בשנת 1932 במכביה הראשונה קרא מנחם אוסישקין לחברי תנועת 'מכבי' לקחת חלק במפעל ההתישבות בארץ ישראל. בשנת 1933 הוקם ברעננה 'הגרעין הצ'כוסלובקי' על ידי בוגרי תנועת 'מכבי הצעיר' מצ'כוסלובקיה. חברי הגרעין קיבלו הכשרה ברעננה, בגבע ובגניגר ושהו במשך כשלוש שנים במחנה זמני ברעננה. בשנת 1936 התרכז הגרעין במשק אברמסקי בכפר אתא ועסק בהכנות לעליה על הקרקע.
ב-25 באוקטובר 1936 עלו חברי הגרעין על הקרקע בעמק זבולון והקימו את כפר המכבי, הקיבוץ הראשון של תנועת 'מכבי הצעיר'. בתחילה עסקו המתישבים בבנית המבנים ראשונים ובהקמת המשק שכלל את הענפים הבאים: רפת, דיר, לול, גן ירק, פלחה ומטעים. רבים עבדו בעבודות חוץ בנמל חיפה ובבית החרושת 'אתא'. בשנת 1942 נבנה בית התרבות. בשנת 1944 הוקם בית נוטרים במימון משלת המנדט. בשנות ה-30 וה-40 נקלטו בקיבוץ גרעינים של תנועת 'מכבי הצעיר' מאוסטריה, גרמניה וצ'כוסלובקיה וחברות נוער.
במלחמת העצמאות, במהלך הקרבות על רמת יוחנן (ב-16-12 באפריל 1948) הותקפו קיבוצי עמק זבולון - רמת יוחנן, כפר המכבי ואושה - על ידי הפלוגה הדרוזית של 'צבא ההצלה' של קאוקג'י. לאחר קרבות קשים נסוגו התוקפים וכוחות ה'הגנה' השתלטו על האזור.
בשנת 1950 נחנכה בקיבוץ בריכת השחיה הראשונה בתנועה הקיבוצית. בשנת 1963 עבר הקיבוץ ללינה משפחתית. בשנת 1984 נחנך הבנין הקהילתי הכולל את בית התרבות, בית הכנסת, חדר מוזיקה, ארכיון וחדר הנצחה.
כיום ענפי המשק העיקריים בקיבוץ הם: חקלאות (מרכז המזון 'כפר המכבי-מילובר' המייצר מזון לרפתות, רפת, מדגה, מטע אבוקדו, גידולי שדה), מסחר (דוכן דגים). בשנת 2001 החל הקיבוץ בתהליכים של הפרטה ושינוי אורחות החיים וכיום מופעל בו מודל 'רשת ביטחון'.
