במשך קרוב ל- 400 שנה הייתה עיראק חלק מהאימפריה העות'מאנית. מעמדם של היהודים בה נקבע על פי השריעה (ההלכה המוסלמית) כ"בני החסות" (אַהְל אַלדִ'מה). במאה התשע-עשרה הנהיג השלטון העות'מאני רפורמות מקיפות, תנט'ימאת, שבהן הוענק שוויון זכויות לכל נתיני האימפריה לא הבדל דת ועדה. אולם עיראק הייתה רחוקה ממוקד ההתעניינות של המעצמות האירופיות והרפורמות עוררו בה הד קלוש.
בשנים 1917-1838 שלטו בעיראק 42 מושלים (ואלים) עות'מאנים. היו מושלים שלא פגעו ביהודים או שמנעו פגיעה בהם, וביניהם בלטו במיוחד מדחת פאשא (1872-1869) וחסין נאטִ’ם פאשא (1911-1910). הראשון כונה בפי היהודים "אבי השלום"; למען השני התגייסו היהודים לפעילות ציבורית-פוליטית ענפה כאשר נתברר להם שהוא עומד לסיים את כהונתו. מושלים אחרים הפגינו יחס נוקשה ואכזרי כלפי היהודים. מדיווחיהם של נוסעים אירופים שביקרו בעיראק במרוצת המאה התשע-עשרה עולה כי היהודים חיו בפחד מתמיד בגלל יחסם של השלטונות והאוכלוסייה כלפיהם.
מאמצע המאה התשע-עשרה ועד מלחמת העולם הראשונה חל שיפור במצבם החברתי והכלכלי של היהודים וברמת השכלתם וחינוכם, אך ביטחונם הפיזי הוסיף להיות מעורער. פגיעות גופניות, מעשי שוד, ואפילו מעשי רצח, תופעות רגילות בחייהם. עלילה נפוצה נגד היהודים הייתה "קללת הדת" או "הכפירה בדת". מוסלמי שביקש לנקום ביהודי, מכל סיבה שהיא, היה מעליל עליו שקילל את דת האסלאם. האשמה זו גררה בעקבותיה, בדרך כלל, התנפלות של מוסלמים שנזדמנו למקום על היהודי, הכאתו והסגרתו למשטרה. כך אירע שבשנת 1876 ספג יהודי מכות נמרצות ולאחר מכן הועלה על המוקד בחוצות בגדאד. העלילות הלכו והתרבו, ובשנת 1880 הגיעו הדברים לידי כך שכמה יהודים התאבדו על רקע כזה, עד שהרבנים הכריזו בכל בתי הכנסת של בגדאד על האיסור "ונשמרתם מאֹד לנפשֹתיכם" (דברים ד, טו), כלומר שכל השולח יד בנפשו עובר על האיסור הזה ואין לו חלק בעולם הבא. עלילת "הכפירה בדת" התפשטה עד כדי כך, שהמושל חאג' רפיק פאשא (1896-1892) הורה למשטרה לא להתייחס לעלילות על היהודים.
לעתים מזומנות, כאשר קשתה עליהם יד המושלים העות'מאנים, פנו יהודי בגדאד אל מנהיגים יהודים באירופה שישתדלו למענם אצל המעצמות האירופיות. כך היה בשנת 1860, כאשר ניסה המושל מצטפא נורי פאשא (1861-1860) לגזול מהיהודים את המבנה בכִּפְל, מקום קבורתו של הנביא יחזקאל, להפוך אותו למסגד ולמנוע מהיהודים לבקר בו. היהודים פנו אז לא רק לאיסתנבול, אלא גם ל"אגודת האחים" ולמשה מונטיפיורי, שהפעילו את השפעתם לסיכול המזימה פנייה נוספת הייתה ב- 1889, כאשר הרב עבדאללה סומך, רבם הנערץ של יהודי בבל, מת במגפת הכולירה, וראשי העדה החליטו לקבור אותו באַלְכַּרְך שבמערב בגדאד, ליד הקבר שיוחס על פי המסורת ליהושע כהן גדול. ההלוויה הגדולה הפרה את פקודת המושל, שאסר על כניסת זרים לעיר בגלל המגפה. המושל הנזעם הורה לאסור כמה נכבדים ורבנים, ושיגר שוטרים לפרוע ברחוב היהודים.
במחצית השנייה של המאה התשע-עשרה ובתחילת המאה העשרים התערבו המעצמות לטובת היהודים בעיראק. היחס לבני הדתות הלא-מוסלמיות באימפריה העות'מאנית זימן לידיהן עילה להתערב בענייניה הפנימיים של האימפריה לשם קידום האינטרסים שלהן. אולם בעת מלחמת העולם הראשונה, בימים שהאימפריה העות'מאנית נאבקה על קיומה, נעלמה השפעתן של המעצמות הזרות, ויהודי עיראק נחשפו ביתר שאת לשרירות לבם של השליטים העות'מאנים.
לחלקים נוספים של המאמר:
היהודים בסביבתם : התקופה העות'מאנית (פריט זה)
היהודים בסביבתם : תקופת הכיבוש והמנדט הבריטי
היהודים בסביבתם : התקופה המלוכנית עד לעלייה ההמונית
היהודים בסביבתם : היהודים בעיראק אחרי העלייה ההמונית