בפרוץ המלחמה מנתה קהילת קראקוב 55 אלף יהודים, שהם כ-20% מכלל אוכלוסיי העיר. עד אחד באוקטובר 1940 גורשו מן העיר 32,000 יהודים. הגטו הוקם ב-21 במארס 1941 ונכלאו בו 12,000 יהודי קראקוב ו-5,000 מן העיירות בסביבה.

הארגון היהודי הלוחם (אי"ל) שיגר לקראקוב, לשם ארגון המרד, את אברהם ליבוביץ - לאבאן. הוא וחברי ההנהגה של תנועת "עקיבא" - אהרן ליבסקינד, שמשון וגוסטה (טובה) דרנגר וחברים אחרים הקימו בקראקוב את הארגון היהודי הלוחם. חברי "השומר הצעיר" והקומוניסטים הקימו ארגון נפרד, שבראשו עמדו גולה מירא, צבי באומינגר ובנימין האלברייך.

באוקטובר 1942 התאחדו שני הארגונים ובחרו מפקדה משותפת. הארגון פעל בעיקר מחוץ לגטו וביצע פעולות חבלה והתקפות על גרמנים ועל שוטרים פולניים. הוא לא הצליח להקים בסיסים פרטיזאניים, משום שלא הייתה קיימת בסביבה תנועה פרטיזנית, והבחורים היהודים היו חסרי ניסיון וידע בלחימה פרטיזנית ואף לא היו להם מדריכים. תקוות תלו ב"גווארדיה ליודובה" (צבא העם הקומוניסטי), וגולה מירא ביקשה לטפח את הקשר עם ארגון פולני זה ולהפעילו לעזרת המחתרת היהודית, אך תקוות אלה נתבדו. הבחורים היהודים, שנשלחו ליערות, נספו בידי מרצחים. הנמלטים חזרו לגטו.

ב-22 בדצמבר 1942 בערב ביצעו חברי הארגון פעולת נקם רחבת-ממדים כתגמול על אקציה שביצעו הגרמנים בגטו. קבוצות חברים פשטו בעיר והטילו רימונים לתוך בתי-קפה ומועדונים של קצינים גרמנים. מוצלחת ביותר הייתה ההתקפה על מועדון קציני ס.ס. - "ציגנריה".

ראשי הלוחמים בגטו קראקוב היו מופת בטוהר הנפש ובמסירות אין-קץ. ראשי הארגון נספו, ורק מעטים מבין הפעילים ומלוחמי גטו קראקוב זכו להישאר בחיים ונמצאים אתנו בישראל.