לאחר הצהרת בלפור (1917) פעל הרב קוק, במסגרת תנועתו 'דגל ירושלים', לכונן בירושלים ישיבה מרכזית עולמית, שתהווה מרכז רוחני- תורני לעם ישראל כולו. בימיו לא זכתה ישיבה זו למעמד המרכזי, כפי שקיווה; לאחר פטירתו נקראה הישיבה על שמו, ישיבת 'מרכז הרב', ובהדרגה, בעיקר תחת הנהגת בנו הרב צבי יהודה הכהן קוק, בשנות המדינה, הפכה לישיבה המובילה של הציבור הדתי – לאומי.