מערכת החינוך שיקפה את הקושי לבטל את השוני בין העולים שהגיעו למדינת ישראל מארצות שונות בזמן קצר. הפערים החברתיים שהלכו וגדלו - בלטו במערכת החינוך. בעיקר בלט הפער בבתי הספר התיכוניים העיוניים בערים הגדולות, שבהם למדו בעיקר תלמידים ממוצא אשכנזי, ואילו מספר התלמידים בני עדות המזרח שלמדו בבתי הספר האלה - היה נמוך.
זלמן אָרן, שכיהן בתפקיד שר החינוך במדינת ישראל בשנות ה-50 ובשנות ה- 60 (1955-1960; 1963-1969) היה ממעצבי מדיניות החינוך במדינה. ב-1968 אישרה הממשלה את תכנית הרפורמה במערכת החינוך, שהגיש. תכנית הרפורמה קבעה ארגון מחודש של מערכת החינוך: בית ספר יסודי לכיתות א-ו, חטיבת ביניים לכיתות ז-ט, וחטיבה עליונה לכיתות י-יב. כמו כן הורחב "חוק חינוך חובה חינם", שכלל מעתה גם את כיתות ט-י. בחטיבת הביניים הונהגה מדיניות אינטגַרציה בין תלמידים משכונות מבוססות לבין תלמידים משכונות מצוקה. כך ביקשו מעצבי המדיניות בתחום החינוך להתמודד עם הפערים החברתיים והלימודיים ולבטל את הזיקה בין אותם פערים לבין המוצא העדתי. מדיניות האינטגרציה התבססה על ההנחה, כי המפגש הלימודי והמפגש החברתי ישפרו את ההישגים הלימודיים של התלמידים משכונות המצוקה ויקטינו את הפערים החברתיים. אולם, במחקרים שבחנו את ההישגים של אותם התלמידים נטען כי הרפורמה לא העלתה את רמת הלימוד של החלשים, וכי לא נוצרו קשרים חברתיים משמעותיים בין התלמידים.
במטרה לעודד לימודים בחטיבה העליונה באזורי מצוקה, הורחב החינוך המקצועי-הטכנולוגי והוקמו עשרות בתי ספר מקיפים בעיירות הפיתוח. כמו כן השתנה מבנה בחינות הבגרות והיה אפשר לבחור מקצועות לימוד ברמות קושי שונות. מדיניות זו, שביקשה להגדיל את מספר התלמידים הזכאים לתעודת בגרות ולצמצם פערים חברתיים - נמשכה בדרכים אחרות גם בשנות ה-90.
