אידאולוגיה והלכה: מאבקים ומסעות : האדר"ת והמאבק על השמיטה

לאחר שקיבל הרב קוק את מכתב ההזמנה לשמש רבהּ של יפו הוא התעכב בבויסק כשנה וחצי, ולכן היה פטור באותה שנה מן ההתמודדות עם סוגיית שנת השמיטה; ואולם האדר"ת נאלץ לעסוק בכך. לאחר כשנה כתב לרב קוק מכתב נוסף שבו באו לידי ביטוי תשישותו הפיזית ותשישותו הנפשית ממאבקי השמיטה בין העולם החרדי והיישוב החדש. "אינני בבריאותי כראוי", כתב, "[ו]אני מסובל תמיד במיחוש [...] וע"י הפיבער [החום] נתגברו גם השיעולים [...] וחלישותי רבה מאוד" ('אגרות', א, עמ' שעז). לאחר תיאור מיחושי הגוף תיאר את בעיות הנפש: "עגמת נפש הרבה יש לי מענין השמיטה [של שנת 1903]". האדר"ת פירט את הבקשות שהופנו אליו על-ידי היישוב החדש להתיר את עבודת האדמה על סמך היתר הלכתי שניתן בתקופותיהם של המבי"ט (ר' משה בן יוסף טראני, 1580-1500) והמהרי"ט (ר' יוסף טראני, 1639-1568) שעליו התבססו בעבר רבני חיבת ציון והיה מאז לאסמכתה להתרת עבודת האדמה בארץ-ישראל בשנת שמיטה בתנאים הלכתיים מסוימים. האדר"ת הסביר כי בדרך-כלל התירו את העבודה "בשל ההפסד הכספי העצום" הנובע מהפסקת העבודה, שהרי אין המדובר רק ב"חיי נפש של האכרים", אלא שכמה וכמה מבתי האב שלהם יינזקו קשות בעטיה של שנת השמיטה ואף "פשוטו כמשמעו שכל הישוב יתבטל לגמרי באין שום שם וזכר לו חלילה".

ר' נפתלי הרץ הלוי, רבהּ של יפו, כבר הורה להסתמך על ההיתר ולאפשר את העבודה, והאדר"ת הלך בעקבותיו. ואולם, ההתנגדות הייתה קשה. במכתבו לרב קוק כתב: "חברו עלי מחסידי הגאון רבי יהושע ליב דיסקין [אביו של הרב דיסקין מירושלים] ז"ל", שלא רצו לדעת אלא על אותו איסור "שיצא [...] בשנת תרמ"ט [1889]", איסור שכל תכליתו הייתה לצאת נגד "הפושעים שרצו ממש לעקור מצות שביעית". לא עזרו לאדר"ת כל הסבריו כי במצב הנוכחי ודאי היה מתיר מי שאסר בזמנו, ואילו "הם באחת אינם מאמינים לו, ואין להם אלא מה שהביאו טבלא חתומה בחותמו ועליה כעשרים רבנים ומופלגים" שלא להתיר את עבודת האדמה גם אם היא נעשית על-ידי לא יהודי בשום צורה ואופן. כששמעו רבנים נוספים, שהתירו זאת בעבר, על דבר המחלוקת לא העזו עוד להביע את דעתם ולתמוך בהיתר. אהרון חיות, שהגיע באותה תקופה לירושלים, תיאר בספרו 'שישים ושלוש שנה בירושלים' את תדהמתו בראותו עד כמה הזדקן האדר"ת ונראה תשוש. האדר"ת הבחין בתדהמתו והסביר לו כי הסיבה למצבו היא שעמיתיו הרבנים וקהל הקנאים הסובב אותו יורדים לחייו (שם, עמ' 106-105).

תשישותו הגופנית והרוחנית הכריעה אותו ובג' באדר תרס"ה הוכרז בירושלים "אבל כבד" בשל "פטירת רבה של ירושלים [...] ידוע חולי היה זה שנים אחדות, ומחלתו גברה בירושלים לרגלי קדחת עזה אשר אחזה בו" (שער 'חבצלת', י"ב באדר תרס"ה).