רוב החוקרים נוטים לזהות את כת מדבר יהודה עם האיסיים. בני כת מדבר יהודה נבדלו משאר היהודים בהקפדתם היתרה על טומאה וטהרה. הם נמנעו מהקרבת קורבנות, משום שלדעתם הכוהנים ששירתו באותה עת בבית המקדש היו טמאים ומְטַמְאים.

רכושם של חברי הכת היה משותף, אך הם לא דגלו בשוויון חברתי. לוח השנה שלהם התבסס על מערכת השמש.

לכת מדבר יהודה מיוחסות מגילות המתארות את אורח חייה של הכת ואת אמונותיה. המגילות כונו בשמות שונים: מגילות ים המלח, מגילות קומראן, המגילות הגנוזות. סיפור מציאתן של המגילות מרתק: ב- 1947 מצאו שני רועים בדווים במערה שבאזור החוף הצפון מערבי של ים המלח כדים ובהם מגילות. פרופ' אלעזר סוקניק ששמע על הדבר, הצליח לרכוש 3 מן המגילות עבור האוניברסיטה העברית בירושלים. ב- 1954 רכש בנו, יגאל ידין, בשם ממשלת ישראל, את ארבע המגילות הנותרות.