גם אחר דיכוי המרד ושרפת הגטו לא נדם דופק החיים הציבוריים היהודיים, והמחתרת היהודית המשיכה לפעול. עוד בימי הגירוש הגדול וגם בחדשים שלאחריו הצליחו יהודים לא מעטים לעזוב את הגטו. את הדאגה ליהודים המסתתרים בצד הארי ולשרידי יהדות פולין הנמקים במחנות, שעדיין היו קיימים, נטלו על עצמם הועד היהודי הלאומי וועד-התיאום במחתרת בעיר וארשה.

יהודים שהסתתרו בצד הארי זקוקים היו לכסף רב. הם נזקקו קודם-כל לקורת-גג. הפולנים בדרך כלל פחדו להשכיר חדר ליהודי מסתתר. על כך היו צפויים לעונשין חמורים ביותר: לשילוח למחנה ריכוז ואפילו להוצאה להורג. אמנם היה אחוז מסוים של פולנים אצילי-נפש, שסיכנו עצמם ביודעין והחזיקו יהודים בדירותיהם, אך הרוב המכריע - עשה מזה מקור פרנסה ועסק המכניס רווחים ניכרים. היהודים המסתתרים נאלצו לשלם סכומים עצומים בעד כל כוך שהשכירו להם.

נוסף על כך חייבים היו להצטייד. בתעודות המוכיחות את "אריותם": תעודת-לידה, שהוצאה על-ידי כנסיה, תעודת-טבילה וכדומה. בלי תעודות כאלה אי אפשר היה כלל להשיג דירה, שכן בלעדיהן לא יכול היה בעל הדירה הפולני לטעון, כשנתפס יהודי אצלו, כי לא ידע דבר על יהדותו של הדייר.

אף היו יהודים, שנאלצו להסתתר יומם ולילה, מחמת מראם היהודי המובהק. לאלה צריך היה להביא מצרכיהם למקום מחבואם. המלשינים והסחטנים, שהיו מכת היהודים המסתתרים, וארבו ליהודים ברחובות העיר, היו מגלים תכופות את דירתו של המסתתר, סרים אליו ודורשים דמי כופר. ואז נאלץ היהודי לברוח ולחפש לו קורת-גג אחרת. ברוב המקרים התכוונו המלשינים בעיקר לסחוט מן היהודי את כספו. משקיבלוהו שוב לא היו מרפים ממנה היו באים וחוזרים, או שולחים אליו את חבריהם. וכך חוזר חלילה, עד שהעמידו את קורבנם ככלי ריק. וכשלא היה לו עוד במה לפדות את נפשו, היו מסגירים אותו לרשות.

גם היהודים, שעדיין חיו במחנות, היו זקוקים לסיוע: לבגדים, למזון ולתרופות. דאגתו של הארגון היהודי הלוחם בצד הארי, שמפקדו עתה היה יצחק צוקרמן, הייתה לצייד בנשק ככל האפשר את החברים שהובאו למחנות והקימו בהם תאי-התגוננות. הם ביקשו שבבוא השעה הגורלית יוכלו לעמוד על נפשם.

לכל פעולות העזרה וההצלה האלה נזקק הועד הלאומי לצוותות שליחים, בעלי הופעה חיצונית מתאימה, שייראו כפולנים, ובעיקר שיהיו אנשים אמיצים ושידעו לשמור בעת צרה על קור-רוחם. שליחים אלה היו מבקרים במקומות המחבוא, מחלקים את כספי הסיוע, מגישים כל עזרה אפשרית לחולים, ואף עושים למען המצאת דמי-כופר ליהודים שהסתבכו עם סחטנים. הם ניסו לפדות יהודים מידי המשטרה הפולנית, הפועלת בשירות הגרמנים, שכונתה על צבע מדיה "הכחולה", וגם לה חלק רב באבדן יהדות פולין.

כל הפעולות האלה, ורבות אחרות, בלעו סכומי כסף עצומים, שנתקבלו בחלקם מחוץ-לארץ, מ"ועדת ההצלה", שהקימו הארגונים היהודיים באירופה ובארצות-הברית והיישוב היהודי בארץ. עזרה כספית זאת הייתה מגיעה לפולין באמצעות שליחי הממשלה הפולנית הגולה בלונדון.
נציג הועד היהודי הלאומי בצד הארי היה ד"ר אדולף ברמן. יחד אתו עבדה אשתו בתיה, שגילתה מסירות רבה בהצלת היהודים המסתתרים.

עם צאת שנת 1943 חיסלו הגרמנים את המחנות היהודים האחרונים, ובקיץ 1944 את שארית גטו לודז' אבל גם סופם הם קרב. עתה נחלו מפלה אחרי מפלה. הם החלו נסוגים מכל השטחים שכבשו בברית-המועצות, כשהצבא האדום מכה בהם והודפם. בקיץ 1944 עברו הרוסים את גבולות פולין ובחודש אוגוסט כבר עמדו ליד הויסלה בקרבת הבירה הפולנית, ופראגה, פרברה של וארשה מעבר לנהר, כבר היה בידם.

ב-1 באוגוסט 1944 פרץ בווארשה המרד הפולני בפיקודו של הגנרל בור-קומורובסקי, מפקד הכוחות המזוינים של המחתרת הפולנית א. ק. הארגון היהודי הלוחם פרסם כרוז אל היהודים וקרא להם להצטרף למרד ולהלחם שכם אחד עם הפולנים, כי האויב אחד הוא. לוחמי אי"ל נערכו במרד בגזרת-קרב, שניתנה להם (ברחוב מוסטובה), שכן גם במרד הפולני ביקשו להלחם כיהודים.

המרד הפולני דוכא אחר חודש של קרבות מרים. אוכלוסייתה של וארשה הוגלתה, והעיר נהרסה בידי האויב. שרידי הלוחמים היהודים, שניתן להם לזקוף קומתם ולהופיע כיהודים לעיני השמש במשך ימי המרד, נאלצו עתה לחזור ולהסתתר. כי שוב חזר וגאה נחשול השנאה אל שרידי היהודים.

עוד מאז דצמבר שנת 1942 פעלה בווארשה מועצה ציבורית לעזרת יהודים, שהייתה ידועה בכינויה "ז'אגוטה". השתתפו בה בעיקר נציגי הציבור הפולני הדמוקרטי, ובתקופה הראשונה פעלו בה גם חברי המפלגה הקתולית. גם שני יהודים השתתפו בפעולתה: מזכירה הכללי היה ד"ר אדולף ברמן, וחבר הנשיאות - העו"ד ליאון פיינר, שייצג את ה"בונד" ב"ועדת התיאום" ונודע כשליח-ציבור נאמן.

מועצה זאת פעלה עד הסוף, עד ינואר 1945. היא דאגה לניירות "אריים", לדירות, לסידורם של ילדים יהודים, היא גם הייתה מגישה סיוע ליהודים בערי השדה. את האמצעים הכספיים לפעולתה סיפקו הארגונים היהודיים בחוץ לארץ. עתה נאלצו גם שרידי הלוחמים לשכון בדירות-סתר, בצד הארי של וארשה. סייעו להם בכך ידידים פולניים.

ראשונה השתחררה בפולין לובלין (24 ביולי 1944), ואילו וארשה רק ב-17 בינואר 1945. עם שחרורה חזרו שרידי המחתרת היהודית ומנהיגיה הפוליטיים והציבוריים ששרדו, ללקט את ניצולי יהדות פולין, כדי לכוונם להמשך החיים. אך על המשואות לא נבנו עוד חיים יהודיים. תמה ההיסטוריה בת אלף השנים של יהדות פולין. החלה פרשת מאבק חדשה - "בריחה", העפלה, והמלחמה על מדינה יהודית.