לאחר מות ינאי מלכה תחתיו שלומציון. שנות שלטונה אופיינו במתינות, אך מתחת לפני השטח שרר אי שקט

ממלכת החשמונאים נמשכה כ -120 שנה. לאחר מלחמה קשה שכללה תבוסות לא מעטות לצד ניצחונות זוהרים, הפך בהדרגה מה שהתחיל כמרד לשלטון ריבוני וחוקי של החשמונאים. לניצחון המרד תרמו סכסוכים ושחיתיות שפשו בבית סלווקוס. לאחר שיהודה המכבי נהרג, ואחריו גם יונתן אחיו, תפס שמעון את ההנהגה בהסכמת העם. בנו, יוחנן הורקנוס, שירש את השלטון, ניהל מלחמות והרחיב את גבולות המדינה. הוא אף גייר את האדומים בעל כורחם וסיפח אותם למדינה החדשה והגדולה.

בניגוד למה שמקובל לחשוב, שלטון החשמונאים לא התאפיין בדתיות יתר. המניע למרד היה אמנם דתי, אך במהלך השנים נטו מלכי בית חשמונאי להלניזם, ויעידו על כך השמות היווניים שהוסיפו לשמם. אולי בשל כך התפצל העם בתקופה זו לכיתות: הפרושים, תלמידי החכמים והמון העם; הצדוקים, משפחות הכהנים והאצולה; והאיסיים שהתרחקו מירושלים וחיו חיי פרישות.

לאחר מותו של יוחנן הורקנוס נותרו ארבעה בנים: יהודה אריסטובולוס, אנטיגונוס, אלכסנדר ינאי ואבשלום. אריסטובולוס קיבל לידיו את המלוכה ונהג כמנהיג צמא דם ואכזרי. הוא כלא את אמו ורצח את אנטיגונוס אחיו. לאחר שנה אחת בלבד חלה ומת.

אחיו, אלכסנדר ינאי, עלה לשלטון אחריו, ונשא לאישה את אלמנתו שלומציון. ינאי היטיב עם הצדוקים, מה שהגביר את המתיחות עם הפרושים. יוסף בן מתתיהו ציין שבתקופה זו נהרגו חמישים אלף אנשים בסכסוכים פנימיים.

לאחר מות ינאי מלכה תחתיו שלומציון. שנות שלטונה אופיינו במתינות. בימיה כיהן שמעון בן שטח, מנהיג הפרושים, כראש הסנהדרין, ותקופה זו הצטיינה בפריחה תרבותית וחוקתית, אך מתחת לפי השטח שרר אי שקט.

לשלומציון היו שני בנים מנישואיה לאריסטובולוס - הורקנוס השני ואריסטובולוס השני. על פי דין הגיעה המלוכה להורקנוס הבכור, אך אריסטובולוס שהיה חזק ממנו השתלט על המלוכה והשיא את בתו של אחיו, אלכסנדרה, לבנו. מרים בתה של אלכסנדרה, ולימים אשתו של הורדוס, הייתה בעצם נכדתם של שני מלכים חשמונאים.

בזמן העימות בין הורקנוס לאריסטובולוס נכנסה משפחת הורדוס לתמונה. אנטיפטרוס, אביו של הורדוס, ייעץ להורקנוס לא לוותר על המלוכה. יחד עם חרתת שליט הנבטים הם צרו על ירושלים. כשפומפיוס כבש את ירושלים הוא אסר את אריסטובולוס והמליך את הורקנוס, שתפקד כמלך בובה המכונה 'אתנרך'. מי שניהל את העניינים בפועל היה אנטיפטרוס, ובכך בא למעשה הקץ לשושלת החשמונאים.

אנטיגונוס השני, בנו של אריסטובולוס השני, היה השליט האחרון לבית חשמונאי. בזמן שהורדוס שכנע את אנטוניוס ואוגוסטוס להכתירו כמלך יהודה, פלשו הפרתים לישראל והמליכו את אנטיגונוס על יהודה. הורדוס חזר ארצה, השתלט על העניינים והוציא את אנטיגונוס להורג.