כמחצית המשנה עוסקת בהלכות שכבר איבדו מהאקטואליות שלהן בזמנו של רבי יהודה הנשיא, דהיינו במאה וחמישים השנה שחלפו בין חורבן הבית לבין חתימת המשנה. למשל, סדר קדשים עוסק ברובו בקורבנות שעניינם בבית המקדש בלבד; סדר טהרות עוסק בעיקר בדיני טומאה וטהרה הקשורים למקדש; הלכות רבות בסדר מועד עוסקות בקיומם של החגים בבית המקדש, כמו לדוגמה, מסכת "פסחים", העוסקת ברובה המכריע בדיני קורבן פסח; מסכת "יומא" עוסקת בעיקר בעבודת הכוהן הגדול ביום הכיפורים בבית המקדש; מסכת "שקלים" עוסקת ברובה בשקילת מחצית השקל עבור בית המקדש. גם בסדר זרעים יש מסכתות הרלוונטיות רק לימים שבהם בית המקדש היה קיים, כמו מסכת "מעשר שני", העוסקת באכילת המעשר השני בירושלים, או מסכת "ביכורים", העוסקת בהעלאת הביכורים לבית המקדש. הטעם להכללתם של ההלכות, המסכתות והסדרים האלה במשנה הוא מעצם התקדשותם במסורת היהודית למן ימי הבית השני, כמו גם התקווה ש"מהרה ייבנה המקדש", כפי שכבר צוין בפרקים הקודמים.
כללית, בולטת הזיקה בין המסכתות של המשנה לבין חוקי התורה. אולם ברוב המקרים הפירוט במשנה עולה לאין שיעור על המצוי בחוק המקראי. המשנה עצמה מתייחסת לכך: "התר נדרים פורחין באויר ואין להם על מה שיסמכו הלכות שבת חגיגות והמעילות הרי הם כהררים התלוי בשׂערה שהן מקרא מועט והלכות מרבות" (חגיגה א, ח). כלומר, התרת נדרים באמצעות חכם אין לה יסוד מוצק במקרא שניתן להסתמך עליו. כך גם לגבי הלכות שבת, הלכות העוסקות בחגיגת שלוש הרגלים במקדש והלכות הדנות במי שנהנה מן ההקדש. כמובן, אלה הן כמובן דוגמאות אקראיות בלבד, והדברים נכונים לגבי תחומים רבים שהמשנה עוסקת בהם. נדגים זאת באמצעות הלכות שבת.
איסור מלאכה בשבת נכלל בעשרת הדיברות: "לא תעשה כל מלאכה אתה ובנך ובתך עבדך ואמתך ובהמתך וגרך אשר בשעריך" (שמות כ, י; דברים ה, יד). אולם אין שם פירוט של המלאכות האסורות בשבת. בתורה נזכרו, אגב אורחא, מלאכות ספורות בלבד: חריש וקציר (שמות לד, כא), הבערת אש (שם לה, ג), קישוש עצים שנתפרש גם שעונשו בסקילה (במדבר טו, לב), וכן ליקוט מָן בשבת, שכמובן אין לראות בו מצווה לדורות (שמות טז, כב-כו; כט-ל). בנביאים ובכתובים נזכרו עוד כמה פעולות אסורות בשבת. לעומת זאת, מסכת שבת, הפותחת את סדר מועד, מונה "ארבעים חסר אחת" אבות מלאכות, כלומר המלאכות העיקריות האסורות בשבת (משנה, שבת ז ב), ואת המלאכות הדומות להן, שהן תולדותיהן, תוך שהיא מפרטת ומבארת אותן באר היטב. בין השאר היא מפרטת מה אסור מטעם "שְבוּת" – כלומר מה שאינו נמנה בין אבות המלאכות ותולדותיהן, אלא הוא בגדר עבודה שנאסרה כדי שהשביתה בשבת תהיה שלמה, ומוגדר על ידי התנאים בתור איסור דרבנן, כלומר שהוטל בידי חכמים ואיננו מדאורייתא (מן התורה). ליד האיסורים השונים מפרטת המשנה גם את מה שאינו מוגדר כמלאכה או כשבות, ולכן אין שום איסור לעשותו בשבת, למרות שיש דמיון בינו לבין האיסורים.
התנאים והאמוראים ביקשו להצביע על קשר לתורה של עצם המספר ארבעים חסר אחת, שפוגשים בו גם בתחומים אחרים, כמו מספר המלקות שמלקים את מי שנתחייב בהן (משנה, מכות ג, י, הדורשת את המקרא: "כמה מלקין אותו? ארבעים חסר אחת, שנאמר, 'במספר ארבעים' [דברים כה, ב-ג], מנין שהוא סמוך לארבעים"). כמו כן דנו בעצם ההגדרה של כל מלאכה ומלאכה האסורה בשבת, וקשרו את הרשימה באופן מלאכותי למדי למלאכות שהצטרכו להן בבניית המשכן. גם מסכת "עירובין", הבאה אחרי מסכת "שבת", עוסקת בדיני שבת, ויש סוברים ששתי המסכתות האלה נחשבו בתחילה למסכת אחת. במסכת עירובין נידונים כל ענייני עירוב של שבת, דהיינו תקנות היוצרות שיתוף בין תחומים ורשויות על מנת להקל את הגבלות התנועה והטלטול בשבת: עירובי תחומים, עירובי חצרות ושיתוף מבואות. אין פלא אפוא שהמשנה דלעיל מדמה את הלכות שבת ל"הררים התלוין בשׂערה", לפי שאין להן יסוד מוצק בתורה. על פי תחילתה של המשנה, "התר נדרים פורחין באויר", נראה יותר לפרש הררים התלויים בסערה (במקום בשׂערה), שכן לחילופי שתי אותיות אלה אין משמעות בלשון חכמים (בכתבי יד של המשנה מצויה גם הגרסה "בסערה", ראו לדוגמא בכתב יד קופמן).
ישנם תחומים הלכתיים שלא יוחדו להם מסכתות נפרדות במשנה, ויש מהם שאינם מופיעים במשנה כלל. בולטת בהעדרה מסדר מועד מסכת העוסקת בחנוכה. גם לגבי חג הפורים אין מסכת מיוחדת, אלא זו העוסקת בדיני קריאת מגילה. אין גם מסכת מיוחדת לחג השבועות, אם כי דיני חג זה מובלעים במסכתות העוסקות בדיני יום טוב בכללותם. כמו כן לא נתייחדו במשנה מסכתות להלכות תפילין, ציצית ומזוזה, ואלה אינן נזכרות במשנה אלא דרך רמז בלבד. חֶסר זה בולט במיוחד משום הערך המרכזי שניתן למצוות אלה דווקא בימי התנאים. רבי יהודה הנשיא לא סידר אפוא את נושאי המסכתות במשנה כך שיכסו באופן מוחלט את כל התחומים ההלכתיים המהותיים. אין לדעת מה היו אמות המידה המדויקות שלו לבחירת הנושאים שנכללו במשנה; מחד גיסא הוא ייחד מסכתות לנושאים שוליים ביחס, ומאידך גיסא לא ייחד מסכתות לנושאים מרכזיים ביחס.
קראו עוד:
יצירתו הספרותית - המשנה : מהותה של המשנה
יצירתו הספרותית - המשנה : שישה סדרי משנה
יצירתו הספרותית - המשנה : בין הלכות המשנה לבין חוקי התורה (פריט זה)
יצירתו הספרותית - המשנה : תהליך עריכת המשנה
יצירתו הספרותית - המשנה : שיטת רבי בסידור המשנה
יצירתו הספרותית - המשנה : לשון המשנה ויחסו של רבי לעברית