תחום אחר, שבו נדרשו הגאונים ומקורביהם להשקיע מאמצים גדולים, היה ההגנה על היהדות התלמודית הרבנית מפני התקפות חוזרות ונשנות מצד כיתות פורשות. סלע המחלוקת העיקרי היה הטענה הרבנית, שהדת היהודית מבוססת לא רק על המקרא ("תורה שבכתב") אלא גם על "תורה שבעל פה", שאינה נופלת בסמכותה מן התורה שבכתב. למחלוקת על סמכותה של מסורת חוץ מקראית ביהדות יש שורשים עתיקים מאוד. העניין היה שנוי במחלוקת כבר בתקופת בית שני, כאשר הפרושים טענו כי מלבד התורה מחייבות גם "מסורות האבות", ואילו כיתות אחרות דחו טענה זו . לאחר חורבן הבית נעלמו הכיתות שחלקו על הזרם הפרושי, ובמשך תקופה ארוכה איננו שומעים על אופוזיציה מאורגנת או שיטתית לתפיסת היהדות על פי הקו הפרושי, אם כי אין להסיק מכך שכל יהודי העולם ניהלו את חייהם על פי תפיסה זו.

בתקופת הגאונים יש תחייה מחודשת של הכיתתיות היהודית בהיקף רחב למדי. המקורות שבידינו אינם מספקים פרטים רבים על רוב הכיתות האלה, על נסיבות היווצרותו ועל דרכי פעולתן ופרטי שיטותיהן. מה שאפשר לומר באופן כללי הוא, שקבוצות כאלה צמחו בעיקר בשוליים של העולם היהודי ולא במרכזים הגדולים של בבל וארץ ישראל. היו להן מנהיגים כריזמטיים, שלפחות מקצתם היו גם משיחי שקר; ומבחינה רעיונית, כפי שכבר נאמר, המכנה המשותף שלהן היה כפירה בסמכות המסורת החוץ מקראית ונציגיה בני הזמן, הגאונים ואנשי ישיבותיהם. מספר תנועות כאלה צמחו במחצית הראשונה של המאה השמינית לספירה, לפחות שתיים מהן בפרס.

מפנה חשוב חל כנראה במחצית השנייה של המאה השמינית, בעקבות פעילותו של ענן בן דוד, המתואר לעתים כמייסד התנועה הקראית. חרף השפעתו הרבה על הדורות הבאים, יש בידינו רק ידיעות מעטות על חייו, וגם אותם מקורות מעטים הם סובייקטיביים בעליל - בין שנכתבו על ידי מעריציו או על ידי מתנגדיו - ואמינותם מפוקפקת מאוד. מה שברור הוא שענן גדל בתוך חוגי העילית של היהדות הבבלית - לפי מספר עדויות היה נצר למשפחת ראשי הגולה, ולפי מקור אחד אף נחשב מועמד מוביל למילוי משרה זו - ושהוא פרש מן היהדות הרבנית בסביבות שנת 770 לספירה. יותר משאנו מכירים את תולדות חייו, אנו יודעים על דרכו הרעיונית, בעיקר בזכות הגניזה הקהירית, שנמצאו בה שרידים לא קטנים מ'ספר המצוות' שחיבר. הספר כתוב בניב ארמי, הקרוב ביותר לשפה הארמית של גאוגי בבל. המחבר הכיר היטב את הספרות התלמודית, על תכניה ואופייה הדיאלקטי. הדרכים שבהן הסיק את מסקנותיו ההלכתיות דומות באופן כללי לאלו המצויות בספרות חז"ל, אך אין כמעט הסכמה ביניהם לגבי התכנים של ההלכות, ודומה שאין זה מקרה, כי המחבר שאף לחלוק בכל מקום על ההלכה התלמודית. בניגוד לספרות חז"ל, אין למצוא אצל ענן הצגת דעות שונות או גישות חלופיות, אלא הרצאה סדורה של שיטה הלכתית בליווי אסמכתאות מקראיות רבות. הבדל בולט נוסף הוא, שאצל חז"ל נלמדות ההלכות בעיקר - אם כי לא באורח בלעדי - מחמשת חומשי התורה, ואילו אצל ענן כל חלקי המקרא מצויים במעמד שווה.

שאלה מרכזית בעניין פועלו של ענן נוגעת לתודעתו העצמית: באיזו מידה תבע לעצמו סמכות להציג תורה מחייבת? סגנון חיבורו יוצר את הרושם שהמחבר חשב כי הוא קובע הלכות נורמטיביות, וכך התרשם גם רב נטרונאי בר הילאי גאון, שהביא בשמו את המילים האלה: "עזבו דברי משנה ותלמוד ואני אעשה לכם תלמוד משלי". עם זאת, מחברים קראים בוודאי לא ראו את דעותיו של ענן ואת כתביו כמחייבים. יתרה מזו, חלק מהם מייחסים לו את האמירה "חפישו באורייתא שפיר (חפשו היטב בתורה) ואל תישענו על דעתי", כאילו הוא עצמו לא רצה שאחרים יקבלו את סמכותו אלא שיְחקו את הדגם שהציג, של כפירה בסמכות המסורת הרבנית ושל ניסיון אישי לרדת לעומקי המשמעות של התורה הכתובה. אולם ספקות רבים הועלו לגבי אמינות הייחוס של סיסמה זו לענן, וייתכן מאוד שהיא פרי ניסיון להציג אותו כמי שהניח את היסודות לתנועה הקראית, ועם זאת להכשיר בדיעבד את הסטיות הרבות של הקראים מדעותיו הספציפיות.

למעשה, נראה שמחברים כיתתיים במאה השנים שלאחר ענן לא ראו את עצמם כתלמידיו, ולכן אימצו את דעותיו באופן בררני ואף מתחו עליו ביקורת חריפה. רק בסוף המאה התשיעית לספירה, או בתחילת המאה העשירית, נוצרה תנועה קראית בעלת זהות מגובשת פחות או יותר. בתקופה זו נוסדה הקהילה הקראית בירושלים, ששימשה מרכז רוחני של הקראות העולמית עד מסעי הצלב. ככלל, בקראות הקדומה שררה מידה רבה של חופש פסיקה. בהיעדר מסורת מחייבת או גוף סמכותי המופקד על פסיקת ההלכה, היה רשאי כל מחבר קראי לפרש את המקרא על פי הבנתו ולחלוק על מחברים אחרים, ולכן קשה לדבר בתקופה זו על "הלכה קראית" כמהות מוגדרת. רק בתקופה מאוחרת יותר נמצאו דרכים לצמצם את חופש הפסיקה המופלג.

המחלוקות העיקריות בין היהדות הקראית לרבנית לא נגעו לעניינים תיאולוגיים מופשטים, אם כי לעתים התנהלו פולמוסים גם במישורים כאלה, כמו הביקורת הקראית על האנתרופומורפיזם, ההאנשה של האל, שייחסו ליהדות הרבנית. סלע המחלוקת העיקרי היה היחס בין ההלכה המקראית לבין המסורת החוץ מקראית, הן במישור העקרוני והן בנוגע לדינים ספציפיים. כפי שהזכרנו, אחד מעמודי התווך של היהדות הרבנית היה האמונה בתורה שבעל פה, שאינה נופלת בסמכותה (ובעתיקותה) מן התורה שבכתב. תורה זו מוצאת את גיבושה המוסמך בספרות חז"ל, ונציגיה הרשמיים בתקופה המאוחרת יותר היו הגאונים ובני ישיבותיהם. בבואם להתפלמס עם הקראים לא יכלו היהודים הרבניים לבסס את טיעוניהם על הנחת יסוד זו, שנשללה באופן עקרוני על ידי יריביהם. הם נאלצו להביא הוכחות לצדקת דרכם, המבוססות על מצע משותף להם ולבעלי ריבם, כלומר, בעיקר על המקרא. טיעון מרכזי של המחנה הרבני, שפותח במיוחד על ידי רב סעדיה, וחזר בפי הבאים אחריו, היה כי מתוך המקרא עצמו ברור שחייבים להיות מקורות מידע סמכותיים נוספים, ובלעדיהם אי אפשר כלל להבין את המקרא או ליישם את הוראותיו בתחומי הלכה רבים. רעיון זה מופיע במקומות רבים ובניסוחים שונים בכתבי רב סעדיה גאון , ומספר דוגמאות טיפוסיות יובאו להלן (ראו עמ' 168-167,97,44-43).

לעומת זאת , טענו הקראים, שאם נאמר ש"תורת ה' תמימה" ( תהלים יט, ח), הרי משמעות הדבר שהיא יכולה - ואף חייבת - להתפרש מתוכה, ללא הזדקקות למקורות חיצוניים כלשהם. ואם, למשל, לא צוינה בתורה שבכתב הכמות הנדרשת לקיום מצווה מסוימת, אין זה אומר (כפי שטוען רב סעדיה) שאנו זקוקים למסורת שתגדיר את הכמות הנחוצה, אלא שאין בכלל שיעור מינימלי. הצורך לענות על כל שאלה פרשנית מבלי לחרוג מגבולות המקרא הניע את המחברים הקראים להעמיד את כל חלקי המקרא במישור אחד, ולבסס הלכות על ספרי הנביאים והכתובים לא פחות מאשר על ספרי התורה. כמו כן נמתחו מאוד גבולותיהן של שיטות פרשניות שונות, ובייחוד שיטת ההיקש ("קיאס" בערבית), כדי לספק מענה לשאלות שאין עליהן תשובה ברורה במקרא. כאשר הגיע תורם להתקיף את היהדות הרבנית ברמה העקרונית, ניסו הקראים להפריך את הטענה הרבנית, שההלכה שלה מיוסדת על תורה שבעל פה שנשמרה ונמסרה בדייקנות במשך דורות רבים. לצורך זה הדגישו הקראים את המחלוקות הרבות בין חכמי התלמוד, את חילופי המנהגים בין קהילות יהודיות בנות זמנם (בייחוד בין המסורת הבבלית לבין הארץ ישראלית), וכן את העובדה שבספרות חז"ל עצמה מיוחסות הלכות רבות לחכמים מאוחרים יחסית, ונזכרות התפתחויות שונות בהלכה, שקשה לכאורה ליישבן עם הטענה שהיא מבוססת על שימור מסורת קדומה.

נציין בקצרה אחדות מן המחלוקות החשובות ביותר שבין הרבנים לקראים, ברמת ההלכה הנורמטיבית. מספר מחלוקות שייכות ללוח השנה, כאשר המחלוקת היסודית ביותר נוגעת לדרכי קביעתו: היהדות הרבנית זנחה את השיטה הקדומה המתוארת בספרות חז"ל, שלפיה קבעו את התאריך של ראש חודש על פי עדים שראו את הירח המתחדש, וכן החליטו על פי בדיקות שונות באילו שנים יש להוסיף חודש שלושה עשר (שנה "מעוברת"), כדי לסגור את הפער בין שנת החמה לבין שנת הירח. עוד לפני תקופת הגאונים אימצה המסורת הרבנית לוח שנה המבוסס על חישובים אסטרונומיים, ואילו הקראים הקפידו להמשיך ולקבוע את הלוח על פי השיטה הישנה (אם כי שיטה זו אינה נזכרת במקרא). נוסף לכך טענו הקראים (כמו כיתות רבות אחרות בתולדות היהדות), כשהם מסתמכים על קריאה פשוטה של ויקרא כג , טו-טז, שאת חג השבועות יש לחוג תמיד ביום ראשון בשבוע. חילוקי הדעות באשר לקביעת הלוח נתפסו כבר מתקופה קדומה כמפרידים באופן חד בין קבוצות יהודיות שונות, וכך היה גם בתקופה זו.

בתחום התפילה גרסו ענן וחלק מראשוני הקראים כי אסור להשתמש בתפילות בתר מקראיות, ויש לראות בספר תהלים את סידור התפילה היחיד. בנקודה זו חלה התפתחות ניכרת בקראות המאוחרת יותר, שהתקרבה לגישה הרבנית. בדיני איסור והיתר (הגבלות על מעשי הפרט, כגון דיני כשרות, אישות ושבת) נטו הקראים להחמיר יותר מן ההלכה הרבנית, אם כי היו גם יוצאים מן הכלל - למשל, הם לא הכירו באיסור טריפות. השבת נשמרה בצורה הרבה יותר קיצונית מאשר אצל היהודים הרבניים. הדוגמה המפורסמת ביותר היא האיסור להבעיר אש בשבת (שמות לה, ג), שהקראים פירשו אותו באופן שאסר אפילו הבערת אש מערב שבת שתמשיך לדלוק בשבת. כתוצאה מכך אסרו להדליק נרות שבת, דבר שנחשב במסורת הרבנית מצווה חשובה, וכן אסרו שיטות שונות לחימום אוכל (או לשמירה על חומו) בשבת, שהיו מותרות לפי ההלכה הרבנית. בעקבות איסורים אלה היו מחברים רבניים שקבעו כי מי שאינו אוכל מאכלים חמים בשבת חשוד במינות, כלומר בהשתייכות לזרם הקראי.

הקראים הראשונים הרחיבו את איסורי העריות הרבה מעבר למה שנזכר במקרא, וגם מעבר לאיסורים שנוספו על ידי חכמי התלמוד . כתוצאה מכך ומן ההיקף המצומצם של רוב הקהילות הקראיות, נוצר מצב שבו היה קשה מאוד למצוא זיווגים מותרים, ובמהלך הזמן חלה נסיגה ברורה מן ההלכה הקראית הקדומה בתחום זה. הבדל בולט נוסף בסגנון החיים נבע מן הגישה הקיצונית של רבים מן הקראים למציאות של היעדר בית המקדש. הייתה נטייה לתת ביטוי לתחושת האובדן בעקבות חורבן הבית בתחומים שונים של החיים (כגון הימנעות מאכילת בשר), ומגמה זו בלטה במיוחד אצל קראי ירושלים, שנודעו בשם "אבלי ציון".

יחסם של מנהיגי היהדות הרבנית לכיתות הפורשות, ובייחוד לקראות, היה כמובן שלילי ביותר. עם זאת, הגאונים שקדמו לרב סעדיה מזכירים את הקראות או מגיבים עליה רק לעתים רחוקות. מסתבר שהשואלים שפנו אליהם לא הוטרדו יתר על המידה מן התחרות הכיתתית, ואילו הגאונים עצמם לא הכירו כנראה מקרוב את היהדות הקראית וידיעותיהם עליה היו מצומצמות למדי. דוגמה מובהקת לכך מצויה בתשובה של רב נטרונאי בר הילאי, גאון סורא באמצע המאה התשיעית, שנשאל על נוסח מסוים של ההגדה של פסח, שנראה תמוה בעיני השואלים. ככל הנראה, היה זה נוסח ארץ ישראלי של ההגדה, אך הגאון חשב שהוא נוסח קראי, אף שהיו בו קטעים מספרות חז"ל. תגובה זו מלמדת על היקף ידיעותיו של הגאון בנקודה זו, אך גם על יחסו לתנועה הקראית:

... הללו מינין ומלעיגין על דברי חכמים, ותלמידי ענן ירקב שמו אבי אביו של דניאל, שאמר לכל התועים והזונים אחריו "עזבו דברי משנה ותלמוד ואני אעשה לכם תלמוד משלי", ועדיין הם בטעותם ונעשו אומה לעצמן, ותקן תלמוד של רשע ושל עָוֶל לעצמו...

בעניין זה , כבעניינים רבים אחרים, המפנה בא עם רב סעדיה, שפתח כבר בצעירותו במערכה אנטי כיתתית. במשך חייו הקדיש חיבורים מיוחדים לא מעטים לפולמוס זה, כשהוא מתקיף לא רק את הקראים אלא אף כופרים אחרים כמו חיוי הבַּלכי (מן העיר בַּלְך, באפגניסטן של היום). פולמוסים כאלה תופסים מקום נכבד גם בכתבים אחרים של הגאון, ולא רק במקומות צפויים יחסית, כמו פירושיו למקרא או 'ספר האמונות והדעות', אלא אף בהקשרים מפתיעים יותר, לעתים בצורה מרומזת (על כל אלה נרחיב את הדיבור בעיקר בפרק השמיני). אצל הגאונים שפעלו אחרי רס"ג שוב פוחתת עוצמת העיסוק בפולמוס האנטי קראי, אך היא גדולה בהרבה מאשר אצל הגאונים שקדמו לו. פולמוס כזה מצוי, למשל, בפירושי המקרא של רב שמואל בן חפני גאון, ובמספר תשובות של רב האיי בן שרירא גאון, שבזמנו כבר הטרידו טענות הקראים את מקצת השואלים, והם פנו לגאון וביקשו את עזרתו כדי שיוכלו להגן כראוי על מורשתם הרבנית.

לחלקים נוספים של הפרק:
תקופת הגאונים והרקע לפעילותו של רב סעדיה
תקופת הגאונים והרקע לפעילותו של רב סעדיה: ישיבות הגאונים: המשך ושינוי תקופת הגאונים והרקע לפעילותו של רב סעדיה: ראשות הגולה
תקופת הגאונים והרקע לפעילותו של רב סעדיה: המרכז הארץ ישראלי והתחרות בין שני המרכזים
תקופת הגאונים והרקע לפעילותו של רב סעדיה: האתגר הכיתתי (פריט זה)