בדברנו על חיתום המקרא, הכוונה היא להכרעה כי הספרים שנכללו בו קדושים הם, ומהם אין לגרוע ועליהם אין להוסיף.
התקדשותם של ספרי המקרא לא נעשתה בבת-אחת, ולא היתה מעשה חד-פעמי, שהתרחש בשנה מסוימת. התקדשותם נמשכה, ככל הנראה, תקופה ארוכה. לא כן מעשה החיתום. ההחלטה על חיתום המקרא (כפי שקראו לכלל הקובץ, הואיל ואלה היו הספרים שקראו ברבים), היתה כפי הנראה במעמד מיוחד של כנסת העם, שבה השתתפו כל חלקי האומה.

התורה נתקדשה כמובן ראשונה. כבר בספר יהושע נזכר ספר התורה כספר שמחוייבים לנהוג על פיו:

	"רק חזק אמץ לשמר לעשות ככל התורה אשר צוך משה עבדי. אל תסור ממנו ימין ושמאל, למען תשכיל בכל אשר תלך. לא ימוש ספר התורה הזה מפיך והגית בו יומם ולילה. למען תשמר לעשות ככל הכתוב בו, כי אז תצליח את דרכך ואז תשכיל" (א, ז-ח),
וכן:	"כאשר צוה משה עבד ה' את בני ישראל, ככתוב בספר תורת משה וגו'" (ח, לא),
וכן:	"וחזקתם מאד לשמר ולעשות את כל הכתוב בספר תורת משה, לבלתי סור ממנו ימין ושמאל" (כג, ו).

ספרי הנביאים והכתובים נתקדשו מאוחר יותר ובתהליך איטי. נראה, כי כבר בראשית ימי הבית השני זכו דברי הנביאים הראשונים למעמד מיוחד ומקודש.

ואלה דברי זכריה הנביא:

	"אל תהיו כאבתיכם אשר קראו אליהם הנביאים הראשנים לאמר: כה אמר ה' צבאות שובו נא מדרכיכם הרעים ומעליליכן הרעים וגו'" (א, ד).
וכן:	"ולבם שמו שמיר משמוע את התורה ואת הדברים אשר שלח ה' צבאות ברוחו ביד הנביאים הראשונים וגו'" (ז, יב).

בדברו על הנביאים הראשונים אין זכריה מתכוון רק לשמואל ולנתן, או לאליהו ולאלישע, אלא גם לנביאים אחרים שניבאו לפני החורבן, כמו ישעיה וירמיה. לדברי נביאים אלה הוענקה בתחילת ימי הבית השני סמכות עליונה, וזו היא ראשית התקדשותם של ספרי הנביאים.

לדעת חז"ל נסתיים תהליך הכתיבה, העריכה וההקדשה של כל ספרי המקרא בימי עזרא (עזרא עלה בשנת שבע לארתחשסתא – 458 לפה"ס), והשווה יוסף בן מתתיה, נגד אפיון א, ח, הכותב: "מאז ארתחשסתא, שהיה אחרי אחשורוש, לא העז איש להוסיף או לגרוע". סביר להניח, כי החיתום הסופי נעשה כשני דורות אחרי עזרא ונחמיה, כפי שנוכל ללמוד תוך עיון בספר דברי-הימים, לשונו, דיקדוקו, הכתיב הנהוג בו, והשקפותיו.

המחלוקות על ספרים אחדים, בתקופות מאוחרות יותר (עליהן ראה להלן), לא השפיעו על היקף חיתומו הסופי של המקרא – ספרי יחזקאל, קוהלת ושיר-השירים לא נגנזו.

אחרי חורבן הבית השני נודעה חשיבות מיוחדת לאישור מחודש של ספרי המקרא המקודשים. התקופה היתה תקופת סכנה גדולה ליהדות. על בית הוועד שביבנה הוטל לשקוד על אחדות האמונות והדעות, על אחדות המצוות והמשפטים. אחדות זאת היתה מכוונת לאגד ולקשור את חלקי האומה הפזורה. היה צורך גדול לחדש בבירור את הקביעה מהם ספרי הקודש ומהם להבדיל ספרי חול וספרי מינים.
המחלוקות והדיונים בנושא זה תמו כנראה בדורו של ר' עקיבא.

על מה נחלקו? היו חכמים שלא רצו להכיר בקדושתם של הספרים שיר-השירים, קוהלת ואסתר, כאשר שני הראשונים עוררו ויכוח חריף במיוחד. על המחלוקת בעניין קוהלת מספר לנו התלמוד כך: "ביקשו חכמים לגנוז ספר קוהלת מפני שדבריו סותרין זה את זה; ובפני מה לא גנזוהו? – מפני שתחילתו דברי תורה וסופו דברי תורה" (שבת ל ע"ב). אפשר, שגם ייחוסו לשלמה המלך השפיע על החכמים ללמד עליו זכות.

גם ספר שיר-השירים עמד בסכנה של גניזה. דעת חכמים לא היתה נוחה הימנו, מפני שתוכנו דברי אהבה. אולם ר' עקיבא יצא בהגנה נלהבת על שיר-השירים ואמר, ש"אין כל העולם כולו כדאי כיום שניתן בו שיר-השירים לישראל; שכל הכתובים קודש ושיר-השירים – קודש קדשים" (ידים ג, ה). הספר נתפרש בדרך משל – אין שיריו שירי חול, שירי אהבה פשוטים, אלא שירי אהבה בין הקב"ה ובין כנסת-ישראל. וברוח זו מפרש ר' עקיבא פסוקים אחדים משיר-השירים כשיחה בין ישראל ובין אומות העולם:

אומות העולם שואלים את ישראל: מה דודך מדוד שככה השבעתנו? – שכך אתם מתים לעולם עליו וכן אתם נהרגין עליו, שנאמר: על כן עלמות אהבוך – אהבוך-עד מוות (עלמות = על מות = עד מוות), וכתוב: "כי עליך הורגנו כל היום" (תהלים מד, כג), הרי אתם נאים, הרי אתם גיבורים – בואו והתערבו עמנו. וישראל אומרים להם: מכירין אתם אותו? – נאמר לכם מקצת שבחו: "דודי צח ואדום, דגול מרבבה". כיוון ששומעים שכך שבחו, אומרים לישראל: נלכה עמכם, שנאמר: "אנה הלך דודך, היפה בנשים, אנה פנה דודך ונבקשנו? וישראל אומרים: אין לכם חלק בו, אלא – "אני לדודי ודודי לי הרועה בשושנים". (מכילתא בשלח ג)

על מחלוקת כזו יש לנו עדות מעניינת גם לגבי ספר יחזקאל.
בתלמוד הבבלי (שבת יג ע"ב) מסופר שביקשו לגנוז את ספר יחזקאל, בשל סתירות שמצאו בו לדברי התורה, אלא שבזכות מאמץ מיוחד, שעשה אחד החכמים ליישב את סתירותיו, נמנעת גניזתו.
והרי ביאור הדברים:

1. לפי ספר יחזקאל (מד, כב) אין כהן הדיוט רשאי לשאת אלמנה, בניגוד לתורה האוסרת אלמנה על כהן גדול בלבד. וניתן ליישב סתירה זו על פי מה שפירש רד"ק: "אם אמר זה על כל כהן יהיה זה לתוספת קדושה לעתיד".
2. על פי דיוק מדברי הכתוב בספר יחזקאל (מד, לא) נראה, כי רק על הכהנים נאסר לאכול נבלה וטרפה, בניגוד לדברי התורה האוסרת את אכילתם על כל איש מישראל. אף קושייה זו יישבו רבותינו באמרם, כי בכתוב זה הוזהרו הכהנים אזהרה מיוחדת לגבי נבלה וטריפה. מכיוון שהותרה להם מליקת חטאת העוף, עלולים הם לחשוב שהותרה להם מליקה (בלא שחיטה) גם בבשר חולין ולכן הוצרכו לאזהרה מיוחדת.

"ברם זכור אותו האיש לטוב, וחנניה בן חזקיה שמו; אלמלא הוא נגנז ספר יחזקאל, שהיו דבריו סותרין דברי תורה. מה עשה? העלו לו שלש מאות גרבי שמן (למזון ולמאור) וישב בעליה ודרשן". (בבלי שבת יג, ע"ב).