אלי כהן החל את פעילותו החשאית בסוריה ב- 1961. במשך הזמן התקדם במעמדו החברתי-פוליטי והפך מקורב לצמרת השלטון הסורי. באמצעות קשריו הענפים העביר מידע מודיעיני בעל ערך רב לגבי היערכות הצבא הסורי ברמת הגולן ודיווח על מהלכים צבאיים ומדיניים שונים. בשיא פעילותו היה כהן מועמד לתפקיד תת שר ההגנה הסורי.  בינואר 1965 נחשף ונעצר על ידי אנשי המודיעין הסורי. למרות מאמצים פומביים וחשאיים מטעם מדינת ישראל, הועמד לדין והוצא להורג ארבעה חודשים לאחר מעצרו. ההוצאה להורג בוצעה בפומבי בכיכר המהרג'ה שבדמשק.