אידאולוגיה והלכה: מאבקים ומסעות : הכמיהה להתבודדות והשיבה אל המשפחה

משא הרבנות היה כבד על הרב קוק. את הרבנות ראה כמשימה שאינה עולה בקנה אחד עם אישיותו. הוא היה מעדיף, כך כתב במקומות שונים, להסתגר בד' אמותיו של איש העיון. בשיאו של הוויכוח על השמיטה כתב לרב לינטופ (בי"א בשבט תר"ע) על עול הנהגת הציבור כחוויה של גירוש מגן עדן, גלות "מפרדס המחשבה וההרגשה החיה הרוחנית מאור עליון המאיר ובא על כל דורשי אלהים באמת". לדבריו, הוא נדרש בניגוד לרצונו "להיות כל שיחי ושיגי בגופי הלכות ובסדרים מעשיים, עד אשר לא היה ביכלתי למצות אל שרש נשמתי ולעסוק ברוח שקט באותם הענינים החיים והאהובים" (שם, א, עמ' שא).

המשא הנפשי והעדר נחת הרוח שהוא חש בהנהגת הציבור נבעו מהתרחקותו "ממה שהוא מוכשר לו מסגולות נפשו" ('ערפלי טוהר', עמ' מו). סבלו הגיע עד כדי כך שבתקופה שבה הנהיג את קהילת יפו הוא העלה רעיון להתמנות לראש של אחד הכוללים בירושלים ובכך להיפטר מעול הרבנות.

שלוש שנים לפני הוויכוח הגדול בעניין השמיטה כתב בב' בשבט תרס"ז מכתב לבנו צבי יהודה ולבתו פרידה-חנה - שהיו בירושלים בבית הסבתא, רעייתו של האדר"ת - ובו התנצל על כך שלא הרבה לכתוב אליהם בשל הטרדות "שאינם כפי תכונתי וחפצי הפנימי שאינם שייכים כלל לרוחי". התחום הציבורי נתפס בעיניו כפורץ לחייו נגד רצונו והמשימות האלה "מבקשים את תפקידם ממני מאיש שאינו יודע אותם ולא חפץ לדעתם". עתה, התלונן, הציבור לא רק גוזל את עצמי מעצמי אלא אף מתנכל לכם, בני משפחתי. מה אעשה ו"המצב הסובב, יגרשני לפעמים תכופות מבית תענוגי ונפשי". הוא תיאר את הציבור שצבא על דלתו:

הנה הם באים, נוגשי האכזרים מטרידי, ומפסיקים אותי, מושכים אותי מאהלי השאנן הפנימי, שלפעמים הנני מוצא בו לאשרי, גם כן את חלק האם שבי, תורת אמך, ומביאים אותי אל האטמוספֵרה הקשה של החיים המקולקלים החיצוניים, המעורבים מצרות ומכאבים, מדחיקות ונגישות, מתביעות וקובלנות, ואני מוכרח ללכת להמשך, הם דוחפים בחזקה. תוחלתי לד' היא שיראני בישועתו במרחב (מכתב מכתב-יד שעדיין לא פורסם).

המכתב הזה נכתב לאחר אירוע שבו בני-זוג הגיעו לביתו של הרב קוק בשל סכסוך גירושין ארוך וסבוך. במהלך הדיון הוציאה האישה אקדח מתיקהּ וביקשה להרוג את בעלה. הרב קוק הזדעזע עד עמקי נשמתו. ביטויים שמילאו את כתביו כמו "נפש יהודי", "ניצוץ יהודי" ו"נשמה יהודית" המבקשת את "כור מחצבתה" על-ידי קיום תורה ומצוות- כל אלה נראו לא רלוונטיים לנוכח האירועים הקשים שחווה ברבנות ביפו וגילויי האלימות שנלוו אליהם.

ייתכן כי צערו על שאינו יכול לשהות יותר עם בני משפחתו גבר גם בשל האירועים המשפחתיים באותה השנה. בתענית אסתר תרע"ז (1907) נולדה בתו השלישית אסתר-יעל והתארסה בתו הבכורה פרידה-חנה (שהייתה באותה עת בת 19). בט"ו בתמוז תרס"ז היא נישאה לדודהּ ישראל רבינוביץ (יש"ר; תרמ"ג-תשכ"ח). מצוקתו בשל עול הציבור נשמעת גם במכתבו לעמיתו ויריבו הרידב"ז בעיצומו של הוויכוח בעניין השמיטה. "אשרי חלקו דמר [של אדוני]", כתב לו, "שזכה להיות חפשי מעול הציבור, ויוכל להתבודד ולעסוק בשלימות האמיתית [של הלימוד והעיון], ואני עני הנני מיוגע ומוטרד כל היום ממשא עבודת עם ד' אלה". יש לו מקור נחמה אחד: "כל שעשועי הוא רק מה שאני מזכיר [...] [ל]עצמי, כי על אדמת הקודש ועל הארץ ... עומדות הן רגלי ובו בטח לבי שיעזרני" ('אגרות', ב, עמ' קנו).

לבו קרוע, הוסיף; מחד גיסא - עול הציבור, ומאידך גיסא - תשוקתו העזה "רק לעבוד לטובת ארץ הקודש ועם-ד' השוכן בה' ואין לי שום חפץ ודאגה בשביל עסקי עצמי שאינם חשובים כלום לגבי טובת הכלל של הגוי כולו" (שם, א, עמ' רסג). המאבק הציבורי עורר בו מודעוּת עצמית חדשה. מוצאי מזרע אהרן, הסביר, "שחסד היא פעולתו, והשלום מדתו, והאמת סגולתו, וכל ישעו וחפצו היא צפיית ישועת גוי קדוש, ורוממות קרנו על הר קדשו" (שם, ב, עמ' קנו).