למאבקם המזוין של יהודי הגטאות היו שלושה אפיקי לחימה עיקריים:
א) מרד בגטאות;
ב) המלחמה הפרטיזנית ביערות;
ג) המרד במחנות ההשמדה.
לא ידובר כאן על צורותיה השונות של מלחמת היהודי הבודד: על יהודים שהתגוננו בסכין או בגרזן, ששפכו בפני הגרמנים בקבוק חומצת-מלח, שהתנפלו על רוצחיהם ליד הבורות באגרופים או באבן שעקרו מן המרצפת, על נשים יהודיות - שסטרו על פניהם של קצינים נאציים וכו'.
הכוונה כאן למרד הציבורי המאורגן, שהשתתפו בו קבוצות יהודים ולעתים אף הקהילה כולה.
רבות התלבטו הגטאות עד שנקבעה דרך-לחימתו של המורד היהודי. עיקר הויכוח ניטש על הבעיה החמורה: מרד בגטו או יציאה מתוכו ללחימה פרטיזנית ביערות. היו שיקולים לכאן ולכאן, וההכרעה קשתה מאד.
מצדדי הלחימה בגטאות טענו, כי ליערות יכולים לצאת רק הצעירים והבריאים, ובעיקר גברים. הוצאת הנוער מן הגטו - פירושו: הפקרת הורים וילדים למוות ולנקמת הגרמנים. הווה אומר, על היהודים להגן על הגטו - שהוא מקום ריכוזם. ביערות תהיה מלחמתו של היהודי בטלה בין הפרטיזנים הרבים שאינם יהודים. ואפילו מעטים הסיכויים, שהלוחמים יישארו בחיים אחר מרד הגטו, - אין לנוטשו, שכן כאן מקום מלחמתו הלאומית של היהודי על כבודו היהודי והאנושי.
לעומתם טענו מצדדי המלחמה הפרטיזנית - כי אין כל סיכוי להגן על הגטו. הגטאות הוקמו ברובם בפרברי הערים. הבתים שם בתי-עץ קטנים, הסמטאות צרות - עד שאין בהן מקום לעמדות הגנה ומכל שכן לעמדות התקפה על האויב, המזוין בנשק חדיש. הרי שמרד בגטו לא יהיה אלא התאבדות קולקטיבית, ללא כל סיכוי לנקום בגרמנים, ואילו צו ההיסטוריה הוא - לנקום ולהישאר עם זאת במידת האפשר בחיים, שכן אף הסיכוי להישאר בחיים הוא בחינת נקמה באויב.
ברבים מן הגטאות דרשו התנועות החלוציות מרד בגטו, ואילו הקומוניסטים - שראו את עצמם קודם כל כחלק מן המחנה האנטיפשיסטי הכללי - גרסו הצטרפות לפרטיזנים. למעשה הכריעה המציאות עצמה: הכל - לפי תנאי המקום.
משנכשלו ניסיונות רבים להוציא קבוצות נוער יהודי למלחמה פרטיזנית ומשנודע, כי יהודים נרצחו אף בהיותם ביערות, תכופות אף בידי חבריהם לנשק האנטישמיים - (כך היה בווארשה, בגרודנה, בביאליסטוק, בצ'אנסטוחוב וכו') - תם הויכוח והוחלט להתרכז במרד בגטו.
היו מקרים - כגון בגטו וילנה - שם הוחלט מלכתחילה על מרד בגטו, ושותפים להחלטה היו הכל, מן הקומוניסטים עד הבית"רים - והנה הוכיחה המציאות שהדבר אינו בגדר האפשרי. אז יצא הנוער המאורגן למלחמה פרטיזנית ליערות.
אכן, רק באזורי הספר של פולין, בליטא, בביילורוסיה ובאוקראינה, שם פשטה התנועה הפרטיזנית הסובייטית, הייתה אפשרית גם הלחימה הפרטיזנית היהודית. ואילו במרכזה של פולין נרצחו ברובן הפלוגות היהודיות, שיצאו ליערות ב-1942, היא שנת חיסולן של מרבית הקהילות היהודיות. הן נרצחו בידי הכנופיות הפולניות, הלאומניות האנטישמיות, ורק ב-1943, כאשר החלו להתארגן ביערות פולין פלוגות המחתרת השמאלית ה"גוארדיה ליודובה", נקלטו בתוכן גם שרידי הלוחמים היהודים.
אף כי מלחמת הפרטיזנים הייתה בתוצאותיה יעילה יותר, שכן הרבתה לנקום בגרמנים והפילה בהם חללים רבים, הרי למרד הגטאות היה ערך לאומי-היסטורי גדול יותר, שכן היה זה מקום לחימה יהודי בלבד. במדינות אירופה טושטשה במידה רבה מלחמתם של הפרטיזנים היהודים על-ידי הבלעתה במלחמת התנועה הפרטיזנית הרוסית, הביילורוסית, הצרפתית וכו', ואילו מרד הגטאות נשאר נכס יהודי טהור, שאין לטשטש את מהותו הלאומית והמוסרית-היסטורית ואין להעלימו. כאן נלחמו יהודים בלבד על חייהם ועל כבודם היהודי.
למרד הגטאות היו שני מקורות עיקריים:
א) היו גטאות, שארגוניהם היו קשורים אל מרכז המרידה בווארשה, אל המטה של הארגון היהודי הלוחם, אשר שלח אליהם את שליחיו, עודדם למרד ואף סייע להם בהשגת נשק. כך היה בביאליסטוק, בקראקוב, בצאנסטוחוב, בבאנדין.
ב) והיו גטאות שמרדו מתוך יוזמה עצמית ובכוחותיהם הם ארגנו את הגנת הגטו או שיצאו להילחם לפרטיזנים. אלה היו בעיקר הגטאות הקטנים, שארגוניהם לא היו קשורים אל מרכז המרידה בוארשה (לאחווה, מיר, ניאסוויאז', ז'אטל, ועוד), וכן הערים מינסק וקובנה.
כמעט בכל הגטאות, שהיו בהם פעולות מרידה והתגוננות - הן נישאו בעיקר על כתפי הנוער, שהתארגן ללחימה. פרנסי הקהילות וראשי הציבור המבוגרים לא ארגנו אותן וברוב המקרים אף התנגדו להן. ואילו במרידות הגדולות - בווארשה ובביאליסטוק - גדול היה במיוחד חלקו של הנוער החלוצי.
גם למלחמה הפרטיזנית היו כמה וכמה מקורות ושלבים. היו גטאות שהמלחמה הפרטיזנית היוותה בהם, כאמור, את שלב ההמשך של מרד הגטו. הארגון הפרטיזני קם בגטו, וגם את נשקו השיג בעודו בגטו, אך מלחמתו נתממשה ביערות. הלוחמים היהודים חמקו מן הגטו בפלוגות מאורגנות ונשקם אתם, וביערות הקימו פלוגות פרטיזאניות יהודיות או שהצטרפו לפלוגות הפרטיזאניות הכלליות. כך היה בווילנה, בקובנה, במינסק ובעיירות קטנות בוולין, בפולאסיה ובאזור לובלין שבפולין.
ברם הייתה לפרטיזנים היהודים גם צורת התארגנות אחרת. במקרים רבים הגיעו הלוחמים ליערות כבודדים, כפליטים מגטאות, ממחנות עבודה וממחנות לשבויי מלחמה, ורק ביער התלכדו לפלוגה פרטיזנית. כך קמה, למשל, ביערות דרצ'ין, שבמחוז נובוגרודאק (ביילורוסיה המערבית) הפלוגה היהודית המפורסמת של ד"ר אטלס, או הגדוד העברי על-שם קאגאנוביץ', בפיקודו של דוד בוברוב, שפעל בביצות פולאסיה. אך רוב הפרטיזנים היהודים נקלטו בפלוגות הלחימה הכלליות של התנועה הפרטיזנית הסובייטית.
נסקור בקצרה את הגטאות בהם הוקמו ארגונים יהודיים לוחמים ובוצעו פעולות התגוננות.