בגרסאות קדומות של ברכת המינים שנמצאו בגניזה בקהיר התגלו כמה נוסחים לברכה זו שמקורם בארץ ישראל. על פי נוסח אחד: "למשומדים אל תהי תקווה אם לא ישובו לתורתך, הנוצרים והמינים כרגע יאבדו, יימחו מספרי החיים ועם צדיקים אל ייכתבו". בנוסח אחר שהשתמר ישנה התייחסות גם אל השלטון הרומי: "למשומדים אל תהי תקווה ומלכות זדון מהרה תעקר בימינו. והנוצרים והמינים כרגע יאבדו יימחו מספרי החיים ועם צדיקים אל ייכתבו". בנוסחים הקיימים כיום נוסח הברכה הוא "ולמלשינים אל תהי תקווה...".

ברכת המינים חוברה על ידי רבן גמליאל שעמד בראש המרכז ביבנה (80 - 115 לסה"נ) והיא נוספה לתפילת שמונה עשרה. לדעת חלק מהחוקרים הברכה, שהיא למעשה קללה, מכונת אל כל הנוצרים, ולדעת אחרים היא מכונת אל יהודים- נוצרים, יהודים שהאמינו במשיחיותו של ישוע אך המשיכו להתפלל עם היהודים בבתי הכנסת. לפי דעה זו ברכת המינים נועדה להרחיקם ולמנוע מהם להשפיע על הציבור היהודי.