הרב קוק ביקש לתת פומבי לרעיונותיו. אמנם היישוב כבר הכיר מעט מרעיונותיו (בין היתר באמצעות מאמריו בעיתונות וספרו 'אדר היקר' שיצא לאור בשנת תרס"ו לזכר חותנו האדר"ת), אולם הציבור עדיין לא נחשף לרוחו הסוערת הבאה לידי ביטוי ביומניו, ואת זאת הוא ביקש לעשות לאחר ששב מן המסע. על ההחלטה הספונטנית להוציא לאור את אחת ממחברותיו, כתב לבנו צבי יהודה שלמד באותה עת באירופה. הוא היה נלהב מהצעד הזה והחליט לקרוא לספר 'ערפלי טוהר':
תקפו עלי רגשי תשוקה להדפיס איזה מרשימותי כסדר כמו שהם והחילותי להדפיס [...] בשם ערפלי טהר. כמה גליונות אסכים לא אדע. אקוה שהדברים כמו שהם בלא שרק ועיבוד גם הם יהיו לברכה, ואולי מהם ימצאו שברכתם תבולט דוקא ע"י חסרון העיבוד, "לחם חם כיום הלקחו" ('אגרות', ב, עמ' רצג).
הבן הסתייג מהחלטתו של אביו, שהרי היה מודע לצפוּן בכתבים האלה. הוא סבר, כי יש קטעי ספרות שלא נכון להוציאם לאור. צבי יהודה הכיר יותר מכל אדם אחר בייחודיות של אביו לעומת סופרי העולם הדתי. הרי הוא ניסה לשווק כבר ב-1907 (כשהיה בן 17 בלבד) את החוברת 'עקבי הצאן' שכתב אביו (אשר יצאה לאור בחשוון תרס"ז). הוא כתב אז לסופר יוסף חיים ברנר מכתבו שבו שיבח את יצירת אביו:
אבי נרו יאיר המחבר הוא מן הרבנים האדוקים. ואשר מלבד גאוניותו ב'תורה' זכה גם לשם 'צדיק' - ועם זה הוא חוקר ופילוסוף חופשי - באין שום מעצור לפניו - במלוא המובן של המילה הזאת. וירבה מאוד חקור ולמוד בתורות כל המורים הפילוסופים שבאומות בידיעה עמוקה, ויחדור עד יסוד תורתנו וגם עד חדרי הקבלה הגיע ('איש שלום', הרב קוק, עמ' 18-17).
צבי יהודה מיהר לענות לאביו ושאל אותו אם הוא בטוח בתוכניתו: האם עבר היטב על כתב היד? האם אין בו קטעים שראוי להשמיטם? ואולי יש לתקן את הלשון? אביו השיב לו: "את הלשון אני מתקן לפעמים כיכולתי, אבל להשמיט דברים עדיין לא נסיתי, ואולי לא בא לידי עדיין מסוג זה" (שם, עמ' רצז).
ב-1914 ראה אור 'ערפלי טוהר', אולם הודפס בעותקים בודדים וגם אלה נמסרו למקורבים אליו בלבד. הספר פתח צוהר לעולמו הרוחני, להגיגיו הסוערים בשלהי תקופת יפו. באמצעותו אפשר להתרשם עד כמה עזות ונועזות היו מחשבותיו של הרב קוק בעניין תהליך הגאולה והתנועה החילונית. לאחר עשר שנות רבנות הוא עמד על מגבלותיו, על גבולות יכולתו לכנס תחת כנפיו את כל הקהל בניגוד לאשליותיו בעת הגיעו לארץ. החשש של הבן היה מבוסס. הציבור החרדי היה עלול להגיב באופן קשה לוּ היה נחשף להגיגי לבו הנסתרים. אמנם הציבור הנשמע לרב קוק גדל מאז הגיעו לארץ, אבל גם התברר איזה ציבור אינו נשמע לו. עמדתו ההגותית וההלכתית, בעיקר בסוגיית שנת השמיטה, והזדהותו החד-משמעית עם הציבור הציוני הרחיקו ממנו את הציבור החרדי. במקביל הלך וגדל הציבור החילוני והקצין את עמדותיו; לארץ הגיעו עוד ועוד עולים חדשים שעולם המסורת לא דיבר אל לבם, והעולים הדתיים לא באו. אט אט הבין כי המגמה המסתמנת אינה עולה בקנה אחד עם תוכניותיו, אולם עדיין שמר על קשרים הדוקים עם המחנות המקוטבים, ולא ויתר הגישור והמשיך לדלג ביניהם.
הוצאת 'ערפלי טוהר' לאור לא הייתה צעד נבון מבחינה פוליטית בכל הקשור לזיקה בין הרב קוק ובין העולם החרדי, אך גם אם הספר היה מופץ ברבים לא היה נושא פירות גם ביחסיו עם הציבור הציוני-חילוני. הספר חושף את עולמו של אדם דתי, איש תורת הסוד והקבלה, איש פיוט שלא לכל אדם יש כלים להבינו.
זמן קצר לאחר הופעתו נגנז 'ערפלי טוהר', ויצא שוב לאור רק לאחר פטירתו של הרב צבי יהודה קוק (ב-1981) וגם אז בגרסה מצונזרת וחלקית.
תקופת יפו של הרב קוק התאפיינה אפוא בפעילות ענֵפה ביותר. הוא הצליח להתחבר באופן בלתי אמצעי אל הליבה של ההתרחשות הציונית בארץ- ישראל על שלל הבעיות ההלכתיות והמתחים הכרוכים בכך. התקופה הזאת הייתה פורייה מאוד מבחינה ספרותית. ואולם חשיבות רבה יותר הייתה לפרק הבא בחייו של הרב קוק, שהיה מצומצם מבחינת משך הזמן אבל מרוכז מבחינת החוויות שעברו עליו: התקופה של גלותו באירופה שהייתה בעין הסערה של תרבות המערב - מלחמת-העולם הראשונה.
קראו עוד:
אידאולוגיה והלכה: מאבקים ומסעות : פולמוס שנת השמיטה
אידאולוגיה והלכה: מאבקים ומסעות : האדר"ת והמאבק על השמיטה
אידאולוגיה והלכה: מאבקים ומסעות : הרב קוק: תחילתו של הפולמוס
אידאולוגיה והלכה: מאבקים ומסעות : "וכל המחמיר תבוא עליו ברכה... ובלבד שיחמיר לעצמו"
אידאולוגיה והלכה: מאבקים ומסעות : ספרו 'שבת הארץ'
אידאולוגיה והלכה: מאבקים ומסעות : הרב המושמץ והתמיכה העממית
אידאולוגיה והלכה: מאבקים ומסעות : הכמיהה להתבודדות והשיבה אל המשפחה
אידאולוגיה והלכה: מאבקים ומסעות : פוליטיקה ואכזריות: הרב קוק מול העולם החרדי
אידאולוגיה והלכה: מאבקים ומסעות : ידידוּת בין פסימיסט ואופטימיסט
אידאולוגיה והלכה: מאבקים ומסעות : המושבות: בין הערצה לדחייה
אידאולוגיה והלכה: מאבקים ומסעות : קום והתהלך בארץ: המסע למושבות
אידאולוגיה והלכה: מאבקים ומסעות : הרבנים החרדים מגיעים לחדרה
אידאולוגיה והלכה: מאבקים ומסעות : זכרון יעקב ופולמוס בית הכנסת
אידאולוגיה והלכה: מאבקים ומסעות : מרחביה: רבנים לכו הביתה!
אידאולוגיה והלכה: מאבקים ומסעות : חוויית לילה בפוריה
אידאולוגיה והלכה: מאבקים ומסעות : האם הרב קוק היה נביא?
אידאולוגיה והלכה: מאבקים ומסעות : ייסוריו של סופר: בין פוליטיקה לאותנטיות (פריט זה)