מעט מעט התחילו שרידי הגטו לשוב ו"לארגן" את חייהם. שוב לא נותרו אשליות בדבר כוונותיהם של הגרמנים. שרידי הציבור היהודי בווארשה חיו את כאבם על חורבן הקהילה, ואת הבושה, על כי נתפתו לדברי הגרמנים ולהבטחות היודנראט והלכו ללא מרד אל המוות.
הפעם מצא דבר המחתרת אוזן קשבת : לא עוד יובילום לטבח, כפי שהובילום עד כה.

עיר תת-קרקעית חדשה צמחה בווארשה. מתחת לרחובות הגטו נבנו בחיפזון מחבואים ובונקרים. רבים מהם צוידו בחשמל, בצינורות מים ובמלאי של מזון בעליהם התכוונו לרדת, אם יחודש הגירוש, למחבואים ולחכות שם לבאות. לגטו החלו להגיע ידיעות מן החזיתות, על בלימת התקדמות הגרמנים בחזית המזרח ועל מפלותיהם בצפון אפריקה. ידיעות אלו עודדו והפיחו תקווה. מרכז "החלוץ" החליט לנצל את ההפסקה בין פעולת החיסול הראשונה ובין העתידה לבוא, כדי לפתח ולהגביר את הארגון היהודי הלוחם. לכל הערים הגדולות (ביאליסטוק, בנדין, קראקוב, צ'אנסטוחוב, וילנה) שוגרו שליחים לארגון הגנתם של הגטאות ששרדו. ננקטו צעדים נמרצים להגברת שיתוף הפעולה עם כל המפלגות הפוליטיות. כותב יצחק צוקרמן בדו"ח של מפקדת אי"ל משנת 1944:

"...פועלי ציון (צ.ס.) ופועלי ציון שמאל נצטרפו מיד. המו"מ עם ה"בונד" נמשך. ה"בונד" הסכים להצטרף לארגון היהודי הלוחם ולהשתתף בהגנה רק בשטחה של וארשה - היו אז על אדמות פולין כשני מיליוני יהודים. לנציגות משותפת לא הסכימו.
"החלוץ" "דרור" (פרייהייט-החלוץ הצעיר), השומר הצעיר, גורדוניה, פועלי-ציון (צ.ס.)-התאחדות, פ"צ שמאל והסתדרות הציונים הכלליים החליטו להתאחד לשם שיתוף פעולה ב ו ע ד יהודי לאומי (Z.K.N.) תיאום הפעולות עם ה"בונד" נתאפשר על-ידי הקמת "ועדת התיאום היהודית" (Z.K.K) שהורכבה מנציגי הארגונים הנ"ל בצירוף נציג "הבונד". הארגון היהודי הלוחם הוכר כארגון "ועד-התיאום".

ואלה חברי נשיאות "ועדת התיאום": יצחק צוקרמן - מזכיר, מנחם קירשנבוים ואברשה בלום. חברי המליאה היו: אלכסנדר פונדאמינסקי, איש פ.פ.ר., מרים היינסדורף, מלך פיינקינד, אליעזר גלר, צביה לובטקין ויוחנן מורגנשטרן. "הועד היהודי הלאומי" בחר מתוכו נשיאות ובה: יצחק צוקרמן, מנחם קירשנבוים ויוחנן מורגנשטרן. למפקדת הארגון הלוחם נכנסו: מרדכי אנילביץ' המפקד - מחלקת הארגון; צוקרמן יצחק, סגן המפקד - זיון; מארק אדלמן - מודיעין; יוחנן מורגנשטרן - כספים; הירש ברלינסקי - תכנון, וכמוהו מיכאל רויזנפלד."

"ועדת התיאום" בחרה מתוכה ועדה לענייני תעמולה, ועדה לענייני כספים וועדה לענייני אספקה. נוסד ועד אזרחי, שקיבל עליו את הדאגה להשגת כספים לצורכי הארגון הצבאי, לבנין מקלטים ובונקרים ולהפצת רעיון ההתנגדות הפעילה בכל שכבות הציבור. ברובע הארי מונה ד"ר אדולף ברמן כנציג "הוועד הלאומי" כלפי השלטונות האזרחיים הפולניים ואריה ווילנר כנציג "הארגון היהודי הלוחם".

ועדת התעמולה של "הארגון הלוחם" עבדה בשיתוף פעולה מלא עם ועדת הארכיון של "הוועד הלאומי היהודי" שחבריה היו : ד"ר עמנואל רינגלבלום, אליהו גוטקובסקי והרש ואסר. המשא ומתן של נציגי תנועות הנוער והמפלגות על הקמת ארגון לוחם כללי התנהל בדירת "השומר הצעיר", במילא 61. וההסכם הושג בסוף אוקטובר.

הקומוניסטים הצטרפו לארגון הלוחם בחודש אוקטובר (עובדה זאת לא צוינה בדו"ח במפורש, שכן הוא הועבר ללונדון בצינורות המחתרת הפולנית הרשמית) ונציגם היה מיכאל רויזנפלד, ואילו ההסכם עם "הבונד" והקמת "ועדת התיאום" חלו ב-30 באוקטובר 1942. נציגם במפקדה היה הצעיר מארק אדלמן, הוא אשר פקד על אזור המברשתנים בימי מרד אפריל. בפני השלטונות הפולניים במחתרת ייצג את "הבונד", בשם ועדת התיאום, חברם ד"ר ליאון פיינר, המכונה "מיקולאי". הוקמו הפלוגות הלוחמות, שהוצמדו לאזורים השונים בגטו ול"שופים" ונבחרו המפקדים האזוריים.