אלי כהן נתפס בשעה ששידר לישראל, והועמד למשפט באשמת ריגול לטובת ישראל. משפטו נמשך עשרה ימים ובמהלכו דחתה סוריה בקשות חנינה שהגיעו ממדינות בעולם. בסיום המשפט הוטל על אלי כהן גזר דין מוות ללא זכות ערעור, וב- 18 במאי 1965 הוא נתלה בכיכר המרכזית בדמשק. הממשל בסוריה לא מתיר עד היום להביאו לקבורה בישראל.
לסיפורו של אלי כהן באתר מל"מ