חורבת קומראן שבצפון ים המלח קשורה בשמם של האיסיים, בני אחת משלוש הכיתות הדתיות שחיו בימי הבית השני. האיסיים הגיעו למקום בסוף המאה השנייה לפני הספירה. זמן לא רב אחרי שנתגלו במערות שבאזור זה המגילות הגנוזות, החליטו החוקרים שראוי לחפור את החורבה הסמוכה. בחפירות שנערכו בשנות החמישים נחשף מכלול מבנים גדול ובו מחסנים, דירי צאן, בתי מלאכה ועוד. מהמבנים שנחשפו אפשר ללמוד על החיים במקום: ספסלים ושולחנות כתיבה שעל-ידם נמצאו כסתות דיו, מלמדים על כך שכאן ישבו הסופרים שהעתיקו את המגילות. גם תפילין נמצאו במקום. חדר האוכל היה מרכזי ועל-ידו המזווה, שנמצאו בו מאות כלי אוכל מחרס; האוכל היה פשוט, רק מנה אחת, לחם, והסעודות התנהלו בשקט מוחלט.
הדבר הבולט ביותר בשטח הוא ברכות המים. האקלים המדברי חייב אגירת מים ולשם כך נבנתה אמה, שהוליכה את מי השיטפונות מהנחל (ואדי קומראן) אל פנים המתחם. חלק מהברכות שימשו לאגירת מים, וחלקן - הברכות בעלות המדרגות - שימשו לצרכי טבילה וטהרה, מרכיב חשוב מאוד בחיי האיסיים.
כאן גם נשתמרו שרידיה של חווה חקלאית שבה גידלו, בהשקיה, גידולים המתאימים למים המלוחים של המעיינות, בעיקר תמרים.