הקמתה של מדינת ישראל פתחה תקופה חדשה בתולדותיה של יהדות עיראק. לאחר הקמת המדינה במאי 1948, ועם יציאתם של כוחות צבא עיראקיים למלחמה נגד ישראל, הוכרז בעיראק משטר צבאי. בחסותו מנעו השלטונות פרעות ביהודים, ובה בעת הנהיגו גל של רדיפות נגד הקהילה היהודית והחמירו את הנגישות הכלכליות והאפליה החברתית ששררו לאורך כל שנות הארבעים. ביולי 1948 הגדיר הפרלמנט העיראקי את הציונות כפשע פלילי, שהעונש עליו נע משבע שנות מאסר ועד מוות. למרות זאת גברו האהדה וההערצה לציונות, בעטיים של התלהבות משיחית ורגשות גאווה שליוו את הקמת המדינה ואת ניצחונותיה בשדה הקרב.

בסתיו 1949 נקלעה התנועה למשבר חמור, לאחר ששלטונות עיראק אסרו חלק מן החברים והמדריכים. נראה היה שהמחתרת כולה, ובכללה ארגון ה"הגנה", מצויים על סף התמוטטות. במצב זה, כשעשרות צעירים נחקרים בבתי הכלא העיראקיים, הצליחה המחתרת למלט לאיראן מאות מחבריה, לארגן הפגנה נגד הממסד הקהילתי, ולהביא להתפטרותו של נשיא הקהילה הרב ששון כ'צורי, ולמינויו של יחזקאל שם טוב, גביר עשיר ובעל השפעה, אשר גילה נכונות לשתף פעולה עם הציונים. זמן קצר לאחר מכן נעצרה החקירה, והבריחה לאיראן נעשתה נתיב יציאה למאות ולאלפי יהודים שביקשו לצאת את עיראק.

בעימות בין התנועה הציונית ובין ראש הקהילה התגלה כושר מנהיגותם של ההנהגה הציונית המקומית, שכללה מדריכים ותיקים בתנועה וב"הגנה", וחברים במועצת התנועה ובוועדותיה השונות. במשך עשר שנות קיומה של הפעילות הציונית בעיראק לא נאבקה בה הנהגת הקהילה, מפני שראתה בה גורם המתחרה בקומוניזם והעריכה שהקומוניזם – ולא הציונות – הוא האיום העיקרי על הקהילה. ההנהגה לא הבינה שמעבר לפן האידאולוגי-הציוני של התנועה יש בה גם פן חברתי אנטי-ממסדי. נשאו אותו צעירים בני המעמד הבינוני, שאותם לא השכילה לשלב במוסדות הקהילה, לשתף בעול האחריות היומיומית ובכך לשכך את להטם האופוזיציוני. כן לא הבינה שאופוזיציה זו רכשה מודעות פוליטית וחברתית, למדה לפעול במסגרות ציבוריות והיא מוכשרת להפעיל ציבור רחב.

ב- 9 במארס 1950, כאשר חוקקה ממשלת עיראק את "חוק הוויתור על הנתינות", נמצאו ממשלת ישראל והנהלת הסוכנות היהודית בעיצומו של ויכוח על הגבלת העלייה הגדולה לישראל, שהגיעה באותה עת ליותר מ- 400,000 יהודים מאירופה ומארצות האסלאם. בגלל מצוקת הקליטה התלבטה ממשלת ישראל במשך שבועות בשאלת עיתוי העלייה מעיראק והיקפה, ולא הגיעה להחלטה. ההכרעה התקבלה בקבוצת הפעילים הציונים בעיראק, שקראה לכל היהודים לעזוב את הארץ ולעלות לישראל והכריזה על פתיחת ההכשרה לעלייה. התוצאות היו מפתיעות: בתוך חודשים ספורים נרשמו ליציאה יותר ממחצית בני הקהילה, חלק נוסף הצטרף להכשרה בתחילת 1951, ואלפים נוספים הגיעו דרך איראן. בעיראק נותרו כעשרת אלפים יהודים.

במאי 1951, לקראת סיומו של מבצע העלייה מעיראק, לכדה הבולשת העיראקית שני שליחים ישראלים, יהודה תג'ר, ומרדכי בן פורת שעמד בראש המבצע. בעקבותיהם נאסרו עוד עשרות חברי התנועה החלוצית וה"הגנה" ובני משפחותיהם, מוסלמים ויהודים חברי רשת הריגול הישראלית. חלק מהם הועמד למשפט באשמת ריגול למען ישראל. יוסף בצרי, מרגל ישראלי, וצאלח שלום, פעיל בארגון ה"הגנה", הוצאו להורג בינואר 1952 באשמת הטלת פצצות על יהודים שהמתינו בבית הכנסת "מסעודה שם טוב" בבגדאד לקראת עלייתם לישראל. ממשלת עיראק טענה שפעולת טרור זו היא שהביאה לעלייתם ההמונית של יהודי עיראק לישראל.

לחלקים נוספים של המאמר:
הפעילות הציונית : הקדמה
הפעילות הציונית : בנייתה של התנועה החלוצית
הפעילות הציונית : מסיום המלחמה ועד הקמת המדינה
הפעילות הציונית : הפעילות הציונית לאחר הקמת מדינת ישראל (פריט זה)