עם הקמת המסגרות - הצבאית והפוליטית - לארגון היהודי הלוחם, ניגשה המפקדה לביצוע שתי פעולות עיקריות : לזיין את פלוגות הלוחמים ולטהר את הגטו מבוגדים אשר ידיהם נגעלו בדם יהודי. אי"ל הוציא פסק-דין מוות על אנשים אלה, ואף נשלחו קבוצות לוחמים מבין צעירי הארגון להתנקש בחיי הבוגדים. לא כולן הצליחו. יש שהתחמקו מידם הנוקמת של יהודים ונמלטו מן הגטו, ויש שחוסלו על-ידי הגרמנים עצמם. חברי התנועות החלוציות לא ישבו עתה בחיבוק ידים ולא חיכו עד שהמשא ומתן עם המפלגות יסתיים והמשיכו בפעולות הנקם.

אחרי שארינסקי, שנורה ב-20 באוגוסט, בא תורו של עו"ד יעקב לייקין, אשר היה עתה למפקד המשטרה, פקד על הגירוש בימי אוגוסט וגילה את אכזריותו וניוונו המוסרי. לייקין נורה בידי שליחי אי"ל, ב-29 באוקטובר. חודש אחר כך, ב-29 בנובמבר התנקשה קבוצת לוחמים בישראל פירשט, המתווך בין היודנראט ובין הגסטאפו, אשר התגלה בימי הכיבוש כאדם אכזר ומושחת. בגטו היה ידוע כי הוא משמש כסוכן לגסטאפו. פירשט נהרג. גם מנהלי ה"שופים" ואנשי ה"ווארקשוץ", שהתאכזרו לפועלים היהודים, באו על עונשם. מהם שספגו מכות נאמנות ומהם שחומצת-מלח נשפכה על גופם.

בטיהורו של הגטו מבוגדים פעל גם ארגון הלחימה השני (ז'.ז.וו.) שעליו ידובר להלן.

פעולות עונשין אלה עשו רושם חזק בגטו. עתה ידעו היהודים, כי יש בגטו יד מגינה ונוקמת. פסקי-הדין הובאו לידיעת הציבור באמצעות כרוזים המזהירים מפני שיתוף פעולה עם הצורר.
נציגי הארגון הלוחם וועד התיאום השקיעו מאמצים רבים כדי להניע את המחתרת הפולנית הרשמית לספק נשק להגנת הגטו. במו"מ זה נקבע העו"ד אנריק וולינסקי, המכונה "ואצלאב" כמקשר בין המחתרת הפולנית ובין המחתרת היהודית. על מגעיו עם נציגי ה"וועד היהודי הלאומי" וה"בונד" ועל דרישותיהם מדווח ואצלאב לממונים עליו בראשית דצמבר 1942:

"שני נציגי ,הוועד הלאומי' (יורק ומיקולאי) הדגישו את הנחיצות לספק בלי שהיות נשק ל"ארגון היהודי הלוחם", כי אין הם מפקפקים שהאקציה עדיין לא נסתיימה בווארשה וכי עשויה היא להתחדש בכל רגע (בזמן האחרון שוב היו חילופי יריות בהיקף גדול ברחובות וב"שופים"). חיסולם של "שופים" אחדים ובאחרונה - ניתוקם המוחלט של ה"שופים" מיסודו של טבנס משאר הגטו - מעיד, כי פעולת החיסול נמשכת ללא הפסק. כיוון שכך מבקשים מיקולאי ויורק:

1. כמות גדולה של נשק, שכן עשרת הכלים שנתקבלו אינם מספיקים לארגון מרד מזוין או כל פעולה אחרת, בעלת אופי קיבוצי ולא פרטי;

2. לאפשר את קניית הנשק ולארגנה. הם מצדם בודקים את האפשרויות של גיוס כספים למטרה זו. (את הקניה חייבים אנחנו לנהל, לדעתי, לשם הביקורת);

3. הדרכה ומדריכים.
אשר לסעיף 1 הייתי רוצה, שאספקת הנשק תגיע לפחות למספר שהובא זה כמה פעמים: 'עשרה ומעלה' כלים. אני מבקש החלטה מהירה".

על אף הפניות המרובות למחתרת הפולנית הרשמית, ועל אף הרצון הכן, שגילה המקשר ואצלאב, לא הגישה הארמיה קראיובה לארגון הלוחם עזרה - כפי שיכלה לעשות. היא לא סיפקה מדריכים צבאיים ואילו כמות הנשק שהפרישה הייתה זעומה ומאיכות גרועה. פרט לכמה פעולות-הסחה מסירת תרשים לתרכובת כימית להכנת "בקבוקי מולוטוב" והעברת ידיעות על הנעשה בגטו, לא עשתה המחתרת הפולנית הלאומית דבר לעזרת הגטו המתבוסס בדמו.

את הנשק הראשון לארגון היהודי הלוחם סיפקה ה-גווארדיה לודובה אבל היה זה מעט מאד לעומת צרכיו המרובים של הגטו. גם חברי ה-ג.ל. ביצעו פעולות ליד החומות. אך עיקר פועלם - הצלת שרידי הלוחמים מן הגטו הבוער והעברתם ליערות.