בכל שטחי הכיבוש נמסרו היהודים לידי שלטונות ה-ס.ס. והמשטרה, והם שביצעו את ההשמדה. לא כן בפולין. כאן בולטת ההתחרות בין מושל הגנרל-גוברנמן האנס פראנק ובין הימלר. פראנק גרס שלטון יחיד בפולין, ודרש, כי גם גורל היהודים יהא נתון להכרעתו, והוא יקבע את מועד ההשמדה ודרכיה. ואילו הימלר גרס, כי כל הפעולות השייכות לתחום "הפתרון הסופי", הן בשטח ה"רייך" והן בשטחי המדינות הגרורות, הן בסמכותו. את השמדת היהודים בפולין חייב היה לבצע בשמו של הימלר מפקד ה-ס.ס. והמשטרה - קריגר.

כדי להבליט את סמכותו מינה פראנק את קריגר כראש שירותי הביטחון בגנרל-גוברנמן (אף כי הלה היה נתון לפיקודו העליון של הימלר). בין כה וכה שני הגורמים גם יחד החישו את השמדתה של יהדות פולין.

תחילה נועדה פולין לקלוט את מגורשי הרייך, יהודים ופולנים כאחד, ועוד ב-15 בנובמבר 1939 הוחל בהתקנת מסילת הברזל למזרח ("אוסטבאן"), להסעת המגורשים. בדצמבר 1941 מדבר פראנק גלויות עם פקודיו על התכנית הכלל-ארצית להשמדת היהודים. והנה קטע מנאומו של האנס פראנק בישיבת "ממשלתו" בקראקוב (האנס פראנק הותיר שפע רב של תעודות על דרכי שלטונו בפולין. ביומנו הובאו דו"חות מישיבות ממשלת הכיבוש בפולין, נאומים רבים, ובהם קטעים חשובים על מדיניות ההשמדה של היהודים. נאום זה נרשם ביומנו בתאריך 19 בדצמבר 1941):

"- - - אומר לכס בגלוי, כי עם היהודים צריך לגמור בצורה זו או אחרת… לפני שאמשיך לדבר, אבקש מכם, כי תיאותו להסכים אתי לגבי ההגדרה הבאה : עקרוננו יהי - רחמים על העם הגרמני בלבד, אל רחמים כלפי זולתו. הללו לא גילו גם כלפינו יחס של רחמים.

כנאצי ותיק עלי לומר, שאם נקריב את מיטב דמנו להצלת אירופה, וגזע היהודים יוסיף בכל-זאת להתקיים ביבשת זו, הרי ניצחוננו במלחמה יהיה רק הישג חלקי בלבד. לכן מושתת יחסי העקרוני ליהודים על התקווה שהיהודים ייעלמו. עליהם להסתלק. התחלתי במו"מ על ביצוע גירושם למזרח. בינואר תתקיים בברלין ישיבה בעניין זה, וישתתף בה בשמי מזכיר המדינה ד"ר בילאר. הישיבה תתקיים במשרד המרכזי לביטחון של האובארגרופנפירר היידריך. על-כל-פנים, תתחיל תנועת אוכלוסייה יהודית גדולה.

אבל מה יהיה על היהודים? החושבים אתם שניישבם ב'אוסטלאנד', בכפרי-מתיישבים? בברלין אמרו לנו : 'לשם מה טרחה רבה כזאת, השמידו אותם בעצמכם' רבותיי, בקשתי היא, כי תחסנו את עצמכם מפני כל היסוסים רחמניים. עלינו להשמיד את היהודים בכל מקום שהדבר ניתן, ובכל מקום שאנו נתקלים בהם, כדי לשמור על שלמותו האורגנית של הרייך...

היהודים הם לגבינו גם זוללנים מזיקים ביותר... שלושה וחצי מיליון יהודים אין אגו יכולים להוציא להורג בירייה, אף לא נוכל להרעילם. אבל יכול נוכל לנקוט צעדים, שיביאום באיזו דרך שהיא, לתוצאות של ממש במבצע החיסול. כוונתי לפעולות בקנה מידה גדול שייקבעו ב'רייך'. הגנרל-גוברנמן צריך להיות פנוי מיהודים, ממש כמו 'הרייך'. איך ייעשה הדבר והיכן ייעשה - עניין זה שייך לגופים שנקים ושנפעילם כאן, ואשר על תחומי פעולתם אודיעכם במועד הנכון. - - - "

בינתיים נתברר ל"מומחים" להשמדה, כי בדרכים הקיימות לא יצליחו "לטהר" במהרה את אירופה מיהודים, לפיכך התחילו מחפשים דרכים חדשות ושיטות יעילות יותר להגברת התפוקה...

הייתה לכך סיבה נוספת : מפקדים מסוימים התלוננו, כי שיטת ההשמדה ביריות, ליד בורות פתוחים, בעיקר השמדת נשים וילדים, מערערת את עצביהם של היורים, ואף האלכוהול הרב, שהיו מספקים לרוצחים לפני אקציות ההשמדה, לא תמיד הוא עוזר. הימלר נכח באחד הימים בפעולות השמדה על-ידי יריות, של נשים וילדים במינסק, ודרש לאחר מכן למצוא "דרכים הומאניות" יותר להמתה המונית. לשכת הפירר, המשרד למדיניות הגזע ומוסדות אחרים - חיפשו דרכים יעילות יותר.

באותו זמן תכננה המחלקה הטכנית של המשרד הראשי לביטחון מכוניות מיוחדות לחנוק בהן את הקורבנות. את הקורבנות היו דוחסים לארגז המכונית, שהיה נסגר הרמטית. עם הפעלת המכונית היו הגזים מהמנוע, פליטת הדלק השרוף, מופנים בצינורות לארגז הסגור שמאחורי המכונית. כעבור זמן מועט (כ-20 דקות) נמצאו האנשים מתים מחנק.

מכוניות אלה היו בשימוש במינסק, בריגה, וביוגוסלביה, - בעיקר באקציות בקבוצות קטנות.

ברם, מספר האנשים שניחן לדחוס לתוך מכונית הוא כ-30, ואילו הרוצחים ביקשו להמית מיליונים. חיפושי שיטות המתה יעילות יותר נמשכו משום כך.

עוד לפני צאת השנה הוקם על אדמת פולין "בית החרושת למוות" הראשון, שהעלה את אפשרויות ההכחדה ההמונית לשלבים חדשים : ב-8 בדצמבר 1941 החל לפעול מחנה ההשמדה חלמנו (מחנה המוות חלמנו Kulmhof פעל עד 18 בינואר 1945, פרט להפסקה ב-1943. נרצחו בו כ-360 אלף יהודים).

ב-20 בינואר 1942 כונסה בבית המשרד הראשי לביטחון ה"רייך" שבברלין, על שפת אגם ואנזה, התייעצות. השתתפו בה באי-כוח המיניסטריונים השונים, שליח מושל הגנרל-גוברנמן, נציגי לשכותיו של היטלר - "לשכת הפירר" ולשכת ראשות הממשלה, - ונציגי המשרד הראשי לביטחון. את ההתייעצות ניהל ראש משטרת הביטחון וה-ס.ד. ריינהארד היידריך, שעליו הטיל, כמסופר לעיל, הרייכסמארשאל גרינג את המשימה החשובה לפתור את הבעיה היהודית במרחב השליטה הגרמנית וההשפעה הגרמנית ומידו הועברה המשימה לאדולף אייכמן.

בישיבה זאת סיכמו סופית את הצורך בהשמדת העם היהודי ואת דרכי ההמתה ההמונית. נועדו למוות למעלה מ-11 מיליוני יהודים; ולא בארצות הכבושות והגרורות בלבד. הובאו בחשבון גם יהודי שוויץ, פורטוגל, שבדיה וספרד. גם בני נישואיי-תערובת דרגה א' (שאחד ההורים הוא יהודי) נידונו להשמדה. (פרוטוקול חלקי של הישיבה הזאת ניתן בקובץ התעודות "הפתרון הסופי" בעריכת צ. שנר, הוצאת בית לוחמי הגטאות, תשכ"א.)

בשנת 1942 הוקמו על אדמת פולין מחנות השמדה נוספים: באלז'ץ, סוביבור, בירקנאו (אושביץ), מיידאנק וטרבלינקה. את הקורבנות היו ממיתים בתאי-גזים מיוחדים, הגופות נשרפו לאחר מכן במשרפות או במדורות גדולות תחת כיפת השמים. גם בגרמניה עצמה, באוסטריה ובארצות כבושות אחרות, היו קיימים מרכזי השמדה. נציין כאן רק את ה"פורט התשיעי" ליד קובנה (ליטא) (מסביב לקובנה היו מצודות תת-קרקעיות עוד מתקופת השלטון הרוסי הצארי שכונו "פורטים". מצודות אלה שימשו מקום השמדה לרבבות יהודי קובנה, ליהודים מאירופה המערבית ולשבויי-מלחמה רוסיים. גופות הנרצחים נשרפו.) ואת המחנות בייניצה ויאסנובאץ ביוגוסלביה. מיתקנים מיוחדים להמתה ולשרפת גופות היו קיימים גם במחנות ריכוז, כגון : דכאו ובוכנוואלד (בגרמניה), מאוטהאוזן (באוסטריה), שטוטהוף (על שפת הים הבלטי) ועוד. נוסף על-כך כוסה כל מרחב השליטה הגרמנית ברשת מחנות למיניהם, בהם היו האסירים או השבויים נמקים ברעב, בקור ובעבודת פרך, וקציר המוות היה עשיר ביותר. הסטטיסטיקה הרשמית מעידה על 1100 מחנות כאלה, מספר זה אינו כולל מאות מחנות, אשר התקיימו זמן מועט וחוסלו עם גמר "המשימה" במקום.

עתה - לאחר החלטת ואנזה - הותנעה כל מכונת ההשמדה האדירה, אשר הוקמה על-ידי המשרד הראשי לביטחון. בראש המבצע הזה הועמד אוברשטורמבאנפיראר אדולף אייכמן. דרגתו הצבאית הייתה נמוכה יחסית ואף משרתו באחת ממחלקות הגסטאפו (סימונה - V B 4) לא הייתה מן החשובות לפי הדירוג המשרדי. אך אייכמן קיבל ייפוי כוח מיוחד לטפל בבעיה היהודית ובתוקף תפקידו זה מוסמך היה לצוות על ממשלות אזרחיות ועל המושלים הצבאיים בארצות הכבושות. שליחיו של אייכמן הגיעו אל כל הבירות הכבושות וארגנו בהן את ריכוז היהודים, הטענתם ברכבות ושילוחם למחנות השמדה. סייעו לו לאייכמן ולאנשי מנגנונו הנציגויות הגרמניות בארצות הגרורות, שלטונות הכיבוש הצבאיים והממשלות המקומיות, שהוקמו בחסדו של הכובש הגרמני. בארצות הבלטיות ובפולין נהנה מנגנון "הפתרון הסופי" גם מעזרתם של רבים מבני המקום.

מעטות היו הממשלות אשר עמדו במבחן בשנים גורליות אלה ולא הסגירו למוות את אזרחיהם היהודים. ואלה הן : פינלנד, בולגריה ודנמרק. גם העם האיטלקי, ההולנדי והנורבגי לא שיתפו ברובם פעולה עם מנגנון הגירוש וההשמדה. רבים מבני העמים האלה אף הגישו עזרה ממשית לנרדפים. גם בארצות אחרות וגם בארצות מזרח-אירופה נמצאו אנשים בעלי מצפון, שסיכנו נפשם והושיטו יד עוזרת לנרדפים. אך מתן העזרה ליהודים שם הייתה קשה הרבה יותר מאשר במערב-אירופה בשל האנטישמיות המושרשת בהמונים ובשל הטרור הגרמני האכזרי. טרור זה היה חזק במיוחד בפולין. חלק ניכר מן האוקראינים, הליטאים והלטבים גילה שיתוף פעולה אקטיבי ברצח היהודים : מתוכם הוקמו "יחידות מיוחדות" ניידות, שרצחו יהודים ברחבי פולין ובמחוזות ברית-המועצות הכבושים ושהוצבו גם במחנות-השמדה.

עם התקרב סוף המלחמה, בנובמבר 1944, הופסקו ההמתות ההמוניות בגזים. אך חרב-ההשמדה המשיכה לקצור את קצירה. אלפי יהודים גוועו במחנות ריכוז מחמת תשישות, נורו ונספו בזמן פינוי המחנות. העברתה של אוכלוסיית המחנות ממקום אחד למשנהו בוצעה בתנאים בלתי-אנושיים. ב-5 בינואר 1945 שוחררה אושביץ ובאפריל-מאי שוחררו יתר המחנות על-ידי צבאות בעלות-הברית. בין רבבות האסירים, בני כל העמים הכבושים, אשר שוחררו עם תבוסתו של ה"רייך" השלישי - נמצא גם קומץ קטן של יהודים, שארית הפליטה של העם היהודי באירופה.