בית הכנסת מייזל נבנה ב- 1592 במימונו של מרדכי מייזל שהיה העשיר והמפורסם שביהודי פראג. מייזל נולד למשפחה ותיקה שהתגוררה ברובע היהודי כ- 200 שנה. היו לו קשרים בחצר המלכות והוא פעל רבות לקידום הקהילה.מייזל נודע כנדבן שהניק הלוואות ללא ריבית, תמך בעניים ובנה כמה מוסדות בעיר: את בית העירייה המפואר, בית חולים, התי כנסת, מקוואות וישיבות.