הדמות היהודית המרכזית והחשובה ביותר בפראג בשלהי המאה ה- 16 הייתה המהר"ל (ר' יהודה ליווא בן בצלאל) שכיהן כרבה הראשי של העיר. המהר"ל חיבר ספרים רבים, והם נעשו נכסי צאן ברזל של ההגות היהודית בעת החדשה והשפיעו על התנועות הרוחניות החשובות שצמחו באותה תקופה. בין ספריו: נצח ישראל - על גלות ישראל וגאולתה, תפארת ישראל - על מהות משפטי התורה, נתיבות עולם - על דרכי הנהגת האדם, גבורות השם - על טיבם של הנסים, באר הגולה - כתב הגנה על דברי חז"ל, גור אריה - פירושים לתורה ועוד. המהר"ל נפטר בשנת 1609 ונקבר בבית הקברות הישן בגטו של פראג.