בשנה זו התרבו התקריות בגבולות, הסורים פתחו באש על יישובי הצפון, ומטוסי צה"ל הגיבו בירי על סוללות סוריות. כנגדם הוזנקו "מיגים" סוריים, ושישה מהם הופלו על-ידי חיל האוויר הישראלי. מצרים קיבלה איתות מסוריה כי ישראל מרכזת כוחות בגבול הסורי והערכה כי כוונתה לפתוח במלחמה. שליט מצרים הזרים כוחות גדולים לסיני, ומה-14 במאי החלה תקופת ההמתנה. ישראל המצויה במיתון כלכלי, החלה לגייס כוחות מילואים לכל גזרות הגבול. ישראל קיבלה שדרים מארה"ב לנהוג באיפוק, וכך גם מצרים שנקראה לא לפגוע בחופש השיט במיצרי טיראן.

תקופת ההמתנה נפרשה עד ה-4 ביוני. ב-1 ביוני הוקמה "ממשלת ליכוד לאומי". משה דיין התמנה לשר הביטחון, ולממשלה נוספו עוד שני שרים ללא תיק: מנחם בגין ויוסף ספיר.

ב-5 ביוני בשעת בוקר נפתחה מלחמת ששת הימים בהתקפה כבדה של מטוסי חיל האוויר הישראלי על שדות התעופה של מצרים, סוריה וירדן. בתוך שעות אחדות הושמדו רוב מטוסי האויב.

המלחמה התפרסה לכל אורך הגבולות. ב-5 ביוני פרצו כוחות צה"ל לסיני. ב-6 ביוני נכבשו עזה וראס אל נקב. בו ביום הגיעו הצנחנים לירושלים, וכוחות נוספים התקדמו בכל אזור השומרון.

ב-7 ביוני שוחררה העיר העתיקה, והצנחנים הכריזו "הר הבית בידינו". באותו יום פעל גם חיל הים והגיע לשארם א-שיח והשתלט על מיצרי טיראן, ללא התנגדות.

ב-8 ביוני הגיעו כוחות צה"ל לתעלת סואץ, בכך השלים את השתלטותו על חצי האי סיני, ומצרים הסכימה להפסקת אש. ב-9 ביוני החלה התקפת צה"ל על רמת הגולן. בטרם הגיעו הכוחות לקוניטרה פנו הסורים בבקשה להפסקת אש. עד למועד הפסקת האש בשעה 18:30 הושלם כיבוש רמת הגולן, והמלחמה הגיעה לסיומה. הניצחון היה גדול וסוחף. צה"ל הוכיח עליונות ברורה וכונה "הצבא הטוב בעולם". תוך שישה ימים גדלה מדינת ישראל פי שלושה. מסדרי ניצחון, נאומי ניצחון, אותות מלחמה, אלבומי ניצחון וספרי תיעוד שטפו את המדינה. השיר "ירושלים של זהב" של נעמי שמר הפך ללהיט, וכמעט היה להמנון הניצחון.

כמיליון ערבים נוספו באחת תחת שלטונה של מדינת ישראל. העם קיווה כי מעתה ישרור שקט בגבולות וכי השלום עומד בפתח. האו"ם אף מינה שליח מיוחד, גונאר יארינג, לנסות להביא שלום. ב-22.11 התקבלה במועצת הביטחון של האו"ם החלטה 242: קריאה לשלום בגבולות בטוחים ומוכרים במזרח התיכון ולנסיגה משטחים שנכבשו במלחמת ששת הימים.

אירועים נוספים בשנה זו:
* ב-21 באוקטובר טובעה המשחתת אח"י אילת בטילים שנורו על-ידי המצרים מול חוף פורט סעיד. 47 מאנשי הצוות נספו. בתגובה הפגיז צה"ל את בתי הזיקוק של העיר סואץ.