וילנה לא הגיעה לידי מרד בגטו, אף כי הגטו בעיר זו היה מן הגטאות הראשונים, בו נתגבש רעיון ההתנגדות בנשק ביד.

תחילה צצה בווילנה שורה של תאי-מחתרת נפרדים. ב-21 בינואר 1942 קם בווילנה "הארגון הפרטיזאני המאוחד" (פ.פ.או.) ובראשו איציק ויטנברג - המפקד, אבא קובנר ויוסף גלאזמן - סגניו. חברי הארגון באו מכל המפלגות הפוליטיות, החל בקומוניסטים וכלה בבית"רים.

בקיץ 1943 התאחד ה-פ.פ.או. עם "ארגון המאבק יחיאל", שבראשו עמד יחיאל שינבאום (החלוץ), אשר פעל לפני כן בנפרד ושלח קבוצות חברים ליערות.

טבח יהודי וילנה החל עם כניסת הגרמנים ב-24 ביוני 1941. כאשר הוקם הגטו, לא היו בו אלא מעטים מיהודי וילנה. בשלהי 1941 היו שם כ-15 אלף יהודים בלבד. מאבקם של יהודי וילנה היה קשה במיוחד, שכן היו מוקפים חגורת אויבים משולשת: גרמנים, ליטאים ופולנים לאומניים.

חברי ה-פ.פ.או. ביצעו פעולות חבלה ונקמה בעיר ובסביבה הקרובה. ב-17 ביולי 1943 מת מות עינויים בידי הגסטאפו המפקד ויטנברג. כאן חזר מקרה מלמד בביאליסטוק, הגרמנים דרשו את המפקד חי, "אחרת יושמד כל הגטו". כדי שלא לגרום שפר דם בגטו, הסגיר ויטנברג את עצמו לידי הגסטאפו. בהסגרתו הייתה יד לראש הגטו גאנס, שגייס את שוטריו לחפש את ויטנברג ולאסרו.

ב-22 ביולי יצא יוסף גלאזמן - מן הגטו ליערות הפרטיזנים, ונפל בקרב עם ס.ס. ב-7 באוקטובר 1943.

ב-1 בספטמבר 1943 החלו הגרמנים בחיסול גטו וילנה. הלוחמים התבצרו בעמדותיהם. משהגיעו הגרמנים לעמדתו של יחיאל שינבאום (רחוב שטראשון 12) פתח עליהם יחיאל ביריות. הגרמנים השיבו באש מרוכזת. יחיאל נפגע מיד ונפל מתבוסס בדמו. הלוחמים נאלצו לסגת, שכן החלו הגרמנים לפוצץ בית אחר בית.

יתר הלוחמים, בפיקודו של אבא קובנר, יצאו דרך תעלות הביוב מן הגטו והגיעו ליערות רודניקי. שם הקימו שלושה גדודים פרטיזאניים, אך עוד קודם לכן יצאו מגטו וילנה קבוצות לא מעטות של נוער מאורגן ליערות נארוץ'. הפרטיזנים מגטו וילנה חזרו עם הצבא האדום והשתתפו בקרבות לשחרור עירם. מהם חיים אתנו בישראל.

בגטו קובנה הוקם הארגון הפרטיזאני ב-1943, מתאי מחתרת בודדים של התנועות הנפרדות. הקומוניסטים היו הראשונים שקשרו קשרים עם התנועה הפרטיזנית ביערות ומפקד הארגון חיים ילין אף ביקר בבסיס הפרטיזאני ביערות רודניקי, והשתתף בסמינר פרטיזאני מיוחד. התנועות החלוציות הקימו את תא המחתרת שלהן, שמרכזו היה בקולקטיב החלוצי (ברחוב מילדוס 7). הואיל והגטו נמצא בפרבר, שבתיו בקתות עץ וסמטאותיו צרות, לא עלה שם כלל הרעיון על מרד בגטו, וכל המאמצים הופנו ליציאה אל הפרטיזנים. חיים ילין, ראש הארגון הפרטיזאני, היה בן למשפחה יהודית משכילה. הוא היה צנוע, שקט ואוהב ספר. ילין האב ניהל ספריה ציבורית של חברת "חובבי השכלה" בקובנה, וחיים היה סטודנט האוניברסיטה הליטאית. הארגון החל שולח ליערות קבוצות חברים מוסווים כפועלים. סייעו בכך שוטרים יהודים, חברי הארגון, שהיו מופקדים על שער הגטו. לפרטיזנים היהודים מגטו קובנה היו מחסני נשק מחוץ לגטו. יו"ר היודנראט, ד"ר אלקס, שיתף פעולה עם הארגון, וחבריו צוידו במלבושים ובחגור, שהותקנו בסתר בבתי המלאכה של היודנראט. מן הגטו היו הפרטיזנים מוסעים ליערות במכוניות שכורות, כקבוצות פועלים היוצאים לעבודה.

ב-5 באפריל 1944, בדרכו לפגישה עם נהג, שעמד להסיע פלוגת פרטיזנים ליערות, נעצר ילין על-ידי הגסטאפו. הוא ירה בהם באקדחו וניסה להימלט. משראה כי אין לו דרך נסיגה , פתח בסכין גילוח את עורקיו. הגרמנים הביאו אותו לבית-חולים, חקרו ועינו אותו, אך העלו חרס בידם.

גם אחר מותו נמשכה ההליכה ליערות. יוצאי גטו קובנה מילאו שורותיהם של 3 גדודים פרטיזאניים של החטיבה הליטאית.

גם בגטו מינסק, בירת הרפובליקה הסובייטית הביילורוסית, קם ארגון פרטיזאני יהודי, אשר שלח מאות לוחמים ליערות, למעשה הקימו היהודים מגטו מינסק את הארגון המחתרתי הראשון בעיר. כמקשרים בין היערות ובין הגטו הצטיינו במיוחד ילדים יהודים, שהוליכו קבוצות קבוצות של לוחמים מן הגטו אל בסיסי הפרטיזנים, בסכנם ללא מורא בהליכה זאת את חייהם הצעירים.