במאה ה- 11 (1054) נפרדו חברי הכנסייה המזרחית האורתודוכסית מן הזרם המרכזי של הנצרות, הכנסייה המערבית הקתולית. אירוע זה מכונה הסכיזמה הגדולה (הפילוג הגדול). הניסיונות לאחות את הקרע בכנסייה נכשלו והפילוג קיים גם בימינו.

הכנסייה הנוצרית האורתודוקסית בנויה מ- 15 כנסיות לאומיות עצמאיות, וביניהן הרוסית, היוונית, הסרבית, הבולגרית והרומנית. ראש הכנסייה הנוצרית בכל אחת מהן קרוי פטריארך. שפת הפולחן המסורתית בזרם האורתודוקסי היא יוונית. הזרם הנוצרי האורתודוכסי איננו כפוף לאפיפיור ברומא.