מגילות שנמצאו על ידי בדואים בתוך כדי-חרס, במערות קומראן שבמצוקי צפון-מערב ים-המלח, ליד עין פשחה, בשנת 1947.

שבע המגילות הראשונות שנמצאו הן מגילת ישעיהו הראשונה והשניה, מגילה חיצונית לבראשית, פשר חבקוק, מלחמת בני אור בבני חושך, מגילת ההודיות, מגילת הסרכים: סרך היחד, סרך העדה לאחרית הימים, סרך הברכות. כל מגילה נמצאה במצב השתמרות שונה. כמו כן נמצאו במערות אחרות שרידי מגילות רבים נוספים, שלמות וחלקיות במצב השתמרות משתנה. בסך הכל נמצאו בקומראן כל ספרי המקרא (מלבד אסתר), אחדים בכמה העתקים, בהיקפים שונים; כמו כן נמצאו כמה ספרים חיצוניים, וכתבי כת מדבר יהודה (פשרים, סרכים, מגילות וחיבורים אחרים). החוקרים נוטים לשייך את המגילות הגנוזות לממצאי ח'ירבת קומראן, ולאנשי כת מדבר יהודה, כנראה האיסיים, ששכנו בה. היישוב הוקם כנראה בימי מלכותו של יוחנן הורקנוס (אחרי מרד החשמונאים, בשנת 167 לפני הספירה) וחרב במלחמה שהביאה לחורבן הבית השני, בשנת 70 לספירה. משמע שהיישוב היה קיים כמאתיים שנה, וזה הזמן בו נכתבו התעודות.
תעודות אחרות שנתגלו באזור קומראן, בנחל חבר ובנחל מורבעת, הן עד זמנו של מרד בר-כוכבא (132 לספירה). מגילות מדבר יהודה הן כתבי-היד הקדומים ביותר של המקרא, והן חשובות ביותר לחקר התגבשות נוסח המקרא ומסירתו מדור לדור. חשוב לשים לב לחילופי הגרסאות בין נוסח המסורה לנוסח המגילות, ובין המגילות השונות עצמן – הן לשם הבנת קשיים ובעיות, והן לשם הבנת תהליכים, ומוקדם ומאוחר בניסוח.
מכתבי קומראן אנו לומדים על דרכי לימוד המקרא בדורות שלפני חורבן הבית השני, על שימוש שנעשה באותה תקופה ברעיונות מן המקרא, בלשון ובסגנון, בהסתמכות על המקרא, ובפרשנות מיוחדת על המקרא (שיטת הפֶּשֶׁר).
שיטת הפֶּשֶׁר היא שיטה דרשנית-פרשנית אופיינית לכת קומראן. בפשרים מצטטים המחברים טקסטים מקראיים, ולאחר כל ציטוט הם מנסים להראות כיצד התגשמו דברי המקרא בקורות הכת. הפשרים מקשרים בין דברי המקרא לבין אירועי זמנם ותפיסת עולמם של הדרשנים. נמצאו פשרים לכמה ספרים מתרי-עשר (פשר נחום, פשר חבקוק), לישעיהו, לכמה מזמורי תהלים, לבראשית מט 10, ולשמואל ב' פרק ז.