם הפו"ש – פלוגות השדה, שהקדימו והפתיעו את התוקפים הערבים ועירערו את שלטונם ברחבי הארץ.
לאט-לאט נפרץ הפרץ גם בהתנגדות ממשלת-המנדט להסתייע בכוחות יהודיים להשלטת הסדר והשקט. קם כוח יהודי רשמי – חיל הנוטרים, שגדל במהירות במספרו ובתפקידיו. משטרת היישובים העבריים, שנעשתה כוח-המחץ להתגוננות היישובים וכו', היתה לכוח ליגאלי. בשנת 1939 מנה כוח זה 22 אלף איש בעשרה גדודים. יחידות הנוטרים למיניהן צוידו, אומנו והוחזקו על-ידי הבריטים, אולם היו נתונות למרותה של ה"הגנה". משטרת היישובים נשאה לא רק בהגנה על היישובים ובמערכה נגד הכנופיות הערביות. היא גם החלה ללוות את העליות על הקרקע של יישובים חדשים באזורים פרועים על הגבולות ובשטחים הרי סכנה בטחונית.
שלב נוסף בלחימה הניידת בא עם ייסודן של "פלוגות הלילה". ה"הגנה" היתה נאמנה לשיטת ההבלגה, לעקרון השולל הענשת חפים מפשע, אולם תקפה את האשמים ותומכיהם. בשנת 1938 בא מפנה בדרכי הלחימה נגד הכנופיות. כדי להגביר את המלחמה בכנופיות המשוטטות, הפוגעות ביישובים ובמטרות חיוניות ברחבי הארץ, כדי לפגוע בבסיסי הפורעים בטרם צאתם לפיגועים, הקים קצין בריטי, ידיד הציונות, אורד צ'ארלס וינגייט, את "פלוגות הלילה המיוחדות". היו אלה יחידות מובחרות מבין חברי ה"הגנה", שאומנו ללחימת לילה, לחדירה לאזורים ערביים ולפגיעה בבסיסי הפורעים. הלחימה הזעירה הזאת, מסעות-הלילה הממושכים, התקפות הפתע ומכות-המחץ, היו חידושים מהפכניים בדרכי הלחימה של ה"הגנה" וברבות הימים היו נחלת הפלמ"ח שהוקם בשנת 1941.
בשנת 1937 חזר ל"הגנה", "ארגון ב"', שפרש ב-1931. אולם חלק גדול של חברי ארגון זה, הקימו אירגון נפרד - האצ"ל. ה"הגנה" התארגנה מחדש. ב-1938 מונה כראש המפקדה (רמ"א) יוחנן רטנר. המפקדה עמדה בפיקוח "ועדת השמונה" - ועדה ציבורית, שנציגיה היו מהסוכנות היהודית והוועד הלאומי. המטה הכללי (המטכ"ל) הוקם בשנת 1939, והיה כפוף למ"א. כרמטכ"ל ראשון מונה יעקב דורי. הוקם "כופר היישוב", המכשיר הכספי של ה"הגנה". הוקמה "גדר הצפון" במבצע משותף של ה"הגנה" וההסתדרות.
עם תום המאורעות ב-1939 היו המשימות העיקריות הגברת העליה הבלתי-ליגאלית והרחבת ההתישבות לאזורים שונים בארץ. פרוץ מלחמת-העולם השניה העמידה את היישוב בארץ ואת העם בגולה בחזית אחת עם הבריטים ובעלי-בריתם אל מול הסכנה הנאצית. המדיניות הציונית ראתה צורך לשתף כוחות מגויסים יהודיים במלחמה, מתוך הנחה ותקוה כי שותפות זו תביא לביטול מדיניות "הספר הלבן" וליחס אוהד לשאיפות הציונות. קמה תנועת התנדבות וגיוס של בני היישוב לצבא הבריטי. עם כניסת איטליה למלחמה לצד גרמניה הנאצית, הפך אזור הים התיכון לזירת מלחמה קרובה לארץ-ישראל. המלחמה לגבי היישוב בארץ שוב לא היתה מלחמה בצורר-היהודים בלבד, כי אם הכרח של עמידה על הנפש ועל עתיד המפעל הציוני. הוחל בארגון ההגנה האזרחית, הוקמו שירותי התגוננות מהתקפות אויר וגאזים. נמשכו המאמצים לפיתוח תעופה עברית וההדרכה הימית. בלחץ המצב הסכימו השלטונות הבריטיים להגדיל את כוח הנוטרים ונענו להצעת הסוכנות היהודית לגייס פלוגות יהודים מהארץ לחיל-הרגלים, שתהיינה חלק מהצבא. כאשר החליטה המפקדה הבריטית לפלוש לסוריה, שהיתה אז מבצרם של הצרפתים אנשי וישי, שימשו כמורי-דרך לכוחותיהם אנשי ה"הגנה", מהם גם מאסירי המ"ג. קודם לכן נשלחה סירת הכ"ג עם אנשי ה"הגנה" לחבל במתקני הדלק שבחוף סוריה.
במאי 1941 מתפרסם צו הגיוס הראשון של המוסדות הלאומיים ויותר מ-30 אלף איש ואשה התגייסו למאמץ המלחמתי ליחידות השונות שבצבא הבריטי. אותו זמן נוסחו ופורסמו "אשיות ההגנה", שהעמידו את ה"הגנה" למרותה של ההסתדרות הציונית העולמית וכנסת ישראל בארץ-ישראל. ב-19 במאי 1941 הוכרז על הקמת פלוגות מחץ פלמ"ח - בכפיפות לפיקוד העליון של ה"הגנה", לשם ביצוע תפקידים מיוחדים.
במאי 1942 הוקם ה"מרכז להתגייסות היישוב", להגברת מאמץ הגיוס. גם החרושת והמלאכה נחלצו למאמץ המלחמתי ולבסוף הכירה הממשלה הבריטית במאמץ החיוני של היישוב היהודי והחליטה על הקמת גדודים עבריים. נצחון הבריטים באל-עלמיין, בנובמבר 1942, שם קץ לשיתוף הפעולה בין הפיקוד הבריטי וה"הגנה". הפלמ"ח, אשר שיתף פעולה בגלוי, חזר וירד למחתרת. עם זאת הציעה ה"הגנה" לשלטונות הצבא הבריטי את שירותה בארגון תנועת התנגדות יהודית בארצות הכבושות בידי הנאצים. הבריטים נענו ואימנו לצורך זה אנשי-"הגנה" נבחרים. מבין 250 אנשי ה"הגנה" שהתנדבו לשליחות זו הוצנחו לארצות האויב 32 איש, חלקם נתפסו והוצאו להורג. בד בבד קם הפל-ים, היחידה הימית הראשונה של ה"הגנה", שבמרוצת השנים היתה הגרעין לחיל-הים הישראלי; כן הוקמה יחידת תעופה, שכבר בראשית מלחמת-העצמאות מילאה תפקיד חשוב.
ככל שרחקה הסכנה הנאצית וקרב סיום מלחמת-העולם השניה, החל השלטון הבריטי לגלות יחס עוין לישוב העברי ולהתכונן להמשיך במדיניות האנטי-ציונית. בסיועו הוקמה ב-1944 "הליגה הערבית". הבריטים החלו בחיפושי נשק וחברי ה"הגנה" רבים נאסרו. אולם מוסדות היישוב היהודי והתנועה הציונית לא הרפו, וחידשו את הדרישה להקים במסגרת הצבא הבריטי יחידות ארץ-ישראליות לוחמות על שירותיהן. לאחר מערכה ממושכת אושרה רשמית, ב-19 בספטמבר 1944, הקמתה של "חטיבה יהודית לוחמת" (חי"ל). פרשה ארוכה רבת סבל ומכאוב הפרידה בין היום בו התנדב החייל היהודי הראשון ליחידת החפרים לבין היום בו אושרה הקמת הבריגדה. ב-5 בנובמבר 1944 נחתה הבריגדה על דגלה הכחול-לבן וציודה בחוף איטליה ובמארס 1945 נכנסה לקו-החזית. 7 שבועות נלחמו חיילי הבריגדה בגרמנים ובאיטלקים. הופעת הבריגדה הביאה בשורה ועידוד ליהודים פליטי השואה. חיילי הבריגדה החלו בארגון העפלתם של שרידי השואה אל חופי ארץ-ישראל, וה"הגנה" הועמדה לפני ההכרח לפרוץ את חומת ההסגר שהציבו השלטונות הבריטיים בשערי הארץ.
ספינות-צללים החלו חותרות במספר גובר והולך אל חופי הארץ, כשהבריטים עורכים עליהן ציד בכל האמצעים שעמדו לרשותם. בארץ גאתה תנועת המרי. מעפילים שוחררו ממעצר בעתלית. חובלו גשרים, רכבות ומוסדות-ממשלה. הבריטים הגיבו במאסרים המוניים במחנות-מעצר ברפיח ובלטרון, בחיפושי נשק במשקים. במאבק על ההעפלה מציינת האניה "יציאת אירופה" שלב נואש של התגוננות. פרשה זו זיעזעה את דעת הקהל בעולם ותרמה לקידום ההכרעה על גורלה של הארץ. גם פעולת ההתישבות נמשכה על אף הפרעות השלטון, ובייחוד באזורים שאסרו הבריטים התישבות יהודית.
עם התקרבות ההכרעה על גורל הארץ, התכוננה ה"הגנה" לקראת מאבק-הדמים. הוגברה רכישת הנשק בחו"ל והורחבה התעשיה הצבאית המקומית. שליחי ה"הגנה" יצאו אל מחנות הפליטים בקפריסין ובגרמניה ולמקומות אחרים לגייס ולאמן אלפי צעירים יהודים. עד יולי 1948 גויסו ואומנו יותר מעשרים אלף צעירים, מהם באו ישר לשורות ה"הגנה" עם ראשית הפעולות המלחמתיות יותר מ-12 אלף מגוייסים, שתרמו חלקם הנכבד במלחמת-העצמאות. בפרוץ המלחמה היו בידי ה"הגנה" 11,000 רובים "בלתי-ליגאליים" ו-15 אלף רובים של משטרת היישובים העבריים, "הליגאליים". 3500 תת-מקלעים, 1000 מקלעים ומכונות יריה ואלפי אקדחים; תחמושת, מרגמות וסטנים ורימוני יד מתוצרת הארץ. מספר החברים הרשומים ב"הגנה" היה 47 אלף.
לאחר החלטת האומות המאוחדות על חלוקת ארץ-ישראל לשתי מדינות, יהודית וערבית (29 בנובמבר 1947), פתחו הערבים בפעולות-איבה, שהביאו למלחמת-העצמאות. תוך כדי מלחמה ערכה ה"הגנה" את שורותיה. לא היה זה גיוס מלא משום שהבריטים עוד היו בארץ וראו ב"הגנה" כוח צבאי בלתי-ליגאלי. פה ושם אף ניסו לפרוק נשק-מגן. לא גויסו עדיין האמצעים הכספיים הגדולים לאחזקת צבא גדול מגויס וכן משום שבראשית המערכה עוד היתה תקוה כלשהי כי אפשר יהיה להימנע מהתלקחות מלחמה גדולה; כי היישוב הערבי לא ייגרר אחרי הקיצוניים וכי צבאות ערב לא יממשו את האיום בהתערבות בסכסוך ובפלישה לארץ-ישראל. אולם משנתפזרו כל האשליות נערך גיוס מלא בשלבים. הוקמו חטיבות לוחמות: "גולני", שבתחילה היה שמה "לבנוני" - החטיבה לצפון הארץ; "כרמלי" - לחיפה, המפרץ והגליל המערבי; "אלכסנדרוני" - לשומרון ולשרון; "קרייתי" - לתל-אביב וסביבתה; "גבעתי" - לגדודי החי"ש של מרחב תל-אביב וליישובי הדרום; "עציוני" - לירושלים והרי יהודה. "חטיבה 7" – הוקמה בדרום הארץ במאי 1948, בעיקר מעולים חדשים, שקיבלו הכשרה צבאית במחנות באירופה. "חטיבה 8" - שהיתה חטיבת-השריון הראשונה. אליה צירפו יחידות אצ"ל ולח"י עם ביטול קיומן העצמאי. "חטיבה 9" ("עודד") - שהוקמה בגליל העליון המזרחי.
מארבעת גדודי הפלמ"ח והמילואים הוקמו שלוש חטיבות: "יפתח" - שראשית פעולתה בגליל; "הראל" - שלחמה בירושלים וסביבותיה; "הנגב" - שלחמה במרחב הנגב. פלוגות הים והאויר של הפלמ"ח היוו את הגרעינים לחילות הים והאויר.
בקרבות שלפני ההכרזה הרשמית על כינון מדינת ישראל ובשבועות הראשונים שלאחר ההכרזה עמדו לוחמי ה"הגנה" במערכה הכבדה על כל שלביה: מהגנה על היישובים ועל הדרכים ויצירת שטחי-רצף בין גושי היישובים, אל קרבות מגן ועמידה איתנה מול כוחות-הפלישה של צבאות ערב במאי 1948. תוך סערת המלחמה נתגבש ונתחשל כוחה הצבאי של המדינה הצעירה. את כוחותיה וערכיה הנחילה ה"הגנה" לצה"ל, שהוקם רשמית במאי 1948 והיה יורשה וממשיך פועלה ההיסטורי.