במאה ה-14 הוזמנו היהודים לשמש בנקאים בעבור תושבי העיר פדובה כולם. כשהחלה הכנסייה המקומית לחוש שלא בנוח, אולצה הקהילה לשאת ולתת ולממן לבסוף את כליאתה בגטו
בחוזה שנחתם בתאריך 5 בדצמבר 1369 אצל נוטריון נוצרי בעיר פדובה (Padova), הסמיכו ארבעה יהודים שגרו במרכז איטליה את שמואל מרקנטי ואת בנו דניאל לנהל בעבורם עסק של הלוואה בריבית שביקשו לפתוח בפדובה. במסמך זה מקובל לראות את ראשיתה של הנוכחות היהודית בפדובה, עיר בצפון-מזרח איטליה. נוכחות יהודית זו הייתה עתידה להתפתח לקהילה מבוססת, המורכבת מכמה "קהלים" ממוצא עדתי מגוון. הקהילה היהודית של פדובה שרדה מאז את כל תהפוכות הזמן והיא קיימת עד היום.
העדות הראשונה לחיים יהודיים בפדובה קשורה לא במקרה לפעילות בנקאית, שהרי ההלוואה בריבית הייתה המפתח להופעתן של קבוצות יהודים בצפון איטליה בתקופה זו. מוצאם של הבנקאים, שהגיעו לעיר בלוויית בני משפחותיהם, משרתים ופקידים שונים, היה בתחילה ממרכז איטליה, ולאחר זמן גם מערי צרפת ואשכנז. מתחילת המאה ה-15 הופיעו בעיר גם יהודים יוצאי כרתים וחצי האי האיברי, וכך התגבש הצביון הרב-עדתי של הקהילה הקטנה.
לא רק בפדובה התגבשה ההתיישבות היהודית סביב משפחות הבנקאים; כך היה גם בונציה שבחבל ונטו (Veneto) ובערים קונליאנו וורונה שבסביבתה. באזור זה החלו להתגורר בהמשך גם משפחותיהם של פקידים, משרתים ומלמדים, ובעקבותיהם הגיעו לעיר גם סוחרים, שעסקו בתחילה בעיקר במכירת משכונות שלא נפדו בזמן. בפדובה חיו נוסף לכך גם יהודים שלמדו רפואה באוניברסיטה המקומית, שהייתה היחידה שקיבלה אליה תלמידים יהודים באותה עת. רבים מתלמידי האוניברסיטה היהודים נשארו בעיר וקשרו קשרים עסקיים ומשפחתיים עם משפחותיהם של היהודים הבנקאים.
הבנקאים עצמם הוזמנו להתגורר בערים בצפון איטליה על מנת לספק לאוכלוסייה המקומית אמצעי אשראי בריבית נמוכה. הזכות להתגורר בעיר ותנאי הפעילות הבנקאית פורטו בכתבי זכויות אישיים, קונדוטות (condotte) בשפת המקום, שנתנה הרשות המקומית: בפדובה היו אלו עד שנת 1405 הדוקסים מבית קארארה ,(Carrara) ולאחר מכן מוסדות הרפובליקה של ונציה, שהעיר פדובה סופחה אליה.
נוכחותה בעיר של קבוצת אוכלוסייה נפרדת, המעלה דרישות הנובעות מהרצון לשמור את מצוות התורה (תפילה בציבור, טהרת המשפחה, כשרות, קבורה), ומהצורך לנהל משא ומתן בלתי פוסק לחידוש ולשיפור הקונדוטות, יצרו עם הזמן ועם הגידול במספר המשפחות את ה"קהילה", מוסד רשמי שהשלטונות הכירו בו. תפקיד ה"קהילה" היה לייצג את הציבור היהודי בפני השלטונות ולדאוג לכל צרכיו.
כשהחלו יהודים להתגורר בפדובה, מנתה העיר כ-80 אלף תושבים, ומאז ידעה העיר שנים של שגשוג כלכלי וצמיחה מהירה. המשפחות היהודיות הראשונות התגוררו הן בשכונות הפריפריה, לאורך נהר הבקיליונה (Bacchiglione) המקיף את העיר, והן במרכז העיר, סביב לכיכרות שבהן פעלו שוקי הפרות, הירקות ושאר מוצרי המזון. בית הקברות היהודי הראשון נפתח בשכונה הפריפרית דאז של סן לאונרדו (San Leonardo), וכך גם בתי הכנסת הראשונים, שהוקמו בתוך בתיהם של הבנקאים הראשונים. במשך המאה ה-15 עבר היישוב היהודי להתרכז בשני אזורים סמוכים במרכז העיר: הראשון מדרום לכיכר היין (היום כיכר הירקות) שבשכונת סן מרטינו (San Martino), מקום בו יוקם לימים הגטו המקומי, והשני בסמוך לאוניברסיטה, מסביב לכיכר העץ המכונה כיום כיכר קבור .(Cavour)
בכל אחד מאזורי המגורים הוקם בית כנסת: בשכונת סן מרטינו בית הכנסת האשכנזי, ובאזור האוניברסיטה בית הכנסת האיטלקי (שבו מתפללים בהתאם לנוסח התפילה של "בני רומא"). גם בשכונת סן לאונרדו המשיכו להתגורר יהודים, כפי שמעיד שם הרחוב המצוי בה, "בורגו צודיו" = רחוב יהודי.
שכונת סן מרטינו, שבה התגוררו רוב היהודים, הייתה מורכבת מרחובות צרים ובעלי סטיו, שבהם התגוררו מלבד היהודים גם רבים מעניי העיר, ריכוזן של רוב המשפחות באזור אחד הלם הן את רצון היהודים לקיים חיי קהילה הדוקים, והן את רצון הנוצרים לבודד עד כמה שניתן קבוצה שראוה תמיד כגורם זר ובעייתי. ואולם מתברר שהיו יהודים שהעדיפו למרות הכול להתגורר בשכונות נוצריות. ב-1541 התלוננו תושבים במועצה העירונית נגד היהודים המעטים שלא הסתפקו עוד במקום המגורים הרגיל שלהם יחד עם שאר היהודים, ועברו לאזורים היפים ביותר בעיר. השתלבות זו לא התקבלה על דעתם, והביאה באותה שנה להגשתה של בקשה ראשונה במועצת העיר לחייב את היהודים לגור "במקום קבוע ונפרד, בו יגורו ויפתחו את חנויותיהם, לבדם ובלי נוצרים, בהתחשבות במקום בו הם גרים כבר היום". המקום המיועד היה שכונת סן מרטינו, שאחד מרחובותיה קיבל כבר ב-1546 את השם קונטרדה דג'לי אבראיContrada degl'hebrei) ) כלומר"רחוב העברים".
הבקשה לסגור את היהודים בשכונה סגורה הופנתה לשלטונות ונציה אך נדחתה אפילו כשהוגשה בפעם השנייה והשלישית ב-1543 וב-1547. השלטון המרכזי סירב לפנייה זו למרות שבונציה עצמה, שלה השתייכה העיר פדובה, גרו היהודים בשכונה נפרדת וסגורה, ה"גטו" המפורסם, כבר מ-1516. רק בשנת 1580, כאשר גם הבישוף המקומי של פדובה הצטרף לבקשה המחודשת של מועצת העיר לסגור את היהודים במקום "כפי שקוראים לזה - גטו – בנפרד מהנוצרים", קיבלה ונציה באופן חלקי את הבקשה, ובחידוש הקונדוטה נקבע שעל היהודים להישמע להחלטות העתידיות של העיר בעניין מקום מגוריהם.
עם הסכמת שלטונות ונציה למהלך המוצע, החל משא ומתן עם הקהילה על בחירת המקום המיועד לגטו ועל שלבי הביצוע של המעבר. הקשיים המעשיים והכספיים עיכבו את ביצוע התכנית במשך כמה שנים, עד תחילת המאה ה-17. רק ב-1601, בלחצם המתמיד של נציגי הכנסייה בעיר, נבחר המקום המתאים: שטח בנוי בסמוך ל"כיכר היין". מאחורי שורת הבתים שבמקום היו גם שתי חצרות קטנות, והתכנית הייתה לצרף אותן יחד וליצור כיכר גדולה במרכז הגטו, דוגמת הכיכר המרכזית בגטו בונציה. העלות הגבוהה של ביצוע התכנית טרפדה את מימושה, כיוון שהקהילה סירבה לשאת במחיר הכבד ללא הבטחה שהבתים של הגטו יעברו חוקית לבעלותם של היהודים. שלטונות ונציה, מצדם, לא קיבלו תנאי זה, בנימוק שהוא מנוגד לחוקי המדינה.
לאחר חודשים נוספים של דיונים, הגיעו הקהילה ומועצת העיר להסכמה על תכנית חלופית, שלא כללה בניית כיכר מרכזית ולכן לא הייתה כרוכה בהוצאות גדולות במיוחד. הפעם הוחלט על אזור אחר, שהתמקד באותם הרחובות שבהם גרו ממילא רוב יהודי העיר. לפי התכנית, עתיד היה האזור להיסגר ולהיות מבודד משאר העיר, באמצעות סגירת כל הפתחים החיצוניים של הבתים והצבתם של ארבעה שערים סביב. הוחלט על זמני פתיחה וסגירה קבועים של השערים, שעליהם הופקדו שני שומרים, האחד נוצרי והאחר יהודי.
ל"קהילה" לא הייתה כעת כל בררה, ולאחר שנים רבות של עיכובים, הסכימו נציגיה לתכנית סגירת הגטו וקבעו בעצמם את הקריטריונים שעל פיהם חולקו הדירות בין המשפחות. מיד אחרי חג הפסח של שנת 1603 הושלם המעבר ההדדי של היהודים אל תוך הגטו ושל הנוצרים אל מחוצה לו, ובקיץ הושלמה הסגירה של כל הפתחים ונבחרו שומרי השערים. כך למעשה החלה תקופת "הגטו הסגור", שתסתיים רק לאחר כמאתיים שנה.
לפי מרשם רשמי, בעת הסגירה היו 439 נפשות בין כותלי הגטו. שנים מעטות מאוחר יותר, ב-1615, היו במקום 84 יחידות דיור ו-63 חנויות, ובסך הכול התגוררו בגטו 665 תושבים. ב-1630, ערב מגפת הדבר הגדולה, עלה כבר המספר לכדי 721 נפשות. המגפה פגעה קשות באוכלוסיית הגטו וגבתה ככל הנראה יותר מ-400 חללים. הגידול הדמוגרפי שינה את המראה הפיזי של השכונה הקטנה: קומות נוספות נבנו על בתי המגורים, בעיקר ברחוב דאל ארקו (הקשת).
החיים בגטו התנהלו סביב שלושת בתי הכנסת: האיטלקי שנוסד עוד ב-1548; האשכנזי שהיה הגדול שבהם; והספרדי שנוסד רק ב-1617. נוסף לכך, פעלו גם שני בתי כנסת פרטיים. בית הכנסת האשכנזי, שנקרא גם "בית הכנסת הגדול", שכן בקורטה לנגואצה (Corte Lenguazza) כיכר פנימית במרכז הגטו.
הגטו נשאר סגור עד 1797, עת נכנס הצבא הצרפתי לעיר והביא לפתיחת שערי השכונה הסגורה. המשפחות העשירות יצאו בהדרגה מרחובות הגטו ורכשו לעצמן בתים באזורים אחרים של העיר ובאחוזות חקלאיות סביבה. העניים היהודים, מצדם, נשארו לחיות בגטו, שהמשיך להיות מרכז לחיים יהודיים בפדובה. מוסדות הקהילה המשיכו לפעול בגטו, ושלושת בתי הכנסת המשיכו להתקיים אף הם עד 1892, שנה שבה התאחדו שלושתם סביב בית הכנסת האשכנזי. השם "גטו" מציין עד היום את שמו של האזור כולו.
כיום פועל בגטו רק בית הכנסת האיטלקי. בית הכנסת האשכנזי חולל על ידי הכוחות הפשיסטים בשנת 1926, נשרף ב-1943 בעקבות הפצצה אווירית והיה שומם זמן רב. ארון הקודש שלו הועלה לישראל ב-1955, בצוותא עם ארון הקודש והבימה של בית הכנסת הספרדי. שרידיהם משמשים כיום בתי כנסת בתל אביב ובירושלים, בהם בית הכנסת בבניין "היכל שלמה".
בית הכנסת הגדול האשכנזי שבפדובה, עם גרם המדרגות הכפול והאולם רחב הממדים, שופץ במשך השנים שיפוץ יסודי והוחזר לשימוש ציבורי, אם גם לא לשימושו המקורי. אולם בית הכנסת הספרדי הוסב, לעומתו, לדירות מגורים. בבניין הקהילה עצמו, ששימש לבו של הגטו העירוני, מתגוררים כיום רק רבה של הקהילה עם משפחתו וכמה נשים מבוגרות.