ראשיתה של המושבה נס ציונה בהתיישבותה של משפחה יחידה בוואדי אל-חנין ב - 1883. אבי המשפחה, ראובן לרר, רכש פרדס בן 2,000 דונם מידי גרמני מכת הטמפלרים תמורת אחוזה שהייתה לו ליד אודסה. בן 52 היה לרר וחלומו היה להתפלל תפילת שחרית עם מניין ליד הכותל ולצאת לאחר מכן לעבודתו בנחלה שרכש. רק בבואו ארצה התברר לו, כי וואדי אל-חנין מרוחק מירושלים, וכי היישובים היחידים בסביבתו היו פתח תקוה שנחרבה, וראשון לציון, שנמצאה במרחק של 4 ק"מ מאדמתו, והיתה רק בראשיתה.
לרר חיה לבדה בסביבה ערבית כארבע שנים. בעזרת בנו החל לרר בשיקום הפרדס, נטע פרדסים נוספים וגם זרע תבואות על יתרת השטח. הוא קרא למקום "נחלת ראובן", השקיע בה את כל כספו אך לא ראה ברכה בעמלו ומשפחתו הגיעה לחרפת רעב.

ראובן לרר החליט לפצל חלק מאדמתו לחלקות קטנות של 30-40 דונם ולמכור אותן ליהודים במחיר נמוך כדי שבנחלת ראובן יהיה מניין לתפילה ו"חדר" לילדיו. באותה תקופה נאסר על חלק מפועלי ראשון לציון לגור במושבה בגלל השתתפותם במרידה נגד הפקידות שם ב- 1887, והם קנו מראובן לרר חלקות קטנות. אחד מהם, אהרון אייזנברג, שהיה סתת ומזכיר אגודת הפועלים בראשון לציון, קנה מלרר חלקה גדולה ומכר חלקות ממנה למתיישבים חדשים. בכך הונח הבסיס להתיישבותם של יחידים בנס ציונה. נס ציונה נועדה קודם לכן להיות מושבת פועלים, שתהיה מבוססת על עיקרון חדש: ציבור הפועלים ירכוש את האדמה, ייטע עליה כרמים, יעבד אותם, וההכנסות יועברו לקופת הפועלים. לאחר מכן, יזכה כל פועל שלא יוכל להמשיך לעבוד על-פי הגרלה, באחד הכרמים. לשם כך נרכשו 170 דונם מראובן לרר. בחגיגה לרגל הנחת אבן פינה למושבה הונף לראשונה בארץ דגל כחול לבן (שהפך לאחר מכן לדגלה של ההסתדרות הציונית), ועליו רקומות המלים נס ציונה. אולם מאוחר יותר לא נמצא הכסף הציבורי שהיה דרוש להשלמת הקנייה.

ב- 1892 היו בנחלת ראובן שלושה-עשר בתי אב; לשניים מהם היו בתי אב, ויתר המשפחות התגוררו בצריפי עץ ובבתי חימר. אנשיה לא מצאו פרנסתם בחלקותיהם הקטנות, היו שקועים בחובות ועבדו בראשון לציון וברחובות.