פיגועי מחבלים בתוך ישראל, ובעיקר הטמנת פצצות בירושלים, הפרו את שיכרון הניצחון, יישובים לאורך הגבול עם ירדן ולבנון סבלו אף הם מהתנכלויות מחבלים ומירי קטיושות ומרגמות. צה"ל הגיב בדרכים שונות, בעיקר בהפצצות חיל האוויר על מקורות הירי. אך ההסתננויות לא פסקו. בצה"ל הוחלט על מבצע כראמה. ב-21 במארס חצו כוחות צה"ל את נהר הירדן, פשטו על בסיס ארגון פת"ח בכראמה ופעלו בו במשך יום שלם. התוצאה: 60 הרוגים לירדנים ו-150 הרוגים למחבלים. גם כוחותינו ספגו אבדות כבדות: 28 הרוגים. ויכוח סוער פרץ בארץ לגבי נחיצותו של המבצע.

אירועים נוספים בשנה זו:
* אסון נוסף פקד את צה"ל: צוללת חיל הים דקר שיצאה מאנגליה בדרכה לישראל נעלמה, וכל החיפושים בעקבותיה לא העלו דבר. ב-9 בפברואר 1969 נמצא מצוף הצוללת בחוף רצועת עזה, אך עד היום לא נפתרה התעלומה, ו-69 אנשי צוותה הוכרזו כנעדרים.
* ב-2 במאי חגגה מדינת ישראל שני עשורים במצעד צה"ל בירושלים השלמה. באותו יום החלה הטלוויזיה הישראלית לשדר, והמצעד הוקרן.
* בסוף השנה סיים יצחק רבין את תפקידו כרמטכ"ל ויצא לארה"ב לכהן כשגריר ישראל בוושינגטון. במקומו התמנה חיים בר-לב כרמטכ"ל.
* ב-5 בדצמבר 1968 התבצעה בישראל השתלת לב ראשונה בביה"ח בילינסון בפתח-תקווה. פרופ' מוריס לוי ביצע ההשתלה ליצחק סולם בן 41 מיפו. כעבור שבועיים נפטר החולה מסיבוכים.