קיבוץ נאות מרדכי הוקם ב- 2 לנובמבר 1946 בגליל העליון על גדות הירדן בלב עמק החולה וסביבו ככתר החרמון, הרי הגולן והרי נפתלי. הקיבוץ נמצא כ- 10 ק"מ דרומית מזרחית לקריית שמונה.

אנשי הקבוצות הראשונים, הגיעו כמעפילים בעליה הבלתי לגאלית, עלו להכשרה בכפר גלעדי ב- 1939 והתגוררו חצר תל-חי.

37 החברים בקבוצות אלה "הגרעין הצ'כי" בוגרי תנועת "תכלת לבן" עברו לנהריה ב- 1940 והקימו במושבה את קיבוץ "געתון". לול ישן בצפון המושבה שימש כחדר אוכל, מחסן בגדים ושירותים נוספים. בפינה הוקמה מקלחת ושירותים עם קירות ממחצלאות ויותר מאוחר הוקם מחנה אוהלים למגורים.

החברים עבדו בעבודות חוץ בעתלית, בנמל חיפה, והחברות במשקי בית ובחליבה של שתי הפרות של משפחת שטראוס.

ביוזמת חבר סנדלר הוקמה סנדלריה לתיקון נעלים שהפכה מאוחר יותר לבית החרושת לנעלים.

בהמשך הצטרפו לגרעין הצ'כי גרעינים נוספים: קבוצת בן-שמן, חברות ממשק הפועלות, עצורי עתלית ששוחררו מהמעצר, הגרעין האוסטרי, הכשרת כנרת, וחברים נוספים כולם יוצאי מרכז אירופה.

בשנת 1942 עלו חברי "געתון" לגבעה מול הכניסה הדרומית לנהריה במקום בו שוכן היום קבוץ עברון. על הגבעה נבנה חדר אוכל, בתי ילדים וצריפי מגורים.

לבית החרושת לנעלים הוקם מבנה ליד הכניסה לנהריה. יותר מאוחר הוקמו רפת, לול, וענפי משק נוספים.

בגבעה נולדו ילדי המשק הראשונים ומכאן יצאו חברים והתגייסו לצבא הבריטי ולפלמ"ח. לגעתון הצטרפו ב- 1945 קבוצה של גולי מאוריציוס ולאחר מכן "הקבוצה השוודית" שחבריה היו במעצר בקפריסין.

סה"כ היו בגעתון בשנת 1946 כ- 170 חברים שקיבלו את ההחלטה להקים את ישוב הקבע בעמק החולה על אדמות הקק"ל.

בליל ה- 2 לנובמבר 1946 יצאו מכפר בלום ועברו את הירדן על גשר חביות שהוקם לצורך זה, ראשוני המתיישבים בנקודה החדשה – "נאות מרדכי", על שם מרדכי רוזובסקי ממנהיגי התנועה הציונית בארגנטינה.

בעליה על הקרקע השתתפו כ- 65 חברים וחברות מגעתון ואליהם הצטרפו עוד כ-350 חברים מיישובי האזור, אנשי סולל בונה, שומרי שדות ואנשי ההגנה.

גוייסו 10 טרקטורים רתומים לעגלות ומחרשות שעליהן היו המבנים הראשונים והציוד להקמת הנקודה החדשה.

עוד באותו הלילה הוקמו הצריפים הראשונים, הוקמה גדר סביב הישוב והתחילו בחריש. מהכפר הערבי "זוויה" שנמצא דרומית לנאות מרדכי נשמעו יריות ספורות. למחרת המשיכו בעבודת הבניה והקמת עמדות וחומה מבלוקים, ולעת ערב התרבו היריות מזוויה מהן נפגע ונהרג שלמה בן טוב ומאוחר יותר נפגע ונהרג שלמה בן יהודה שעסק בבניית חדר האוכל. למחרת בבוקר הגיעו השוטרים הבריטים ושמו קץ ליריות מהכפר, הם הורו על הפסקת עבודות הבנייה.

האנגלים לא אפשרו את המשך בניית הקיבוץ ופיתוחו ולמרות זאת החברים במקום הצליחו להערים עליהם והמשיכו בבניית ענפי שירות ומגורים לחברים במקום. הקימו מוסך ומסגריה, פיתחו גן ירק ושתלו את עצי הנוי הראשונים.

בינואר 1948 עזבו האנגלים את המקום ומספר חודשים לאחר מכן ברחו הערבים מהכפר זוויה והוא נכבש ונהרס ע"י חברי נאות מרדכי. לצורך הריסת הכפר ייצרו המסגרים בנאות שריון שהותאם לטרקטור 14 TD עם בולדוזר שנרכש ע"י הקיבוץ לצורך עבודות חקלאיות.

במקביל יתר חברי וילדי הקיבוץ המשיכו את חייהם בגעתון, בתחילת 1948 העבירו את ביהח"ר לנעלים לתל אביב ושם המשיכו בעבודת הייצור.

בליל 14/5/1948 עזבו חברי געתון עם אוטובוסים משוריינים את הגבעה על כל ציודם, הפרות הועמסו על מעונות(דוברות) והועברו ליגור. האמהות והילדים ויתר החברים שהיו בגעתון עלו גם הם על המעונות, עקפו את עכו ואת המצור על הגליל המערבי דרך הים והגיעו בליל ההכרזה על עצמאות מדינת ישראל לנמל חיפה. למחרת עברו כולם לקיבוץ קדמה שליד נתניה.

בינואר 1949 התאחדו כולם ילדים וחברים יחדיו בנאות מרדכי.

בשנת 1951, בתקופת הפילוג ב'קיבוץ המאוחד', בחרו חברי הקיבוץ לשמור על שלמות החברה ובמשך 18 שנים לא השתייכו לתנועה קיבוצית כלשהי. בשנת 1954 נקלטו בקיבוץ ראשוני תנועת 'החלוץ למרחב' מארגנטינה. במהלך השנים הבאות נקלטו בקיבוץ חניכי חברות נוער מצפון אפריקה חניכי תנועות נוער מארגנטינה ובני הקיבוץ. בשנת 1957 הוקם בקיבוץ המועדון לחבר. בשנת 1961 הוקם מפעל 'סיידר' למיצים טבעיים (לימים - מפעל 'סיידר הגליל' שעבר לקרית שמונה). בשנת 1965 החלה הקמת חדר האוכל שהחליף את הצריף. בשנת 1968 הצטרף הקיבוץ ל'איחוד הקבוצות והקיבוצים'.

בשנת 1972 הוקם בנאות מרדכי מפעל 'פלריג'. בשנות ה-70 המאוחרות החל המעבר ללינה משפחתית. בשנות ה-90 נקלע הקיבוץ למשבר כלכלי. במקביל החלו תהליכים של הפרטה ושינוי אורחות החיים. בשנת 1999 הונהג שכר דיפרנציאלי, הופעל מודל 'רשת ביטחון' והושג הסדר עם הנושים.

כיום ענפי המשק בקיבוץ הם: תעשיה (מפעל 'טבע-נאות' לנעליים, מפעל 'פלריג' לאריגי פלסטיק, מפעל 'צעצועי נאות' לצעצועי עץ), חקלאות (גידולי שדה, מטעים, לול, מכוורת, פרדס), תיירות ועסקים קטנים. נאות מרדכי מוגדר כיום כ'קיבוץ מתחדש'. הוקמה שכונה קהילתית באדמות הקיבוץ.

כיום מונה הקיבוץ כ- 500 נפש, חברים, תושבים, חברים צעירים וילדים.