המוסד לעלייה (ידוע גם בשם המוסד לעלייה ב') הוקם בשנת 1939 כדי לטפל בארגון ההעפלה על היבטיה השונים: ארגון המעפילים, השגת אניות וציודן, הכשרת אנשי הצוות של אניות המעפילים ועוד. המוסד קיים שיתוף פעולה הדוק עם ארגון "ההגנה" בהגנה על המעפילים ובהורדתם לחוף. ב- 1952 פורק המוסד לעלייה, ופעיליו הועברו למוסד לתפקידים מיוחדים ( הידוע היום בכינויו "המוסד").