במשך הזמן התברר כי ירושלים היא מוקד הסכסוך במאבק הערבי-יהודי. ככל שגבר הרצון לריבונות יהודית, כך הלכו וגברו השנאה הבין-דתית והשנאה הבין-לאומית. השיבה לירושלים הייתה מחוז חפצם של יהודים רבים שביקשו לטעת בה יתד. הרב קוק, לדוגמה, כבר בעת שהותו בלונדון הציב כמטרה חשובה של 'דגל ירושלים' לרכוש את הקרקעות הסמוכות להר הבית (אגרות, כרך ד, עמ' מט).
באפריל 1920 התכנסה באיטליה ועידת סן רמו שדנה בחלוקת האימפריה העות'מאנית בין המעצמות האירופיות שניצחו במלחמת-העולם הראשונה. בוועידה הוחלט כי בריטניה תקבל מנדט על ארץ-ישראל, עבר-הירדן ועיראק וצרפת תקבל מנדט על סוריה ולבנון. עוד הובהר כי בריטניה תהיה אחראית להגשמת ההצהרה מ- 2 בנובמבר 1917 בעניין ייסוד הבית הלאומי לעם היהודי בארץ-ישראל.
ההחלטות האלה עוררו כמובן מורת רוח רבה בקרב האוכלוסייה הערבית בארץ-ישראל. המתח גאה והתפרץ. תהלוכה מוסלמית דתית, במסגרת חגיגות נבי מוסא, הובילה לפרעות בירושלים, שבהן נהרגו שישה יהודים וכמאתיים נפצעו. בתי כנסת ובתים של יהודים נהרסו ורכוש רב נבזז. ההגנה היהודית הייתה כמעט מנוטרלת מכיוון שיכלה לפעול רק בחשאי בשל "המדיניות המאוזנת" של הבריטים. בתגובה לפעולות ההגנה המעטות של היהודים אסרו הבריטים עשרות מגינים, בהם זאב ז'בוטינסקי, שנידון לחמש-עשרה שנות מאסר עם עבודת פרך. האסירים פתחו בשביתת רעב והרב קוק שלח לז'בוטינסקי ולחבריו מכתב ארוך שבו קרא להם שלא לפגוע בגופם בשביתה הזאת.
אל תדכאו את רוחכם הטובה אשר נתן ד' [...] ואל תשלחו בבריות [בבריאות] גופכם שנשמה כל כך בריאה ועדינה שוכנת בו. אל תעציבו ותמוגגו את לב כל אחיכם כל בית ישראל ששמכם חרות באותיות של אש קודש על לוח לבכם. ביחוד הנני מחויב להצהיר בני האוהבים שדבר זה הוא אסור בכל תוקף ובכל חומר מצד דתנו הקדושה והטהורה תורת החיים ואור העולם, בטחו בה' צור ישראל וגואלו (אוצרות הראי"ה, כרך ב, עמ' 1053-1052).
גם לאחר כמה חודשים, כאשר האסירים שוחררו (תמוז תר"ף), לא שכך המתח. בשנים 1921-1920 פרצו כמה גלי מהומות סביב הכותל ויישובי ההר. ערביי הארץ חשו מאוימים על-ידי העלייה היהודית, וחששו הן שהארץ תופקע מידיהם והן מהמדיניות הפרו-ציונית של הבריטים.
מדיניות הבריטים הייתה מהוססת. כאמור, שתי אסכולות בשלטון הבריטי נאבקו זו בזו. האחת גרסה כי המפעל הציוני משרת את הזיקה של בריטניה למזרח-התיכון ועל הבסיס הזה ניתנה הצהרת בלפור; האסכולה השנייה גרסה כי הציונות היא אבן נגף שעתידה לחבל ביחסי בריטניה עם עמי ערב. כשגבר המתח בארץ-ישראל התחזקה האסכולה השנייה. החשש מתגובת הערבים התעצם. הרברט סמואל מינה את חג' אמין אל-חוסיני - שנשא דרשות מלאות שנאה לישות הציונית - לתפקיד המופתי הגדול של ירושלים אף כי נודע בקיצוניותו. התקווה הייתה כי כאשר ימלא את התפקיד הרם תתמתן עמדתו, ואולם לא כך קרה. הצהרותיו הפכו ליותר ויותר לוחמניות. המתח רק גבר נוכח טענותיו שלנגד עיניהם של היהודים עומד דבר אחד בלבד - השתלטות על הר הבית, הריסת מסגד אל-אקצא וכיפת הסלע וניסיון לבנות את המקדש היהודי על חורבות המבנים המקודשים לעולם המוסלמי.
בביקורו של שר המושבות של בריטניה וינסטון צ'רצ'יל בארץ-ישראל (בשנת 1921) מתחו הערבים ביקורת על המדיניות הפרו-יהודית של המנדט הבריטי, אך צ'רצ'יל הדף את דברי הביקורת.זמן קצר לאחר מכן החלו הפרעות. ב- 1 במאי התקיימה צעדה של התנועה הקומוניסטית מיפו אל תל-אביב. הצעדה הזאת מיפו (שבה חיו כ- 16 אלף יהודים - כ- 40% מכלל תושבי העיר) שימשה עילה להתססת הערבים ושימשה אות לתחילת התקפה מתוכננת. בתחילה נבזזו חנויות ובתי עסק של יהודים. לאחר מכן, כשהצטרפו אליהם שוטרים ערבים חמושים, הידרדר המצב. בית העולים ביפו הותקף, ותוך זמן קצר נרצחו 37 מיושביו. הצבא הבריטי התמהמה מלהגיב, ויחידות ההגנה של היישוב לא היו ערוכות להתמודד עם מצב כזה. למחרת התלקחו שוב המהומות ובשכונת אבו כביר נרצחו שישה יהודים נוספים, בהם הסופר יוסף חיים ברנר. במאורעות האלה ביפו נהרגו 43 יהודים ו- 143 נפצעו; כן נהרגו 14 ערבים וכ- 50 נפצעו. המאורעות לא נעצרו בתל-אביב וגלשו, בין היתר, לרחובות, לפתח-תקווה, לכפר סבא, למקווה ישראל ולחדרה.
הרב קוק קיבל ברוח קשה את הידיעות על הפרעות ביפו. במכתבו לשלטונות בריטניה תבע לתגבר את ההגנה על היישובים היהודיים ודחה את דברי ההסבר והתירוצים שקיבל כתשובה. "השמירה המספיקה איננה כלום, וביחוד בשעה שהמושבה מבקשת להגין עליה [...] אין אנו יוצאים ידי חובתנו להנפשות הנמצאות במצב של סכנה ופחד [...] ואם לא נמלא את זאת במה נכפר את פנינו אח"כ?" (אגרות, עמ' קז; ה' באייר תרפ"א). לבנו, ששהה באותה עת בשליחותו של הרב קוק למען מוסדות 'דגל ירושלים' בערים שונות באירופה, כתב בט"ו באייר תרפ"א דברי עידוד:
וגם אתה יקירי מרחוק לא תצטער יותר מדאי, אמנם הלב הומה והכאב עצום על חללי אחינו הקדושים אשר נפלו בידי מרצחים, אבל סוף כל גם מהמכה הזאת תתוקן רטיה, והפתגם הקדוש של בדמיך חיי יקויים כאן בכפלי כפלים".
התעכבותו של צבי יהודה הדאיגה את הרב קוק. הוא היה מוטרד מהקושי לחזור לארץ-ישראל מכיוון "שנתעכבה עכשיו ההגירה" (שם, עמ' קט). צבי יהודה שהה באותה נסיעה באירופה בין היתר למטרת שידוך. במהלך שהותו התארס עם חווה, בתו של הרב יהודה הוטנר, רבהּ של ורשה. בני הזוג קוק היו מאושרים. "הנה קבלתי את המכתב מהרב הוטנר נ"י", כתב הרב קוק לבנו, "והפתעתי למצא בהיסח הדעת את שורותיך, הודיעני נא בפרטיות, מכל וכל [...] בהחלטת המצב הפרטי שלך [...] והודיענו במוקדם. ואם יש צורך בידיעה טלגרפית לא תחשך ממני" (שם, עמ' קי; ח' בסיוון תרפ"א). שישה חודשים לאחר מכן נישא צבי יהודה לחווה בוַרשה; הוריו בירכוהו מירושלים.
עד מהרה התפשטו מאורעות יפו לירושלים. ב- 2 בנובמבר 1921, יום השנה להצהרת בלפור (תאריך שהיה מוּעד לפורענות מאז 1917), נעשה ניסיון לתקוף את הרובע היהודי בירושלים. הפעם, למרות האיסור של הבריטים, נערכו אנשי ה'הגנה' לקראת הפרעות ולכן תוצאותיהן היו פחות קשות. עם זאת, היו בהן חמישה הרוגים וארבעים פצועים.
הבריטים דיכאו את המהומות וביקשו להשליט חוק וסדר. בד-בבד הם הקימו ועדת חקירה ממלכתית. מעתה שמרו הבריטים על מדיניות הסטטוס-קוו בקפדנות יתֵרה, והם נטו להקפיד בעיקר עם היהודים. לדוגמה, נאסרה עליית יהודים להר הבית כדי לא לעורר את זעם הציבור הערבי. השלטונות הבריטיים החליטו כי הכותל שייך למוסלמים וכי היהודים רשאים להתפלל בו מתוקף החזקה שיש להם בלבד. מה שהיה מותר בעבר נאסר כעת. מרחבת הכותל הקטנה סולקו הספסלים והכיסאות כדי לרצות את הערבים, שראו בכל פעילות של היהודים במקום ניסיון לפרוץ להר הבית.
לאחר שהוועדה הממלכתית סיימה את דיוניה התפרסם ביוני 1922 "הספר הלבן" (הראשון מבין שלושה) בחתימתו של צ'רצ'יל. המסמך הזה אִשרר את הצהרת בלפור, אך בד-בבד הדגיש כי זכויות הערבים בארץ לא ייפגעו. העלייה לארץ הוגבלה בהתאם לכושר הקליטה הכלכלי המצומצם שלה. עוד נקבע כי יש לחלק את ארץ-ישראל לשניים וכי על השטח של ארץ-ישראל המזרחית תוקם מדינה ערבית שמלכהּ יהיה עבדאללה. ערביי ארץ-ישראל היו שבעי רצון ממסקנות הוועדה; היהודים המאוכזבים - בעצתו של הרברט סמואל – פנו לחיזוק המערכות הפוליטיות והכלכליות של היישוב היהודי בארץ-ישראל.
עניין הכותל לא ירד מסדר היום של הרב קוק. בי' באייר תרפ"ג הציע הרב קוק לברון רוטשילד כי ירכוש את רחבת הכותל:
בטח יודע כבודו כמה עלבונות אנחנו סובלים מזה, שמקום קדשנו העליון מוקף הוא בסמטאות צרות וגרועות מיושבות מערבים [בערבים] גסים ופראים. ועתה נודע שיש אפשרות לקנות בקנין חוקי את כל החצרות הנ"ל. [המחיר כ- 70 אלף לירות, אך] כמובן שאין לחשוב כלל את ערך הכסף לעומת המטרה הקדושה הזאת והענינים הגדולים הקשורים בה. [חלומי] לבנות [...] בית-הכנסת אחת כללית ומפוארה בעד כלל האומה סמוך למקום מקדשנו (שם, כרך ד, עמ' קסא).
ואולם ההצעה הזאת לא הגיעה לידי מימוש. עד 1929 המשיך המתח לבעבע מתחת לפני השטח ואף גבר. ב- 1928 התחלף הנציב הבריטי. במקום הלורד פלומר, שהיה פרו-יהודי, מונה לתפקיד הנציב ג'ון צ'נסלור, שהיה פרו-ערבי ואנטי ציוני וסבר כי הצהרת בלפור מנוגדת לאינטרסים של בריטניה. לאחר מינויו נגזרו גזֵרות חדשות בעניין הכותל, והוטלו עוד ועוד הגבלות על תנאי התפילה של היהודים. למשל, הועלתה דרישה שלא להדליק את אורות רחבת הכותל בתפילת ערב שבת. רק לאחר פגישה של הנציב עם הרב קוק ויוסף מיוחס (נשיא ועד העיר ירושלים) - שדחו בתוקף את הדרישה הזאת - התבטלה הגזֵרה. ואולם הגזֵרות לא פסקו, והרב קוק נאבק בכל כוחו בהן, בצ'נסלור ובלוק (מזכירו וממלא מקומו), שהיו עוינים ליישוב היהודי. הערבים יידו אבנים במתפללים היהודים, הפכו את הכותל למקום מעבר לבהמות הנושאות אשפה, פתחו פתח בצד רחבת הכותל, השחיתו את אבניו ומרחו עליו צואת אדם. האירועים האלה פגעו קשות ברב קוק. הוא הזמין לפגישה את פנחס רוטנברג, שהיה קרוב לו ברוחו. רוטנברג (1942-1879), שהקים את חברת החשמל המודרנית בארץ-ישראל, היה אדם כריזמטי והיה מקורב לרשויות הבריטיות. בעקבות השיחה יצא רוטנברג בשליחות הרב ללונדון, כדי לנסות לעורר את מודעותם של שלטונות בריטניה לאי הצדק שנעשה תחת שלטונם. הוא שלח מכתבים לאנשי הממשל השונים ותבע בתוקף את הבעלוּת היהודית על הכותל. שלטונות בריטניה פירשו את הדרישות כהתגרות העלולה להצית מהומות בעיר ופִרסמו הוראה ליהודים למעט להגיע אל הכותל מכיוון שהדבר מעורר את רוגזם של הערבים. בערב יום הכיפורים תרפ"ח פִרסם סגן המושל הבריטי צו שאסר על הצבת ספסלים בכותל. לאחר שהמתפללים היהודים קבעו מחיצה בין נשים וגברים החליט סגן מושל ירושלים לפרקה. למחרת זעקו כותרות דאר היום: "שערורית הכתל המערבי; חילול יום הכיפורים בירושלים על ידי המשטרה [...] מכות ומהלומות על ימין ועל שמאל; יהודיה אמריקאית נפצעה קשה [...] מחאת ד"ר מאגנס ובן צבי במשרדי השלטונות; אדישות המושל לחקירותינו". איתמר בן אב"י פִרסם באותו הגיליון מאמר - "שמע ישראל: לגאולת הכתל המערבי". בד-בבד החליט המופתי לערוך טקסים דתיים מול רחבת המתפללים היהודים, ואושרה בניית מסגד בחצר הגובלת בכותל.
בערב תשעה באב תרפ"ט גאה המתח בעיר. השלטונות אישרו תהלוכה של יהודים אל הכותל שיזמה בית"ר. ב- 23 באוגוסט 1929 צעדו מאות יהודים בתהלוכה ודגלים בידיהם. ההיסטוריון פרופ' יוסף קלוזנר צעד בראשם. חג' אמין אל-חוסיני לא הבליג. יומיים לאחר מכן נכנסו מאות ערבים לרחבת הכותל, הִכו את השמש הזקן והשחיתו את סידורי התפילה שהיו במקום.
המתח בארץ-ישראל הגיע לשיא. שמועות רדפו זו את זו, והסוחרים הערבים הפסיקו להגיע אל העיר העברית. היישוב היהודי חש חסר הגנה כאשר נסעו מנהיגי היישוב באוגוסט 1929 לקונגרס הציוני ה- 16 בציריך. בתגובה לפניית היישוב טענו הבריטים כי לא נשקפת כל סכנה ליהודים.
ביום ו', כ"ד באב תרפ"ט, החלו פרעות בכל רחבי הארץ. נפוצו שמועות על כך שערבים רבים עולים לירושלים חמושים באלות ובסכינים. חדשות זרמו על מקרים של אלימות בכל רחבי העיר העתיקה, הגולשים אל מרכז העיר החדשה. רחוב יפו הפך לשדה קרב. במהלך השבת הותקפו בתי ירושלים שוב ושוב; בית היתומים דיסקין, שבו היו 250 יתומים, כמעט שנפל בידי ההמון הערבי.
הרב קוק נחרד והתקשר בעיצומה של השבת אל לוק (הנציב שהה באותה עת בלונדון). לוק שאל אותו: "וכי מה עלי לעשות? אין לי פקודה לירות בהם". הרב קוק דרש שיגן על היהודים בכלל, ועל היתומים שבבית דיסקין בפרט בשם המצפון האנושי. לוק השיב: "אראה מה אוכל לעשות". בית היתומים דיסקין אכן ניצל הודות לכוחות המשטרה שנשלחו למקום, אולם המהומות בכל רחבי העיר נמשכו. הרב קוק קיבל בטלפון ידיעות על מספרם הגדול של הקורבנות. במקביל הגיע מידע מבית החולים הדסה על כך שבחברון מתרחשות פרעות. הרב התעלף ונפל. בהוראת הרופא הוא נשלח מיד לחדרו. הרב חרל"פ היה עמו. לאחר שהתאושש, ובעיצומו של יום השבת, כתב מברקים לכל העולם היהודי: "כל היהדות הארצישראלית בסכנה, הצילו אחים בכל הדרכים שאתם יכולים להצילנו במהירות היותר אפשרית - הרב הראשי קוק". השלטונות הבריטיים ניתקו את שירותי הטלפון והטלגרף בארץ-ישראל כדי שדבר המאורעות לא ייוודע בעולם, אולם מברקיו של הרב קוק הגיעו לאירופה על-ידי שליח מיוחד ששלחם דרך בֵּירות.
במוצאי שבת הובאו לקבורה שבעה-עשר אנשים. עוד נודע לרב קוק כי הותקפו קיבוץ רמת רחל והשכונות בית הכרם, בית וגן, גבעת שאול, תלפיות ומקור חיים. שכונות שלמות של יהודים פונו, וכששבו תושביהן כעבור כמה ימים הם מצאו בתים הרוסים ומושחתים. באותו שבוע נהרגו בירושלים למעלה מארבעים יהודים ועשרים ערבים. גם בתל-אביב, בחיפה, בצפת ובמושבות היו הרוגים. מספר ההרוגים בכל הארץ הגיע ל- 133 יהודים, מהם 63 בטבח בחברון. בקרב הערבים היו 604 הרוגים; רובם נהרגו בידי המשטרה הבריטית.
עם הזמן התברר כי השלטונות הבריטיים נכשלו ולא היו מוכנים. כוחות הביטחון היו מעטים מכדי להתמודד עם המאורעות. מקצת החיילים שיתפו פעולה - באופן אקטיבי ובאופן פסיבי - ברציחתם של היהודים באזורים השונים. הרב קוק רתח מכעס, ומאז לא לחץ את ידי המזכיר הראשי לוק בטענה כי "ידיו דמים מלאו".
באוקטובר 1929 - מייד לאחר המאורעות - פִרסם המופתי גילוי דעת שבו האשים את היהודים במאורעות שפקדו את ירושלים. הרב קוק הזדרז ופרסם באותו החודש בעיתון נתיבה (עיתונם של 'צעירי החלוץ' ו'הפועל המזרחי בארץ-ישראל') תגובה חריפה נגדו. הוא הציג את הזיקה הדתית העמוקה של היהודים לכותל, את השתלשלות ההתנכלות של הערבים ליהודים, והבחין בין הקיצוניים בעולם הערבי ובין המתונים החשים "צער ובושה ממעשים הרעים אשר עשה החלק הקטן מהם". הוא עדיין מלא תקווה, ציין, כי תימשך "אותה המסורת של דרכי שלום והדדיות לבנות ביחד עם כל יושבי הארץ [...] להפוך אותה לגן עדן (אוצרות הראי"ה, כרך ב, עמ' 1049-1047).
לחלקים נוספים של המאמר:
החלום והמציאוּת: מאבקים, בדידות וצער
החלום והמציאוּת: מאבקים, בדידות וצער: המאבקים
החלום והמציאוּת: מאבקים, בדידות וצער: השבת
החלום והמציאוּת: מאבקים, בדידות וצער: דת וכפייה
החלום והמציאוּת: מאבקים, בדידות וצער: מעמד האישה
החלום והמציאוּת: מאבקים, בדידות וצער: הנזיר והנבואה
החלום והמציאוּת: מאבקים, בדידות וצער: הלכה נבואית
החלום והמציאוּת: מאבקים, בדידות וצער: הלכה ברורה ובירור הלכה
החלום והמציאוּת: מאבקים, בדידות וצער: באר אליהו
החלום והמציאוּת: מאבקים, בדידות וצער: אנצקלופדיה תלמודית
החלום והמציאוּת: מאבקים, בדידות וצער: אכזבות
החלום והמציאוּת: מאבקים, בדידות וצער: המלחמה על ירושלים- הכותל
החלום והמציאוּת: מאבקים, בדידות וצער: המאורעות (פריט זה)
החלום והמציאוּת: מאבקים, בדידות וצער: ועדת חקירה
החלום והמציאוּת: מאבקים, בדידות וצער: רצח ארלוזרוב
החלום והמציאוּת: מאבקים, בדידות וצער: המחלה והמוות