המתיישבים הראשונים בשער חפר הגיעו מעיירות וערים שונות בצ'כוסלובקיה. עם כניסת הגרמנים לחבל הסודטים, ברחו היהודים מחבל זה והצטרפו לאחיהם שישבו בערים הגדולות, רובם בפראג הבירה. רבים מהם השאירו את רכושם במקום מגוריהם הקודמים. חברת "רסקו" שפעלה גם בצ'כיה הציעה להם להקים ישוב חדש בפלסטינה בשם בית יצחק.

37 משפחות נרשמו, חלקם הגדול ציונים. גדולה הייתה הפתעתם כאשר גילו שהכפר בית יצחק כבר קיים. "רסקו" הציעה להם להצטרף לישובים קיימים, אך הם התנגדו ודרשו בתוקף להתיישב בכפר חדש כפי שהובטח להם. חברת "רסקו" לחצה על אגודת בני בנימין, שהקימה את הישוב "גן חפר", להעביר לידיה את האדמות שהוקצו ליישוב ואשר נותרו פנויות מאחר וחלק מהנרשמים לא מימשו את עלייתם לקרקע.

במרץ 1940 חולקו החלקות והחלו בהקמת הבתים למתיישבים החדשים, אלה מוקמו בשורה נוספת, בצידה הדרומי של אותה דרך (דרך חפר). בניית הבתים נסתיימה, אמנם, ב- 1940 אך לרשת החשמל התחברו רק כעבור 4 שנים.

המתיישבים החדשים, בימיהם הראשונים, התגוררו בחדרים שכורים באזור והגיעו מידי יום לעבודתם. הם הועסקו ע"י חברת "רסקו" בעבודות בנין, חפירת תעלות לרשת המים וכן עבדו מחוץ לישוב. חלק מהבתים הושכרו למתיישבים לעתיד וחלקם שימשו מגורים לפועלי "בני בנימין", שעבדו בפרדס ובקטיף באזור (עד נתניה) ובמקביל הקימו את משקיהם החקלאיים.

השכנים בגן חפר הביטו בפליאה ובתימהון על המתיישבים החדשים. שפת דיבורם הייתה צ'כית או גרמנית, לבושם היה אירופי.

המבנה החברתי שהיה מחולק לשתי קבוצות גרם לעיתים לחוסר הסכמה. באחת מישיבות הועד עלה לדיון נושא שם הישוב החדש ובין ההצעות שהועלו להצבעה באסיפה, התקבל השם "תל גמלא" שמקורו בשמה של תנועת נוער ציונית בצ'כיה. משום מה, שם זה לא השתרש. בימים הראשונים נקרא הישוב שער חפר - גן חפר ואולם עד מהרה השם שער חפר הוא השם שנתקבע.

בגלל הוואדי שהפריד פיסית בין בית יצחק לשער חפר - התנועה, הובלת החלב, מקור המים והחשמל וכל הקשר לעולם בתחילת הדרך היה צפונה. אפילו את הפרות להרבעה הובילו לפרייה (מקום הרבעה) ואת העיזים לתיש שבכפר ידידיה. כך גם באר שער חפר חוברה לרשת החשמל דרך כפר ידידיה – ולמותרות של החיבור לחשמל, זכו גם שני הבתים הסמוכים לה.

ב- 1972 התאחדו שני הישובים בית יצחק ושער חפר-נירה והשם החדש שנבחר היה בית יצחק-שער חפר.