תולדוט אתר ההיסטוריה - עולם סוער - התפתחותו של הרב קוק : פטירת רעייתו וניסיון ההשתקמות

כל הפעילויות הללו נקטעו בעקבות האסון שפקד אותו: מחלת אשתו ופטירתה. כבר ב-1888, כשילדה את בתה, סבלה אלטה בת-שבע מהתקררות. האדר"ת כתב ביומנו כי חלתה "'בחולי מסוכן [...] ובהקאת דם". הוריה, שקמו באותה עת מהשבעה על בתם הקטנה שנפטרה, לקחו את אלטה בת-שבע לחופשה בדבלין, וכדי לשמור על בריאותה הסתירו ממנה את העובדה שאחותה נפטרה. כשנראה כי הוטב מצבה, עברה משפחת קוק לזיימל. לאחר כשנה נפלה שוב למשכב. בפתח מאמרו 'ריהטא דחקלאי' כתב הרב:

"הוכרחתי להפסיק עבודת עיטור סופרים מפני מחלת אשתי הראשונה, אשת נעורים תנצב"ה [...] ומאז השברתי מאוד לא עלינו ועברו זמן [...] אשר רבו טרדותי ויגון בלבבי, ולא היה לאל ידי לצאת המערכה".

מצב בריאותה הלך והידרדר. הניסיונות לרפאה נמשכו כארבעה חודשים - משבט עד אייר. האדר"ת סיפר על הלילה האחרון בחייה:

בבוקר יום ג', י"ג אייר, כעלות השחר [...] אני [...] שמענו שיעולים [...] והנה גברה השיעול [...] ורצתי תיכף אל חדרה ושאלתיה: מה הוא לה. ותספוק את כפה בלא שום דבר, כמתייאשת כי אין עוד להושיע [...] ויצתה נפשה, ושבקה חיים (סדר אליהו, עמ' 70).

הרב קוק נשאר לבדו עם בתם הקטנה, שהייתה בת שנה וחצי. פטירתה השפיעה עליו מאוד. גם האדר"ת ורעייתו היו המומים וכאובים מהמכות שניחתו עליהם. האדר"ת הבחין במצבו הירוד של הרב קוק והציע לו לעבור לביתם שבפוניבז' בהניחו שקהילתו בזיימל מבינה את קשייו; והוא אכן התלווה אליהם. הרב קוק שהה כחודשיים בביתם ולאחר מכן חזר לביתו שבזיימל. בתו נשארה בבית סבתהּ וסבהּ. האדר"ת - שנפשו דבקה בנפש חתנו - הציע לו לפני שובו לזיימל לשאת לאִשה את בת אחיו (צבי יהודה רבינוביץ), שגדלה עם אחותה בבית האדר"ת מאז פטירת אביהן. הרב קוק האזין, אולם לעת-עתה דחה את הצעתו.

הרב קוק שקע מעתה יותר ויותר בלימוד ובהגות. הוא הקדיש שעות רבות בבית המדרש ללימוד התלמוד הירושלמי וכן להגות ולקבלה. ב-1891 שב לעסוק בספרו 'חבש פאר', והספר ראה אור באותה שנה בוַרשה. המפעל הזה היה חשוב מאוד בעיניו והוא נדד בין עיירות וכפרים כדי להפיץ את רעיונותיו. במקביל לעיסוק האינטנסיבי הזה בהלכה החל לכתוב את הספר 'עין איה' - ביאור לאגדות חז"ל שלדבריו מאירות את הפן החסר בהלכה. ההלכה, כתב בהקדמה לחיבורו, מכוונת יותר אל הפרטים. האגדה שונה ממנה - בה "יש לנו עסק יותר כללי" והיא נוגעת ב"יסוד ההשגחה האלהית [המעניקה לנו] מזונות רוחניים המבריאים את נשמותינו".

בד-בבד הוא העמיק, כאמור, את עיסוקו בקבלה. כשנה לאחר בואו לזיימל חיבר את מאמרו הראשון בקבלה; תוכנו היה מבוסס על דברים אשר התגלו לו בחלום שאותו ראה כחוויה נבואית: "אור ליום ד' [של פרשת השבוע] תצוה חמשה ימים לירח אדר ראשון שנת תרמ"ט, חלמתי והנה אלהים העביר לפני מאמר הזוהר הקדוש [...] אז אמרתי בחלומי ונדמה לי כאילו אני כותב את הדברים על הספר". וכך הסביר את דרך כתיבת המאמר: כל המוסגר [במאמר זה] הוא הוספה שאני מוסיף מדעתי זולת דברי החלום, ואני כותב למזכרת. כי מעולם לא זכיתי לראות חלום צודק [...] ולזוכרו כולו [...] ונתעוררתי משנתי בשמחה [...] והנני כותב זה ('גנזי הראי"ה', עמ' 101).

בשל התעניינותו הגוברת בלימוד 'הזוהר' וכתבי האר"י אף יצא לחודש ימים לביקור בעיירה שאוול, שם למד בחברת ר' שלמה אלישיב [עליאשוו] (1928-1841, שכתב לימים את הספר 'לשם שבו ואחלמה', העוסק בעיונים למדניים בחוכמת הקבלה, וסבו של מנהיג העולם החרדי כיום, הרב יוסף שלום אלישיב). באותה עת הוא נסע לעיירה בירז' ודן באותם נושאים עם רבהּ פנחס הכהן לינטופ, והדיון המשותף קירב בין השניים. על אף צערו חזר ושקע במשך הזמן בענייני היום-יום, בהנהגת בני קהילתו ובמתן תשובות לשאלותיהם ולבעיותיהם.