מאז גירוש ספרד הייתה סאלוניקי עיר הספרים והדפוס. במשך מאות בשנים, מסוף המאה ה- 15 ועד למחצית המאה ה- 18, היו המהגרים מחצי-האי האיברי מביאים במטעניהם כתבי-יד וספרים יקרי-ערך. בין ספרים יקרים אלה, כתובים עברית (תנ"כית ותלמודית), ערבית ולאטינית, היו פירושים מסורתיים, כרכי תלמוד, ספרי פילוסופיה דתית, רפואה ומדעי הטבע. נוסף על כך ראו היהודים הספרדיים תמיד כבוד לעצמם בהעשרת ספריותיהם על-ידי רכישות תדירות בערי המזרח הגדולות, וכן בוונציה, בליבורנו, באמסטרדם ובמרכזי המו"לות בפולין. לעיתים קרובות הם העסיקו סופרים, שעמלו בלי הרף כדי להעתיק על קלף – שהוכן בטיפול במיוחד – כתבי-יד יקרים ביותר. לא הייתה משפחה ותיקה, שלא היו בתחתיות קמטריה (ה-"forcels") – ירושת הדורות – כמה כתבי-יד, שנשמרו בקנאות ושלעתים קרובות יוחס להם כוח סגולה, מעין קמיע המגן מפני סכנה ומביא אושר.
בתי הדפוס שהראשון ביניהם נוסד ב- 1513, פעלו עד סוף המאה ה- 17 לסירוגין, ואחר-כך ללא הפסקה עד לתקופתנו.* במשך מרבית המאה ה- 18 הייתה סאלוניקי אחד המרכזים החשובים ביותר של מו"לות יהודית. בתי-הדפוס שלה הפיצו יותר מאלף ספרים, רובם בקווארטו ובאוקטאבו; לרוב היו אלה חיבוריהם של מחברים מקומיים המוקדשים לפרשנות, לדרשנות, להלכה, ולעתים אף לפילוסופיה ולמדעים, ועל הכול – ספרי שאלות ותשובות.
לכל המשפחות האמידות היו אוספי ספרים עשירים. דליקות גדולות היו משמידות לעתים קרובות שכונות יהודיות שלמות, ואתן יחד הלכו לטמיון הספריות. אולם משהיו הבתים מתנערים מן המפולת, היה מתעורר הצימאון לדעת והכבוד לאות המודפסת, וכל יהודי אמיד היה חוזר ומכונן מחדש את אוצרו הרוחני הפרטי. היו רוכשים ספרים בערי השדה ובחוץ-לארץ והיו מזרזים את עבודת המעתיקים ובתי-הדפוס. הם לא היססו מלהקדיש לכך חלק מרכושם והתגאו יותר באוסף ספרים מאשר בקופסת זהב, בנרתיק עם תכשיטים, בשטיחים, או אריגים יקרי ערך. אצל הספרדים היה תמיד ערך גדול יותר לדעת מלרכוש בן-חלוף, וספרייה עשירה הייתה בעיני כולם תעודת כבוד גדולה ביותר לבעליה.
בדליקה של 1545 נשרפו שלוש הספריות המפורסמות ביותר בכל המזרח: של אברהם בנבנישתי, של שמואל בנבנישתי ושל פרחיה האיטאלקי. התבערות ב- 1620, 1734, 1759, 1877, ו- 1890 כילו אוצרות גדולים של ספרי הלכה ורפואה.בדליקה של 1890 נשרף שפע של חיבורים היסטוריים ואנציקלופדיים בביתו של יהודה נחמה. דליקת ה- 18 באוגוסט 1917, מן האיומות שפקדו את העיר העתיקה הזאת, בלעה הרבה ספריות שערכן לא ישוער – רכוש ישיבות ואנשים עשירים. נזכיר כאן את החשובות ביותר: ספריית הישיבה של לא-בויאנא, ספריותיהם של חיימוג'ו קובו (העשירה ביותר בעיר), של הרב יעקב קובו, של אשר שמחה, שלום סאיאס (לשכת הגזית), שבתאי חסיד, אברהם שאלתיאל; ספריית החברה "קדימה" וספרייתו של התוכן שאול אמאריליו.
חובבי הספרים אפרים ריינארד ואלקנה אדלר קנו בסאלוניקי הרבה אינקונאבולים וחיבורים נדירים, כשביקרו בעיר בשנים הראשונות של המאה ה- 19, ורכישותיהם יקרות-הערך נשמרות עתה בניו-יורק ובלונדון.
למן הימים הראשונים של אפריל ומאי 1941, ימי הפלישה, החלו הגרמנים, כאמור לעיל, בהחרמת כל דבר מעניין שנשאר מן הספרים וכתבי-היד, המגילות, הארכיונים, ספרי התורה ותשמישי הקדושה (מפות, פרוכות, רימונים וכד') מלאכת ההחרמה נעשתה במהירות ובסודיות על-ידי צוותות מיוחדים, שוועדת רוזנברג הדריכה אותם. כל הספריות שהיה להן ערך כלשהו נארזו בארגזים, אחר שקוטלגו ומוינו. אנשי הגייס החמישי הכינו רשימות מפורטות זמן רב לפני פרוץ המלחמה. ספרייתו של יוסף נחמה היה לה הכבוד העגום להיות הראשונה לשוד. מלבד אנציקלופדיות רבות ושפע חיבורים בתחומי ההיסטוריה, הסוציולוגיה והפילוסופיה היו בה אוספים שלמים של כתבי-עת ופרסומים חשובים. השוד התנהל בקצב מזורז. במשך שבועות מספר הועברו לגרמניה ספריות הקהילה והספריות הפרטיות.
ספריית הבית-דין-צדק הכילה 2,500 כרכים, שרובם נרכשו בארץ-ישראל אחרי 1919; היו אלה, בין השאר, מהדורות התלמוד, המורים, ספרי הרמב"ם, כתבי יוסף קארו, וביחוד אוסף שלם של ספרות שאלות-ותשובות של הרבנים המקומיים; זה היה האוצר החשוב והמגוון ביותר לתולדות יהודי העיר מתחילת הזמן החדש ונוסף על כך הייתה זאת מצבת-עדות לחיוניותה הרוחנית של יהדות סאלוניקי. חיבורים מסוג זה אף מילאו את אצטבאות הספריות האחרות, שהיו לבז בידי אנשי ועדת רוזנברג, ואלה הן:
א. ספרייתו של יהודה נחמה, שנתרמה לקהילת סאלוניקי ושבחלקה הגדול הכילה ספרי השכלה בעברית חדשה, מן התקופה שאחרי מנדלסון;
ב. ספריית מורי בתי-הספר של הקהילה, שהיו בה 600 כרכים; חלק גדול מהם ספרי-עזר, כמה אצטבאות מוקדשות למבחר לא גדול, אך מוצלח, של ספרי היסטוריה (גרץ, דובנוב, ועוד) וספרות עברית חדשה;
ג. ספרייתו של ד"ר צבי קורץ ובה כאלף כרכים – רובם ספרי-עזר. הייתה שם אחת ההוצאות היפות ביותר של תלמוד בבלי ואוסף ספרים על היהדות בשפה הגרמנית;
ד. ספרייתו של הרב שאול אמאריליו, שאחרי דליקת 1917 הושקע בה הרבה כסף לחידושה. היו בה 500 כרכים; מלבד אוסף שו"ת חשוב, היו בה חיבורים בתולדות ישראל ומבחר ספרי הלכה – פרי עטם של מחברים עבריים בני זמננו;
ה. בספרייה של מיכאל מולכו היו 500 כרך, בתוכם כמאה נדירים ביותר; נמצאו שם גם המהדורות הראשונות של סידורים ומחזורים;
ו. ספריית בית-הכנסת של בני מונאסטיר – אוסף ספרים תורניים וספרי הלכה – תרומת הנדיב יעקב ישראל ממונאסטיר, שהשקיע בה את מיטב כספו;
ז. הספרייה המפורסמת של ישיבת "חיימוג'ו" שברחוב מנקסה מספר 2, העשירה בספרי שו"ת מכל התקופות ומכל התפוצות, ספרות מדרשית, ביאורים על-פי הפשט והקבלה, חיבורים היסטוריים, אוספי דרשות והספדים – כל אלה וכן הישיבה עצמה והקרנות להחזקתה נתרמו ע"י הנדבן חיימוג'ו קובו.
ספרייתו של חיים חביב הנערץ, אוצר משפחתי עתיק, שנצבר במשך כמה דורות ושמנה אלף ספרי-הלכה ופירושים, הוסתר יחד עם ארכיוני הקהילה ומוסדות יהודיים שונים במרתפי בית הקהילה; אולם הגרמנים מצאו את המחבוא והעבירו את כל החומר הזה למחנה הירש ושם שרפוהו.
עם כניסת הגייסות הגרמניים לסאלוניקי שדדה ועדת רוזנברג אוצרות של שני ארכיונים:
א. ארכיון משרד הקהילה; ב. ארכיון באנק איגוד בסאלוניקי. יש לשער שהגרמנים קיוו לגלות שם סמוכים להוכחת הגירסה הנאצית על הכוח הנסתר של הממון היהודי הבינלאומי, וכמה "סודות" על "הקשר האפל" שקשרו ה"פלוטוקראטים היהודיים" נגד גרמניה המסכנה... בבתי-הכנסת נשדדו כ- 250 ספרי-תורה; 150 מהם נארזו בהקפדה ונשלחו לגרמניה עם משלוח היהודים בעלי אזרחות ספרד. האחרים הושחתו או הועלו בלהבות.
אוצר זה של כתבי-יד הובא בחלקו על-ידי יהודים שבאו מספרד ומאיטליה. חלק אחר הועתק ע"י סופרים מקומיים מן המאה ה-16. בין אוצרות בתי-הכנסת ששדדו הנאצים, נמצאו רימונים עשויים זהב וכסף, משובצים אבנים נוצצות בשלל צבעים, מלאכת-מחשבת, מעשה ידי הצורפים היהודיים בעיר, ומפות רקומות בחוטי כסף, משובצות פנינים.
החרמתו של חומר זה אורגנה והודרכה ע"י הד"ר האנס היינריך מוועדת רוזנברג; הארגזים עם השלל נחתמו וסומנו במספרים סידוריים ובראשי-תיבות – G.S.V..
הספריות הניידות של תלמידי כי"ח לשעבר (2,500 כרכים), של "בני-ברית" (2,000 כרכים), של תלמידי המיסיון הצרפתי (Mission Laique Francaise) (2,00 כרכים) וספריות אחרות שהכילו אנציקלופדיות, יצירות ספרות וחיבורים היסטוריים בשפות שונות, בעיקר בצרפתית, לא נפלו בידי הבוזזים הנאציים, אלא פוזרו לכל רוח והגיעו בעיקר אל מוכרי ספרים ישנים שבעיר, או שימשו חומר גלם בבתי מלאכה לייצור שקיות לחנויות מכולת.
בדומה לכך פוזרו ונאבדו ספרי הלכה ותרבות יהודית מישיבות, אשר הנאצים לא גילו אותן. ראוי לציין את החשוב שבהם, את האוסף המפורסם של הישיבה בשדרות המלכה אולגה, שהיה קשור לספרייה של ישיבת חיימוג'ו שברחוב מנקסה, אף היא תרומת אותו הנדיב. בתחילה הכילו שתי הספריות הנהדרות האלה, שאחת השלימה את חברתה – 3,000 כרכים; נוספו עליהם ספרים מתרומותיהם הגדולות של יחידים, תושבי סאלוניקי, וכן בני קהילות תראקיה, מאקדוניה ותסאליה; התרומה החשובה שבהן הייתה אוספו יקר-הערך של הרב מאיר נחמיאס, מי שהיה רבה הראשי של סאלוניקי. הנאצים, שהטביעו חותמות על אוספים אלה, שכחום במשך הזמן, אבל לדאבון הלב השתרר עליהם האספסוף ולא הותיר דבר. קהילת סאלוניקי המפוארת באוצרותיה הרוחניים שנאספו במשך 500 שנה, נשארה בלי ספרים.
בצרור הזיכרון של 44,000 קדושיה שלא זכו לקבר, צרור גם זוהר למדנותה וצמאון הדעת של יהדות סאלוניקי.
*הספר הראשון הידוע לנו, שהופיע בסאלוניקי, הוא חומש עם תרגום ופירוש רש"י. בשער הספר צוין שההדפסה נשלמה בי"ד מרחשון ה'רע"ב. הספר נדפס באותיות שיוצקו בליסבון.