כשהחל הגירוש בגטו וארשה, ניסו "החלוץ" והתנועות הקשורות בו לכנס עוד ישיבה ציבורית, במטרה להיערך לקראת הבאות ולארגן התנגדות כלשהי, הישיבה, כפי שנאמר לעיל, נסתיימה בלא-כלום. הדעות היו מחולקות. באי-כוח "החלוץ", המפלגות הציוניות הקשורות בו ועסקנים ציבוריים מסוימים קראו לפעולה אקטיבית בצורה זו או אחרת. אלא שדעה זו לא נתקבלה על דעת הכל. בין משתתפי הישיבה היו שדרשו לחכות עד שיתברר המצב, שכן הופצו שמועות, שמווארשה יגורשו 50-70 אלף יהודים בלבד, ובכך תסתיים האקציה.

ב-28 ביולי 1942 התכנסה בבית "החלוץ", ברחוב דז'ילנה 34, ישיבה של תנועות הנוער החלוציות "דרור", "השומר הצעיר" ו"עקיבא". הוחלט בה להקים ארגון לוחם. שמו ביידיש היה "יידישע קאמפס - ארגאניזאציע". על כרוזיו בפולנית היה הארגון חותם באותיות Z.O.B - "ז'ידובסקה אורגאניזאציה בויובה" ("ארגון יהודי לוחם"). ואלה שמות חברי המפקדה: שמואל ברסלאב, יצחק צוקרמן, צביה לובטקין, מרדכי טננבוים, יוסף קפלן. שוגרה משלחת אל העבר הארי: טוסיה אלטמן, פרומקה פלוטניצקה, לאה פרלשטיין ואריה וילנר (יורק). מתפקידי המשלחת - להקים קשרים עם תנועת המחתרת הפולנית ולהשיג נשק בשביל הגטו.

"הוקם הארגון הלוחם, אולם כל זיונו בשעה זו היה אקדח אחד בלבד!" - כדברי דו"ח הלוחמים, שנשלח ללונדון בשנת 1944. בעוד שליחיו בצד הארי מחפשים קשרים אל המחתרת הפולנית ודרכים להשגת נשק, ביצע הארגון בגטו את הפעולות הראשונות. ב-6 באוגוסט הציתו חברי הארגון מחסנים גרמניים, בהם ריכז האויב את רכוש היהודים הנרצחים ומחסנים של חומרי-גלם לתעשיתו. הם הפיצו כרוזים והדביקום על החומות. בכרוזים קראו לאוכלוסי הגטו שלא לתת אימון בגרמנים ובהבטחותיהם ושלא להתייצב לגירוש.

ההצתות והדבקת הכרוזים הגיעו לשיאן ב-20 באוגוסט. אך המוני הגטו המבוהלים ושבעי הייסורים, התייחסו אל מעשי הארגון בחוסר אימון. סבורים היו, כי אין כאן אלא מעשה פרובוקציה גרמנית, העלול לעלות ליהודים בקורבנות מרובים. ופעם חזרו החברות הצעירות, שהדביקו את הכרוזים, והן בוכות מכאב ומבושה : יהודי הגטו היכון ואת הכרוזים על הקירות קרעו.

בראשית מאבקו החליט הארגון לטהר את הגטו מבוגדים, מעוזריהם של הגרמנים וסוכניהם. בראש הרשימה עמד מפקד-משטרת-הגטו שארינסקי. לביצוע המשימה נבחר ישראל קאנאל, חבר תנועת "עקיבא". כשוטר לשעבר התאים למשימה, שכן ניתן לו לנוע ביתר קלות בחוצות הגטו.

ב-20 באוגוסט ארב ישראל לשארינסקי, וירה בו באקדח היחיד שהיה ברשות הארגון. האקדח פלט שני כדורים ונשתתק. שארינסקי נפצע בצווארו, אך לא מת; הוא רק נעלם משטח הגטו. ישראל קאנאל הצליח להסתלק.

השמחה על פציעתו של שארינסקי הייתה רבה בגטו, אך היהודים לא האמינו, כי יד-יהודים הייתה בו. מספרים היו, כי פולנים מן הצד הארי סילקו חשבונות ישנים אתו.
גם בגטו וארשה התנהל אותו ויכוח נוקב על מקום לחימתו של היהודי - מרד בגטו או לחימה פרטיזנית ביערות - וגברה הדעה שיש להגן על הגטו, שכן זהו מקום מלחמתם הלאומית של היהודים על כבודם ובתחומו יש להגן על הנשים, על הילדים ועל הזקנים, שאינם יכולים להצטרף אל הפרטיזנים. אך במידת האפשרות נשלחו קבוצות צעירים ליערות, ועליהם הוטל להקים בסיס פרטיזני יהודי, רוב היוצאים נספו, רובם בידי כנופיות פולניות פשיסטיות.

גם הנוער היהודי הקומוניסטי, שהחל מתארגן בגטו וארשה בקבוצות מחתרתיות נפרדות, אף ללא קשר ביניהן, שלח חברים לפלוגות פרטיזניות. הם הצטרפו לפלוגות ה"גווארדיה ליודובה", שפעלו בתחילה בעיקר בעיר. הפלוגות הפרטיזאניות הפולניות של פ.פ.ר. יצאו ליערות רק במאי 1943, זמן רב אחרי הפלוגות היהודיות. בין הלוחמים היהודים של ה"ג.ל." נתפרסמה במיוחד הלוחמת הצעירה עזת-הרוח ניוטה טיטלבאום ("וואנדה").

הנשק הראשון הגיע לגטו בעצם ימי האקציה, כאשר חומות הגטו היו מוקפות צבא גרמני. המדובר ב-8 רימונים ו-5 אקדחים, שהושגו בעזרת המחתרת הפולנית השמאלית, פרי מאמציו של אריה וילנר.

מספרת צביה בעדותה :

"פרומקה הצטרפה לפלוגת עבודה יהודית, שחזרה מן הצד הארי אל הגטו עוד בהיותה בין הפולנים ענדה את הסרט היהודי ובתרמיל מלא תפוחי אדמה הכניסה את הרימונים. בשער בדקו בדיקה חמורה. מידיו של ההולך לפניה שפכו את תפוחי-האדמה על המדרכת. פרומקה ידעה, שאין לה שוב מה לאבד ולא נרתעה. בדקו בתרמילה, אך כאילו בדרך נס הסתפקו במישוש למעלה. פרומקה עברה בשלום, והנשק בסלה".

ב-31 באוגוסט חלה הפוגה קצרה במהלך הגירוש, ויהודים כבר החלו משלים את נפשם, כי הסיוט חלף והנותרים יישארו בווארשה. חברי הארגון היהודי הלוחם עמדו להגביר פעילותם להשגת נשק.

והנה ניתכו על הארגון אסונות, בזה אחר זה, בעודו בראשית דרכו. ב-3 בספטמבר עצרו הגרמנים את יוסף קפלן וחבשוהו בבית-הסוהר של הגסטאפו, הקרוי "פאוויאק". שמואל בראסלאב חש להצילו ונעצר אף הוא. בבת אחת אבדו שני חברי הנהגת "השומר הצעיר" במחתרת, שהיו גם חברי ההנהגה של הארגון היהודי הלוחם, מראשוני הוגיו ופעיליו. באותו יום אבד לארגון גם מעט הנשק שקיבלו ממפלגת פ.פ.ר.

ב-12 בספטמבר נסתיים הגירוש, וב-13 נתכנסו חברי אי"ל הנותרים לדון במצב. הם היו שבורים, רצוצים ומיואשים. נשברה רוחם בשל קוצר ידם למראה ההמונים המובלים לטבח, נוכח 150 אלף יהודים שנספו בפעולת ה"דוד", שהלכו חסרי-אונים למוות, ללא התנגדות וללא תקיפת רוצחיהם. הן לא נמצא איש מבעלי הסמכות המוכרים לציבור, שיזהירם ושיקרא להם להתנגדות. באותה ישיבת-אבלים נשמעו קולות שקראו להתאבדות. אך הישיבה נסתיימה בהחלטה "להתאזר ולחדש את הכוח היהודי המזוין".