הרב אברהם יצחק הכהן קוק סימן דרך נוספת להתמודדות עם היחס בין הציונות לתרבות. הרב, ששימש במשרות רבנות שונות במזרח אירופה עד למפנה המאות ה- 19 והעשרים, החל להתמודד עם האתגר הציוני סמוך להופעתו הציבורית של הרצל. כבר ב- 1898 הוא כתב קונטרס בנושא, אם כי הטקסט התפרסם רק כעשרים שנה מאוחר יותר. בקונטרס שנקרא 'על ציונות' ביקש הרב הצעיר להפחית את פחדם של הרבנים מפני הציונות, ומנגד לתת לה תוקף דתי ורוחני. כבר בשלב זה ביטא הרב את הרעיון הנועז שהציונות מסמלת את ראשית דורו של המשיח וכי היא נושאת בחובה כוח של תחייה רוחנית ורנסנס דתי ולא רק פעולה פוליטית, לאומית ומעשית. בכך הוא חרג לחלוטין משאיפותיו ומתובנותיו של הרב ריינס, והתקרב באופן פרדוקסלי לעמדותיו של אחד העם.

למרות שהרב קוק אהד את תנועת המזרחי הוא ביקר אותה בחריפות. הביקורת שלו נגעה בדיוק לעמדה שנקטה תנועת המזרחי בסוגיה שעמדה במרכז 'פולמוס הקולטורה' - היחס בין היהדות לבין הציונות כתנועה לאומית:

החוק הזה [שהציונות אין לה עסק עם הדת] הוא עושה באמת את כל התעמולה ה'מזרחית' פלסתר. שהרי המזרחי עומד הוא נכון על כיכר התורה ... ואנו כל שלומי אמוני ישראל יודעים אנו ברור שרק באיכות הקישור הנאמן של האומה בכללה עם תורת חיים שלנו, תורת ה' תמימה, תלויה היא הצלחת הציונות והתגברות כוחה מיד ולדורות, ובעזיבתה של התורה אין תוחלת ואין תקווה, וכל פרח מוכרח להיות כמק וכל שורש כאבק (אגרות ב, תצז, עמ' קלד).

מדברים אלה ברור שהרב ביקש לצקת תכנים רוחניים עמוקים לציונות עצמה.

כאשר עלה הרב קוק לארץ בתרס"ד (1904) והוכתר כרבן של יפו ושל המושבות הוא החל במסע רעיוני שנמשך כל חייו ובו ניסה לצקת למעשה הציוני תוכן רוחני ודתי. שבועות ספורים לאחר שעלה ארצה הלך הרצל לעולמו. הרב קוק נשא עליו הספד ביפו, ומבלי להזכיר את שמו של חוזה המדינה במפורש הוא תיאר את דמותו האגדית של משיח בן יוסף. בכך זיהה הרב את הציונות כתנועה המביאה עמה גאולה חומרית. משמעות הדברים היא שאמנם מדובר בהתעוררות מופלאה, אך עדיין יש צורך בשלב נוסף, רוחני, שייבנה על גבה.

זמן לא רב אחר כך כתב הרב את מאמר 'הדור' שבו הביע את דעתו כי חלוצי העלייה השנייה נושאים עמם בעלייתם לארץ כוח כפול. הוא קבע שהחלוצים אמנם חוטאים בעוזבם את האמונה והמצוות, אך זו אינה חזות הכל. מבפנים הם נושאים עמם רוח קדושה של תחייה, ואדרבה, רק רוח זו יש בכוחה לקדם את המהלך פורץ הדרך בקדמה ההיסטורית.

ב- 1912 פרסם הרב קוק את המאמר 'למהלך האידאות בישראל' - סקירה היסטוריוסופית של תולדות ישראל והעמים. במאמר זה תוארו שלושה רעיונות העומדים בבסיס האנושות: הרעיון הא-לוהי, הרעיון הלאומי והרעיון הדתי. הסקירה ההיסטורית של הרב קבעה כי ימי בית ראשון היו עידן הזוהר של הרעיון הלאומי וימי בית שני היו עידן הזוהר של הרעיון הדתי. הבית השלישי ההולך ונבנה אמור להביא לשיתוף בין שתי אידאות אלה.

וכך, כבר בראשית המאה העשרים התווה הרב קוק דרך מורכבת שבה ניתן לראות את הציונות ככלי שעתיד לממש את הבשורה הרוחנית של היהדות.